ARGOMENTO:

Sarà il caldo (e le poche wu), ma c'è tensione nel forum di rosetta

boinc.bakerlab.org/forum_thread.php?id=5768

Strano però, sono sempre stati uno dei progetti migliori sotto questo punto di vista...

Ma solo a me scarica wu solo del tipo _ProteinInterfaceDesign_ ??
Pure su Ralph sono settimane che si vedono solo questo tipo di wu....

Ne sto elaborando una anch'io che si chiama così, però ho guardato solo ora e non ti so dire se quelle precedenti sono dello stesso tipo, nemmeno le prossime, visto che ne scarico una per volta... Ci tengo guardato...

anche le mie tranne 2 che sono

01/09/2011 21:51:51 | rosetta@home | Starting task ab_08_11_1urnA_control_03_09_30165_972_1 using minirosetta version 314

e una che sono le solite SAVE ALL OUT

Io ne ho un po' di tutti i tipi...

Cross-posto questo messagio dal thread di ralph, perchè ha a che fare anche con rosetta

A domanda diretta uno del team di ralph mi ha risposto:


I don't think anyone would argue that speeding up Ralph/Rosetta@home would be anything but a positive.

That said, from what I understand, GPU programing is *hard*, especially if you don't have a naturally parallel application. SETI@Home has it a bit easy, as Fourier transforms/signal processing matches GPU processors very well.

In contrast, because of the way Rosetta works internally, it's non-trivial to convert to GPU programing style. From what I understand, while bits and pieces might be easily moved to a GPU, you'd be killed by the data transfer to and from the GPU when switching between GPU-using sections and CPU-using sections. My sketchy understanding is that on several occasions groups with experience doing GPU programming have taken a look at the Rosetta code with little to nothing ultimately coming of it.

That said, one of the researchers in the lab was/is working on a "skunkworks"-type project regarding incorporating the use of GPUs into Rosetta - though I hesitate to mention this because it's very uncertain if anything will actually come of it, or if it does, when. Even if there are parts of Rosetta that are GPU-ized, there's no guarantee that it would be those parts which would make a significant difference in the typical runs performed on Rosetta@Home.
Short answer: No one would refuse a GPU version of Rosetta, but the considered opinion is that making it would likely be a lot of effort for not all that much actual speedup.

Journal post from David Baker

A recent issue of Nature describes an exciting result from Rosetta@home in collaboration with the NMR spectroscopy laboratory of Lewis Kay in Toronto. Like almost all machines, proteins in order to carry out their functions have to move (change their conformation somewhat) but it has been extremely difficult to determine what these conformational changes are. Lewis Kay's group has developed new methods for getting experimental information on the higher energy very shortlived conformations proteins visit while carrying out their functions. This data is not sufficient to determine the structure of these "excited state" conformations using conventional methods. However, as the paper shows, we can use these experimental data to guide Rosetta and Rosetta@home structure calculations, and produce models of these states. We went one step further than this in the paper by using Rosetta design calculations to stabilize the excited state, and subsequent experiments confirmed the validity of the model. This combination of experimental NMR data, Rosetta structure calculations, and Rosetta design should be very powerful in understanding how proteins carry out their functions.

Post giornaliero da David Baker

Un recente numero di Nature descrive un risultato entusiasmante ottenuto da Rosetta@home in collaborazione con il laboratorio di spettroscopia NMR (Nuclear Magnetic Resonance, Risonanza Magnetica Nucleare) di Lewis Kay a Toronto. Così come la maggior parte delle macchine, le proteine, per compiere i propri scopi, deve muoversi (solitamente cambiando la propria conformazione) , ma è estremamente difficile determinare cosa sono questi cambiamenti di conformazione. Il gruppo guidato da Lewis Kay ha sviluppato un nuovo metodo per ottenere informazioni sperimentali sulle conformazioni ad elevata energia di brevissima durata che le proteine attraversano nello svolgimento delle loro funzioni. Questi dati non sono sufficienti per determinare la conformazione di questi "stati eccitati" usando i metodi convenzionali. Tuttavia, come dimostra lo studio, possiamo usare i dati sperimentali per guidare l'elaborazione delle strutture di Rosetta e Rosetta@home per produrre modelli di questi stati. Abbiamo compiuto anche un ulteriore passo avanti rispetto a quanto riportato nello studio usando le strutture calcolate da Rosetta per stabilizzare gli stati eccitati per un confronto con i risultati di esperimenti successivi, confermando al validità del modello adottato. Questa combinazione di dati sperimentali dati dalla risonanza magnetica nucleare, computazione di strutture con Rosetta e il design dato a queste strutture da Rosetta si potrebbe rivelare molto efficace nella comprensione di come le proteine svolgono le loro funzioni.

Grazie della news!

è normale?:

non mi erano mai uscite quelle cose.
intendo dire quelle searching e il resto...

È lo screensaver, non ci vedo niente di anomalo

lo so ma non avevo mai visto quelle linee su searching, di solito c' è qualcosa altro tipo altre righe ma molto diverse

Ciao Tiziano.

Le immagini che vedevi di solito erano tipo dei nastri che si avvolgevano, in certi punti anche a spirale? Immagino di sì.
Se è così, beh, sono solo due modi diversi di visualizzare la proteina. Se non sbaglio la visualizzazione più semplice (quella che hai postato tu) viene usata nella prima parte della simulazione, quella più "grezza" in cui si organizza lo scheletro principale della proteina. La visualizzazione a nastri invece viene usata nella seconda parte, più precisa, quando si calcolano i piccoli aggiustamenti della proteina.

Spero che fosse questo il dubbio e di aver risposto. Se non era questa la domanda o non mi sono spiegato chiedi pure chiarimenti.

ma a me è successo l' inverso, prima i nastri e dopo 15-30 minuti è cominciata quella cosa
comunque grazie dell' aiuto

Probabilmente quella che hai visto per prima era la fine della simulazione numero 1 (un numero a caso) e poi quella che hai visto dopo era l'inizio della simulazione numero 2. Infatti in una stessa workunit Rosetta fa diversi cicli di simulazione sulla stessa proteina.

ahhhhhhhhhh, grazie dell' aiuto

Figurati!

Ecco, questa distinzione non la sapevo... Pensavo fosse un semplice modo per caricare meno la GPU...

Ciao a tutti ragazzi!
Era un po' che non macinavo Rosetta perchè portavo avanti solo WCG, adesso è una settimana che sono solo su Rosetta però quando dal mio profilo clicco su "Reports and plots of results from active work units" per vedere i risultati delle mie simulazioni mi viene sempre scritto "Sorry, the data requested does not exist".
Sapete come mai?
Grazie!

Ho appena controllato e anche a me fa la stessa cosa. Con questo direi che si può escludere la pista di mancanza di risultati da parecchio tempo, visto che ho inviato l'ultima WU ieri.

Io propendo per la risposta che la scritta è presente, ma è stata rimossa la funzionalità...