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Dr. Igor Jurisica spiega l'esito del progetto Help Conquer Cancer, e dettagliatamente le implicazioni del mondo reale che questi risultati possono avere per la ricerca sul cancro.

Nel corso degli anni cinque e mezzo trascorsi, i volontari del World Community Grid sul progetto Help Conquer Cancer hanno analizzato quasi 120 milioni di immagini di prove di cristallizzazione di proteine. Il 29 maggio, il dottor Igor Jurisica dalla Ontario Cancer Institute Cancer Institute ha presentato una panoramica e sintesi del progetto recentemente completato, e ha spiegato le implicazioni del mondo reale che questi risultati possono avere per i ricercatori del cancro in tutto il mondo.

Ecco il replay della sessione webcast e domanda e risposta - con lo scienziato Viktors Berstis del World Community Grie il dottor Igor Jurisica:

http://www.youtube.com/watch?v=oeWDjA-E3IM&;feature=player_embedded

Sommario del webcast

Nonostante i notevoli progressi compiuti negli ultimi decenni, il cancro rimane una significativa minaccia per la salute in tutto il mondo. Parte dello sforzo globale per diagnosticare, capire e trattare comporta la comprensione del funzionamento di alcune proteine chiave che sono coinvolti in uno o più tipi di cancro. Tuttavia, è molto difficile eseguire analisi su vasta scala di questi tipi di proteine per le seguenti ragioni:

  • Affinché la funzione di una proteina si possa intendere, la sua forma fisica deve essere modellato con estrema precisione.
  • Affinché la forma di una proteina si possa modellare, deve essere ripreso e analizzato, più comunemente da cristallografia a raggi X.
  • Affinché ciò sia possibile l'imaging, la proteina deve essere cristallizzata.
  • La cristallizzazione delle proteine è diabolicamente difficile, e dipende da centinaia di fattori, tra cui la purezza delle proteine, super saturazione, temperatura, pH, tempo, forza ionica, la purezza dei prodotti chimici, e il volume e la geometria dei campioni. Ogni proteina particolare i ricercatori hanno bisogno di trovare le condizioni specifiche in cui si cristallizzano, e al momento non vi è alcun modo di prevedere quali siano queste condizioni saranno per ogni proteina.

Come parte di un continuo sforzo per comprendere il processo di cristallizzazione delle proteine, i ricercatori del Medical Research Institute Hauptman-Woodward creato una schermata cristallizzazione proteica High Throughput, e ricercatori presso i laboratori di tutto il mondo sono state sottoponendo una vasta gamma di proteine - oltre 13.000 così lontano - a una serie specifica di diversi precursori di cristallizzazione: 1.536 combinazioni diverse per ogni proteina. I risultati di ogni prova di cristallizzazione sono stati fotografati e conservati, provocando un accumulo enorme immagine: 120 milioni di immagini che devono essere analizzati. Ogni immagine rappresenta il risultato di un tentativo di cristallizzazione per una certa proteina in una particolare condizione e in un momento specifico.

Questo è stato l'enormità del compito a portata di mano per l'aiuto Conquer Cancer progetto: analizzare ciascuno di questi 120 milioni di immagini. Solo una piccola frazione di questi sono stati caratterizzati da esperti umani, e molte delle proteine 13.000 avevano alcuna indicazione di cristallizzazione successo.

Grazie alla generosità dei soci World Community Grid, le analisi di queste immagini è ora completa. I ricercatori ora compilare i risultati, con l'obiettivo di portare avanti obiettivi multipli correlati:

  • Continua ad aumentare la velocità degli algoritmi dell'immagine-scansione e utilizzare i risultati falsi positivi e falsi negativi di affinare ulteriormente gli algoritmi per aumentare corrette classificazioni delle immagini.
  • Migliorare la comprensione dei principi di cristallizzazione, di aumentare il numero di cristallizzazioni proteici di successo in modo che più strutture proteiche possono essere determinati e loro funzione caratterizzati.

I risultati completi del progetto della loro analisi saranno resi disponibili in futuro per l'utilizzo da parte di altri laboratori partecipanti.

Altri ricercatori del cancro useranno le preziose informazioni sulla struttura delle proteine per capire meglio i rispettivi processi tumorali, che alla fine dovrebbe portare a migliori trattamenti.

I ricercatori vogliono ringraziare voi, i numerosi volontari che hanno donato tempo di calcolo per questo progetto. Le analisi sarebbe stato assolutamente impossibile senza le risorse di elaborazione incredibili disponibili gratuitamente attraverso il World Community Grid.

Il nostro lavoro non finisce qui! Restate sintonizzati per nuovi progetti, tra cui uno nuovo dalla Ontario Cancer Institute che sarà annunciato entro la fine dell'estate.



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