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I metodi di screening virtuale possono aiutare considerevolmente nella scoperta di nuovi farmaci e nella ricerca clinica, predicendo come i ligandi interazionano con determinati bersagli terapeutici. la maggior parte dei metodi di screening presuppongono l'estistenza di un unico sito di unione con la proteina, che normalmente è derivata dall'interpretazione dell'informazione cristallografica disponibile sulla proteina stessa. In realtà si è dimostrato che ciò non è corretto, e che in molti casi ligandi differenti possono interazionare con parti diverse della proteina, e la maggiorparte dei metodi esistenti, inclusi quelli di natura commerciale, di screening virtuale non tengono conto di ques'effetto.
Per risolvere questo problema è stato sviluppato BINDSURF, un nuovo metodo di screening virtuale che analizza in dettaglio la superificie della proteinaper cercare potenziali zone d'interazione dove i ligandi possano interagire, è che è stato progettato e implementato in un hardware parallelo come la GPU, il che permette analizzare rapidamente e in modo efficiente grandi librerie di ligandi.
Per risolvere questo problema è stato sviluppato BINDSURF, un nuovo metodo di screening virtuale che analizza in dettaglio la superificie della proteinaper cercare potenziali zone d'interazione dove i ligandi possano interagire, è che è stato progettato e implementato in un hardware parallelo come la GPU, il che permette analizzare rapidamente e in modo efficiente grandi librerie di ligandi.
Le predizioni ottenute con BINDSURF possono essere inoltre guidare l'applicazione successiva di altri metodi di screening virtuale in altre zone della proteina caratterizzati da altri metodi di screening virtuale in zon della proteina già caratterizzate da questo metodo, quindi il suo utilizzo aiuta nella scoperta e nella progettazione di farmaci, nel riposizionamento delle molecole e nella ricerca clinica.
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