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ARGOMENTO: [Thread Ufficiale] Rosetta@home

Rosetta@home 18/02/2020 17:56 #132507

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LB89IT [Toscana] ha scritto: ottima notizia, allora lo riattivo...

Attenzione, però. Sembra siano particolarmente vogliose di ram.

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Rosetta@home 18/02/2020 18:25 #132509

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16 GB DDR4 a 3200MHz basteranno spero...
e comunque sono WU random quelle sul Corona virus immagino

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Ultima modifica: da LB89IT [Toscana].

Rosetta@home 19/02/2020 10:59 #132513

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Ma per ricevere solo le Rosetta Mini bisogna fareu n fille app_config.xml? tra le preferenze del sito non trovo tale opzione
Le Rosetta Mini hanno un comportamento "regolare" congruo alle impostazioni settate (nel mio caso: durata 2h)
Le Rosetta normali invece fanno quello che gli pare e hanno un rendimeto TROPPO randomico: 2 wu completate dopo 6h di elaborazione hanno maturato rispettivamente di 20 e 80 cr :muro: :muro:

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Rosetta@home 20/02/2020 09:59 #132525

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Buro87 ha scritto: Ma per ricevere solo le Rosetta Mini bisogna fareu n fille app_config.xml? tra le preferenze del sito non trovo tale opzione

Si, bisogna andare di file di configurazione.

Le Rosetta normali invece fanno quello che gli pare e hanno un rendimeto TROPPO randomico: 2 wu completate dopo 6h di elaborazione hanno maturato rispettivamente di 20 e 80 cr :muro: :muro:

Sulle rosetta "normali" buttano su una serie di simulazioni veramente eterogenee. Sulle mini sembra si siano "specializzati" su alcune simulazioni.
E, comunque, entrambe le app hanno ormai un paio di anni e i bug presenti non sono mai stati risolti (es, errori nei puntatori della ram).
Eppure il codice di Rosetta continua ad essere regolarmente aggiornato.
Boh

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Rosetta@home 25/02/2020 08:22 #132567

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Novità sulle simulazioni di Rosetta per il CoronaVirus
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Rosetta, vedere le strutture molecolari previste 26/02/2020 15:56 #132596

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Vista l'emergenza coronavirus, ho ripreso rosetta@home.
Non è esattamente un'emergenza, ma se boinc trovasse qualcosa di utile sarebbe una bella pubblicità.

Per aiutare sul fronte coronavirus, non sembra utile discriminare le WU in base all'applicazione. :link:

Il server sembra aver limiti di banda passante, quindi serve anche un po' di pazienza.

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Rosetta, vedere le strutture molecolari previste 26/02/2020 17:17 #132598

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xdarma ha scritto: Non è esattamente un'emergenza, ma se boinc trovasse qualcosa di utile sarebbe una bella pubblicità.

Qualcosa ha già trovato.
E io (il team boinc italy) sta avendo un sacco di interazioni su FB e Twitter.
Ringraziano per il messaggio: Antonio Cerrato

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Rosetta, vedere le strutture molecolari previste 26/02/2020 23:29 #132602

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xdarma ha scritto: Vista l'emergenza coronavirus, ho ripreso rosetta@home.
Non è esattamente un'emergenza, ma se boinc trovasse qualcosa di utile sarebbe una bella pubblicità.


Da quello che ho capito , mi sembra che abbiano utilizzato l'applicativo di Rosetta (quello che @Bobo lamenta sempre che non aggiornano mai :D ) nei loro laboratori.
Non si capisce mai una mazza se noi poveri cristi centriamo qualcosa ...almeno un ligando ... :noidea:

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Rosetta, vedere le strutture molecolari previste 27/02/2020 12:27 #132606

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sabayonino ha scritto: Non si capisce mai una mazza se noi poveri cristi centriamo qualcosa ...almeno un ligando ... :noidea:

In realtà qualcuno l'ha ricavato

These are likely jobs that are modeling the Spike complex ( new.robetta.org/results.php?id=15652 ) of 2019-nCoV_S, the corona virus. The genome has been sequenced and there is a mad rush to determine structures for possible drug targets.

Here is one of the task names:
rb_02_08_15652_15556__t000__0_C1_SAVE_ALL_OUT_IGNORE_THE_REST_891233_2882_1

Ringraziano per il messaggio: sabayonino, Antonio Cerrato

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Rosetta, vedere le strutture molecolari previste 06/03/2020 21:31 #132671

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Cercando come termine "Spike"

robetta.bakerlab.org/queue.php?id=&username=&target=Spike

oltre alla 15652 come cavolo si fa a capire se qualcuno ha elaborato effettivamente per il COVID-19

Hanno "trovato" una proteina , ma potrebbero essercene altre da tirar fuori , sicuramente.

(nemmeno una connessione https hanno :punizione: )
Ringraziano per il messaggio: Antonio Cerrato

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Ultima modifica: da sabayonino.

Rosetta, vedere le strutture molecolari previste 07/03/2020 17:34 #132680

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Ho rimesso in funzione Boing e questo progetto, che ho supportato durante qualche anno ( 2010-2016).

Spero che trovino al piu' presto un trattamento che possa guarire i contagiati da questo virus.

www.ipd.uw.edu/2020/02/rosettas-role-in-fighting-coronavirus/

Ciao.

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Rosetta, vedere le strutture molecolari previste 07/03/2020 18:20 #132682

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Sui miei computer Rosetta@home sta sprecando preziose ore di calcolo.
https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13538
Problema solo per Linux, da quel che ho capito.

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COVID-19

Rosetta, vedere le strutture molecolari previste 08/03/2020 02:41 #132689

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Stai utilizzado un client vecchiotto :
boinc.bakerlab.org/rosetta/result.php?resultid=1125386323

<core_client_version>7.2.42</core_client_version>

Non è che questo sia il problema ?

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Rosetta, vedere le strutture molecolari previste 08/03/2020 09:23 #132691

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Probabile che il crash di BOINC ci sia correlato con il fatto che la versione è molto vecchia (v7.2.42), sebbene sia una problematica piuttosto singolare che l'applicazione di un progetto manda in crash il programma che la controlla, ma ho riscontrato wu in errore dello stesso tipo anche su client relativamente nuovo (v7.9.3).

Dato che solo quelle wu mi creano problemi, le abortisco ancor prima di elaborarle e tanti saluti.

P.S. La versione più recente standalone è la 7.4.22 che aveva bug grafici sul mio PC, mentre la 7.2.42 è quella immediatamente precedente. Mai avuto problemi con tutti i progetti e tutte le applicazioni.

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COVID-19

[Thread Ufficiale] Rosetta@home 09/03/2020 13:20 #132710

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Gigi ... sono venuto a farti compagnia nel forum di Rosetta :asd:

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Rosetta, vedere le strutture molecolari previste 10/03/2020 10:48 #132729

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sabayonino ha scritto: oltre alla 15652 come cavolo si fa a capire se qualcuno ha elaborato effettivamente per il COVID-19

In realtà da qui puoi vedere i lavori accodati sui server robetta (le wu che cominciano con rb_).
Il nome della coda 2019-nCoV S protein mi sembra abbastanza esplicito!

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Rosetta, vedere le strutture molecolari previste 10/03/2020 12:22 #132733

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Si. Ma nel Manager vedi solo il nome della WU generica spedita dal server .
Qui avevo indicato un post su come riconoscere le WU COVID al volo
Applicazione
Rosetta 4.07 
Nome
rb_03_08_17543_17633__t000__3_C1_SAVE_ALL_OUT_IGNORE_THE_REST_901437_39
Stato
In elaborazione
Ricevuta
lun 9 mar 2020, 23:01:53
Avvisa della scadenza imminente
mar 17 mar 2020, 23:01:52
Durata stimata del calcolo
80.000 GFLOPs
Tempo CPU
00:15:48
Tempo CPU da ultimo checkpoint
00:15:48
Tempo trascorso
00:16:41
Tempo stimato al completamento
02:33:37
Parte già eseguita
4,384%
Dimensioni della memoria virtuale
772,68 MB
Dimensioni della memoria di lavoro
701,99 MB
Directory
slots/3
ID processo
2116
Tasso di progresso
15,840% all'ora
Eseguibile
rosetta_4.07_i686-pc-linux-gnu

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Rosetta, vedere le strutture molecolari previste 12/03/2020 13:10 #132769

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sabayonino ha scritto: Si. Ma nel Manager vedi solo il nome della WU generica spedita dal server .
Qui avevo indicato un post su come riconoscere le WU COVID al volo

L'unico modo è vedere il nome della coda sui server e il nome corrispondente della wu, ovvero:
rb_datadirilascio_numerocoda
rb_0311_18110 (La coda 18110 è indicata con il titolo di covid-19_Mpro)

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Rosetta, vedere le strutture molecolari previste 15/03/2020 22:45 #132818

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Nuovo batch sul covid-19, la coda è la 18483.
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Rosetta, vedere le strutture molecolari previste 17/03/2020 14:21 #132843

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