ARGOMENTO:

7D9 ha scritto:

boboviz, allora sei dei nostri?

Sono domande da fare??
Finisco le ultime wu di ralph che ho in coda e arrivo...
Devo fare qualcosa di particolare? Unirmi a qualche altro gruppo??

No no, basta fare una scorta di WUs, fino al 14, e dopo le due di notte... uploadare le


E che la forza sia con noi.

7D9 ha scritto:

E che la forza sia con noi.

Sia come tu vuoi, Maestro
Il giovane padawan è pronto a seguirti

Qualcuno mi spiega dettagliatamente che succede a rac e punti (che già ho e quelli che accumulo durante il pentathlon) se passo dal team che supporto ora con rosetta, a boinc.italy nel periodo del team, e subito dopo torno al team di partenza?

akd ha scritto:

Qualcuno mi spiega dettagliatamente che succede a rac e punti (che già ho e quelli che accumulo durante il pentathlon) se passo dal team che supporto ora con rosetta, a boinc.italy nel periodo del team, e subito dopo torno al team di partenza?

Ai tuoi punti e al tuo RAC non succede niente

I crediti nuovi vanno al team in cui sei agganciato in quel momento...

Piccolo aggiornamento da David Baker:

CASP9 is now in full swing and we need your help! We are being overwhelmed with targets and need as much CPU power as possible!

I just got this from the organizers:

Subject: CASP update - May 7

First week of CASP9 prediction season is over. We have released 14 targets. The vast majority of them were easy TBM targets. Next week you will find some harder targets in the human prediction category.

As of today, we have 125 groups (predominantly servers at this early stage) contributing models to the Prediction Center. You can always find the latest CASP statistics at predictioncenter.org/casp9/numbers.cgi .


If you are interested in following the prediction season as it happens, the above web site is a good source of information.
____________

Fortuna che il pentathlon ha scelto proprio rosetta, questo dovrebbe garantigli un bel surplus di potenza, anche se per breve tempo...
Comunque io dovo il challenge mi dedicherò molto a rosetta, durante il casp...

Non avevo visto questo consiglio da parte di uno del team :

For jobs that contain _casp9 in their name, we need the results back within about 18hrs. Everything that comes back after that will ikely not make it into the final analysis - the reason is that we need some time for post analysis here before we can send the final models (we have to choose 5!) to the CASP organisers. So, for those kind of WUs it would help us tremendously if you could set your runtimes to 12-16hrs, even if you only end up crunching a single decoy (sometimes we get fairly large structures from CASP).

Ovviamente bisognerebbe avere i pc sempre accesi e modificare anche i parametri di lavoro addizionale

Non capisco. Li vuole entro 18 ore ma chiede di farli durare 16 ore? Non è che appena arriva una WU BOINC ci scaccoli sopra...

Venturini Dario ha scritto:

Non capisco. Li vuole entro 18 ore ma chiede di farli durare 16 ore? Non è che appena arriva una WU BOINC ci scaccoli sopra...

Infatti sullo stesso thread è partita subito una richiesta di chiarimenti...

Mike, unless I'm misunderstanding something here, doesn't this also mean that the work buffer needs to be adjusted too? If, for example, I have a 2.5 day work buffer, it'll be about that amount of time before a WU gets to the top of the pile to even start running. Then, if I have an 8-hour runtime, the completed WU won't be ready to return until 2.83 days after being received.
If I understand you right, 18 hours (=0.75 days) is the maximum that will fall within this window. So anything more than a 0.5 day buffer and 6-hour runtime (or some combination > 0.75days\18 hours) is guaranteed to be late. An early reply will be appreciated. I'll be out of town in 12 hours until late Sunday and won't have an opportunity to change my local settings between those dates. It sounds like everything I'm crunching will be of no use at all. Please tell me I'm wrong!

Venturini Dario ha scritto:

Non capisco. Li vuole entro 18 ore ma chiede di farli durare 16 ore? Non è che appena arriva una WU BOINC ci scaccoli sopra...

Devi mettere a zero la riserva di lavoro addizionale e avere solo rosetta come progetto però sono in pochi a fare una cosa del genere...

Mi sembra piuttosto demente come richiesta... vabbè, intanto scaccolo queste che ho in cache, poi farò come chiedono...

morse ha scritto:

Venturini Dario ha scritto:

Non capisco. Li vuole entro 18 ore ma chiede di farli durare 16 ore? Non è che appena arriva una WU BOINC ci scaccoli sopra...

Devi mettere a zero la riserva di lavoro addizionale e avere solo rosetta come progetto però sono in pochi a fare una cosa del genere...

Non ho mica capito il senso... Se metti cache=0 non ti arriva proprio lavoro, o no?

Io avevo capito di lasciar andare il pc per 12-16 ore per ritornargli le wu in tempo utile, infatti non si possono mettere durate delle wu da 16 ore in rosetta che io sappia: il limite è 12...

Se metti cache 0 semplicemente non avrai alcuna riserva, ossia il sistema aspetterà di finire prima di chiedere altro lavoro.
La durata massima delle WU di Rosetta è 24 ore.

P.S. Ho chiesto chiarimenti in quel thread su Rosetta

Venturini Dario ha scritto:

Mi sembra piuttosto demente come richiesta... vabbè, intanto scaccolo queste che ho in cache, poi farò come chiedono...

E sperare, se i pc non sono accesi 24/24, su buoni checkpoint...

Qualcuno mi sa dire perchè non potrebbero semplicemente mettere una deadline di un giorno a queste WUs e inviarle solo agli utenti che rispediscono rapidamente indietro le WUs?
E' una cosa sensata o mi manca qualche dettaglio per cui non si può fare così?
Io ho alcune casp9, ma c'è scritto che mi scadono il 15, quindi non vedo perchè dovrei riconsegnarle prima. Anche perchè per esempio il fisso lo collego solo una volta a settimana.

Anche David Baker si e' accorto dell'incremento di potenza.

We are absolutely delighted by the recent increase in the total throughput of rosetta@home, which could not come at a more critical time! we are having to make very difficult choices between CASP9 structure prediction calculations and the next generation of pathogen inhibiting proteins building on our success with the flu virus inhibitor, and the new contributions of computer power many of you are making are helping immensely. Thank you very much!

Chi gli dice che durera' ancora solo due giorni?

Sul forum di rosetta, alcuni dei piani futuri del progetto:

One promising avenue for future research is to use this computational technology to design specific inhibitors of proteins that are important regulators of cellular activity but where experimental research has been stymied by the lack of specific, non-toxic effectors. Let's take a few steps back and try to see the broader picture. Our understanding of molecular biology progresses through the identification of key players and systems in the cell and then by modulating these effectors and observing the results on cell viability and function. This process parallels the concept of reverse engineering of mechanical and electronic systems.

A major tool in this process involves the use of genetic knockouts. These are mutations to genes that disable a protein's function. Using this technique myriad gene functions have been described, including genes that are important tumor-suppressors or promoters, metabolite importers and regulators of cell size, form, and fate. But, gene knockouts are not very subtle tools and they often have far-reaching consequences on cell viability, making it difficult to interpret the results of the knockout experiment. For a beautiful and accessible description of the parallels between reverse engineering and molecular biology and where the difficulties lie, see "Can a Biologist Fix a Radio?" (Biochemistry (Moscow), Vol. 69, No. 12, 2004, pp. 1403-1406; protein.bio.msu.su/biokhimiya/contents/v69/pdf/bcm_1403.pdf).

One way to deal with these difficulties is by using specific inhibitors that are invoked at specific times to block a certain protein function rather than pulling the brakes on a protein from the cell's inception. The ideal inhibitor would selectively modulate one interaction without affecting other interactions, thus allowing a subtle study of the significance of interactions in the cell. Thus specific inhibitors, where they have been discovered and deployed, have yielded very important lessons on the function of proteins that are crucial in many cellular signaling pathways, to give but one example. But, these inhibitors are rare and very difficult to identify. We think that similar to the influenza binder, we should be able to use computational protein design to generate novel and highly specific protein inhibitors of important cellular players and help in elucidating their functions.

Over the next few weeks we will launch new jobs on Rosetta @ Home that target proteins where an inhibitor could help make progress in our understanding of cell biology. As we prepare each of these targets for Rosetta @ Home we will describe the rationale for pursuing them in this thread.

One of these targets is RhoA. This protein belongs to the family of oncogenic Ras proteins which are involved in cell division and regulation. RhoA is known to be a major player in cancer. As mentioned above, knocking out RhoA causes many different problems for cell viability. It is easy to understand why if you merely look at the number and variety of its interaction partners (see, en.wikipedia.org/wiki/RHOA)! By generating a specific inhibitor of RhoA we hope to enable probing the effects of its modulation at specific points in the living cycle of the cell and under different conditions -- studies that are nearly impossible to perform today.

Finally, I'd like to thank all of the participants in Rosetta @ Home for the immense boost in computational throughput over the past few weeks! Without the 40% increase in computational power it would have been impossible for us to work on these targets in parallel to the needs of the group who are working on CASP! Please keep these contribution levels!

Alcune cose tecniche, ovviamente, mi sfuggono, ma il tono generale sembra quello di eccitazione generale, soprattutto per il boost prestazionale (dovuto al Penthatlon) che sperano duri a lungo...

Forse sarebbe il caso di avvertirli che è dovuto al pentathlon...

Dovrebbero ben saperlo, è scritto in mezzo forum...