ARGOMENTO:

Qualcuno ha un account flickr o imageshark dove caricare la mia immagine? Mi servirebbe per fare un post sul forum ufficiale.....

Io Imageshack... Che link ti serve dei mille che restituisce??? La foto ho caricato quella dell'altra pagina, va bene???

Quel cosino bianco potrebbe anche essere un amminoacido 'non standard' e che quindi nella visualizzazione è evidenziato, volontariamente oppure anche involontariamente. Per esempio potrebbe essere un amminoacido non naturale o chissà cos'altro.

Herr Fritz 27 ha scritto:

Io Imageshack... Che link ti serve dei mille che restituisce??? La foto ho caricato quella dell'altra pagina, va bene???

Uno qualsiasi dei link, che magari apro il thread sul forum di rosetta (se non lo vuoi aprire tu)

Ti lascio fare per evitare di causare un incidente diplomatico con il mio inglese peggiore di google translate. Ti lascio tutti i link:

Ciao e grazie!!!

Ho problemi con le WU di Rosetta e il mio I7 (GenuineIntel Intel(R) Core(TM) i7-2630QM CPU @ 2.00GHz [Family 6 Model 42 Stepping 7])...

Da qualche giorno mi produce solo "Client Error" elaborando circa 10000 secondi a WU per l'anima del...

Nel mio Quad (GenuineIntel Intel(R) Core(TM)2 Quad CPU Q6600 @ 2.40GHz [Family 6 Model 15 Stepping 11]) e nel mio AMD (AuthenticAMD AMD Athlon(tm) 64 X2 Dual Core Processor 6000+ [Family 15 Model 107 Stepping 2]), non succede niente di simile, tutte le WU sono ok...

Qualcuno ha notato qualcosa di simile o ha delle idee in proposito?

EDIT: tanto per complicare la cosa, con le WU di Ralph tutto OK anche con l'i7...

EDIT2: Do altri indizi... l'i7 è Windows 7 64 bit, gli altri due Vista 32 e 64 bit

Penso sia normale, la stessa cosa succede anche a me con P4 e windows XP, quindi io sto eliminando man mano che arrivano tutte le WU CASP9.
Se vai nella coda delle WU elaborate dal tuo pc noterai come anche altri hanno lo stesso errore !
Ah ... per un pò mi sono "switchato" su Rosetta.

Penso sia normale, la stessa cosa succede anche a me con P4 e windows XP, quindi io sto eliminando man mano che arrivano tutte le WU CASP9.
Se vai nella coda delle WU elaborate dal tuo pc noterai come anche altri hanno lo stesso errore !
Ah ... per un pò mi sono "switchato" su Rosetta.

Penso sia normale, la stessa cosa succede anche a me con P4 e windows XP, quindi io sto eliminando man mano che arrivano tutte le WU CASP9.
Se vai nella coda delle WU elaborate dal tuo pc noterai come anche altri hanno lo stesso errore !
Ah ... per un pò mi sono "switchato" su Rosetta.

Oggi quando mi è andata in errore la WU di CASP9 mi siete venuti in mente...

Tempo elaborato 52 secondi... Sistema operativo ovviamente 7 a 64bit. Prima non mi era mai successo, anche con altre CASP9. L'unica differenza che ho notato è che questa CASP9 ce l'aveva scritto a metà nome della WU, le altre ce l'avevano sempre scritto all'inizio.

Su Linux (Ubuntu) a 64bit oggi ne sono state elaborate 2 senza problemi, ma non so di che razza. Sull'i5 invece una CASP di quelle con scritto CASP all'inizio andata a buon fine.

Per chi ci prova a capire qualcosa questo è il risultato di quella andata in errore (è nello spoiler per compattezza):

Vediamo... Ciao!!!

Ma anche a voi rosetta non salva più i checkpoint?

Me ne sono accorto prima che ho spento e riacceso il pc: avevo due wu al 14 e qualcosa percento ed un'altra al 57. Quando l'ho riacceso erano tutte allo 0%

morse ha scritto:

Ma anche a voi rosetta non salva più i checkpoint?

Me ne sono accorto prima che ho spento e riacceso il pc: avevo due wu al 14 e qualcosa percento ed un'altra al 57. Quando l'ho riacceso erano tutte allo 0%

Avevo avuto il sentore anch'io in questi giorni...

Per me è sicuramente così....

morse ha scritto:

Ma anche a voi rosetta non salva più i checkpoint?

Me ne sono accorto prima che ho spento e riacceso il pc: avevo due wu al 14 e qualcosa percento ed un'altra al 57. Quando l'ho riacceso erano tutte allo 0%

Lo tengo d'occhio... Per ora ne ho una al 100% in attesa di esecuzione (un applauso al manager che ha cambiato elaborazione ad un secondo dalla fine).

Spero di non doverla rilavorare...

Che tipo di WU sono??? Quella che ho al 100% è una CASP9...

Ciao!!!

P.S. Attenzione!!!

Il team di Rosetta@Home annuncia l'aggiornamento del programma di elaborazione alla versione 3.24 dalla precedente versione 3.22. La nuova versione supporta la simmetria nei protocolli ibridi utilizzati nei modelli comparativi. Nel caso vengano riscontrati dei problemi, il team risponde a questo indirizzo.

Controllate, magari potrebbe essere questo il motivo... Intanto ho provato a chiedere cos'è questa modellazione ibrida comparativa...

P.P.S. Mannaggia a bobo che mi frega sempre di 2 minuti sulle news...

Herr Fritz 27 ha scritto:

morse ha scritto:

Ma anche a voi rosetta non salva più i checkpoint?

Me ne sono accorto prima che ho spento e riacceso il pc: avevo due wu al 14 e qualcosa percento ed un'altra al 57. Quando l'ho riacceso erano tutte allo 0%

Lo tengo d'occhio... Per ora ne ho una al 100% in attesa di esecuzione (un applauso al manager che ha cambiato elaborazione ad un secondo dalla fine).

Spero di non doverla rilavorare...

Che tipo di WU sono??? Quella che ho al 100% è una CASP9...

Ciao!!!

P.S. Attenzione!!!

Il team di Rosetta@Home annuncia l'aggiornamento del programma di elaborazione alla versione 3.24 dalla precedente versione 3.22. La nuova versione supporta la simmetria nei protocolli ibridi utilizzati nei modelli comparativi. Nel caso vengano riscontrati dei problemi, il team risponde a questo indirizzo.

Controllate, magari potrebbe essere questo il motivo... Intanto ho provato a chiedere cos'è questa modellazione ibrida comparativa...

P.P.S. Mannaggia a bobo che mi frega sempre di 2 minuti sulle news...

Le mie sono tutte 3.22

Comunque sembra proprio che abbia dei problemi con le wu CASP9

Herr Fritz 27 ha scritto:

P.P.S. Mannaggia a bobo che mi frega sempre di 2 minuti sulle news...

P.S. La versione 3.24 mi sembra non soffra del problema dei checkpoint, ma ne ho provate solo un paio....

boboviz ha scritto:

Herr Fritz 27 ha scritto:

P.P.S. Mannaggia a bobo che mi frega sempre di 2 minuti sulle news...

P.S. La versione 3.24 mi sembra non soffra del problema dei checkpoint, ma ne ho provate solo un paio....

Confermo anch'io, ne su Rosetta, ne su Ralph 3.24 finora nessun problema di checkpoint...

Mi hanno risposto sul forum:

Hi Andrea,

I am one of the Rosetta developers who has been developing the hybridization protocol.

Most of the recent updates on the Rosetta@home project have been in preparation for the upcoming CASP10 structure prediction competition. In particular, we have been developing a new "hybridization" protocol for comparative modeling. The basic idea of comparative modeling is that, if we want to determine the structure of some protein, it is likely to be similar to the structure of proteins with similar amino acid sequences (known as "template" structures). With so many protein structures already solved, given some protein of interest, it is often the case that there are several proteins with similar sequence whose structure is already known.

Previously, when more than one template structure is known, Rosetta could only sample protein conformations using one template at a time. The new hybridization protocol is exciting because it allows us to simultaneously sample features from different templates. This often leads to improved accuracy in structure prediction, as we can sample the most accurate features from many different templates.

The most recent update (3.24) adds symmetry support to hybridization. Some protein structures exist in nature not alone, but in a larger complex containing 2 or 3 (or more) identical copies. In order to accurately predict the structure of these proteins, we must take into account the conformations of these identical copies. With the latest BOINC code, we may borrow no just the structure from template structures, but also the oligomeric assembly, that is, the way in which the identical subunits are assembled.

I'm more than happy to answer any questions about this protocol (or about CASP10).

-Frank

Ciao Andrea,

Sono uno degli sviluppatori del protocollo di ibridizzazione di Rosetta.

La maggior parte dei recenti aggiornamenti di Rosetta@Home sono fatti in preparazione dell'ormai prossima competizione di predizione delle strutture CASP10. In particolare, abbiamo sviluppato un nuovo protocollo di ibridizzazione per la modellazione comparativa. L'idea di base della modellazione comparativa è che, se vogliamo determinare la struttura di molte proteine, probabilmente saranno simili alla struttura di altre proteine con una sequenza simile di amminoacidi. Queste proteine sono dette strutture "modello" o "template". Avendo già parecchie strutture proteiche già risolte, volendo conoscere la struttura di nuove proteine, è molto probabile che, se hanno sequenze di amminoacidi simili a quelle "modello", assumano anche la stessa conformazione.

Precedentemente, partendo da diverse strutture modello, Rosetta poteva campionare e confrontare la proteina oggetto di studio con un solo modello per volta. Il nuovo protocollo di ibridizzazione ci permette di confrontare la sequenza d'interesse con più modelli contemporaneamente.

L'aggiornamento più recente (3.24) aggiunge nell'ibridizzazione il supporto alla simmetria. Alcune strutture esistono in natura non da sole, ma in complessi che contengono 2 o più sequenze identiche. Per poter predire più accuratamente la struttura delle proteine, dobbiamo tenere conto della conformazione di queste copie identiche. Con l'ultimo codice BOINC, non siamo costretti a utilizzare solo il modello, ma possiamo utilizzare anche gli oligomeri, ossia come identiche subunità si assemblano in natura.

Sono più che felice di rispondere a qualsiasi domanda su questo protocollo (o circa CASP10)

-Frank

Per la cronaca, quest'anno il CASP si tiene a Gaeta... Se non fosse così distante...

Ciao!!!

Herr Fritz 27 ha scritto:

Per la cronaca, quest'anno il CASP si tiene a Gaeta... Se non fosse così distante...

A Gaeta si tiene la conferenza finale con il confronto dei risultati.
Non è la prima volta che il CASP si conclude in Italia

boboviz ha scritto:

A Gaeta si tiene la conferenza finale con il confronto dei risultati.
Non è la prima volta che il CASP si conclude in Italia

Si si d'accordo... Sarebbe stato bello un faccia a faccia...

Beh, è la prima volta da quando seguo BOINC...

Quasi quasi chiedo a cosa mirano quest'anno, quali sono, in linea di massima, i loro obbiettivi...

Non me li diranno mai eh???

Mar 27 Mar 17:32:05 2012 | rosetta@home | Task rb_03_25_30068_60831__t000__SAVE_ALL_OUT_IGNORE_THE_REST_45526_1493_0 exited with zero status but no 'finished' file
Mar 27 Mar 17:32:05 2012 | rosetta@home | If this happens repeatedly you may need to reset the project.
Mar 27 Mar 17:32:05 2012 | rosetta@home | Restarting task rb_03_25_30068_60831__t000__SAVE_ALL_OUT_IGNORE_THE_REST_45526_1493_0 using minirosetta version 324 in slot 8
Mar 27 Mar 17:32:07 2012 | rosetta@home | Task rb_03_25_30068_60831__t000__SAVE_ALL_OUT_IGNORE_THE_REST_45526_1493_0 exited with zero status but no 'finished' file
Mar 27 Mar 17:32:07 2012 | rosetta@home | If this happens repeatedly you may need to reset the project.


...aiuto...mi sta facendo un listato chilometrico di questi messaggi malgrado abbia fatto già piu volte il reset del progetto ...e questo mi succede anche su RALPH@home :muro: :muro: ...ogni 2 secondi il listato diventa piu lungo...