ARGOMENTO:

dipende che tipo di WU è e quale proteina (o quello che sarà) sta elaborando.
Comunque Rosy non si risparmia sulla memoria , quindi occhio su pc multi-thread .

sabayonino ha scritto:

dipende che tipo di WU è e quale proteina (o quello che sarà) sta elaborando.
Comunque Rosy non si risparmia sulla memoria , quindi occhio su pc multi-thread .

Ora che me lo fai notare sul pc con ryzen ho la cpu che non supera il 91% di utilizzo e la ram piena al 95% (il limite che gli ho impostato).
Purtroppo con quello che costano i banchi di ram ho dovuto mettere 8GB per 16 core....
Di buono c'è che in settimana arrivo al milione e giro su altro. Intanto posso lasciare le cose così o mi conviene magari farne andare 15 per volta?

Gattorantolo ha scritto:

OK, ma anche a trovare le WU fallate che ci tiro fuori?

Magari lo posti sul forum del progetto e aiuti il debug dell'applicativo...

corla99 ha scritto:

Perdonatemi la possibile domanda "stupida": è normale che una wu di rosetta su cpu intel si prende tra i 200 e i 400MB di ram, mentre su cpu amd non scende sotto i 450MB? Guardando bene su un pc ne ho una che si prende ben 1.700MB

Non credo dipenda dalla cpu.
Io ho amd e svariegate wu sotto i 300 Mb di ram.
Solo che, pure io, ho wus che occupano oltre 1Gb di memoria.
E' uno dei motivi che mi bloccano dal cambiare pc: il costo della ram!!!

E' un pò che scarseggiano le wu per Android
E' un pò che scarseggiano le wu dell'applicativo 4.07
Adesso siamo a secco pure delle 3.78
E si avvicinano le vacanze natalizie.
Non la vedo bene

boboviz ha scritto:

Non la vedo bene

Come volevasi dimostrare
Dal 21 le code sono vuote e nessuno degli admmministratori/moderatori risponde sul forum
Capisco le vacanze di Natale che son sacrosante, ma un pò di remote admin sui server non ha mai ucciso nessuno...

Dopo un paio di settimane di server all'asciutto, stamattina è ricominciata la coda di wus.

veramente è almeno dal 31 che ci elaboro...

sabayonino ha scritto:

veramente è almeno dal 31 che ci elaboro...

Strano, le code erano a secco....

comunque oggi ho avuto la riprova del perchè non scaccolavo su rosetta da un bel pò, ossia i crediti a casaccio
2gg fa ero a 341k crediti e mi son detto: portiamolo a 350k.
Allora scarico una cinquantina di wu e arrivo a 345k
ieri ne scarico altre 50 e mi generano forse 1000cr
oggi altre 50 e sono a 350k con ancora 20 da scaccolare....

mi sembra molto strano perchè fino a non molto tempo fa i crediti erano linearmente legati alla durata

zioriga ha scritto:

mi sembra molto strano perchè fino a non molto tempo fa i crediti erano linearmente legati alla durata

In realtà i crediti non sono mai stati legati in maniera automatica e lineare alla durata.
L'importante, per Rosetta, sono i decoy simulati durante il tempo prefissato dall'utente.

Researchers in the King lab, an affiliate of the Institute for Protein Design, published a report in Cell describing a computer-designed nanoparticle vaccine targeting respiratory syncytial virus (RSV). Although Rosetta@home was not directly used for this study, Rosetta@home volunteers provided computing for related research and development.

From IPD news:

Millions of children will visit hospitals this year, sickened by RSV. Infection is usually mild, causing only fevers, runny noses and frightened parents. But, in severe cases, barking coughs and painful wheezing can indicate serious respiratory complications, including bronchiolitis and pneumonia.

RSV is the primary cause of pneumonia in children under one and is therefore the leading cause of infant mortality worldwide after malaria. Although virtually every child on Earth will get RSV before the age of three, an estimated 99 percent of RSV deaths occur in developing countries. Despite substantial effort, there is not yet a safe and effective vaccine.

Today, an international team of scientists co-led by researchers at the IPD report in Cell a first-of-its-kind vaccine candidate for RSV. It elicits broadly neutralizing antibodies against respiratory syncytial virus in mice and monkeys, paving the way for human clinical trials.

8 Mar 2019, 18:51:56 UTC

quindi vuol dire che le elaborazioni di Rosetta@home hanno contribuito ??? Anche se sono rimasti un po generici sull'argomento
In altri termini che cosa significa

Although Rosetta@home was not directly used for this study, Rosetta@home volunteers provided computing for related research and development.

???

Il progetto Rosetta@Home in sè non è legato a quel tipo di ricerca (probabilmente come ricercatori), ma i volontari (noi) hanno contribuito con le simulazioni.
Probabilmente l'eseguibile è stato fornito da qualcun'altro e messo in circolazione tramite il Rosetta@home che ne ha fatto da veicolo.

Potresti vederla come :

Un amico ricercatore di ValterC , chiede se può utilizzare TN-Grid per veicolare i loro studi su "X" e sfruttarne le capacità computazionali ... magari in cambio di una bella scorta di Grappa
ValterC accetta perchè la proposta è allettante e si mette al riparo con una bella scorta nel caso di una invasione a casa sua di scalmanati di BOINC.Italy con Meeting improvvisati all'ultimo.

Altra nuova ed importante collaborazione da parte dell'IPD
AmgenScience and IPD

sabayonino ha scritto:

Un amico ricercatore di ValterC , chiede se può utilizzare TN-Grid per veicolare i loro studi su "X" e sfruttarne le capacità computazionali ... magari in cambio di una bella scorta di Grappa
ValterC accetta perchè la proposta è allettante e si mette al riparo con una bella scorta nel caso di una invasione a casa sua di scalmanati di BOINC.Italy con Meeting improvvisati all'ultimo.

Mi sembra qualcosa di già visto, almeno l'ultima parte...

zioriga ha scritto:

quindi vuol dire che le elaborazioni di Rosetta@home hanno contribuito ??? Anche se sono rimasti un po generici sull'argomento
In altri termini che cosa significa

Although Rosetta@home was not directly used for this study, Rosetta@home volunteers provided computing for related research and development.

???

Significa che, spesso, il codice di Rosetta viene utilizzato anche da altri centri di ricerca e non solo dall'IPD.
Noi volontari, oltre a fare calcoli per l'IPD, validiamo e testiamo il codice ROSETTA che gira in R@H.

I contatti tra il team di Rosetta e quelli di Alphafold sembra dare i primi frutti.
trRosetta è un tool di AI, basato su Tensorflow, che amplia il codice di Rosetta per fare predizioni attraverso reti neurali.
E gira pure su gpu.
Speriamo si veda qualche novità al riguardo anche su R@H

Uh, sembra che anche quelli di R@H siano coinvolti nella ricerca di un vaccino contro il coronavirus

ottima notizia, allora lo riattivo...