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ARGOMENTO:

[Thread Ufficiale] Rosetta@home 18/05/2015 22:04 #115387

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L'utente che fa le pulci a rosetta (e pure a WCG-MCM1) lavora per intel.
Vediamo se c'ha la faccia tosta di proporre il compilatore intel con le mer*d*avigliose features monopoliste... :incavolato:

Per ora mi è sembrato molto corretto. Ha solo indicato un punto in cui si potrebbe ottimizzare e ha consigliato di usare i flag di gcc.

Bobo, il trabocchetto con "tu cosa consigleresti?" lo prepari tu? :angelo:

Aspettiamo....ovviamente se consiglia i suoi "prodotti" ci penseranno i volontari sul forum a redarguirlo


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 18/05/2015 22:15 #115388

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Sì, ma che c'entra? A parte che io utente potrei indispettirmi e dedicare le risorse a progetti più seri informaticamente parlando. :asd: Produttivo perché le cause sono importanti e la gente che si sensibilizza per il tema malattie è di più.

E' produttivo perchè produce risultati: pubblicazioni, nuove proteine, ecc.

Un buon software (fatto da un informatico degno di tale appellativo) minimizza il lavoro necessario per la manutenzione e l'aggiornamento. Per carità, non conosco chi, come e perché ha realizzato tutto l'ambaradan, né mi ritengo migliore di questa o queste persone, ma credo che un progetto di tale portata dovrebbe preoccuparsi dell'efficienza.

Devi anche pensare che dietro al software Rosetta, non c'è solo Rosetta@home, ma svariati centri di ricerca, università, ecc ( qui la lista) e quindi grossi cambiamenti del codice devono essere valutati.
Sono d'accordo che sarebbe ora, per gli admin, di aggiornare il tutto (e infatti l'ho proposto sul loro forum), ma dobbiamo solo affidarci a loro, non avendo accesso al codice sorgente.


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 18/05/2015 22:44 #115389

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Sì, ma che c'entra? A parte che io utente potrei indispettirmi e dedicare le risorse a progetti più seri informaticamente parlando. :asd: Produttivo perché le cause sono importanti e la gente che si sensibilizza per il tema malattie è di più.

E' produttivo perchè produce risultati: pubblicazioni, nuove proteine, ecc.

Questo è vero, ma ci sono molti progetti che attirano utenza grazie ai crediti astronomici piuttosto che alla rilevanza scientifica dei propri risultati. Avevo risposto intendendo la produttività come "tempo di calcolo totale del progetto". Ops. :asd:

Un buon software (fatto da un informatico degno di tale appellativo) minimizza il lavoro necessario per la manutenzione e l'aggiornamento. Per carità, non conosco chi, come e perché ha realizzato tutto l'ambaradan, né mi ritengo migliore di questa o queste persone, ma credo che un progetto di tale portata dovrebbe preoccuparsi dell'efficienza.

Devi anche pensare che dietro al software Rosetta, non c'è solo Rosetta@home, ma svariati centri di ricerca, università, ecc ( qui la lista) e quindi grossi cambiamenti del codice devono essere valutati.
Sono d'accordo che sarebbe ora, per gli admin, di aggiornare il tutto (e infatti l'ho proposto sul loro forum), ma dobbiamo solo affidarci a loro, non avendo accesso al codice sorgente.

Rispettando il terzo principio dell'ingegneria del software, ovvero quello della modularità, si ritroverebbero un software nel quale l'impatto delle modifiche dei moduli e quindi del software stesso si propagano moderatamente. Ma poi, ridefinire o generalizzare delle classi è così complicato? Non posso credere che stiano lavorando su un programma scritto in maniera procedurale. :asd:
COVID-19

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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 19/05/2015 06:10 #115390

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@ Nubman

Non posso credere che stiano lavorando su un programma scritto in maniera procedurale


Mai dire mai !!!
Dietro a ogni progetto ci possono anche essere situazioni particolari. Per esempio su CPDN, c'era un'accozzaglia di programmi scritti da molte persone, nella maggior parte delle volte, da vari studenti, e quindi sulla omogeneità e sull'impostazione generale del progetto (e sulla bontà del risultato finale) ci potrebbero essere molte cose da dire!!

Si spera che su Rosetta abbiano usato una impostazione generale + efficiente, ma questo possiamo solo sperarlo. Mi ricordo che ogni tanto qualche problema si presentava (la ripartenza da zero, o l'HD che all'improvviso si metteva a frullare all'impazzata e così via)

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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 19/05/2015 10:50 #115396

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Ma poi, ridefinire o generalizzare delle classi è così complicato? Non posso credere che stiano lavorando su un programma scritto in maniera procedurale. :asd:


Bisogna ripercorrere un pò la storia del progetto. Rosetta@home nasce nel 2005 con il codice scritto in Fortran (che è, ricordiamolo, uno dei linguaggi storici dell'HPC) e, ad inizio 2008, viene "migrato" sotto C++ (a causa della difficoltà degli aggiornamenti ai protocolli e per il debug), anche se, come ammettono gli admin "The current rosetta application was converted to c++ from a fortran version and is still fortran like in code".
Il fatto, poi, che il codice non sia completamente open, rende tutti i nostri discorsi delle semplici illazioni, ovvero: ci dobbiamo fidare.


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 19/05/2015 22:02 #115408

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Ma poi, ridefinire o generalizzare delle classi è così complicato? Non posso credere che stiano lavorando su un programma scritto in maniera procedurale. :asd:


Bisogna ripercorrere un pò la storia del progetto. Rosetta@home nasce nel 2005 con il codice scritto in Fortran (che è, ricordiamolo, uno dei linguaggi storici dell'HPC) e, ad inizio 2008, viene "migrato" sotto C++ (a causa della difficoltà degli aggiornamenti ai protocolli e per il debug), anche se, come ammettono gli admin "The current rosetta application was converted to c++ from a fortran version and is still fortran like in code".
Il fatto, poi, che il codice non sia completamente open, rende tutti i nostri discorsi delle semplici illazioni, ovvero: ci dobbiamo fidare.

:doh: :arg:

A parte gli scherzi, so quanto sia usato nel calcolo numerico. La mia prof praticamente aveva milioni di routine in quel linguaggio. :asd:
Ad ogni modo se il codice Fortran è più veloce, potrebbero anche pensare di sviluppare delle macro in C++ che lo richiamano piuttosto che convertire usando una logica di allocazioni e via dicendo meno efficiente. Sicuramente queste sono illazioni, viva l'open source. :D
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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 05/06/2015 17:48 #115604

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Grazie all'interesse che si è creato riguardo all'introduzione di istruzioni SSEx/AVX/AVX2/ecc (e anche al rompimento che ho fatto io) è stato aperto un thread sul forum in cui discutere dei possibili miglioramenti al codice.
La cosa speriamo venga notata dagli admin del progetto, i quali hanno accesso ai sorgenti e quindi possono stabilire se apportare o meno delle modifiche.


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Ringraziano per il messaggio: campos

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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 08/06/2015 16:10 #115629

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Grande Bobo! Speriamo riescano/vogliano fare un po' di ottimizzazione :jump:

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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 08/06/2015 18:12 #115631

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@bobo

sono andato a leggere il forum in questione

L'impressione che ho è che quel David E.K. che è il gestore del progetto, nonchè lo scienziato delle stesso e così via, non abbia molta voglia di avviare una revisione "informatica" del codice.

E' probabile che il codice sia una cosa molto complicata, per cui ci vanno con i piedi di piombo a fare modifiche/ottimizzazioni.

Un pò come per il progetto CPDN

Potrei anche sbagliare, ma, a pensare male .....................

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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 08/06/2015 18:27 #115632

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E' probabile che il codice sia una cosa molto complicata, per cui ci vanno con i piedi di piombo a fare modifiche/ottimizzazioni.


Ma fosse quello potrei pure capirli (e comunque dietro il codice non c'è il solo David E.K).
Si tratta solo di aggiornare il compilatore, miseria. Sono indietro di anni!!
E il fatto che non rispondano sul forum (anche solo per dire: NON è fattibile se non cambiando completamente server) non è un buon segno.
Lack of communication, as usual.


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 10/06/2015 10:09 #115647

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Lack of communication, as usual.


Mi ha dato ragione pure David:

Yep, you all are correct. Communication is lacking. Sorry about that. We'll try to improve but I have to admit it's a struggle to get scientists in the group to provide continuous feedback. And yes, often times leadership transfer requests slip by me

:arg:


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Ultima Modifica: da boboviz.

[Thread Ufficiale] Rosetta@home 14/06/2015 17:14 #115722

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Il volontario che ha aperto la discussione sul codice (e sui tools) di rosetta ha chiarito cosa ha usato:

The tools needed on Linux are available to all Linux users. Just start up a bunch of R@H tasks, use "perf" to monitor all the system CPU's for your time period and use "perf" to display the results. I used "objdump" to disassemble the binary and find the "perf" program counter address in the objdump output. If you have SOURCE, objdump will add the source code to the dump.

The equally good stuff on Windows seems to be mostly retail stuff.


Qui ci vuole Saba per decifare il testo :ciapet:


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 16/06/2015 17:48 #115759

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I hope these improvements may involve also AMD cpu....
Intel cripple Amd cpu

Grazie per averlo scritto in maniera chiara.
Le ultime generazioni di AMD hanno la fpu condivisa e "faticano" con le avx-256. Se vengono usate avx-128 riescono a elaborarne due alla volta. Sarebbe da segnalarlo, solo per evitare che vengano usate le 256 quando bastano le 128.
TIA

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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 17/06/2015 08:31 #115771

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Grazie per averlo scritto in maniera chiara.


Ah, ah, ah.
Non pensavo che qualcuno avrebbe notato quelle due righette in croce.
E comunque finchè non si "espone" qualche admin è solo dar aria ai denti


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 17/06/2015 19:35 #115781

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Il volontario che ha aperto la discussione sul codice (e sui tools) di rosetta ha chiarito cosa ha usato:

The tools needed on Linux are available to all Linux users. Just start up a bunch of R@H tasks, use "perf" to monitor all the system CPU's for your time period and use "perf" to display the results. I used "objdump" to disassemble the binary and find the "perf" program counter address in the objdump output. If you have SOURCE, objdump will add the source code to the dump.

The equally good stuff on Windows seems to be mostly retail stuff.


Qui ci vuole Saba per decifare il testo :ciapet:


in pratica ha "aperto" l'eseguibile in rosetta con objdump (un tool fornito nelle binutils di tutte le distribuzioni,è un pacchetto base), in genere dovrebbe rendere il codice disponibile in assembly (o fortran ?? :blink: )...
/usr/bin/eu-objdump
/usr/bin/llvm-objdump
/usr/bin/objdump
/usr/bin/objdump86
/usr/bin/x86_64-pc-linux-gnu-objdump
/usr/share/binutils-data/x86_64-pc-linux-gnu/2.24/man/man1/objdump.1.bz2
/usr/src/linux-3.18.12-gentoo/arch/x86/tools/chkobjdump.awk
/usr/x86_64-pc-linux-gnu/bin/objdump
/usr/x86_64-pc-linux-gnu/binutils-bin/2.24/objdump

[esempio]
objdump -D -S -f minirosetta_graphics_3.57_x86_64-pc-linux-gnu

minirosetta_graphics_3.57_x86_64-pc-linux-gnu:     formato del file elf32-i386
architettura: i386, flag 0x00000112:
EXEC_P, HAS_SYMS, D_PAGED
indirizzo di partenza 0x08048110


Disassemblamento della sezione .note.ABI-tag:

080480d4 <.note.ABI-tag>:
 80480d4:       04 00                   add    $0x0,%al
 80480d6:       00 00                   add    %al,(%eax)
 80480d8:       10 00                   adc    %al,(%eax)
 80480da:       00 00                   add    %al,(%eax)
 80480dc:       01 00                   add    %eax,(%eax)
 80480de:       00 00                   add    %al,(%eax)
 80480e0:       47                      inc    %edi
 80480e1:       4e                      dec    %esi
 80480e2:       55                      push   %ebp
 80480e3:       00 00                   add    %al,(%eax)
 80480e5:       00 00                   add    %al,(%eax)
 80480e7:       00 02                   add    %al,(%edx)
 80480e9:       00 00                   add    %al,(%eax)
 80480eb:       00 06                   add    %al,(%esi)
 80480ed:       00 00                   add    %al,(%eax)
 80480ef:       00 09                   add    %cl,(%ecx)
 80480f1:       00 00                   add    %al,(%eax)
        ...

Disassemblamento della sezione .init:

080480f4 <_init>:
 80480f4:       55                      push   %ebp
 80480f5:       89 e5                   mov    %esp,%ebp
 80480f7:       83 ec 08                sub    $0x8,%esp
 80480fa:       e8 35 00 00 00          call   8048134 <call_gmon_start>
 80480ff:       e8 cc 00 00 00          call   80481d0 <frame_dummy>
 8048104:       e8 f7 db 2c 02          call   a315d00 <__do_global_ctors_aux>
 8048109:       c9                      leave  
 804810a:       c3                      ret    

Disassemblamento della sezione .text:

08048110 <_start>:
 8048110:       31 ed                   xor    %ebp,%ebp
 8048112:       5e                      pop    %esi
 8048113:       89 e1                   mov    %esp,%ecx
 8048115:       83 e4 f0                and    $0xfffffff0,%esp
 8048118:       50                      push   %eax
 8048119:       54                      push   %esp
 804811a:       52                      push   %edx
 804811b:       68 20 08 2a 0a          push   $0xa2a0820
 8048120:       68 60 08 2a 0a          push   $0xa2a0860
 8048125:       51                      push   %ecx
 8048126:       56                      push   %esi
[...]

o
cat log | head -n 50

minirosetta_graphics_3.57_x86_64-pc-linux-gnu:     formato del file elf32-i386
architettura: i386, flag 0x00000112:
EXEC_P, HAS_SYMS, D_PAGED
indirizzo di partenza 0x08048110

Contenuto della sezione .note.ABI-tag:
 80480d4 04000000 10000000 01000000 474e5500  ............GNU.
 80480e4 00000000 02000000 06000000 09000000  ................
Contenuto della sezione .init:
 80480f4 5589e583 ec08e835 000000e8 cc000000  U......5........
 8048104 e8f7db2c 02c9c3                      ...,...         
Contenuto della sezione .text:
 8048110 31ed5e89 e183e4f0 50545268 20082a0a  1.^.....PTRh .*.
 8048120 6860082a 0a515668 506a0508 e87f7f25  h`.*.QVhPj.....%
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PERF non so che programma sia ... ma ho trovato qusto pdf , se 25PThz vuole leggerlo prima di andare a letto... magari domani mattina ci fa un sunto :ciapet:

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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 17/06/2015 19:51 #115782

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PERF non so che programma sia ... ma ho trovato qusto pdf , se 25PThz vuole leggerlo prima di andare a letto... magari domani mattina ci fa un sunto :ciapet:



non penso sia lo stesso programma :asd:
non lo conoscevo neanch'io. su debian è in linux-base; la man page dice:

Performance counters for Linux are are a new kernel-based subsystem that provide a framework for all things performance analysis. It covers hardware level (CPU/PMU, Performance Monitoring Unit) features and software features (software counters, tracepoints) as well. Su un "ls -l" dà questo:

Performance counter stats for 'ls -l':

          3.482354 task-clock                #    0.833 CPUs utilized
                26 context-switches          #    0.007 M/sec
                 0 CPU-migrations            #    0.000 M/sec                  
               391 page-faults               #    0.112 M/sec                  
         3,839,302 cycles                    #    1.103 GHz                     [24.86%]
   <not supported> stalled-cycles-frontend 
   <not supported> stalled-cycles-backend  
         2,332,632 instructions              #    0.61  insns per cycle        
           534,037 branches                  #  153.355 M/sec                  
            25,539 branch-misses             #    4.78% of all branches         [77.29%]

       0.004178311 seconds time elapsed

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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 17/06/2015 20:00 #115783

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PERF non so che programma sia ... ma ho trovato qusto pdf , se 25PThz vuole leggerlo prima di andare a letto... magari domani mattina ci fa un sunto :ciapet:



non penso sia lo stesso programma :asd:
non lo conoscevo neanch'io. su debian è in linux-base; la man page dice:

Performance counters for Linux are are a new kernel-based subsystem that provide a framework for all things performance analysis. It covers hardware level (CPU/PMU, Performance Monitoring Unit) features and software features (software counters, tracepoints) as well. Su un "ls -l" dà questo:

Performance counter stats for 'ls -l':

          3.482354 task-clock                #    0.833 CPUs utilized
                26 context-switches          #    0.007 M/sec
                 0 CPU-migrations            #    0.000 M/sec                  
               391 page-faults               #    0.112 M/sec                  
         3,839,302 cycles                    #    1.103 GHz                     [24.86%]
   <not supported> stalled-cycles-frontend 
   <not supported> stalled-cycles-backend  
         2,332,632 instructions              #    0.61  insns per cycle        
           534,037 branches                  #  153.355 M/sec                  
            25,539 branch-misses             #    4.78% of all branches         [77.29%]

       0.004178311 seconds time elapsed

... è un tool di monitoraggio delle prestazioni di un dato programma. tra i tanti :
dev-util/perf
     Available versions:  ~3.8-r1 ~3.12 ~3.13.1-r1 ~3.15.5 {audit debug +demangle +doc gtk perl python slang unwind PYTHON_TARGETS="python2_7"}
     Homepage:            http://perf.wiki.kernel.org/
     Description:         Userland tools for Linux Performance Counters

ma c'è pure quello fatto in casa Intel
sys-apps/intel-performance-counter-monitor
     Available versions:  ~2.8 {+filecaps}
     Homepage:            https://software.intel.com/en-us/articles/intel-performance-counter-monitor-a-better-way-to-measure-cpu-utilization
     Description:         Intel Performance Counter Monitor - A better way to measure CPU utilization

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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 24/06/2015 22:55 #115887

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Uno degli admin di Rosetta:

I just rebuilt the windows version with SSE2 and see a minor improvement (1.6%) from a really quick test. I'll push it out to ralph soon. Thanks for the helpful input and suggestions for optimizations etc.


:winner:

Lo so, 1,6% sembra poco, ma bisogna considerare 2 fattori:
1) E' stato ottenuto con una semplice ricompilazione, senza nessuna ottimizzazione del codice
2) Dovete moltiplicare questo piccolo miglioramento per le migliaia e migliaia di cpu dedicate a rosetta.


Sei curioso dei risultati scientifici di Boinc? Guarda la sezione Pubblicazioni.

"We continue to face indifference and resistance from the high­-performance computing establishment." D. Anderson


The first italian guy with 1 milion (and half) on Ralph

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Ultima Modifica: da boboviz.

[Thread Ufficiale] Rosetta@home 25/06/2015 08:46 #115889

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2) Dovete moltiplicare questo piccolo miglioramento per le migliaia e migliaia di cpu dedicate a rosetta.


Un calcolo spannometrico. Attualmente Rosetta produce 190 Tflops di sole cpu e l'1,6% di tale potenza equivale a circa 3Tflops.
Un processore I7 980x a 12 core si stima produca complessivamente 20Gflops di potenza, quindi ne occorrerebbero circa 150.
Niente male come salto!!

Ah, dimenticavo, altra novità notturna:

I'll also look into a VS upgrade.

Stanno usando Visual Studio 2010, vediamo se passano al 2013 o addirittura al 2015 che dovrebbe uscire questa estate.


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[Thread Ufficiale] Rosetta@home 25/06/2015 18:15 #115903

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Ottime notizie. Meglio tardi che mai :bua:
Vediamo se riesco a beccare qualcosa su Ralph :sperem:

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