ARGOMENTO:

7D9 ha scritto:

Bello, davvero bello.
Simulazioni con il calcolo distribuito, test nel mondo reale, passaggio ad altri istituti di ricerca per verificare l'efficacia, tentativi di miglioramento su Foldit.
Bellissimo!

Già! Mette voglia di scaccolare sempre di più su questo progetto (che è già al top delle mie resources share insieme a wcg).

Sono passati alla versione 2.10
Vediamo come gira
Per gli articoli di cui sopra una sola parola: grandi!

boboviz ha scritto:

Sono passati alla versione 2.10

Sarel:

As David mentioned in his recent posts (see link below), we've recently identified a redesigned protein that binds specifically to influenza. We're all very excited about this result and experimental tests are under way. Importantly, this design came from one of the previous batches of ProteinInterfaceDesign protocols that I sent out during January and February and this would not have been possible if it weren't for your contributions! I'm very excited to see whether we can get more designs that bind so effectively to influenza!

The current update has some features that will help us sample different scaffolds more efficiently. I've submitted a small-scale run to Rosetta @ Home to see that all of the protocols run well on your computers and will gradually increase their size over the next few weeks. Please report any problems. Many thanks!

Link to David's blog entry: boinc.bakerlab.org/forum_thread.php?id=1177&nowrap=true#65709

If you have any questions and comments on the influenza binder please post them here:
boinc.bakerlab.org/forum_thread.php?id=4477

A giudicare dalla versione grafica la 2.10 è in test per comparare i risultati con le versioni precedenti... e sembra molto veloce, vedremo se anche precisa

David Baker:

Experiments this past week have made us even more confident that the designed influenza binder is working as in the design model. we used "directed evolution" methods to identify amino acid changes that make the rosetta@home designed protein bind even more tightly to the virus. we found mutations at two positions: first, at an alanine residue in the design, the evolution process found a valine, and inspection of the design model showed some extra space around the alanine that would be filled by the slightly larger valine. the second amino acid change involved a charged aspartate residue in the design that in retrospect was too close to the virus protein--it was changed to a non charged residue which is less energetically costly to bury upon binding.

we are now combining these two substitutions, and expect that the combination should bind still more tightly to the virus than any protein we have tested so far. we should know later this week--I'll keep you posted!

Ma le 2 mutazioni come le hanno trovate, che non ho capito...

Dicono di aver usato la directed evolution , cioè hanno indotto artificialmente delle mutazioni a caso in quella proteina e poi hanno guardato quali le conferivano una maggior affinità al virus.

Un messaggio di David sul forum...

Thank you all for your suggestions!

We could definitely use more compute power at rosetta@home right now. CASP9 is beginning in a couple of weeks, and the inhibitor design and structure prediction calculations will be vying with each other for compute time.
I don't know what the best way to spread the news is. Within two months our collaborators should have results testing whether the rosetta@home designed protein blocks the flu virus from entering cells (we expect it will). If/when this happens, I expect the news will travel pretty fast on its own. Perhaps you could help spread the word in places where potential participants might look?
thanks!

David

Praticamente stanno cercando ancora volontari, dal momento che hanno necessità di maggiore potenza di calcolo.

7D9 ha scritto:

Dicono di aver usato la directed evolution , cioè hanno indotto artificialmente delle mutazioni a caso in quella proteina e poi hanno guardato quali le conferivano una maggior affinità al virus.

Sì ma quello che non ho capito è se la fase di "screen & selection" la si fa a manina o la fanno fare automaticamente a un computer. O, meglio ancora, se la valutazione nella fase di "screen" di cosa leghi meglio al virus la fanno loro (FoldIT-like) o è automatica.

boboviz ha scritto:

Un messaggio di David sul forum...

Thank you all for your suggestions!

We could definitely use more compute power at rosetta@home right now. CASP9 is beginning in a couple of weeks, and the inhibitor design and structure prediction calculations will be vying with each other for compute time.
I don't know what the best way to spread the news is. Within two months our collaborators should have results testing whether the rosetta@home designed protein blocks the flu virus from entering cells (we expect it will). If/when this happens, I expect the news will travel pretty fast on its own. Perhaps you could help spread the word in places where potential participants might look?
thanks!

David

Praticamente stanno cercando ancora volontari, dal momento che hanno necessità di maggiore potenza di calcolo.

Da come è scritta non si capisce bene se chiede di diffondere la notizia che gli serve una mano per fare più calcoli o l'eventuale news del risultato dell'inibitore..

Venturini Dario ha scritto:

Da come è scritta non si capisce bene se chiede di diffondere la notizia che gli serve una mano per fare più calcoli o l'eventuale news del risultato dell'inibitore..

Da come l'ho capita io (e il mio scarso inglese), David ritiene che se i risultati andranno bene come sembra (ovvero la parte di test reale basata sulle simulazioni), la notizia della scoperta "correrà sulle proprie gambe" e questo, lui spera, porterà nuovi scaccoloatori e di conseguenza quella ulteriore potenza di calcolo di cui adesso hanno bisogno. Ovvero invita tutti a far conoscere Rosetta usando come "argomento" questa scoperta.

Venturini Dario ha scritto:

7D9 ha scritto:

Dicono di aver usato la directed evolution , cioè hanno indotto artificialmente delle mutazioni a caso in quella proteina e poi hanno guardato quali le conferivano una maggior affinità al virus.

Sì ma quello che non ho capito è se la fase di "screen & selection" la si fa a manina o la fanno fare automaticamente a un computer. O, meglio ancora, se la valutazione nella fase di "screen" di cosa leghi meglio al virus la fanno loro (FoldIT-like) o è automatica.

Da quello che ho capito hanno fatto proprio esperimenti di laboratorio per trovare queste due varianti.
Penso che abbiano proprio creato in laboratorio diverse (decine forse centinaia.. non so) proteine con diverse mutazioni. Poi a tutte queste proteine hanno fatto un qualche saggio di legame alla proteina del virus e così facendo hanno visto che due delle proteine nella loro libreria di mutanti legavano meglio la proteina virale.
Queste due sono quelle di cui parla Baker nel post.

Adesso faranno la proteina che ha entrambi questi due aminoacidi mutati e faranno lo stesso saggio di legame per vedere se le due mutazioni insieme danno alla proteina una ancora maggiore affinità alla proteina virale.

Che confusione che ho fatto.
Mi sa che ti ho confuso ancora di più le idee...

No dai, mi sembra di aver capito. Il processo è tendenzialmente automatico in pratica.

Sì, ma il fulcro della notizia è come fare a diffondere una news... Poi se ne deriva maggior potenza di calcolo è tutto grasso che cola...

akd ha scritto:

Sì, ma il fulcro della notizia è come fare a diffondere una news... Poi se ne deriva maggior potenza di calcolo è tutto grasso che cola...

Da quello che si può leggere nei forum hanno bisogno di maggior potenza di calcolo, dal momento che vogliono pian pianino implementare simulazioni sempre più complesse...

Da parte mia l'impegno c'è. E uno dei due progetti che rullano di più sui miei , che vengono regolarmente aggiornati principalmente per questo...

Edit: questa dovevo metterla! di rac su rosetta!

Mike Tyka (scienziato e sviluppatore di Rosetta):

Hey everyone !

As some of you may know CASP9, a community wide experiment in structure prediction, is starting in less then 10 days. As usual we are participating with both a human prediction group and a brand new automatic server, called RosettaServer. We will be utilizing BOINC heavily during the next 4 months, as you can see we already have nearly 4 million workunits lined up.
We have been very busy getting everything ready in time!

CASP 9
CASP is an international experiment to assess the state-of-the-art of the protein structure prediction field. Sequences, whose structures have been solved but which have not yet been published are sent out to participating teams and we have a limited amount of time to send back predictions. The whole thing is conducted in a double-blind fashion ensuring fair assessment and truly blind prediction.

We will be testing a number of new strategies during this period, these will be carried out by the human prediction group and crunched on BOINC.

In the automatic category we have modernized out old prediction server (Robetta, created more then 6 years ago) and replaced it's heart with Rosetta's most modern implementation. Among many scientific improvements, we have also, for the first time, connected the public structure prediction server to BOINC for both ab initio prediction and homology modeling.

For the community, by the community:
After CASP this server will go public and provide Rosetta's Abinitio and Homology modelling capabilities to the scientific community (and to the public). The computation for this will be conducted on BOINC meaning that you guys will be crunching protein structure prediction jobs for real scientific studies conducted by researchers all over the world!


Thanks again everyone for crunching, we wouldn't be able to do this stuff without you !

Excitedly yours,

Mike

Dopo il CASP useranno la rete di volontari di Rosetta@home per le ricerche dei vari scienziati del mondo che vogliono usare il software Rosetta. :cool:
In pratica se ho capito bene Robetta passerà su Rosetta@home (almeno in parte).
Che gran fig_ta!!

Già, sembra proprio che sarà così! Davvero complimenti a loro e sotto con i criceti noi!

Ma il casp dura 4 mesi?

A qualcuno risultano problemi sui server?? La pagina mi dice che sono su, mentre il client boinc nicchia dicendomi che i server sono down...
Ho provato anche a refreshare la pagina e sembra tutto ok sul sito.
Vediamo se si sblocca qualcosa

akd ha scritto:

Ma il casp dura 4 mesi?

Ecco dal sito ufficiale:

The first prediction targets will be released not earlier than May 3; the last prediction targets will be released not later than July 17; prediction season will end not later than July 31. Refinement experiment will end not later than August 20. Abstracts describing the methods tested in CASP9 will be collected in September. At the same time we will open registration for the meeting. The meeting will take place on December 5-9