ARGOMENTO:

Ciao, volevo chiedere lumi su una cosa, ho impostato la lunghezza della durata delle WU sul sto di rosetta per tutto il giorno, ma in realtà oggi ho completato il primo WU in 7 ore circa. Dove ho sbagliato?

Se hai impostato la durata delle WU a 24 ore, non hai sbagliato niente.
Quello comunque è il "target runtime", ossia quanto "vorresti" e non quanto "sarà". Nel senso che Rosetta controlla i progressi e stima se ce la farà in tot ore a completare una nuova simulazione. Se stimasse di non farcela, chiuderebbe prima.

Comunque al posto tuo starei tranquillo, probabilmente è stato un caso. Per scrupolo comunque fai un "update", può darsi che semplicemente non avesse ancora ricevuto le impostazioni

7D9 ha scritto:

Postato .
Io l'ho messa giù un po' come l'avevo in mente io, se volete commentare o discutere delle future risposte degli amministratori e degli altri utenti fatelo lì, così alimentiamo un po' il thread.

Mi sembra che abbiano dato una buona risposta, che dici?

ok grazie mille ora vedo di fare l'update.

Alla fine ho scaricato il tutto ci ha messo più di un'ora a scaricare 32 MB di rosetta

Non sembra che quelli di rosetta badino molto alla nuova proposta...

Neanche gli altri utenti..
Ma scusate, non ci sono dei progetti che danno WUs speciali? GPU grid non faceva una cosa simile? Si potrebbe portare qualche esempio di altri progetti.
Dite le vostre motivazioni sul forum, magari qualche altro utente potrebbe condividerle.

Beh, Manuel, non so se ho capito male io, ma la nostra idea si basava proprio sulla recente esagerata richiesta di RAM. Loro han detto che se stimano che le WU richiedano molta RAM le mandano solo ai sistemi che le hanno e che più RAM occupata non vuol dire previsioni migliori... a questo punto, la nostra proposta come regge? Separare le WU in standard (leggerine) per utenti normali e special (da autorizzare) per gli utenti "pro" a cosa gli serve? Per rendere le WU normali più leggere (e quindi meno ostiche per gli utenti non abituali)?

Vero, ma l'ipotesi originaria prevedeva delle wu "monster", stile quelle da 1000 ore di primegrid o le 2.5 gb di ram di rna, da mandare a chi se la sente, previa abilitazione dal proprio profilo...

ciao a tutti raga! è successa una roba strana. Io ho settato le wu a 3 ore come di default. Ho elaborato una wu che ha impiegato 7 ore per finire! e nei granted credits m ha dato 0.30!!!
come è possibile?

Probabilmente era una WU fallata, con qualche errore. A volte capitano.
Se è un caso singolo non mi preoccuperei.

ciao a tutti ragazzi, oggi ho deciso di scaccolare un pò di Wu di Rosetta ma sinceramente mi sono arrivate delle cose strane.
Cosa sono Charm 34a2623??
E' da molto che non scaccolavo Rosetta per cui sono andato in confusione.
Potreste aiutarmi???

Scusatemi, già mi sto prendendo a sberle, le Wu che vi ho citato sono di Docking e non di Rosetta!!!

Tornando a parlare di RAM demanding WUs, sul thread di Rosetta un utente si lamenta che le sue WUs gli vanno in waitng for memory.

Non era capitato anche a qualcuno di voi questo problema? Se si fate sentire i vostri problemi e suggerimenti in quel thread.

While the results are still preliminary, it appears that Rosetta@home has produced an extremely exciting result! As I described a few posts ago, many of you through rosetta@home contributed to the design of proteins predicted to bind very tightly to the influenza flu virus. We have now completed the first round of testing of the designed proteins, and one of them in the experiments conducted thus far clearly binds very tightly to the virus. Our data also indicate that the binding is at a site critical to the virus invasion of our cells, and so the protein neutralize the virus. I will keep you posted over the next couple of months as the picture becomes clearer--but for now--thank you all for making this possible!!

Speriamo che i futuri esperimenti confermino questi importanti risultati, non solo per lo specifico inibitore del virus dell'influenza in questo caso, ma per generale conferma che Rosetta e la previsione della struttura e interazioni tra proteine stanno diventando sempre più importanti in ambito biomedico.

7D9 ha scritto:

Speriamo che i futuri esperimenti confermino questi importanti risultati, non solo per lo specifico inibitore del virus dell'influenza in questo caso, ma per generale conferma che Rosetta e la previsione della struttura e interazioni tra proteine stanno diventando sempre più importanti in ambito biomedico.

Grandissimi i ragazzi del team di Rosetta!!
Sotto con i criceti

P.S.
Vediamo quando passa la versione 2.09 da ralph a rosetta
Sono tutti pronti per il casp

Ma magari! Sai che bella pubblicità per BOINC?

Infatti. Inoltre l'ennesima conferma della bontà del progetto! Sotto!
Io sono secondo per rac nel mio team su rosetta!

Wowwwwwwwww!!!! Speriamo davvero che siano riconfermati!

David Baker:

I was asked on the discussion thread about the timescale for learning more about the influenza binding protein I described in my previous post. I'm reposting my answer here:


We are doing a series of tests and control experiments in my lab in the next 2-3 weeks to rule out various possible artifacts. If, as we expect, the design passes with flying colors, we will send it to Scripps research institute where the ability of the design to neutralize the virus in cell based tests and the extent to which the design neutralizes different strains of virus will be measured. I would expect we would know the results of this in several months. We will also work to solve the crystal structure of the design bound to the virus to confirm the design binding mode. This hopefully will not take more than a few months as well.

I will keep all of you posted here about the results from these experiments. I am very optimistic, but one should be cautious about getting to excited too early about results like these--there are very many places where things can go wrong just with the biochemistry, and after this there are very many steps to actually make a protein into a drug--this is why there are so few new drugs for curing diseases being discovered.

For those of you who would like to try your hand at improving designed binders to the influenza virus, we are now posting virus inhibitor design challenges on foldit.

Bello, davvero bello.
Simulazioni con il calcolo distribuito, test nel mondo reale, passaggio ad altri istituti di ricerca per verificare l'efficacia, tentativi di miglioramento su Foldit.
Bellissimo!

David Baker: ottimo scienziato e davvero ottimo comunicatore.