L'amministratore del progetto Cosmology@Home ha aggiornato oggi entrambi gli applicativi basati su Docker e le VM (camb_boinc2docker e planck_param_sims), per abbassare il numero di wu che vanno in errore.

Ringraziando gli utenti, invita anche a segnalare anche tutte le problematiche che potrebbero sorgere.

Gli amministratori hanno aggiornato tutti gli applicativi opencl per gpu, introducendo bugfix ma anche nuove funzionalità alla versione 8 rilasciata a gennaio.

Tra le nuove funzionalità anche la possibilità di lavorare i dati prodotti dal Green Bank Telescope, oltre a tutti gli altri "storici".

Un team congiunto di ricercatori ha avviato, ieri, un nuovo progetto della piattaforma WCG: Open Zika, per fare avanzare la ricerca per sconfiggere questo virus che tanti danni sta creando in alcune zone del mondo. Qui maggiori informazioni al riguardo.

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Domenica 8 Maggio, il progetto FoldIt ha compiuto 8 anni.

Auguri!!

Gli amministratori del progetto WCG MCM (Mapping Cancer Markers) hanno dato l'annuncio dell'avvio di una nuova fase del progetto. Attualmente le wu si stanno occupando dell'analisi dei markers del tumore al polmone e, con queste nuove wu, verrà affiancata a questa anche la ricerca riguardante il temibile tumore alle ovaie. Le nuove wu si occuperanno di valutare le differenze tra un tumore allo stadio iniziale e uno allo stadio terminale (questo tipo di tumore uccide circa 140000 donne l'anno in tutto il mondo, a causa del fatto che viene diagnosticato spesso troppo tardi) e saranno più lunghe e complesse delle precedenti. Gli amministratori ringraziano tutti i volontari per l'inestimabile lavoro che stanno portando avanti con i loro pc di casa.

Valutazione attuale: 5 / 5

Guida a come adattare fisicamente uno Xeon 771 a un socket 775

(by Re Leon)

Premesso che ci sono diverse limitazioni a questa pratica, derivanti dalla scheda madre e dovute a:

- FSB minimo di 1333 mhz

- Possibilità di utilizzare gli ultimi processori a 45 nm e soprattutto ai quadcore.

Ovviamente, questa pratica era prevista anche con le precedenti schede madri e processori xeon, ma con diverse condizioni dettate dal fsb, e dai processori utilizzati. Esiste un sito in inglese, www.delidded.com, dove questa pratica viene perfettamente documentata.


Processore Xeon ed adattatore.

Il processore Xeon è stato differenziato dai core per le guide fatte sulla base dello stesso, che vengono seguite anche sul socket.
Inoltre ha due pin invertiti, e questo ha dato la necessità di fare un adattatore minuscolo che viene fornito in modo da poter essere facilmente collocato, con le due estremità adesive.

Però fate attenzione, questa plastica è molto fragile, per cui in fase di maneggio della stessa, anche quando lo togliete dalla sua custodia, oppure quando rimuovete la carta adesiva agli estremi, si potrebbe danneggiare. Perciò consiglio di perdere cinque minuti in più piuttosto che sprecarne uno inutilmente.
La sua collocazione difficilmente rispecchia quella di altri adattatori nelle foto, per cui fate attenzione a:
1 – il lato giusto in cui metterlo, dei due è quello in cui Voi potete vedere agli estremi due figure, di cui una è una freccia.
2 – la freccia, è il simbolo verso cui dovete trovare l'icona della freccia sul processore.

Socket 775

Il lavoro per adattare il socket è più rischioso, perché è delicato e basta una inezia per compromettere la scheda madre, in quanto si lavora a millimetri di distanza dai pin del socket, per cui serve tanto sangue freddo e mano ferma.
Consiglio di lavorare con la scheda madre sopra un tavolo, una luce (anche forte) un coltello con la lama molto fine e tagliente (lasciate perdere coltelli larghi di lama) e con una lunghezza di almeno 4-5 cm, altrimenti non vedrete quello che fate mentre lo fate.

Aprite il socket dopo aver tolto ogni hardware o cavo che sia d'intralcio, per avere una migliore zona di lavoro (ram, schede video, altri dispositivi pci, e naturalmente il dissipatore e i cavi dell'alimentatore). Aperto il socket, ora potete riporre il dispositivo a molla che tiene il socket chiuso (la leva laterale).
Guardando frontalmente la scheda madre, troverete due zoccoli sporgenti di plastica dal contorno del socket in basso a sx e dx. Vanno finemente limati, e, man mano che questo accade, si romperanno in pezzettini, la cui rimozione è fondamentale anche soffiando o con la punta del vostro attrezzo.
Agite con la dovuta calma, una mossa falsa e vi siete giocati la scheda madre!
Sul lato sinistro, talvolta, ci si trova troppo vicini ai pin, per cui la cosa più sensata da fare è rimuovere fin dove ci si fida, non è necessario al 100% che siano rimossi completamente, e comunque si può accorgersene in fare di posizionamento del processore (se resta inaspettatamente alto da un lato bisogna lavorarci ancora).

Posizionare il processore

Appena siete pronti, prendete lo xeon con due dita, pollice e indice, il pollice sulla placchetta nera dove c'è una rientranza, e calarlo delicatamente sul socket. Se notate sul processore c'è un'angolo dorato, quella è una freccia, che deve coincidere con una freccia in rilievo presente sul socket. Quindi chiudete il socket.

Ora, messa la pasta termica, il dissipatore e rimontato tutto il resto, siete pronti a utilizzare un processore Xeon su una scheda madre lga 775.


Modifica BIOS per integrazione Microcode processori Xeon (BIOS Amibios)

http://www.delidded.com/lga-771-xeon-microcode/
http://www.delidded.com/how-to-update-cpu-microcode-in-ami-bios/

1 STEP PRELIMINARI:

1.1: Preparare il BIOS da modificare, è possibile:
a) Scaricare l'ultima versione del BIOS dal sito del produttore della scheda madre
b) Eseguire un DUMP del BIOS della scheda madre utilizzando l'apposita utility del produttore od un software compatibile (è possibile aggiornare, per alcuni bios, direttamente da bios tramite i software proprietari come Asus Ez flash)
Nel mio caso ho scaricato l'ultima versione disponibile dal sito del produttore.

1.2: Eseguire una copia di BackUp del BIOS originale (vedi punto b del Primo Step)

1.3: Scaricare il programma MMTOOL_3.22_1B_21Fix-BKMOD.EXE che permette di modificare i BIOS amibios.

1.4: scaricare i microcode, consiglio Desktop LGA 771 and LGA 775 microcode perché contiene sia i microcode per processori Xeon skt 771, sia eventuali microcode aggiornati per i processori skt 775.
I microcode sono divisi in microcode in 2 cartelle, una con quelli per i processori a 65nm e  una per i processori a 45nm.
Prendiamo i microcode per processori a 45nm:

Ogni file corrisponde ad un diverso microcode, dove:

• la prima parte indica il CPUID del processore
• la seconda parte indica il Platform Type (04 e 40 sono il skt 771, 10 e 11 sono il skt 775)
• la terza parte indica la versione del microcode
• la quarta parte indica la data di aggiornamento del microcode

2 MODIFICA DEL BIOS

2.1: Per modificare il BIOS è necessario avviare il programma MMTOOL e selezionare il file del BIOS preparato allo Step 1 tramite il pulsante “Load ROM” ( lo troverete laddove lo avete scaricato, downloads per esempio ):



2.2: Aprire la pagina “CPU PATCH”, in questa pagina è presente l'elenco dei microcode attualmente presenti nella rom del BIOS:

I passaggi da fare sono i seguenti, per ogni microcode scaricato:
• Cercare il microcode nell'elenco per CPU ID e Platform Type
• Se il microcode è già presente, verificare la versione e la data di aggiornamento.
Nel caso il microcode scaricato risulti più recente:
- selezionare la relativa riga,
- selezionare l'opzione “Delete a Patch Data”,
- quindi cliccare “Apply”
• Nel caso il microcode non sia presente o fosse presente una vecchia versione che abbiamo eliminato:
- selezionare l'opzione “Insert a Patch Data”
- con “Browse” selezionare il file del microcode
- quindi cliccare “Apply”
(ho notato che difficilmente avrete un bios con i microcode aggiornati, comunque è bene prestare attenzione)

Terminate le modifiche ai microcode è sufficiente salvare la rom del BIOS con “Save ROM as..”

PS: Nel caso in cui il programma restituisse un errore di spazio insufficiente, è necessario cancellare dei microcode di processori che non intendiamo utilizzare, ad esempio quelli con CPU ID che inizia con 066 dovrebbero essere i microcode per i Pentium 4.

2.3: Per concludere, chiudere MMTOOL, riaprilo e selezionare il BIOS appena modificato per controllare che venga aperto correttamente e che i microcode sia siano salvati tutti correttamente.
Il BIOS così modificato è pronto per essere flashato sulla motherboard, utilizzando l'apposita utility del produttore, un software compatibile od un programmatore USB.

La ricercatrice Noelia Ferruz (nota per le sue wus Noelia) ha brillantemente difeso la sua tesi di dottorato (lei tiene a precisare che è stato possibili grazie alle nostre gpu) e sta partendo per Boston per un nuovo lavoro nel loro centro di ricerca, abbandonando quindi il progetto GpuGrid. I nostri migliori in bocca al lupo per tutto.

Gli amministratori del progetto hanno rilasciato una nuova versione dell'applicativo Nbody, che va a risolvere alcuni problemi della precedente versione.

L'applicativo è aggiornato sia nella versione standard che in quella multithread.

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A fine gennaio gli amministratori del progetto avevano aggiornato l'applicativo per Android, fermo da molto tempo.

Ieri è cominciata la distribuzione di un pacchetto consistente di wu per i dispositivi mobile/tablet/ecc.

Gli amministratori hanno risolto i problemi relativi al server. La settimana prossima provvederanno a spostare il progetto su un nuovo server più potente e, con l'occasione, aggiorneranno il server Boinc.

A seguito di questi aggiornamenti rilasceranno nuovo lavoro.

Valutazione attuale: 5 / 5

Gli amministratori del progetto CSG hanno iniziato il nuovo anno con molte novità:

1) Un nuovo applicativo e molto lavoro sul sotto-progetto DNA

2) Nuovo applicativo di test e nuovo applicativo per Android del sotto-progetto Subset_Sum

3) Nuova interfaccia, validatore e badges per il sotto-progetto Climate Tweets

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Gli amministratori di Denis@Home hanno messo in modalità di test il nuovo applicativo del loro progetto.

Gli amministratori, negli ultimi giorni, hanno pubblicato il nuovo applicativo per gpu OpenCl (8.05) e anche il nuovo applicativo per Android (8.01).

Se tutto andrà bene, gli applicativi verranno passati in produzione a breve.

Valutazione attuale: 5 / 5

Gli amministratori del progetto hanno rilasciato la versione 8 dell'applicativo, in grado di analizzare dati provenienti dalle più diverse fonti (e non solo da Arecibo), inclusi quelli dal telescopio di Green Bank e dalla futura iniziativa Breakthrough Listen. L'applicativo, per ora, è solo per cpu, ma stanno sviluppando sia la versione per gpu che per Android, che saranno rilasciati appena possibile. Questo applicativo, dato il tipo di analisi effettuate, non è compatibili con la vecchia versione 7, motivo per cui chi utilizza un client personalizzato dovrà provvedere all'aggiornamento.

Il lavoro sarà rilasciato in maniera graduale, così da non sovraccaricare i server.

Valutazione attuale: 5 / 5

Gli amministratori del progetto hanno annunciato l'avvio di una nuova fase, riguardante la ricerca sulla Vitis Vinifera.

Le dimensioni del primo download saranno di circa 100 mb

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Grandi migliorie nella predizione delle strutture proteiche da parte del gruppo BakerLab

Le proteine che esistono in natura sono macchine microscopiche che dirigono in maniera fondamentale tutte le funzioni critiche degli esseri viventi.
Mentre da oltre 40 è noto che la sequenza di amminoacidi determina completamente la conformazione della proteina, è stato molto difficile predire dalla sequenza amminoacida la conformazione tridimensionale della proteina stessa, e viceversa, vedere come nuove sequenze amminoacide ripieghino in strutture inedite.
Durante gli ultimi mesi, gli scienziati dell’Istituto per il Protein Design dell’Università di Washington e il centro per la ricerca sul cancro Fred Hutchinson, insieme con colleghi di altri istituti, hanno riportato progressi in due aree da molto tempo problematiche, relative alla costruzione di nuove proteine da zero.
“E’ stato un anno di svolta per la previsione e il design delle strutture proteiche” ha affermato David Baker, ricercatore medico dell’Università di Washington, investigatore dell’, Howard Hughes Medical Institute e direttore dell’Istituto per il Protein Design.
Il problema della struttura proteica riguarda come la composizione chimica di una proteina predetermini la sua struttura molecolare, e a sua volta, la sua funzione biologica. I ricercatori dell’Università di Washington hanno sviluppato dei nuovi potenti algoritmi utilizzando i dati di co-evoluzione da sequenze di DNA per creare delle previsioni “ab-inizio” in cieco con una accuratezza senza precedenti, riguardanti strutture di grosse proteine (>200 amminoacidi di lunghezza). Questo ha aperto la porta a previsioni di strutture accurate per migliaia di nuove proteine scoperte nel mare, nel suolo e microbioti intestinali.
Altrettanto difficile è il secondo problema, riguardante la progettazione di sequenze di amminoacidi che ripieghino in proteine completamente nuove. Queste nuove scoperte dimostrano che ora è possibile effettuare sequenze di amminoacidi con una precisione sufficiente per ripiegarsi in maniera naturale e, ancor più importante, creare sequenze da zero per ripiegamenti completamente sconosciuti, superando di gran lunga quanto è previsto si verifichi in natura.

Le nuove proteine sono progettate con l’aiuto di volontari da tutto il mondo, che partecipano al progetto di calcolo distribuito Rosetta@Home. Le sequenze create sono codificate in geni sintetici, le proteine sono prodotte in laboratorio e le loro strutture determinate con la tecnica della cristallografia a raggi X. I modelli informatici, in quasi tutti i casi, corrispondono le strutture cristalline determinate sperimentalmente con una accuratezza vicina al livello atomico.
I ricercatori riportano nuovi progetti di proteine per botti, foglietti, anelli ed eliche– tutti con accuratezza quasi atomica. Questo si basa sulle precedenti relazioni di cubi e sfere proteiche, fornendo la prova che è possibile creare una nuova classe di materiali proteici.
Con questi progressi sia nella predizione della struttura che nel design molecolare, i ricercatori dell’Istituto per il Protein Design sperano di costruire un nuovo mondo di proteine con specifiche esatte per l’esecuzione di compiti irrinunciabili nei campi della medicina, dell’ambiente e dell’industria.
Esempi di obbiettivi conseguibili con i tools a livello nanometrico:
- aumentare la risposta immunitaria contro l’HIV e altri virus resistenti
- bloccare il virus dell’influenza prima che esso infetti le cellule
- trasportare farmaci alle cellule cancerogene con maggior precisione e con minori effetti secondari
- fermare gli allergeni che causano sintomi
- neutralizzare depositi, chiamati amiloidi, che danneggiano i tessuti vitali nell’Alzheimer
- assorbire i farmaci nel corpo come antidoti
- rispondere ad altre esigenze diagnostiche, terapeutiche e di energia pulita.

Proprio come l'industria manifatturiera è stata rivoluzionata con la creazione di parti intercambiabili destinate a precise specifiche, i moduli proteici progettati su misura con la giusta torsione, i ripiegamenti, e le connessioni per il loro assemblaggio modulare sono una nuova direzione audace per la biotecnologia.
I risultati che forniscono la prova di questo possibile futuro sono stati segnalati negli ultimi mesi da parte dei suddetti ricercatori dell'Istituto per il Protein Design dell’Università di Washington in collaborazione con i ricercatori del Fred Hutch, con l’Istituto Max Planck di biologia evolutiva, con il campus di ricerca Janelia, e con l'Istituto per la Scienza Molecolare in Giappone.
 
L'evoluzione offre indizi per plasmare proteine: la funzione di molte proteine tende a rimanere la stessa tra le varie specie, anche dopo che le loro sequenze di aminoacidi sono cambiate nel corso di miliardi di anni di evoluzione. L’individuazione di coppie co-evolute di aminoacidi aiuta a calcolare la loro vicinanza quando la molecola ripiega. Il dottorando Sergey Ovchinnikov ha applicato questa analisi di co-evoluzione della sequenza del DNA in un documento di E-Life pubblicato il 3 settembre 2015 dal titolo "Determinazione su larga scala di strutture proteiche precedentemente irrisolte, utilizzando le informazioni evolutiva" che illumina, per la prima volta, le strutture di 58 famiglie di proteine che contengono centinaia di migliaia di altri membri della famiglia strutturalmente affini.
“Questo risultato è stato un “grand slam” (nel baseball, il grand slam è un fuoricampo con tutte le basi occupate, quindi 4 punti, il massimo punteggio possibile in una singola azione. NDT) nella storia della predizione delle strutture proteiche”, ha detto Baker
La costruzione modulare di proteine con motivi ripetitivi: Proteine composte da moduli ripetuti, simili agli incastri dei blocchi Lego®, sono comuni nel mondo naturale. Due documenti pubblicati nel numero di Nature del 16 dicembre dal titolo "Esplorare l'universo della proteina ripetitiva attraverso la progettazione di proteine computazionale," e "Progettazione razionale delle proteine ripetute tandem alfa-elica con architetture chiuse," mostra che le proteine di ripetizione esistenti occupano solo una piccola frazione dello spazio disponibile, e che è possibile progettare proteine completamente nuove con geometrie specifiche che vanno ben oltre ciò che la natura ha raggiunto. Il lavoro è stato condotto da borsisti post-dottorato TJ Brunetta, Fabio Parmeggiani e Po-Ssu Huang nel laboratorio di David Baker presso l'Università di Washington Institute for Protein Design, Lindsey Doyle e Phil Bradley al Fred Hutchinson Cancer Research Institute di Seattle.

Disegno “barile” ripiegato: Il borsista postdottorato Po-Ssu Huang del laboratorio Baker, insieme con Birte Höcker presso l'Istituto Max Planck di biologia evolutiva (Tubinga, Germania) ha scoperto i principi di progettazione critici, ma elusivi, per una piega a forma di botte che avvalora la conformazione di molte molecole di enzimi naturali . I barili progettati che ripiegano su misura sono stati costruiti presso l'Istituto per Protein Design e riportato il 23 novembre 2015 sul giornale Nature Chemical Biology, "Progettazione de novo di un quadruplice simmetrica proteina TIM-botte con una precisione a livello atomico." Questo importante passo avanti ha aperto la porta ai bioingegneri per generare enzimi completamente nuovi che accelerano le reazioni chimiche, posizionando molecole più piccole in “scompartimenti botte” personalizzati.


Apparati Auto-assemblanti: in natura gli array proteici ordinati lungo una superficie piana si trovano nei batteri, cuore e altri muscoli. Per superare le complessità di interazione proteica, i ricercatori della UW Istituto per le proteine progettazione e il Campus Janelia di ricerca del Howard Hughes Medical Institute sono riusciti a programmare le proteine per auto-assemblarsi in nuove simmetriche, lenzuola 2-dimensionali di modelli proteine reticolo. Il dottorando Shane Gonen nel laboratorio Baker insieme al fratello Tamir Gonen a Janelia hanno descritto il loro lavoro nel numero di Science del 19 giugno 2015, "Progettazione di ordinati array bidimensionali mediati da interfacce proteina-proteina non covalenti." Questo ricerca ha applicazione diretta nella progettazione proteine autoassemblanti per nanomateriali, in particolare quelli che potrebbero servire come sensori o raccoglitori di luce efficienti.

Precisione nella modellazione: i progettisti di proteine stanno perfezionando continuamente i principi per modellare strutture proteiche ideali. L'ultima pubblicazione negli Atti della National Academy of Sciences del 6 ottobre 2015, "Controllo sulla forma complessiva e le dimensioni in proteine progettate“de novo” ", spiega ulteriormente i metodi per la variazione sistematica dell’architettura proteica, ispirata alla natura. Tale finezza è necessaria per ottimizzare le proteine progettate per assumere forme esatte a svolgere funzioni specifiche. Questo lavoro è stato condotto dallo studente laureato Yu-Ru Lin (del laboratorio Baker) in collaborazione con Nobuyasu Koga presso l'Istituto per la Scienza Molecolare in Giappone.

Enti finanziatori:
L'Istituto di Protein Design è stato finanziato da diverse agenzie federali, tra cui National Institutes of Health, US Department of Energy, National Science Foundation, US Defense Threat Reduction Agency, e US Air Force Ufficio di Ricerca Scientifica, la Fondazione di Washington Research, la Life Science Discovery Fund, nonché attraverso il sostegno privato.
L'istituto dipende anche da una squadra di citizen science di tutto il mondo che dedicano il proprio tempo personale e il computer per ripiegamento delle proteine studi di previsione attraverso Rosetta@home e il gioco multi-player on-line del ripiegamento proteico Foldit.

Approfondimenti video:

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Il team di Boinc, a causa del lento sviluppo dell'app Android, sta cercando sviluppatori esperti della piattaforma mobile per accellerarne lo sviluppo e per risolvere gli attuali problemi.

Chi fosse interessato può scrivere sul forum ufficiale, contattare D. Anderson o registrarsi su GitHub per cominciare la collaborazione.

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Carissimi scaccolatori e scaccolatrici che partecipano alla vita di questa community,

Come ogni anno ci siamo impegnati a fondo nell'accompagnarvi in una esperienza nel Calcolo Distribuito sempre maggiore, tra iniziative, incontri, promozione di eventi e tanta partecipazione.

Questo anno siamo anche freschi di cambio server e sito, per cui possiamo dire di aver fatto un notevole passo avanti nel rendere questo un luogo di aggregazione, al passo coi tempi.

Ora, come ogni anno e senza una data prestabilita, ci troviamo in difficoltà a reperire fondi per portare avanti questa community, a cui tanto abbiamo dato e che intendiamo rendere sempre migliore, un passo alla volta.

Ricordo che esiste un link per le donazioni al sito, dove potersi rendere conto della situazione attuale :

http://www.boincitaly.org/donazioni.html

Il nostro impegno non ha prezzo, perchè è per tutti noi un piacere.

Andremo avanti però se ci saranno i contributi per farlo, ed in questo crediamo.

E crediamo che rendere disponibile una mole di conoscienza come questa nel campo della ricerca scientifica

sia la strada per rendere questo mondo migliore.

Grazie, gli Amministratori.

Gli amministratori del progetto hanno fatto un completo restyling grafico del sito e chiedono ai volontari di dare il proprio parere e di segnalare eventuali bug.

Gli amministratori del progetto si scusano della lunga pausa e ringraziano per la paziente attesa.
Hanno accodato del nuovo lavoro di test e assicurano che saranno più presenti sul sito.

Gli amministratori del progetto Denis hanno annunciato lo stop della coda del lavoro per questo fine settimana, per preparare il rilascio del nuovo applicativo, che conterrà tutta una serie di novità dal punto di vista della ricerca scientifica.

Anche il sito avrà una nuova sezione in cui sarà spiegato in maniera più approfondita lo stato della ricerca e le sue finalità.

Gli amministratori del progetto hanno presentato la nuova fase 2 del progetto che partirà a breve.

Nuovi tools, nuovi collaboratori e nuove tecniche di cura saranno a disposizione del team.

Maggiori info qui

Gli amministratori di Boinc hanno rilasciato una nuova versione del server pronta per essere installata ed usata sulla piattaforma Amazon Elastic Cloud, per quei centri di ricerca che non vogliono (o non possono) gestire internamente l'infrastruttura IT.

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Creare un Server BOINC

Molto tempo fa, con Simone Conti, si rilevava il problema che i ricercatori (o anche semplici appassionati curiosi) potevano essere interessati ad utilizzare la piattaforma Boinc per i loro scopi, ma che si arenavano praticamente subito di fronte alla creazione e alla configurazione di un server Boinc (mica tutti hanno un Valterc nel loro team), vuoi per la mancanza di tempo per studiarsi la documentazione vuoi per altre problematiche. In realtà questa paura è assolutamente infondata: la creazione di un server Boinc è una operazione alla portata di chiunque abbia un minimo di infarinatura di linux e di linea di comando, non essendoci niente di esotico. Avevamo quindi deciso di creare una piccola guida all'uopo, raccogliendo il materiale sparso in giro per la rete, traducendolo e rendendolo coerente. Poi, cose della vita, ce ne siamo dimenticati fino a che, qualche settimana fa, il file mi è tornato sotto mano e ho deciso di completarlo.

Ovviamente il tutto è alla prima versione pubblica, quindi ci sarà sicuramente da sistemare molto, ma almeno è un inizio.

Ecco la guida completa

Ho creato una guida più snella e veloce, rimuovendo molte considerazioni e tutte le immagini dalla guida completa

Ecco la guida ridotta

Ho creato, inoltre, una guida ultra-ridotta per chi già conosce gli ambienti di virtualizzazione e linux e quindi può cominciare subito a lavorare sul server

Ecco la guida essenziale

Cari scaccolatori, abbiamo pensato di aprire la sezione "Source Code" del sito (la potete trovare sotto Progetti/Sorgenti Progetti), dove potrete vedere i sorgenti dei progetti Boinc che sono pubblicati in maniera Open. Questo vorrebbe essere uno stimolo per chi, come lavoro o passione, è uno sviluppatore ad aiutare gli admin ad avere un miglior codice (es. Denis).

Se vi sembra manchi qualche progetto dalla lista, siete pregati di farlo presente.

Gli amministratori di Universe@Home hanno pubblicato, alcuni giorni fa, l'applicativo per device android.

Per poter ottenere queste wus è necessario, nel proprio profilo utente, selezionare la casella "Universe X-Ray Source for Android"

Dekim sta completando l'aggiornamento del codice mettendolo "a filo" con quello di RosettaCommons ed introducendo tutta una serie di migliorie/nuovi protocolli/etc.
Questo ha comportato, negli ultimi 2 mesi un pò di confusione, come da lui ammesso, sulla nomenclatura delle versioni (per dire, ieri su Ralph è uscita la 3.65 della Rosetta Mini Beta per Windows, quando è già fuori la Rosetta Mini della stessa versione in produzione su Rosetta e la versione 3.67 per Linux). Entro fine settimana dovrebbe concludere il lavoro, inserendo anche un nuovissimo protocollo per "cyclic peptide modeling", e rilasciando questo applicativo su Ralph per testarlo.
Nel frattempo sta anche lavorando per ridurre l'utilizzo di banda internet dell'applicativo, usando un nuovo formato per i file frammentati (attualmente lo stiamo usando sulle wu rb_xxx). A poco a poco questo formato passerà su tutti gli applicativi.

Il giorno 21 c.m. al partire dalle ore 12, il server sarà offline per gli aggiornamenti necessari ad ospitare il nuovo applicativo.

Gli amministratori stimano di impiegarci alcune ore. Dopodichè sarà disponibile la nuova app multicore che utilizza virtualbox.

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La settimana scorsa, dopo molto tempo, gli amministratori di Boinc hanno aggiornato la macchina virtuale server già pronta per l'uso.

La iso è scaricabile qui

Gli amministratori del progetto FightAIDS annunciano da oggi l'inizio della fase 2 del progetto, con un nuovo software di simulazione che permetterà di testare le proteine in maniera ancora più precisa.

Qui maggiori informazioni.

Il 30 Settembre la Casa Bianca ha organizzato un forum chat riguardante la citizen science/open science. E' possibile lasciare la propria testimonianza al riguardo qui.

I nuovi amministratori del progetto hanno ripreso le attività sul sito, con alcune novità:

1) Il client gira sotto VirtualBox

2) Supporta il multi-thread

3) Il codice è pubblico su github

Gli amministratori di Denis@Home hanno aperto gli account ufficiali del progetto su FB e su Twitter

FB: https://www.facebook.com/DENISproject/

Twitter: https://twitter.com/DENISproject_en

Gli amministratori hanno rilasciato il nuovo client ufficiale, la versione 7.6.6.

Qui le note di rilascio, mentre qui il download.

Gli amministratori di Seti sono entusiasti della nuova piega che sta prendendo il progetto, grazie al sostegno economico e scientifico (con la partecipazione di Stephen Hawking ed altri), che saranno dati al progetto grazie al magnate russo Yuri Milner.

Qui i dettagli

L'admin del progetto annuncia che il trasloco del server da Stanford al Caltech sembra essere andato liscio. E ringrazia tutti i soggetti coinvolti allo Stanford Earth Sciences e al Caltech GPS per aver reso questa transizione senza intoppi. Ci potrebbero essere degli intoppi da risolvere nei prossimi giorni; ma il progetto sembra essere di nuovo attivo e funzionante. Gli utenti non devono fare nulla sul loro account BOINC - poichè l'indirizzo/URL del QCN è stato forwardato automaticamente da Stanford a Caltech.

L'admin del progetto comunica che i server QCN attualmente in funzione alla Stanford saranno imballati Lunedi prossimo (13 luglio) e spediti nottetempo al CalTech. Si spera che i server e il progetto siano online entro la fine della prossima settimana al CalTech. Stanno facendo il forward del DNS "qcn.stanford.edu" da Stanford al CalTech il nuovo dominio probabilmente sarà qcn.caltech.edu. Ulteriori informazioni saranno inviate una volta che le cose saranno tornate in funzione - ma è più probabile che il progetto sarà giù la settimana del 13 luglio. Gli utenti non dovranno fare nulla - BOINC si ricollegherà automaticamente una volta che rileverà i server.

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Gli amministratori del progetto sono lieti di annunciare il rilascio della versione stabile dell'applicativo di Folding@Home per i dispositivi Android (dalla versione 4.4 in su).

Il team di Computing for Clean Water è orgoglioso di annunciare una pubblicazione scientifica su Nature Nanotecnology ottenuta grazie al contributo dei volontari di WCG

La pubblicazione è qui

Gianni de Fabritiis, amministratore di GpuGrid, cerca con una certa urgenza un ricercatore per un PHD presso il progetto gpugrid.

I parametri richiesti per inviare il cv sono contenuti in questa pagina

Gli amministratori del progetto hanno riaperto il sito di test (http://int-boinctest.int.kit.edu/poem/) per il nuovo applicativo che sarà disponibile anche per le gpu Intel.
Le regole sono rimaste le stesse: 1) Scaricate poche wus, 2) Le wu non verranno usate per scopi scientifici, 3) I punteggi andranno persi.

Gli amministratori hanno pubblicato una nuova versione dell'applicativo, la 3.59. Questa versione include la sincronizzazione con una versione più recente del sorgente Rosetta. Sono inclusi, inoltre, nuovi protocolli (come la nuova modellazione dei peptidi ciclici), l'aggiornamento di alcuni altri, ecc.

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BILD

 Ottieni BILD / Get BILD

Immagine	Descrzione	Download   Download-Testing
RAW (.img)	Immagine RAW da scrivere su un supporto esterno USB o un disco interno. L'eventuale ridimensionamento del dispositivo va eseguito successivamente
VirtualBox (.vdi)	Immagine disco VirtualBox
FSArchiver (.fsa)	Immagine RAW da scrivere su un supporto esterno USB o interno. Le partizioni vanno preparate in un primo momento e non necessita di ridimensionamento manuale.

Ringraziamenti & Supporto

Sabayon.org

Gentoo.org

Forum di Gentoo

BILD (Boinc.Italy.Linux.Distro) è una distribuzione GNU-Linux basata su Gentoo Linux con il software BOINC installato e pronto all'uso.

Utilizza Xfce come desktop di default ed ha il  Portfoglio Gridcoin installato.

Sono disponibili tre tipi di immagine :

• Immagine RAW , installabile ed avviabile in modlaità EFI / UEFI.
• Immagine VDI per VirtualBox .
• Una imamgine FSA (FSArchiver) avviabile in modalità UEFI/EFI.

Sistema di aggiornamento differenziale

Uno script gestisce l'aggiornamento differenziale di versione se questo è disponibile nel server di Boinc.Italy.

Nessuna compilazione è richiesta da parte dell'utente. Nessuna reinstallazione è necessaria per avere il sistema aggiornato.

Tutti i dati possono essere salvati sul dispositivo. Il sistema può essere utilizzato normalmente anche se con funzionalità di gestione limitate.

L'utente dedicato all'esecuzione di BOINC (utente : bilduser ** password : bilduser).

Immagini

Ambiente Desktop ed Extras

Features Utente

BOINC CLient

Supporto OpenCL

OpenCL Drivers su schede video AMD

Supporto e riconoscimento grafico

Software per masterizzazione/scrittura ISO/IMG compatibile

Scrivere l'immagine RAW su un supporto USB/HDD e ridimensionamento del dispositivo

Tool utilizzati

• Rosa Image Writer per la scrittura
• Etcher-Electron
• dcfldd (linea di comando) per la scrittura
• Gparted per il ridimensionamento tramite GUI
• Parted per il ridimensionamento tramite CLI
• Sgdisk per il ridimensionamento tramite CLI
• FSArchiver (Utenti GNU-Linux)per la scrittura su qualsiasi supporto tramite CLI (Per l'installazione di FSArchiver fare riferimento al gestore pacchetti della propria distribuzione)

L'immagine RAW ha una dimensione finale di circa 15GB ; utilizzare un dispositivo USB/HDD di almeno 16GB o superiore e procedere alla scrittura.

Il risultato che si otterrà sarà un disco avviabile in modalità UEFI con partizionamento GPT, con tre partizioni

1. Partizione di 2MB grub core per il boot legacy
2. Partizione /boot in FAT32 ESP (minimo 128 MB )
3. Partizione /  in EXT4
4. Eventuale spazio libero rimanente la cui dimensione varierà a seconda della capacità del dispositivo.

Attenzione : Windows non riconosce correttamente le partizioni Unix.

Scrittura Immagine con Rosa Image Writer

Scarica Rosa Image Writer

• Windows64
  
• Linux64
• Mac OS X

• Windows (Etcher Setup)
• Linux64
• Mac OS

Scrittura immagine con DD/DCFLDD

Il comando dd è incluso nel pacchetto Util-Linux , disponibile nei repository delle distribuzioni in uso,

Il comdando dcfldd è disponibile nei repository della distribuziobe ib uso.

Scrittura immagine con XzCat

Il comdando xzcat è incluso nel pacchetto xz-utils disponibile nei repository della distribuzione in uso,

 Attendere la fine della scrittura dello stream .

• Scrivere l'immagine con FSArchiver

FSArchiver è un tool di backup della partizioni , disponibile per la maggior parte delle distribuzioni all'interno dei repository. Per la corretta installazione è raccomandato l'utilizzo della versione 0.8.4 o superiore e con il supporto all'algoritmo di compressione  ZSTD.

FSArchiver è incluso anche nella distribuzione Live di SystemRescueCD .

Il supporto che ospiterà il l'immagine di BILD dovrà essere preparato con le seguenti caratteristiche :

• Dovrà avere una tabella delle partizioni di tipo GPT.
• Dovrà contenere due partizioni :Partizione 1 di 10 MB ** Partizione 2 di almeno 16 Gbytes (o superiore)

IMPORTANTE : L'utilizzo scorretto dei comandi indicati di seguito può portare alla perdita di dati. Assicurarsi di individuare il dispositivo di destinazione corretto.

Procedere al partizionamento con il tool preferito (Gparted,PartitionManager,cfdisk,fdisk...) individuando il dispositivo corretto che andrà ad ospitare l'immagine.

Nell' esempio seguente si procederà alla scrittura di BILD su un dispositivo USB indicato come /dev/sdc (/dev/sdc1 e /dev/sdc2 sono le partizioni interessate) con tabella partizione di tipo GPT.

Una volta completata l'operazione , il dispositivo potrà essere utilizzato come un normale disco. Tutti i dati resteranno salvati all'interno del dispositivo.

Per l'utilizzo di FSArchiver consulatre il manuale in linea o l' help del comando o la documentazione ufficiale.

• Estrarre le informazioni dell'archivio FSA

# fsarchiver archinfo 20181010-BILD_x64_Xfce.fsa

====================== archive information ======================
Archive type:                   filesystems
Filesystems count:              2
Archive id:                     5bbae3e6
Archive file format:            FsArCh_002
Archive created with:           0.8.5
Archive creation date:          2018-10-10_21-36-00
Archive label:                  <none>
Minimum fsarchiver version:     0.6.4.0
Compression level:              22 (zstd level 22)
Encryption algorithm:           none

===================== filesystem information ====================
Filesystem id in archive:       0
Filesystem format:              vfat
Filesystem label:               NO NAME    
Filesystem uuid:                <none>
Original device:                /dev/loop0p1
Original filesystem size:       49.88 MB (52307968 bytes)
Space used in filesystem:       124.00 KB (126976 bytes)

===================== filesystem information ====================
Filesystem id in archive:       1
Filesystem format:              ext4
Filesystem label:
Filesystem uuid:                52938c32-5f4b-4f73-b62f-d3c813cb6e56
Original device:                /dev/loop0p2
Original filesystem size:       14.65 GB (15733248000 bytes)
Space used in filesystem:       8.66 GB (9302638592 bytes)

• Procedere alla scrittura immagine

  # fsarchiver restfs 20181010-BILD_x64_Xfce.fsa id=0,dest=/dev/sdc1 id=1,dest=/dev/sdc2 -v
  ============= extracting filesystem 0 =============
  executing [mkfs.vfat --help]...
  command [mkfs.vfat --help] returned 0
  executing [mkfs.vfat  -F 16  -n 'NO NAME    '  -i 'D2EAD8DA'  /dev/sdc1]...
  command [mkfs.vfat  -F 16  -n 'NO NAME    '  -i 'D2EAD8DA'  /dev/sdc1] returned 0
  Mount information: []
  -[00][  0%][DIR     ] /
  -[00][  0%][DIR     ] /EFI
  -[00][  0%][DIR     ] /EFI/BOOT
  -[00][  0%][REGFILEM] /EFI/BOOT/BOOTX64.EFI
  Statistics for filesystem 0
  * files successfully processed:....regfiles=1, directories=3, symlinks=0, hardlinks=0, specials=0
  * files with errors:...............regfiles=0, directories=0, symlinks=0, hardlinks=0, specials=0
  ============= extracting filesystem 1 =============
  executing [mke2fs -V]...
  command [mke2fs -V] returned 0
  executing [mke2fs -V]...
  command [mke2fs -V] returned 0
  executing [mke2fs /dev/sdc2  -q  -F    -b 4096  -U 52938c32-5f4b-4f73-b62f-d3c813cb6e56  -I 256  -r 1  -O has_journal,ext_attr,resize_inode,dir_index,^sparse_super2,filetype,extent,^journal_dev,flex_bg,^meta_bg,^mmp,64bit,^inline_data,large_file,huge_file,sparse_super,uninit_bg,dir_nlink,extra_isize,^bigalloc,^metadata_csum,^project ]...
  command [mke2fs /dev/sdc2  -q  -F    -b 4096  -U 52938c32-5f4b-4f73-b62f-d3c813cb6e56  -I 256  -r 1  -O has_journal,ext_attr,resize_inode,dir_index,^sparse_super2,filetype,extent,^journal_dev,flex_bg,^meta_bg,^mmp,64bit,^inline_data,large_file,huge_file,sparse_super,uninit_bg,dir_nlink,extra_isize,^bigalloc,^metadata_csum,^project ] returned 0
  executing [tune2fs /dev/sdc2  -o user_xattr,acl  -c 0  -i 0d ]...
  command [tune2fs /dev/sdc2  -o user_xattr,acl  -c 0  -i 0d ] returned 0
  Mount information: []
  -[01][  0%][DIR     ] /
  -[01][  0%][DIR     ] /dev
  -[01][  0%][DIR     ] /lib64
  -[01][  0%][REGFILE ] /lib64/libncursest.so.6.0
  -[01][  0%][DIR     ] /lib64/rcscripts
  -[01][  0%][DIR     ] /lib64/rcscripts/net
  -[01][  0%][REGFILE ] /lib64/libmount.so.1.1.0
  -[01][  0%][SYMLINK ] /lib64/libpam_misc.so
  -[01][  0%][SYMLINK ] /lib64/libcidn.so.1
  -[01][  0%][SYMLINK ] /lib64/libtinfow.so.6
  -[01][  0%][SYMLINK ] /lib64/libpcre.so.1
  -[01][  0%][SYMLINK ] /lib64/libtinfo.so.6
  [...]
  -[01][ 99%][REGFILEM] /sbin/ebtables
  -[01][ 99%][REGFILEM] /sbin/consoletype
  -[01][ 99%][REGFILEM] /sbin/routel
  -[01][100%][REGFILEM] /sbin/lvmconf
  Statistics for filesystem 1
  * files successfully processed:....regfiles=300035, directories=18215, symlinks=38032, hardlinks=375, specials=4
  * files with errors:...............regfiles=0, directories=0, symlinks=0, hardlinks=0, specials=0

Nota : Potrebbe capitare che il comando termini regolarmente ma il dispositivo stia ancora scrivendo i dati . Assicurarsi che il dispositivo termini la procedura di scrittura prima di rimuoverlo o di avviarlo.

Questo è dovuto spesso al fatto che tra la cache e la velocità di scrittura  del dispositivo non sempre sia sincronizzata (Esempio dispositivi USB 1.0 , 2.0 e 3.0 hanno performance differenti di scrittura/lettura)

Il dispositivo è pronto per essere avviato in modalità UEFI/EFI .

--- Work in Progress --- In aggiornamento

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Gli amministratori hanno rilasciato ieri una nuova versione dell'applicativo (la 1.04) che va a correggere una serie di problemi con i checkpoint e con il validatore delle wu.

Gli amministratori del progetto hanno lanciato un nuovo sottoprogetto per la piattaforma Citizen Science Grid: "Classifyng Climate Tweets" in cui i volontari aiuteranno i ricercatori a classificare i tweets riguardanti il cambiamento climatico. Questo progetto vuole inoltre essere da stimolo per gli studi degli algoritmi riguardanti la "sentiment analysis".

Dal momento che potrebbero essere raccolti, in maniera automatica e non filtrata, tweet contenenti controversie o insulti o altro non inerenti al progetto, il progetto è destinato ai maggiori di anni 18.

Con l'occasione della migrazione dei server, gli amministratori del progetto Citizen Science Grid hanno rilasciato l'applicativo android per il sottoprogetto SubsetSum.

Gli amministratori hanno cominciato la migrazione del server su nuovo hw. Nel contempo hanno stanno anche migrando il dominio da "volunteer.cs.und.edu" a "csgrid.org".

Il sito dovrebbe tornare raggiungibile il 25 c.m.

Gli amministratori hanno rilasciato una nuova versione dell'applicativo (la 1.02). Le wu saranno più lunghe e per questo motivo è stato introdotto un sistema di checkpoint.

Inoltre è finalmente presente l'applicativo per Osx.