Ciao a tutti. In questi giorni ho messo mano alla lista delle pubblicazioni scientifiche prodotte dai progetti WCG.
Vi segnalo alcuni paper mancanti.
# Progetto "Microbiome Immunity Project"
- Gligorijević, V. et al. (2021) ‘Structure-based protein function prediction using graph convolutional networks’, Nature Communications, 12(1), p. 3168. doi: 10.1038/s41467-021-23303-9. Link: www.nature.com/articles/s41467-021-23303-9
# Progetto "Discovery Dengue Drugs"
- Malmstrom, R. D. (2011) Discovering Dengue Drugs-Together: Grid Scale Virtual Screening with Mean Field Free Energy of Binding Rescoring. Dissertation. The University of Texas Medical Branch. Available at: hdl.handle.net/2152.3/763.
# Progetto "Help Defeat Cancer"
- Yang, L. et al. (2007) ‘High Throughput Analysis of Breast Cancer Specimens on the Grid’, in Ayache, N., Ourselin, S., and Maeder, A. (eds) Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention – MICCAI 2007. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, pp. 617–625. doi: 10.1007/978-3-540-75757-3_75. Link: link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-540-75757-3_75
# Progetto "AfricanClimate@Home"
- Tadross, M. et al. (2010) Modelling the Influence of Vegetation, Soil Moisture and Aerosols on Early Summer Southern African Climate. Report to the Water Research Commission WRC Report No. 1681/1/10. Available at: www.wrc.org.za/wp-content/uploads/mdocs/1681-1-101.pdf.
# Su infrastruttura WCG
- Raabe, K. and Powell, L. M. (2020) ‘Exploring grid computing & volunteer computing: analyzing daily computing runtimes on the World Community Grid’, Issues In Information Systems. doi: 10.48009/3_iis_2020_289-297. Link: www.iacis.org/iis/2020/3_iis_2020_289-297.pdf
- Yadav, P. and Darlington, J. (2016) ‘Design Guidelines for the User-Centred Collaborative Citizen Science Platforms’, Human Computation, 3(1), pp. 205–211. doi: 10.15346/hc.v3i1.15. Link: www.iacis.org/iis/2020/3_iis_2020_289-297.pdf
A seguire alcune correzioni dell'elenco pubblicato su boincitaly
# Progetto "Clean Energy Project"
--2011--
Hachmann J., Olivares-Amaya R. et al. - "Design principles and top non-fullerene acceptor candidates for organic photovoltaics using the Harvard clean energy project". J of Phys Chem 2(17), 2011. Link
Da eliminare perché l'articolo non esiste. Esiste invece:
Lopez S.A., Sanchez-Lengeling B. et al. - "Design Principles and Top Non-Fullerene Acceptor Candidates for Organic Photovoltaics". Joule 1(4), 2017. Link
che è già citato correttamente come articolo del 2017.
# Progetto "Computing for Clean Water"
Learmonth G.P., Bobko R. et al. - "Impact of Best Management Practices on Water Quality". 2017. Link
Da spostare sotto "Computing for Sustainable Water". Inoltre il pdf è stato rimosso e al momento il paper è disponibile unicamente sotto archive.org a questo indirizzo: web.archive.org/web/...aculty.virginia.edu/CFSW/Papers/CFSW.pdf
# Progetto "Smash Childhood Cancer"
- Fukuda M., Takatori A. et al. - "Effects of novel small compounds targeting TrkB on neuronal cell survival and depression-like behavior". Neochemis Intern 97, 2016. Link
Da rimuovere perché fa parte di Help Fight Childhood Cancer dove è già correttamente citato.
Infine, scaricando i paper e facendoli passare uno alla volta ho notato che
diverse pubblicazioni non contengono alcun riferimento al WCG né al progetto di ricerca a cui sono associati. La mia idea è che si tratti di lavori che i ricercatori segnalano nelle news come pubblicazioni accessorie relative all'argomento trattato (per esempio,
qui
li presentano come "Some related published work".) Se lo scopo dell'elenco che pubblichiamo è di mostrare la scienza "prodotta" dal WCG probabilmente quei paper non andrebbero citati. Stesso discorso per quanto riguarda alcuni convegni / seminari di cui non esistono atti e che vengono segnalati solo con un riferimento alla pagina web dell'evento.
A seguire metto l'elenco nel caso decidiate di rimuoverli.
# Progetto "Mapping Cancer Markers"
- Hauschild A.C., Jurisica I. et al. - "Visualization of Biomedical Networks".Encyclopedia of Bioinf and Comput Biology 81, 2018.
(
nessuna citazione del WCG)
- Paulitti A, Jurisica I, et al. - "The ablation of the matricellular protein EMILIN2 causes defective vascularization due to impaired EGFR-dependent IL-8 production affecting tumor growth". Oncogene, Feb 27. 2018.
(
nessuna citazione del WCG)
- Wong S., Jurisica I. et al. - "SDREGION: Fast spotting of changing communities in biological networks". BMC Cancer 18(1):408, 2018.
(
nessuna citazione del WCG)
- Rahmati S., Jurisica I. et al - "Two Decades of Biological Pathway Databases: Results and Challenges". Encyclopedia of Bioinf and Comput Biology 81, 2018
(
nessuna citazione del WCG)
- Fortney K, Griesman J, Jurisica I. et al. - "Prioritizing therapeutics for lung cancer: An integrative meta-analysis of cancer gene signatures and chemogenomic data". Plos One 11(3), 2015.
(
nessuna citazione del WCG)
- Kotlyar M., Pastrello C., Jurisica I. et al. - "In silico prediction of physical protein interactions and characterization of interactome orphans". Nature Methods 12 (79-84), 2015
(
nessuna citazione del WCG)
- Wong S., Cercone N. and Jurisica I. - "Comparative network analysis via differential graphlet communities". Proteomics 15 (2-3), 2015
(
nessuna citazione del WCG)
# Progetto "Computing for Clean Water"
- Cao W., Wang J. et al. - "Carbon nanostructure based mechano-nanofluidics". J of Micromod and Microeng 28(3), 2018.
(
nessuna citazione del WCG)
# Progetto "FightAIDS@Home"
- Morris G.M., Huey R., Lindstrom W., Sanner M.F., Belew R.K. – "AutoDock4 and AutoDockTools4: Automated docking with selective receptor flexibility". J. of Computer Chem. 30(16), 2009.
(
nessuna citazione del WCG)
# Progetto "Help Conquer Cancer"
- Snell E.H., Luft J.R., Potter S.A. et al. – "Establishing a training set through the visual analysis of crystallization trials. Part I: 150 000 images". Acta Crystal D Biol. 64(11), 2008. Link
(
nessuna citazione del WCG; idem la Parte II)
# Progetto "Help Cure Muscolar Dystrophy"
- Engelen S., Trojan L.A., Mora S.S., Lavery R., Carbone A. – "Joint Evolutionary Trees: A Large-Scale Method To Predict Protein Interfaces Based on Sequence Sampling". PLOS Comput. Biol. 5(1), 2009. Link
(
nessuna citazione del WCG)
# Progetto "Help Defeat Cancer"
- DiPaola R., Dvorzhinski D., Thalasila A. et al. – "Therapeutic starvation and autophagy in prostate cancer: A new paradigm for targeting metabolism in cancer therapy". Prostate 68(16), 2008.
(
nessuna citazione del WCG)
# Progetto "Human Proteome Folding"
- Nissen E.A., Smith K.D., Bonneau R., Strong R.K., Aderem A. – "A conserved surface on Toll-like receptor 5 recognizes bacterial flagellin". J. of Experimental Medicine 204(2), 2007.
(
nessuna citazione del WCG)
- Bonneau R., Facciotti M.T., Reiss D.J. et al – "A Predictive Model for Transcriptional Control of Physiology in a Free Living Cell". Cell 131(7), 2007
(
nessuna citazione del WCG)
# Progetto "Help Stop TB"
- Meletiou A., Shannon G. et al. - "Utilising IBM’s World Community Grid (WCG) virtual supercomputer to model mycolic acids from Mycobacterium tuberculosis". Big Data in Biomolec Syst Confer, 2016. Link
(
convegno)
# Progetto "OpenZika"
- Mottin M. - "Discovery of new antiviral candidates against zika virus". ACS National Meeting, 2018
(
convegno)
- Mottin M. - "OpenZika: Opening the Discovery of New Antiviral candidates against Zika Virus and Insights into Dynamic behavior of NS3 Helicase". 46th World Chemist Congress, 2017.
(
convegno)
- Motim M., Perryman A.L. et al. - "OpenZika: an open science collaboration project to discover drug candidates against Zika virus". 8th Brazilian Symposium on Medicinal Chem, 2016.
(
convegno)
# Progetto "Clean Energy Project"
- Lopez S.A. - "Identification of next-generation materials for organic solar cells via a collaborative theory-experimental approach". ICNM Seminars, 2017
(
convegno)
Continuerò a lavorarci anche nei prossimi giorni / settimane per cui è possibile che tornerò per qualche aggiornamento.