ARGOMENTO:

7D9 ha scritto:

Ecco un entusiasmante post di David Baker:

We are entering a very busy and science packed time for Rosetta@home. As described in the "design of protein-protein interfaces" thread, we are now designing proteins to bind to and block several different targets, including the flu virus. At the same time, we are gearing up for CASP9 which will start in May by testing out both our new structure prediction methodology and the improved energy function which underlies it. .....

Diamoci dentro ragazzi!

Girocchiando sul sito del CASP, ho visto che nel commitee c'è una italiana!!!
cassandra.bio.uniroma1.it/Annagroup/tramonta/ (il curriculum è impressionante!!)
Perchè non sognare un progetto boinc tutto italiano???

Avevo notato anche io questa italiana nella commissione del CASP un paio di anni fa.

Intanto ci sono news da Rosetta; un po' di ricerca di base fa sempre bene:

Hello,

my name is Rickard and I'm a visiting biotech student from Uppsala University (Sweden). I'm involved in a project aiming at creating proteins that bind to lysozyme. I'm being supervised mainly by Sarel, but I'm also getting help from the other postdocs in the lab. This work is the final part of my education, so it is great to be working in such an amazing group of people on this extremely interesting project.

While most of the others in the group are trying to design binders to therapeutically relevant targets, I am not. The protein I am working on, lysozyme, has for a long time been a favorite model protein among scientists. The reason is that it is very easy to work with, so there is loads of experimental data available. Of particular interest to us is the relatively large number of solved structures of lysozyme complexed with other proteins. This is extremely useful since we can learn a lot from looking at them. Nature has solved the binding problem in many different ways. It will be interesting to see if we can do something similar. By choosing an easy-to-work-with protein we make the biochemistry part of the project a little bit easier, and we are able to focus on testing and improving our design methodology. I would like to say that lysozyme, despite not being a pharmaceutical target, is an interesting protein to make a binder for. One reason is that lysozyme, just like many therapeutically relevant proteins, is an enzyme so if we can get a binder that inhibits its activity then it is likely that we can design inhibitors for other enzymes as well. At this point in time it is also the only enzyme that we are targeting in the lab.

Designing lysozyme binders with the humongous computational power that you are providing is very exciting! The results that Sarel, Jacob and the others have got from you have been very promising so I'm very much looking forward trying it out.

Thank you for helping out!

7D9 ha scritto:

Avevo notato anche io questa italiana nella commissione del CASP un paio di anni fa.

Vien la tentazione di contattarla via mail facendoci conoscere e mettendo a disposizione la nostra potenza di calcolo....

Hello, my name is Rickard and I'm a visiting biotech student from Uppsala University (Sweden).

Adoro lo spirito di gruppo del team. E anche il fatto che ci tengano così tanto informati...

Ho visto che questa pagina non era molto aggiornata e ho aggiunto un po' di pubblicazioni, per il momento solo quelle con articolo accessibile e in cui vengono esplicitamente ringraziati gli utenti di Rosetta@home nel testo. :read: :)

Anche le pubblicazioni di altri progetti dovrebbero essere un po' aggiornate.
Cavolo, è la pagina di BOINC dedicata alle pubblicazioni, non capisco perchè venga così trascurata.

7D9 ha scritto:

Anche le pubblicazioni di altri progetti dovrebbero essere un po' aggiornate.
Cavolo, è la pagina di BOINC dedicata alle pubblicazioni, non capisco perchè venga così trascurata.

OFF TOPIC
lo sapevo, perchè tempo fa mi ero messo a raccogliere info su tutte le pubblicazioni legate a boinc con l'intenzione di pubblicarle in un thread (o una pagina) ma il loro numero è sterminato!
quindi ho deciso di lasciar perdere

Date un'occhiata anche qui:

www.calcolodistribuito.it/home/pubblicazioni.html

Restando sul tema pubblicazioni, direttamente dal giornale di David...

Our paper on solving structures of proteins of up to 200 amino acids using very limited experimental data is in the Feb 19 issue of Science magazine (pg 1014) which is on some news stands now. this wouldn't have been possible without Rosetta@home--thanks again everybody!

boboviz ha scritto:

Our paper on solving structures of proteins of up to 200 amino acids using very limited experimental data is in the Feb 19 issue of Science magazine (pg 1014) which is on some news stands now. this wouldn't have been possible without Rosetta@home--thanks again everybody!

Dimenticavo il link

www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/327/5968/1014

Riaggiornata la pagina di BOINC.

Mi è venuta in mente un’idea carina da proporre sul forum di Rosetta, ma volevo prima sapere il vostro parere.

Ho pensato che sarebbe utile per Rosetta, e più entusiasmante per alcuni di noi, avere delle WUs “CPU intensive” che richiedono molta RAM (per esempio 600 MB). Infatti in questo periodo Rosetta si sta impegnando molto sulle interazioni proteiche che richiedono molta RAM, e forse l’hanno limitata a 200-300 MB per venire incontro agli utenti, ma magari sarebbe più fruttuoso se ne usassero 500 MB o più.
Allora ho pensato che si potrebbe scegliere dalle preferenze di ricevere questo tipo di WUs (“allow CPU intensive WUs on your computer”) che richiedono tanta RAM e che hanno una durata minima elevata (es 9 ore), così si verrebbe anche parzialmente incontro alla vecchia proposta degli sviluppatori di aumentare la durata di default delle WUs per alleggerire il carico dei server.

In questo modo Rosetta potrebbe avere a disposizione più potenza per certe interazioni proteiche molto complesse e molti utenti fanatici di hardware/BOINC potrebbero trovare più soddisfazione nel mettere ulteriormente alla prova il loro hardware nuovo/overcloccato e far vedere che è più potente di quello del vicino.

Che ne pensate?

mi piace l'idea!:king:se hai bisogno di una mano per scrivere chiedi pure!

buona idea! Magari anche con qualche credito extra, che sono convinto che se Rosetta applicasse un po' di inflazione sui crediti diventerebbe un progetto molto più seguito. Alla fine tutti gli scaccolatori sono interessati a cose "serie" ma se dà pochissimi crediti tipo rosetta a molti un po' passa...

ah, magari per non far confusione non chiamarle "CPU intensive" ma al limite "RAM intensive/demanding"...

le ultime wu di rosetta che ho fatto usavano circa 800mb di ram e su un quad con 4gb di ram mi impestavano il sistema (della serie file di paging oltre i 3gb) che diventava ingestibile, non riuscivo neppure a guardare un divx. cmq sulle preferenze di rosetta c'è il "target run time" (tipo ci sono quelle da 2,4,8 ore ecc.) bisognerebbe vedere se impostando wu con tempo piu lungo aumentano o no le risorse richieste per completarle.
altrimenti potresti si proporre la tua idea (decisamente utile una cosa del genere almeno per il sottoscritto )

Azz... erano capitate anche a me un paio di WUs così affamate di RAM, ma erano state casi rari.
Il target run time non influenza sulla richiesta di RAM (che io sappia).
Il discorso della durata di default era uscito per cercare di alleggerire il loro server. link

Piace anche a me la tua idea, tanto che stavo già meditando su qualcosa di simile anch'io... Cioè, per chi se la sente, farsi arrivare delle wu che richiedano molta più ram del normale, oppure molti più dati da caricare/scaricare (input e output più grossi). Se porti avanti l'idea io ci sto!

News?

Anche secondo me potrebbe andare, però ho il dubbio che l'ammontare di RAM necessario sia piuttosto "casuale", nel senso che loro stimano un 3-400 MB ma capitano sia WU che si accontentano di 100-150 che WU che ne chiedono 800. Ma lo dico così, a caso, perchè non mi intendo nè di programmazione nè di biologia/biochimica computazionale.

Ad ogni modo, ripeto, mi sembra una buona proposta

Nel weekend scrivo qualcosa...

7D9 ha scritto:

Nel weekend scrivo qualcosa...

Aggiungo alcune inutili considerazioni sparse...
1) Se vuoi qualche modifica alle wu di rosetta forse è meglio se scrivi sui forum di ralph
2) L'uso della ram mi sembra altalenante, come hanno rilevato altri. Se si passa a dimensioni maggiori, mi tocca veramente andare verso i 64 bit...
3) Io, per esempio,preferirei delle wu multithread (come aqua) per i calcoli intensivi. Ma sarebbe come dover riscrivere il codice per le gpu, e al momento il team non sembra molto interessato
4)E' vero che rosetta (e pure ralph ) rilasciano crediti con il lanternino, ma non so se sono disposti ad aumentarli. Effettivamente 70 crediti per 6 ore su un phaenom2 mi sembrano pochetti......

Comunque appoggio l'iniziativa!!

Postato .
Io l'ho messa giù un po' come l'avevo in mente io, se volete commentare o discutere delle future risposte degli amministratori e degli altri utenti fatelo lì, così alimentiamo un po' il thread.