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Da un po' di tempo il progetto Rosetta@Home sembra aver decisamente puntato sull’applicativo VirtualBox (Phyton), lasciando spesso vuote le code per gli applicativi standard. In molti ci hanno chiesto come scaricare ed elaborare queste wus. I passaggi non sono molti, ma devono essere seguiti tutti, pena non avere lavoro per i propri pc.

Nota importante: l’applicativo VirtualBox consuma molta ram e compie molte scritture su disco, quindi necessita di macchine sufficientemente performanti (aiutare la scienza richiede qualche sacrificio :-P ).

• Verificare che il proprio processore supporti la virtualizzazione e, soprattutto, l’abbia abilitata (attraverso il bios). La via più veloce (in Windows 8/10/11) è quella di aprire “Gestione Attività” e controllare, nel pannello CPU, se la virtualizzazione è presente.

In Windows 7 o precedenti consigliamo l’uso di tools gratuiti come, per esempio, SecurAble (https://securable.en.softonic.com/).

In Linux è presente il comodo comando lscpu che indica la presenza o meno di virtualizzazione nella cpu

In ambiente Mac è necessario lanciare, da terminale, il comando sysctl -a | grep machdep.cpu.features e controllare che nella lista sia presente la voce VMX

• Una volta verificato che la cpu supporti la virtualizzazione, installare VirtualBox (se non è stato già installato con Boinc).
• A questo punto è necessario, nel sito di Rosetta, abilitare il proprio pc per l’elaborazione: entrando con il proprio profilo utente, selezionare il pc su cui si interessa far girare le simulazioni e cliccare “Dettagli”.

Qui, in fondo alla pagina, selezionare “Allow” alla voce “Virtual Box VM Jobs”.

Aggiornare il progetto e si riceveranno le nuove wus.

In questa guida vedremo come creare dei client multipli su una distribuzione GNU/Linux tramite l’utilizzo dei container Docker. E come gestirli tramite Portainer.

Perché mi servono altri client Boinc?
Alcuni progetti hanno dei limiti di wu (work unit) scaricabili. Questi limiti possono impedire la creazione dei cosiddetti “bunker”.
Altro limite nella creazione di un “bunker” è il dover negare la connessione internet al client. Se si finiscono le wu prima del previsto, non potremo più scaricarne altre. Poiché una volta sbloccata la connessione, oltre che scaricarne di nuove…caricherà quelle che avevamo precedentemente elaborato. Vanificando il nostro “bunker”.
Un altro modo per utilizzare più client Boinc è quello di separare progetti cpu da quelli gpu. In modo da avere un controllo maggiore.
Utilizzando dei container si possono gestire molti altri aspetti come:
• quantità di core/thread da dedicare
• quantità di ram da dedicare
• possibilità di rendere disponibile la gpu (in caso di sistemi con più gpu, si può decidere quale)
• gestione da remoto normale, tramite il manager o BoincTask
• possibilità di crearli quando si vuole, anche con altri client attivi
• creazione quasi del tutto "automatizzata" grazie a docker-compose

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Guida a Boinc su WSL

Su stimolo di un nostro volontario abbiamo provato a far funzionare il client boinc in una macchina virtuale linux (ci sono progetti che hanno solo il client linux oppure usano il wrapper per Windows) senza utilizzare il "classico" VirtualBox.
La possibilità offerta da Microsoft è quella di usare WSL (Windows Subsystem for Linux), integrato fin da Windows 10, con prestazioni decisamente migliori rispetto a VirtualBox.

Questa la guida

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Guida all'uso di Raspberry PI4

Questa è una breve guida su come configurare il proprio Raspberry per aiutare il progetto Rosetta@Home. La guida si compone di due parti: la prima riguarda la configurazione manuale del proprio dispositivo, mentre la seconda prevede l'uso di un sistema di configurazione automatica (più semplice e veloce) chiamata Fold For Covid.

Rosetta@Home sul Raspberry PI4 - Configurazione manuale

Con la nuova versione degli applicativi è possibile far funzionare il progetto Rosetta@home sul Raspberry Pi4: questo applicativo, chiamato "Rosetta for Portable devices" gira sotto Raspbian, ma è solamente per l’architettura ARM64.

Link a Rosetta@home: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/

Link a Raspberry Pi4: https://www.raspberrypi.org/products/raspberry-pi-4-model-b/

Link a Raspbian: https://www.raspberrypi.org/downloads/raspbian/

Ci sono però alcuni punti da tener ben presente:

• Bisogna impostare il kernel in modalità a 64 bit.

• Bisogna indicare a BOINC che è una piattaforma aarch64 (ARM64).

• Alcune attività di Rosetta possono utilizzare fino a 1,5 GB di memoria ciascuna, quindi è necessario limitare quante vengono eseguite contemporaneamente.

La maggior parte dei progetti BOINC non ha (per ora) applicativi aarch64, in maniera particolare Einstein@Home che ha una app incompatibile e che fa andare in errore tutte le wu. Si può sempre tornare alla modalità armhf (32 bit) dopo, facendo in maniera inversa questi passi.

- Si, teoricamente potete farlo anche con un Pi3B o un Pi3B+, ma questi hanno solo 1Gb di memoria, quindi è difficilmente utilizzabile. -

Perché sono necessari tutti questi passaggi?
Come abbiamo appena detto, quando si installa Raspbian sul Pi tutto è a 32 bit, i programmi e gli add-on ed è conosciuto come armhf (ARM hard float). La Raspberry Pi Foundation ha fatto modifiche al kernel per permettere la modalità a 64 bit, ma gli applicativi sono ancora a 32 bit. Quando viene installato Boinc, si ha la versione armhf dal momento che la Fondazione non ha ancora i repository aarch64. E’ per questo motivo che è necessario dire a Boinc che è su una versione aarch64, così che chieda correttamente al server del progetto wu a 64 bit.

1. Installare BOINC
Se è già installato, passate oltre. Se non è installato, per prima cosa è consigliabile aggiornare il Raspberry con i seguenti comandi:

sudo apt-get update

sudo apt-get upgrade

Riavviate e lanciate il comando per installare Boinc (con l'interfaccia grafica del manager):

sudo apt-get install boinc

Avviate Boinc e agganciate il progetto Rosetta@Home, ma selezionate “Blocca richiesta attività” dal Manager (non devono essere presenti wu, altrimenti andranno in errore).

2. Impostare il kernel nella modalità a 64 bit
Di default il kernel di Raspberry è configurato a 32 bit per motivi di compatibilità con i software dei precedenti Pi. E’ necessario avere un kernel 4.19.75 o successivo. Per capire che versione del kernel è presente sul vostro Raspberry, si può lanciare dal terminal o via ssh il seguente comando:
uname -a

(Se è presente un kernel precedente e non avete già aggiornato, lanciate i due comandi al punto 1).

Fate uno copia del file di configurazione. Scrivete:
cd /boot
sudo cp config.txt config.old

Editare, adesso, il file config.txt con l’editor Nano.
sudo nano config.txt

Una volta aperto Nano, andare nella parte finale e aggiungere "arm_64bit=1" (senza le virgolette) in una nuova linea. Premere Control+O per salvare il file e Control+X per uscire da Nano.

Riavviare

3. Dire a BOINC che è su una piattaforma aarch64
Tornare nel terminal o nella sessione ssh e rilanciare il comando:
uname -a

Si dovrebbe vedere la scritta "aarch64" alla fine della linea (se non c’è bisogna risolvere ricontrollando il passaggio 2). Se, invece, è correttamente presente, occorre editare il file cc_config.xml, utilizzato da BOINC, in questa maniera:
cd /etc/boinc-client
sudo nano cc_config.xml

Una volta all’interno del file, occorre aggiungere il tag <alt_platform> e deve essere inserito tra i tag <options>  (da creare). Se non è presente il tag <options> occorre crearlo così:
<options>
  <alt_platform>aarch64-unknown-linux-gnu</alt_platform>
</options>

Se, invece, è già presente aggiungere soltanto, all’interno, la riga:
<alt_platform>aarch64-unknown-linux-gnu</alt_platform>

Cliccare Control+O per salvare il file e Control+X per uscire. Occorre riavviare il client Boinc (non solo il manager) per applicare le modifiche – oppure riavviate il Raspberry - , con il seguente comando:
sudo systemctl restart boinc-client

Riattivare la ricezione del lavoro sul Manager.

Rosetta@Home sul Raspberry PI4 - Usare Fold for COVID

Se la procedura qui sopra vi sembra troppo complessa, non ci sono problemi.

L'azienda Balena.io (che si occupa di cloud e IoT) ha creato una immagine linux per Raspberry già pronta per Rosetta@Home e che è possibile controllare comodamente da remoto via web. Grazie al loro servizio, infatti, è possibile installare e controllare gratuitamente fino a 10 device.

Il progetto si chiama Fold for Covid e mette a disposizione immagini non solo per il PI4, ma anche per altre piattaforme IoT (NanoPc, Nvidia Jetson, Nitrogen 8M, ecc).

Buono scaccolo!!!