BOINC.Italy
La community italiana dedicata al calcolo distribuito
Il progetto distribuito iThena riguarda la mappatura sperimentale delle strutture di rete incluse in Internet. Attualmente, l'applicazione disponibile nel progetto (iThena CNode) esegue una sequenza di procedure traceroute dai computer client. I dati risultanti vengono rinviati al server e inviati al database principale, dove possono essere ulteriormente analizzati.
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Il teorema dimostrato da Bartel Leendert van der Waerden nel 1927 riguarda la presenza di progressioni aritmetiche contenute in insiemi di interi. Dati due interi r e k, può essere espresso in varie forme equivalenti:
Nel caso dell’ultima formulazione il teorema dice che se suddividiamo gli interi da 1 a W(r, k) in r insiemi (non necessariamente disgiunti), almeno un insieme contiene una progressione aritmetica di lunghezza k. I numeri W(r, k) sono noti come “numeri di van der Waerden”. Sebbene Saharon Shelah abbia mostrato che sono computabili tramite una funzione primitiva ricorsiva, non si conosce una formula generale per calcolarli e i loro valori sono noti in pochissimi casi.
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Nel nostro progetto stiamo cercando i ligandi: piccole molecole che possono legarsi con successo con bersagli proteici e modulare uno specifico processo che è cruciale per la biochimica dei virus. Il ligando ideale, basato sul docking molecolare, dovrebbe essere complementare per forma e proprietà al sito di legame della biomolecola bersaglio. Tuttavia, la complementarità di piccole molecole è solo uno dei prerequisiti per l'uso di una molecola come farmaco. Insieme abbiamo sviluppato un software, che può essere facilmente installato sul vostro computer per aiutarci a trovare una cura contro il nemico invisibile di oggi
La ricerca della molecola giusta è come cercare un piccolo ago in un enorme pagliaio: è un problema la cui risoluzione è molto difficile a causa del numero di possibili strutture molecolari. La quantità di tutte le possibili strutture molecolari è anche chiamata “universo chimico”; la dimensione di questo spazio astratto può essere stimata da 10 elevato alla 80. Ci sono molte galassie in questo universo, e una di loro è una galassia con le molecole (potenzialmente) farmacologicamente attive. Il metodo di ricerca si chiama screening virtuale. In generale, più grande è la parte studiata dell'universo chimico, più alta è la probabilità di trovare una cura potenziale contro il coronavirus.
Informazioni generali
Il "COVID.SI" – è un progetto che consente al pubblico di partecipare alla lotta contro il coronavirus condividendo le proprie conoscenze e le risorse del computer. Il progetto mira a studiare librerie di composti molecolari e aiutare a trovare una cura per il coronavirus utilizzando screening virtuali ad alta velocità.
Il protocollo di screening virtuale basato sulla struttura, è come cercare una chiave che sblocca un lucchetto in una piscina olimpionica piena di chiavi di tutte le forme e dimensioni, senza alcuna garanzia che la chiave giusta sia nella piscina.
Aspetto serratura e chiave
L'azione specifica di un enzima con un singolo substrato può essere spiegata utilizzando un'analogia Serratura-e-Chiave postulata per la prima volta nel 1894 da Emil Fischer. In questa analogia, la serratura è l'enzima e la chiave è il substrato. Solo la chiave di dimensioni corrette (substrato) si inserisce nel foro della chiave (sito attivo) della serratura (enzima).
Conoscere l'interazione tra un ligando e il suo ospite è fondamentale per comprendere la risposta biologica del ligando. La progettazione di farmaci prevede la progettazione di molecole complementari per forma e carica al target biomolecolare con cui interagiscono e quindi ci si legheranno.
Questo progetto non accetta attualmente nuovi account.
Assegnazione crediti: n/d
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Problemi comuni: nessuno vedi elenco
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XANSONS for COD è un progetto di ricerca volto a creare un database ad accesso aperto di modelli simulati di diffrazione di raggi X e polvere di neutroni per la fase nanocristallina dei materiali presentati nel Database aperto di cristallo (COD) .
I calcoli per questo progetto sono stati completati. Il database dei modelli simulati di diffrazione della polvere è disponibile all'indirizzo http://database.xansons4cod.com .
Questo progetto utilizza il software open source originale (licenza GPLv3) XaNSoNS (Scattering di raggi X e neutroni su strutture nanoscale) per simulare i modelli di diffrazione su CPU e GPU.
XANSONS per COD è un progetto BOINC gestito privatamente. È stato supportato dalla Fondazione russa per la ricerca di base nel 2015-2017 (progetto RFBR n. 15-07-07901-a).
La tecnica convenzionale utilizzata per recuperare le proprietà strutturali dei campioni cristallini mediante il loro modello di diffrazione della polvere è il metodo di raffinamento di Rietveld . In questo metodo, il modello teorico di diffrazione della polvere viene perfezionato fino a quando non si adatta a quello sperimentale. Il calcolo degli angoli e delle intensità delle cime di Braggpuò essere fatto quasi istantaneamente nell'approssimazione della dimensione infinita del cristallite. Per regolare la dimensione finita dei cristalliti nei campioni o la risoluzione finita del dispositivo di misurazione, questi picchi vengono ampliati artificialmente con la funzione di ampliamento (di solito gaussiana). Questo allargamento artificiale funziona benissimo fino a quando la dimensione del cristallite nel campione è inferiore a poche decine di nanometri. Per i cristalliti così piccoli, è molto difficile ottenere la giusta funzione di ampliamento che funziona bene per tutti i picchi di Bragg. Fortunatamente, per i cristalliti così piccoli, non è un problema calcolare i modelli di diffrazione della polvere usando l' equazione di Debye (con l' approssimazione dell'istogramma della distanza , come quella proposta da Marcin Wojdyr e implementata nel suo Codice Debyer ). Questo progetto ha lo scopo di calcolare i modelli di diffrazione di raggi X e polvere di neutroni per i nanocristalliti con dimensioni variabili da 6 nm a 30 nm per la maggior parte delle voci del database aperto di cristallografia . Vengono considerati i due diversi tipi di materiali: (a) nanoparticelle cristalline sferiche isolate di una determinata dimensione (diametro), (b) materiale cristallino con ordine a lungo raggio rotto su distanze maggiori di un determinato valore. Il database ottenuto può semplificare la diagnostica dei campioni nanocristallini e integrare il metodo di corrispondenza della ricerca di profilo completo nell'analisi delle dimensioni dei cristallini dei campioni nanocristallini.
Oltre a quanto sopra, il calcolo del modello di diffrazione della polvere usando l'equazione di Debye consente di tenere conto dei difetti del reticolo quali posti vacanti nel sito, sostituzioni di atomi e spostamenti. Pertanto, se il CIF (Crystallography Information File) per la struttura fornita fornisce i numeri di occupazione del sito e i parametri di spostamento atomico, l'applicazione li utilizzerà per calcolare il modello di diffrazione.
Questo progetto non accetta attualmente nuovi account.
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