ARGOMENTO:

Buro87 ha scritto:

Impostare una durata elevata (es 16h) dovrebbe essere ininfluente per entrambe le cpu.
Queste sono le mie considerazioni.

Durante questo challenge proverò a fare dei test:
cpu: ryzen 5 1600
- applicazione : rosettaMini
- durata impostata: 4h - 8h -12h- 16h

Seguo le tue considerazioni.
Ho un Ryzen 7 2700X ed ho impostato il Target CPU run time a 16h.
Vediamo come si comporteranno le nuove WU che mi arrivano, giusto un'oretta per terminare le 3 che ho più prossime alla fine.

xdarma ha scritto:

Le WU contengono una proteina (o una parte di) da piegare/arrotolare/manipolare secondo dei modelli detti decoy.

I decoy sono, in realtà, il risultato finale di una minisimulazione, la struttura finale risultante.

Questi modelli, insieme ad altre "cose", sono contenuti nei file di database che trovi nella directory del progetto.

Nel db, sono presenti diciamo così, i "criteri" di simulazione, esempio, gli angoli di curvatura, se il ripiegamento è destrorso o sinistrorso, ecc.

Ti anticipo che se ti chiederai come gestire i decoy non applicati alla proteina: non lo so nenach'io.

I decoy non si applicano. Sono il risultato.

Buro87 ha scritto:

Presumo che tutti queste manipolazioni siano predeterminate.
Ad esempio:WU contenente "la proteina "X" deve essere piegata/arrotolata 100 volte secondo questi parametri"

Ni. C'è sempre un certo valore di libertà nelle simulazioni.

In entrambi i casi, quando scade la durata di 2h, viene completata la piegatura in corso, e poi la wu viene inviata al server (che provvederà a rimandarla altrove per essere finita).Se invece impostassi una durata di 8h. la cpu potente, termina lr piegature in 5h, manda il lavoro e ne riceve una nuova wu.

Anche qui, la cosa non è così fissa e rigida. Se una cpu potente finisce "prima" le microsimulazioni, talvolta ne ripete alcune.

Impostare una durata elevata (es 16h) dovrebbe essere ininfluente per entrambe le cpu.

Se calcoli più decoy (il risultato finale di una microsimulazione), avrai un punteggio più alto per quella wu.
E' per quello che a parità di durata una cpu potente rende di più di una scrausa.

@ buro
Non è così scontato che riuscirai a completare 99 decoy prima delle 16 ore, come non è così scontato che i decoy da completare siano 99.
Io non ho un CPU di ultima generazione, ma ho comunque un i7 6700, se guardo le ultime WU di rosetta che ho elaborato in 8 ore sono usciti 8 - 12 decoy.
Quelle di rosetta mini viaggiano fra i 28 e i 35 decoy, poi ho beccato una rosetta mini che ha realizzato 600 decoy in poco meno di 7 ore.
Quindi dipende molto dalla WU che viene assegnata.

Scusate, ma sono terminate le WU? Le sto via via ultimando ma è da oggi alle 17 che non me ne scarica nessuna nuova...
L'ultima che ho ricevuto è delle 15:30.

Leonardo ha scritto:

Scusate, ma sono terminate le WU? Le sto via via ultimando ma è da oggi alle 17 che non me ne scarica nessuna nuova...
L'ultima che ho ricevuto è delle 15:30.

Guardando lo status del server, sembra di sì
boinc.bakerlab.org/rosetta/server_status.php

Buro87 ha scritto:

Guardando lo status del server, sembra di sì
boinc.bakerlab.org/rosetta/server_status.php

Qual'è il dato da guardare? In alto vedo "Tasks ready to send" a 8075. Non è questo?

Leonardo ha scritto:

Buro87 ha scritto:

Guardando lo status del server, sembra di sì
boinc.bakerlab.org/rosetta/server_status.php

Qual'è il dato da guardare? In alto vedo "Tasks ready to send" a 8075. Non è questo?

No, io guardo giù a sinistra. Sotto a "Attività dall'applicazione"

@Leonardo, SI' , sono i batch (letteralmente pacchi di wu, elaborazioni ) rilasciate, ancora da spedire.

Ce ne sono un milione e quattrocentomila in giro Rosetta fa gli straordinari

Alcune news dal forum:

Non solo il coronavirus ha aumentato l'interesse dei volontari con il nostro progetto Rosetta@home, ma sta anche suscitando molto interesse verso R@h all'interno del laboratorio (IPD), quindi la comunicazione dovrebbe decisamente migliorare. Sono successe molte cose in poco tempo.
1. Come accennato in precedenza abbiamo registrato circa un aumento del 400% o più della potenza nell’ultima settimana. Finora la nostra infrastruttura ha gestito bene, ma sicuramente esamineremo l'espansione e l'ottimizzazione poiché prevediamo che molti altri volontari si uniranno nel prossimo futuro. Inoltre, la nostra larghezza di banda si è esaurita in alcune occasioni, ma da allora è andata.

2. Numerosi gruppi esterni ci hanno contattato per aiutarci:
a. La comunità di sviluppatori ARM si è riunita e ha aiutato a portare Rosetta per aarch64. L'applicazione è attualmente in fase di test su Ralph@home e verrà rilasciata presto con un annuncio.
b. Siamo in comunicazione con Microsoft per aiutarci a integrare e supportare le build di Rosetta BOINC nell'infrastruttura di build e test di Rosetta Commons (e possibilmente con altri sviluppi).
c. Stiamo comunicando con Charity Engine per utilizzare, eventualmente, la loro infrastruttura per eseguire lavori basati su machine learning GPU e per aiutare a integrare tale capacità nella infrastruttura di R@H.

3. Abbiamo un sacco di lavori COVID-19 ma di tanto in tanto potrebbe esserci una pausa per darci la possibilità di prepararli sulla base dei risultati precedenti e di nuovi obiettivi / metodi ecc.
4. Speriamo di aggiornare presto le app Rosetta (che sono attualmente in fase di test su Ralph) e abbiamo in programma di fare un altro aggiornamento nel prossimo futuro, quindi 2 aggiornamenti di applicazioni sono in programma.
5. Con questi aggiornamenti in corso, speriamo di reclutare più ricercatori all'interno del laboratorio per utilizzare questa risorsa, ma nell'immediato futuro, la priorità sarà ovviamente verso il COVID-19, in particolare per la progettazione di “impalcature” e “leganti” con obiettivi sul COVID-19, come possibili terapie.

Grazie a tutti.

boboviz ha scritto:

Alcune news dal forum:

Non solo il coronavirus ha aumentato l'interesse dei volontari con il nostro progetto Rosetta@home, ma sta anche suscitando molto interesse verso R@h all'interno del laboratorio (IPD),

Non capisco. All'interno dell'IPD, dove gira R@H, non "credevano" molto a R@H?? Andiamo bene andiamo.

b. Siamo in comunicazione con Microsoft per aiutarci a integrare e supportare le build di Rosetta BOINC nell'infrastruttura di build e test di Rosetta Commons (e possibilmente con altri sviluppi).

Sabaaaaaaaa

4. Speriamo di aggiornare presto le app Rosetta (che sono attualmente in fase di test su Ralph) e abbiamo in programma di fare un altro aggiornamento nel prossimo futuro, quindi 2 aggiornamenti di applicazioni sono in programma.

Dai, dai, dai

Da quello che ho capito Rosetta è usato, oltre che dalla University of Washington e dallo Institute for Protein Design, anche da altri laboratori/università/ricercatori. C'è un elenco completo di chi usa Rosetta?

Antonio ha scritto:

C'è un elenco completo di chi usa Rosetta?

Quello lo trovi sul sito RosettaCommons.
Ma nel post parlava proprio del loro laboratorio, ovvero l'IPD.

boboviz ha scritto:

[

b. Siamo in comunicazione con Microsoft per aiutarci a integrare e supportare le build di Rosetta BOINC nell'infrastruttura di build e test di Rosetta Commons (e possibilmente con altri sviluppi).

Sabaaaaaaaa

Che c'è

boboviz ha scritto:

Non capisco. All'interno dell'IPD, dove gira R@H, non "credevano" molto a R@H?? Andiamo bene andiamo.

Questa pandemia ha fatto ricredere molte persone e nei campi più disparati.

sabayonino ha scritto:

Che c'è

Saba, di' una cosa di Linux, di' una cosa anche non di Linux, di open source. Saba, di' una cosa, di' qualcosa! Reagisci!

Non discuto di politica

sabayonino ha scritto:

boboviz ha scritto:

[

b. Siamo in comunicazione con Microsoft per aiutarci a integrare e supportare le build di Rosetta BOINC nell'infrastruttura di build e test di Rosetta Commons (e possibilmente con altri sviluppi).

Sabaaaaaaaa

Che c'è

Altro messaggio interessante degli amministratori del progetto.
Soprattutto l'ultima parte risponde ad alcuni dubbi che erano sorti nel forum:

Abbiamo "bruciato" tutte le unità di lavoro.

Attualmente stiamo affrontando 3 problemi che in qualche modo ci hanno fatto finire le wu:
1. La potenza di calcolo è incredibile. Ho messo in coda qualcosa 2 giorni fa (avrebbe richiesto più di una settimana per essere eseguito localmente sui nostri server) e il tutto è stato completato in circa 18 ore.
2. La creazione di questi lavori richiede ore uomo e ore CPU da parte nostra e, in questo periodo, siamo molto ridotti. Sto lavorando duramente per far passare le cose attraverso la pipeline, ma per molte di queste, devo sviluppare un nuovo software per impostare correttamente i lavori. Inoltre, ci sono alcune cose che non possiamo eseguire su R@H e quindi devono essere pre-calcolate.
3. Abbiamo quasi lanciato il nuovo aggiornamento su Rosetta@Home, ma non ancora. Stiamo aggiornando il software Rosetta (la base di Rosetta@Home) da circa 2 anni. Una volta che ciò accadrà, saremo in grado di eseguire la progettazione dell'interfaccia e i nuovi membri del laboratorio che eseguono la progettazione delle proteine avranno un modo molto più veloce e semplice per presentare il lavoro. Allo stato attuale, fare design su R@H richiede di usare una versione di Rosetta piuttosto vecchia, senza tutte le funzionalità più recenti.

Una volta avviata la progettazione dell'interfaccia, dovremmo essere in grado di offrire molto più lavoro ai volontari. Finalmente avrà senso il motivo per cui abbiamo prodotto queste proteine "impalcatura".
Per dare un'idea, creare la coda lavoro per un'intera giornata di progettazione Rosetta su Boinc, in questi giorni, è davvero difficile da parte nostra. Supponiamo che ogni WU da progettare abbia bisogno di 10 strutture e che R@H stia restituendo 1 milione di wus al giorno: sono 10 milioni di strutture che devo produrre (circa 700 GB di dati). E questo è quello per mettere in coda un solo giorno di lavoro.

Le attività di previsione della struttura sono molto più facili da mettere in coda: devo solo caricare 1 struttura e dire che voglio 10 milioni di output. A quel punto, invio la stessa wu 1 milione di volte.

Buro87 ha scritto:

No, io guardo giù a sinistra. Sotto a "Attività dall'applicazione"

Hanno scritto a proposito:

The tasks ready to send are indeed the tasks ready to send by our feeder daemons. We try to keep this buffered to at least 15,000 or so whereas the actual queue that researchers submit to is not part of BOINC and is not shown to users other than the "Total queued jobs" on the R@h homepage. When this "tasks ready to send" buffer starts to reduce as it has been mentioned by the attentive participant, that means our internal queue is also low. This may happen from time to time as mentioned in my last post. These stats do not get updated frequently. The server status should be updated hourly so there may be a slowdown gathering the data as you note. The homepage status should be updated every 4 hours. Hope this explains things.