ARGOMENTO:

Non si esaurità subito la potenza di calcolo aggiuntiva alla fine del pentathlon, qualcuno continuerà a scaccolarci sopra per un pò, magari per finire la cache o in attesa del nuovo progetto del mese, oppure chi è nuovo rimarrà a scaccolare sul progetto.

7D9 ha scritto:

Qualcuno mi sa dire perchè non potrebbero semplicemente mettere una deadline di un giorno a queste WUs e inviarle solo agli utenti che rispediscono rapidamente indietro le WUs?
E' una cosa sensata o mi manca qualche dettaglio per cui non si può fare così?

E' una cosa assolutamente sensata. Ho come l'impressione che, in questo momento, non siano in grado di gestire la percentuale wu "x casp9"/wu "standard" (che stanno dando ottimi risultati, come ho riportato in un post qui sopra). Inoltre, grazie al penthatlon si sono ritrovato con un surplus di potenza che non si aspettavano (e che sperano duri a lungo). Il tutto, ovviamente, IMHO.

Io ho alcune casp9, ma c'è scritto che mi scadono il 15, quindi non vedo perchè dovrei riconsegnarle prima. Anche perchè per esempio il fisso lo collego solo una volta a settimana.

Io ho pure delle casp8!!!!

GHz ha scritto:

oppure chi è nuovo rimarrà a scaccolare sul progetto.

Magari!!!

beh, io ad esempio ho deciso che 2-3 core li lascio su Rosetta, proprio perché anche grazie al challenge mi sono avvicinato al progetto e alle notizie positive che si leggono sul loro sito

non sarà tutta la potenza messa a disposizione per il challenge, ma è sempre qualcosa in più.
probabilmente non sarò l'unico

baxnimis ha scritto:

beh, io ad esempio ho deciso che 2-3 core li lascio su Rosetta

Un paio di core e hai 5000 di rac???
O è ancora la cache che ti rimane dal challenge??

non sarà tutta la potenza messa a disposizione per il challenge, ma è sempre qualcosa in più.

Assolutamente si!!!

baxnimis ha scritto:

beh, io ad esempio ho deciso che 2-3 core li lascio su Rosetta, proprio perché anche grazie al challenge mi sono avvicinato al progetto e alle notizie positive che si leggono sul loro sito

Un plauso a bax! Davvero complimenti anche da parte mia!

boboviz ha scritto:

...hai 5000 di rac???
O è ancora la cache che ti rimane dal challenge??

macchè... quello non riesce nemmeno a starmi dietro (ho fatto 60.000 crediti in 5 giorni)

baxnimis ha scritto:

macchè... quello non riesce nemmeno a starmi dietro (ho fatto 60.000 crediti in 5 giorni)

Poveri i miei criceti, una umiliazione del genere...
Non so se reggeranno lo sconforto
Comunque grande Bax, resta con noi rosettiani

Preso da qui :

I just wanted to update you on another project I have been working on and I am running on rosetta@home.

Enterohaemorrhagic and enteropathogenic E. coli strains (like O157:H7 ) are some of the most important food-borne pathogens in North America, Europe and Japan, and contribute worldwide to pediatric morbidity and mortality. You might have heart about the outbreaks in the States that involved green spinach, iceberg lettuce or ground beef.

In order to cause diarrhea, these bacteria attach to the intestines before they get into your body. For that they have developed a special anchor-hook system to stick to the cells of our guts just like Velcro. I am targeting this molecular mechanism to produce protein-based inhibitors that prevent bacterial attachment and thereby reduce or prevent their colonization of our guts.

Thus far, traditional approaches to neutralize this particular interaction have not been very successful. Neither antibodies nor small peptides have been efficiently produced that target the interface of this molecular
machinery. We think that our new methodology could facilitate the development of a new therapeutic against these bacteria. You will see several jobs that are called "design against intimin" or such.

Thanks for supporting us with your computer time! It is a great help!

Eva

7D9 ha scritto:

Preso da qui :

I just wanted to update you on another project I have been working on and I am running on rosetta@home.

Enterohaemorrhagic and enteropathogenic E. coli strains (like O157:H7 ) are some of the most important food-borne pathogens in North America, Europe and Japan, and contribute worldwide to pediatric morbidity and mortality. You might have heart about the outbreaks in the States that involved green spinach, iceberg lettuce or ground beef.

TRADUZIONE: l'Escherichia coli è un batterio pericoloso

In order to cause diarrhea, these bacteria attach to the intestines before they get into your body. For that they have developed a special anchor-hook system to stick to the cells of our guts just like Velcro. I am targeting this molecular mechanism to produce protein-based inhibitors that prevent bacterial attachment and thereby reduce or prevent their colonization of our guts.

il simpatico batterio si attacca con una sorta di uncino alle cellule e vi fa correre al gabinetto. Noi stiamo progettando un sistema per disabilitare proprio questo "uncino"

Thus far, traditional approaches to neutralize this particular interaction have not been very successful. Neither antibodies nor small peptides have been efficiently produced that target the interface of this molecular
machinery. We think that our new methodology could facilitate the development of a new therapeutic against these bacteria. You will see several jobs that are called "design against intimin" or such.

speriamo di avere più fortuna di quelli che ci hanno preceduto nei tentativi di combatterlo

Grazie della minitraduzione riassuntiva Bax. In effetti dò sempre per scontato che si capisca.

baxnimis ha scritto:

TRADUZIONE: l'Escherichia coli è un batterio pericoloso

Preciso solo che questo batterio non è di per sé pericoloso, ce l'abbiamo tutti nell'intestino. Solo certi ceppi ("razze" ), come quello citato, sono nocivi.
(Sto E. coli cominci ad odiarlo Bax? Dopo la storia del corsivo me lo maltratti parlando male di lui in giro?)

...e vi fa correre al gabinetto.

7D9 ha scritto:

Sto E. coli cominci ad odiarlo Bax? Dopo la storia del corsivo me lo maltratti parlando male di lui in giro?

effettivamente me lo trovo da tutte le parti... ma adesso che so che ne porto un po' in grembo... non so... mi ci sto' quasi affezionando

Sbaglio o non vengono più giù wu con il codice _casp9???

In effetti al momento non ne ho. Ma non credo che NON stiano partecipando...

Venturini Dario ha scritto:

In effetti al momento non ne ho. Ma non credo che NON stiano partecipando...

Direi di no
Anche perchè, da quello che so, la competizione non è totalmente automatizzata, ma ci sono anche dei team "umani" che partecipano alle simulazioni....credo ci sia anche un team del baker lab...

Novità dal progetto:

We have now confirmed the tight binding of our designed Spanish Flu inhibitor to the flu virus using multiple different methods (it is always good to be totally certain with exciting results like these!). For those of you with some chemistry background, the binding constant is about 20nM.

With collaborators at Scripps research institute we are now trying to determine the structure of the designed complex between the inhibitor and the virus by x-ray crystallography (to see whether binding is as in the design model). With the tight binding confirmed, we are now starting to investigate whether the designed protein prevents the virus from infecting cells.

Sarel scrive:

We've started to design proteins against another exciting target called MDMX. MDMX is known to interact with one of the key tumor-suppressor genes, p53. p53 has such a central role in physiology that it has been called "guardian of the genome". MDMX inhibits p53 and causes its degradation through a complex mechanism. But, the specific role of MDMX in p53 inhibition is something of a mystery because a close homolog of MDMX called MDM2 is involved in very similar interactions with p53. The difficulty in deciphering the specific roles of MDMX lie in the fact that to date a specific inhibitor of MDMX has not been identified. That is, inhibitors of MDMX inhibit MDM2 to the same extent so that perturbing MDMX alone (and vice versa) is very difficult.

Our goal in this project is to design an inhibitor of MDMX that would not interact with MDM2. We plan to take advantage of subtle differences between the two proteins in order to design a protein that will be highly specific to MDMX. Hopefully with this protein in hand, research into the role of MDMX will gain a new and important tool.

Over the next few weeks I will submit jobs with the word MDMX in their title to Rosetta @ Home. I'm very excited to see what comes out!

In the meantime, here's some further reading for those who are interested in the intricacies of this important system:
en.wikipedia.org/wiki/Mdm2
en.wikipedia.org/wiki/P53
en.wikipedia.org/wiki/MDM4 (MDMX is also known as MDM4)

I core sono come la potenza: non sono mai troppi!

Traduco un po'...

Vogliono progettare un inibitore specifico per una proteina (MDMX) coinvolta nel cancro. Questo è un procedimento che, nella ricerca, viene usato per capire la funzione di una proteina.
1) Inibisco (blocco) la proteina di interesse (in questo caso MDMX)
2) Guardo cosa succede alla cellula in queste condizioni (cioè quali sono gli effetti della mancanza di quella proteina)
3) Cerco di risalire alla funzione della proteina interpretando i risultati del punto 2

Nel caso specifico, fino ad ora, non si è riusciti ad operare questa strategia perché non ci sono inibitori specifici per MDMX. Se l'inibitore che usi blocca sia MDMX che MDM2 (un'altra proteina), non sai più se gli effetti che vedi nella cellula sono dovuti alla mancanza di una o dell'altra e quindi non sai attribuire la funzione alle due proteine.

Sviluppando un inibitore specifico per MDMX si potrebbe studiarne la sua funzione. Si tratta di ricerca di base quindi! E a me piace un sacco se devo essere sincero.


Riguardo al post precedente:
hanno fatto esperimenti diversi sull'inibitore dell'influenza e hanno visto che è molto efficace. Adesso vogliono vedere la struttura inibitore/proteina tramite cristallografia, così da essere sicuri che si leghi come nelle simulazioni. Dopodiché faranno esperimenti per verificare se l'inibitore blocca effettivamente l'entrata del virus nelle cellule.

7D9 ha scritto:

We've started to design proteins against another exciting target called MDMX.

Ne ho scaricate una 50ina su Ralph....