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rosetta_pubblicazioni.gifNegli ultimi mesi ci sono state interessanti novità all’interno del progetto Rosetta@home. In particolare, grazie alle simulazioni svolte dai computer dei volontari, si è recentemente progettata una proteina che potrebbe bloccare il virus dell’influenza.
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Il professor David Baker, a capo del laboratorio di ricerca che sta dietro a Rosetta, tiene sempre aggiornati gli utenti che partecipano al progetto sul suo “giornale”.

Riportiamo qui di seguito gli ultimi messaggi che il professor Baker ha scritto in questa discussione.


15 Jan 2010

Abbiamo qualche buona notizia oggi. Un articolo per il quale molti di voi hanno contribuito tramite Rosetta@home, è stato appena accettato per la pubblicazione sulla rivista Science, probabilmente il giornale scientifico più letto. L’articolo mostra che, utilizzando Rosetta, si possono calcolare strutture accurate per proteine lunghe fino a 200 aminoacidi, se anche solo una piccola quantità di dati sperimentali (da esperimenti di NMR) è disponibile come guida per la ricerca. Si tratta di un avanzamento entusiasmante, perché può rendere molto più veloce e più facile la determinazione sperimentalmente delle strutture proteiche. Grazie a tutti per il vostro contributo in questo lavoro e nei nostri attuali progetti di ricerca!

20 Jan 2010
Dai vostri calcoli su Rosetta@home degli ultimi dieci giorni, Sarel (scienziato del progetto) ha raccolto molti potenziali inibitori del virus dell’influenza che sono davvero promettenti. Alcuni di questi saranno scelti per le prove sperimentali.

9 Feb 2010
Stiamo entrando in una fase molto concitata e scientificamente ricca per Rosetta@home. Stiamo progettando proteine per legare e bloccare molti target diversi, tra cui il virus dell'influenza. Allo stesso tempo ci stiamo preparando per il CASP9 , che inizierà in maggio, sperimentando  sia la nostra nuova metodologia di previsione della struttura, sia la migliorata funzione energetica che ne è alla base. La nuova metodologia è piuttosto “CPU intensive” e speriamo nel più alto numero di partecipanti possibile una volta iniziato il CASP. Tutto quello che potete donare adesso sarebbe ugualmente ben apprezzato, così ci potremo impegnare nell’ulteriore sviluppo dei metodi di previsione della struttura prima del CASP e al tempo stesso procedere il più rapidamente possibile nella progettazione di interazione proteiche. Grazie!

8 Mar 2010
Il nostro articolo sulla risoluzione di strutture di proteine fino a 200 aminoacidi, utilizzando dati sperimentali davvero limitati, è nel numero 19 della rivista Science (pag 1014). Questo non sarebbe stato possibile senza Rosetta@home. Di nuovo grazie a tutti!

9 Apr 2010
Nonostante i risultati siano ancora preliminari, sembra che Rosetta@home abbia prodotto un risultato estremamente eccitante! Come ho descritto qualche post fa, molti di voi hanno contribuito attraverso Rosetta@home alla progettazione di proteine che legano (nelle simulazioni) molto strettamente il virus dell'influenza. Ora abbiamo completato il primo giro di test delle proteine progettate e, negli esperimenti condotti finora, una di loro si lega molto strettamente al virus. I nostri dati indicano inoltre che l'associazione è in un sito fondamentale per l'invasione del virus nelle nostre cellule, e quindi la proteina potrebbe essere in grado di neutralizzare il virus. Vi terrò aggiornati nei prossimi mesi, non appena il quadro diventerà più chiaro, ma per ora, ringrazio tutti per aver reso possibile questo!

11 Apr 2010
Mi è stato chiesto nel thread di discussione circa i tempi per conoscere meglio la proteina che lega il virus di cui ho scritto nel precedente post. Copio la mia risposta qui:

Faremo una serie di test ed esperimenti di controllo nel mio laboratorio nelle prossime 2-3 settimane per escludere possibili artefatti. Se, come ci aspettiamo, il progetto passa a pieni voti, lo invieremo allo Scripps Research Institute, dove verranno verificate le capacità della proteina progettata di neutralizzare il virus in test cellulari e di neutralizzare differenti ceppi di virus. Mi aspetto che sapremo i risultati di questo tra alcuni mesi. Lavoreremo anche per risolvere la struttura cristallina della proteina legata al virus per confermare la modalità di legame. Anche questo speriamo non richieda più di qualche mese.

Terrò tutti voi aggiornati sui risultati di questi esperimenti. Sono molto ottimista, ma bisogna essere cauti nell’entusiasmarsi troppo presto per risultati come questi. Ci sono molte cose che possono andare male solo con la biochimica e, dopo questo, ci sono molti passi da fare prima che una proteina diventi effettivamente un farmaco. E’ per questo che vengono scoperti così pochi nuovi farmaci per curare le malattie.

Per quelli di voi che vorrebbero provare a migliorare la proteina che lega il virus dell'influenza, stiamo inviando nuovi puzzle a riguardo su Foldit .

19 Apr 2010
Gli esperimenti della scorsa settimana ci hanno reso ancor più fiduciosi che la proteina progettata lavori come previsto dal modello. Abbiamo usato il metodo di "evoluzione diretta" per identificare le sostituzioni aminoacidiche che consentono alla proteina progettata su Rosetta@home, di legarsi ancor più strettamente al virus. Abbiamo trovato le mutazioni in due posizioni. Per primo, nel processo di “evoluzione diretta”, abbiamo trovato una valina al posto di una alanina presente nella progettazione. Il controllo del modello al computer ha mostrato un po’ di spazio attorno all’alanina, che viene riempito con la leggermente più grande valina. La seconda modifica aminoacidica coinvolge un residuo carico di aspartato nella progettazione che, a posteriori, si è visto essere troppo vicino alla proteina del virus. E’ stato quindi cambiato con un residuo non carico che è energeticamente meno dispendioso da includere in seguito al legame.

Ora stiamo mettendo insieme queste due sostituzioni e ci aspettiamo che la combinazione leghi ancora più efficacemente il virus di qualsiasi proteina da noi testata finora. Dovremmo saperlo entro questa settimana, vi terrò aggiornati!

 

 


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