ARGOMENTO:

News dal blog d'Ibercivis del 29/4

Terminata una fase del progetto Sanidad
Ci fa piacere annunciare che una delle parti che costituisce il progetto Sanidad, che simula il trasporto di particelle nel nostro organismo, possiamo dire che è terminato, e sià sono in corso gli aggiustamenti tecnici per cominciare ad inviare work units della seconda parte del progetto, che studierà gli stessi aspetti della prima parte con alcune modifiche leggere.

News dal blog d'Ibercivis del 3/5

Chi sta aumentando il min_quorum?
Un utente (grazie Fernando) ci segnala che ha alcuni problemi con WU di materiales64 con min_quorum=2. Com'è possibile ciò se quando creiamo le WU di materiales64 specifichiamo esplicitamente che abbiano un min_quorum=1?
Guardo il database, ed effettivamente, ci sono WU di materiales64 con min_quorum=2.
Per capire bene questo problema, è importante sapere dell'esistenza di queste due tabelle nel database:
* app: salva l'informazione di ognuna delle applicazioni di ibercivis, nel caso di materiales64 il campo ha target_nresults=2.
* Workunits: salva l'informazione di ognuna delle workunits create, nel caso di materiales64 le workunit si creano con target_nresults=1 e min_quorum=1.
bene, la soluzione sta qui, in questo pezzo di sched_send.cpp

...
if (wu.target_nresults == 1 && app->target_nresults > 1) {
if (g_wreq->trust) {
if (config.debug_send) {
log_messages.printf(MSG_NORMAL,
"[send] [WU#%d] sending to trusted host, not replicatingn", wu.id
);
}
} else {
DB_WORKUNIT dbwu;
char buf[256];
sprintf(buf,
"target_nresults=%d, min_quorum=%d, transition_time=%ld",
app->target_nresults, app->target_nresults, time(0)
);
dbwu.id = wu.id;
if (config.debug_send) {
log_messages.printf(MSG_NORMAL,
"[send] [WU#%d] sending to untrusted host, replicatingn", wu.id
);
}
retval = dbwu.update_field(buf);
if (retval) {
log_messages.printf(MSG_CRITICAL,
"WU update failed: %d", retval
);
}
}
}

.....

ossia, se la workunit ha target_nresults=1 e app ha target_nresults>1 (il caso di materiales64), se l'host non è trust (ha raggiunto un certo tasso di errori), al mandare lo scheduler il risultato corrispondente alla workunit si fa un update nella tabella workunit, ponendo a target_nresults e a min_quorum il valore di target_nresults della tabella app, mistero risolto.

News dal blog d'Ibercivis del 3/5

cosa t'interessa che si ricerchi in futuro in Europa?

La Fondazione spagnola per la scienza e la tecnologia (FECYT) ha attuato un'azione di sensibilizzazione in cui i cittadini europei faranno arrivare ai massimi rappresentanti della scienza e dell'innovazione in Europa quali traguardi devono essere posti in questi due ambiti per il 2030. Con la presidenza spagnola della UE durante il primo semestre del 2010, e con l'appoggio del Ministero spagnolo della Scienza e dell'Innovazione, la FECYT presenta a tutti i cittadini europei questa azione innovatrice e singolare: l'Agenda cittadina della Scienza e dell'Innovazione.
Uno schermo elettronico ubicato nella hall del Consiglio Europeo di Brusselles aggiornerà in tempo reale i risultati della partecipazione cittadina.
Il processo di partecipazione sarà aperto fino al 26 maggio, momento in cui i ministri europei di Scienza ed Innovazione riuniti a Brusselles riceveranno i risultati finali dell'Agenda cittadina della Scienza e dell'Innovazione.
Scoprilo in www.reto2030.eu/

Geniale! Io voto subito!

14.05.2010 - Participa en los nuevos premios de Ibercivis 2010 y colabora con IberNet: un experimento científico de redes sociales!
Ibercivis va a poner en marcha una nueva aplicación científica cuyo objetivo es estudiar el comportamiento de redes complejas, cómo se organizan, cómo se transmite la información en su interior y otras propiedades relacionadas.

Ibercivis pues, pasa a investigarse a sí mismo. Esta investigación tiene aplicaciones en temas tan importantes como la propagación de la información en cualquier sistema social, la propagación de enfermedades, los movimientos socio-culturales, etc.

Este tipo de experimentos en general son difíciles dado que no es simple encontrar a miles de personas dispuestas a participar en los mismos. Y sin un número elevado, los resultados carecen de relevancia científica.

En Ibercivis contamos con miles de personas interesadas en la Ciencia. Hasta ahora prestaban sus equipos informáticos para hacer investigaciones. Ahora queremos ir un poco más allá y pedimos a todos los participantes que os convirtáis en parte directa del experimento, en investigadores activos.

Las preguntas básicas que nos haremos son:
* ¿Cómo se propaga la información en Internet?
* ¿Cuáles son los mejores modelos para describir lo que pasa en la realidad?
* ¿Se puede predecir el comportamiento de Redes Sociales Complejas?

El experimento consistirá en que cada persona registrada en Ibercivis podrá invitar a participar a cuantas personas desee, sean ya parte de Ibercivis o no. Las personas que acepten su invitación y se registren en Ibercivis, serán hijas de la anterior. Se irá conformando así un gran número de árboles genealógicos. Para el experimento será también
importante conocer las invitaciones enviadas, sean o no aceptadas.

El responsable científico de estudiar la topología, ver la evolución y analizar el funcionamiento de la red es el Dr. Yamir Moreno, investigador del BIFI y una referencia mundial en este área de la ciencia.

Para animar la actividad y el crecimiento de Ibercivis, los participantes en el experimento podrán optar si lo desean a varios premios como reconocimiento a su trabajo, que estarán basados esencialmente en el número de descendientes que obtenga cada uno.
En breve publicaremos los detalles del experimento y las normas
precisas para optar a los premios.


20.05.2010 - Novedades Premios Ibercivis 2010
Al igual que otros años hemos premiado a los usuarios que más horas cedían a Ibercivis, esta vez queremos premiar a los usuarios que inviten a más amigos a unirse a Ibercivis. En breve comenzará el concurso, consulta este documento para ver como ganar los premios (esta en versión borrador y sujeto a cambios).

Ademas de optar a premios, vamos a lanzar una nueva aplicación científica que aprovechará la colaboración de todos vosotros a la hora de invitar a amigos: modelizar vuestras interacciones sirve para estudiar y predecir otros sistemas complejos como pandemias, etc.

Si tienes cualquier duda, sugerencia o idea de mejora no dudes en contactar con nosotros en Questo indirizzo email è protetto dagli spambots. È necessario abilitare JavaScript per vederlo.

!Muchas gracias y mucha suerte! !Estad atentos porque los premios empezarán pronto!

Potevi almeno buttarlo su Google Translate!

Venturini Dario ha scritto:

Potevi almeno buttarlo su Google Translate!

non ci penso nemmeno!
imparatevi lo spagnolo, scansafatiche che non siete altro!

News dal blog d'Ibercivis del 15/5

Partecipa ai nuovi premi di Ibercivis 2010 e collabora con IberNet: un esperimento scientifico di reti sociali!

Ibercivis va a mettere in marcia una nuova applicazione scientifica il cui obiettivo è studiare il comportamento di reti complesse, come si organizzano, come si trasmette l'informazione al suo interno e altre proprietà relazionate.

Ibercivis quindi passa a fare ricerche su sé stesso. Questa ricerca ha delle applicazioni in temi importanti come la propagazione dell'informazione in qualsiasi sistema sociale, la propagazione di malattie, i movimenti socio-culturali, etc.

Questo genere di esperimenti in generale sono difficili dato che non è semplice incontrare migliaia di persone disposte a parteciparvi. E senza un numero elevato, i risultati mancano di rilevanza scientifica.

In Ibercivis contiamo con migliaia di persone interessate nella Scienza. Finora prestavano i propri computer per fare ricerche. Ora vogliamo andare un pò più in là e chiediamo a tutti i partecipanti che vi convertiate in parte diretta dell'esperimento, in ricercatori attivi.

Le domande basiche che vi faremo sono:

- Come si propaga l'informazione su internet?
- Quali sono i migliori modelli per descrivere ciò che accade nella realtà?
- Si può predirre il comportamento di reti sociali complesse?

L'esperimento consistirà nel permettere che ogni persona registrata in Ibercivis potrà invitare a partecipare a quante persone desideri, siano già parte d'Ibercivis o no. Le persone che accettino tale invito e si registrino in Ibercivis, saranno figlie della precedente. Si andrà formando così un grande numero di alberi genealogici.
Per l'esperimento sarà anche importante conoscere gli inviti inviati, siano accettati o meno.
Il responsabile scientifico per lo studio della topologia, vedere l'evoluzione e analizzare il funzionamento della rete è il Dr. Yamir Moreno, ricercatore del BIFI e una referenza mondiale in quest'area della scienza.

Per animare l'attività e la crescita d'Ibercivis, i partecipanti nell'esperimento potranno scegliere se lo desiderano vari premi come riconoscimento del proprio lavoro, che si baseranno essenzialmente nel numero di discendenti che ottenga ognuno.

A breve pubblicheremo i dettagli dell'esperimento e le norme esatte per scegliere i premi.

News dal blog d'Ibercivis del 20/5

Novità sui premi Ibercivis 2010
Come in altri anni abbiamo premiato gli utenti che hanno ceduto più ore a Ibercivis, questa volta vogliamo premiare agli utenti che che invitino più amici a unirsi a Ibercivis. A breve comincerà il concorso, consulta questo documento per vedere come vincere i premi (è in versione d'anteprima e soggetto a cambiamenti)

Oltre a scegliere i premi, lanceremo una nuova applicazione scientifica che approfitterà della collaborazione di tutti voi nel momento d'invitare amici: modellizzare le vostre interazioni serve per studiare e predirre altri sistemi complessi come pandemie, etc.

Se hai qualsiasi dubbio, suggerimento o idea di miglioramento non esitare nel contattarci a Questo indirizzo email è protetto dagli spambots. È necessario abilitare JavaScript per vederlo.

Grazie e buona fortuna! State attenti perché i premi inizieranno presto!

News dal blog d'Ibercivis del 03/06

proporzioni

Guardando il database degli host, escono più o meno queste percentuali:

Macs 4.7%
Linux 14.8%
Windows 7 14.17%
Windows Vista 16.5%
Windows XP 46.0%

Ci sono anche alcuni Windows Server, più nell'edizione 2003 che in quella 2008.

La quantità di RAM delle macchine è quasi una gaussiana centrata fra il giga e i 2 giga. Ci sono un 4& di macchine con solo 512 Mb (con meno, non arrivano allo 0,5%), e un altra parte simile con più di 4 Gb.

Una maggioranza assoluta (61%) di macchine possiede due processori, ed esiste un 18% di macchine con un solo processore.

Le bande della rete si centrano nel Mb per il downoad e i 100 Kb per l'upload. Come per la RAM, il registro della banda di rete assomiglia parecchio ad una gaussiana: esiste una percentuale rilevante di macchine che non possono andare a più di 100 Kb al secondo al momento di consegnare, però esiste anche una percentuale rilevante che può consegnare a più di 400 Kb, e un 2% di Ibercivis può arrivare ad 1 Mb di upload.

In qualunque caso, questo ci dà sufficiente capacità di output, se consideriamo che un work ci mette un'ora, in questo tempo si possono trasferire tranquillamente 60 Mb.

In quanto a 32 bit contro 64 bit, non ci sono statistiche chiare, perché al massimo esistono dati dell'OS e non del chip che monta tali sistemi. Nel caso di Linux, un 42% dei sistemi operativi sono da 64 bits. In Windows sono un 12%. Chiaramente, in generale si può dire che Ibercivis ha l'1% di linux a 64 bit e un 10% di Windows 64, per il quale bisogna dargli priorità. Succede che il port di 64 bits su Linux sale "gratuitamente" con il compilatore, mentre in quello di windows bisogna tenere librerie disponibili di MinGW o CygWin

News dal blog d'Ibercivis del 06/06

Durante il mese di Maggio, il progetto amiloide ha concluso la prima serie di valutazione dei componenti

Dal lancio della prima WorkUnit del progetto AMILOIDE, nell'Ottobre del 2009, e fino al maggio del 2010, sono state inviate 2.259.573 WU attraverso il BOINC in Ibercivis. Di queste circa l'80% sono state validate come corrette, che rappresenta una media di 8.600 WU's al giorno o 258.000 al mese. Gli errori più frequenti si sono prodotti per lavori cancellati (74%), seguito da errori di calcolo (23%) più un 3% di errori di download. La rendita computazionale di questo esperimento è stato sorprendente; Ibercivis ha somministrato al progetto AMILOIDE 350.000 ore di tempo di CPU durante i primi 7 mesi d'esecuzione.

L'analisi dei risultati ottenuti è abbastanza promettente, si sono incontrati composti con affinità molecolari alla proteina TTR.

Il progetto AMILOIDE continuerà con il reinvio delle WU non validate e con strutture tridimensionali alternative al TTR.

News dal blog d'Ibercivis del 07/06

Costruire una rete

Che cosa faremo con i dati del concorso? Per prima cosa, durante l'estate, costruire la rete, chiaramente. Registrando chi si va iscrivendo nell'albero, che struttura tiene, in quale giorno si va aggiungendo ogni nodo, etc.

Partendo da lì, dipenderà dalle dimensioni raggiunte, affinché sia sufficientemente significativa per gli scenziati e possano modellizzarla, e della disponibilità percepita dei partecipanti, se iniziare altri esperimenti attraverso della rete già esistente o comparandola con le reti di Ibercivis esistenti in piattaforme commerciali (ricordate che stiamo su fabook, tuenti,...)

News dal blog d'Ibercivis del 15/06

Novità sul progetto Neurosim
In questa prima fase del progetto abbiamo potuto calcolare in dettaglio numerose proprietà strutturali caratteristiche degli amminoacidi, che costituiscono gli elementi fondamentali delle proteine. Per questo abbiamo realizzato un numero elevato di piccole simulazioni su ciascun amminoacido in diverse conformazioni. tali calcoli, realizzati in pochi mesi sulla piattaforma Ibercivis avrebbero supposto più di 200 anni di tempo con un solo desktop computer e circa un anno con un supercomputer da calcolo scientifico dedicato esclusivamente a tale progetto.

In questi momenti stiamo realizzando l'analisi dell'informazione fornita dall'insieme dei computer della rete. In base a tale informazione, stiamo pianificando la fase successiva, nella quale calcoleremo diverse proprietà strutturali dei tripeptidi. Fra gli obiettivi della minuziosa analisi che stiamo realizzando in questo momento c'è lo stabilimento di una nuova strategia che permetta di ottimizzare il nuovo insieme di calcoli usando meno risorse computazionali senza alterare la qualità dei risultati. C'è da tenere in conto che nel caso dei tripeptidi è necessario combinare una matrice di 20 X 20 amminoacidi, risultando così 400 coppie. Su ognuna di queste c'è da realizzare un'esplorazione conformazionale in modo che si studi tutto lo spazio delle possibili strutture che può adottare la molecola al variare i quattro angoli di torsione della catena principale di atomi che formano lo scheletro del tripeptido. Ogni esplorazione supporrà calcoli dell'ordine di 17 milioni di possibili geometrie, mostrando in tal modo, tutto lo spazio conformazionale con una precisione di 30°. Inoltre, per ogni geometria si realizzerà una dinamica sufficientemente lunga per poter ottenere un'informazione adeguata sulle fluttuazioni in ogni struttura. E' importante, quindi, aggiustare la magnitudine della grandezza di calcolo in aree per poter approfittare delle risorse di calcolo della piattaforma Ibercivis e ottenere così risultati scientificamente rilevanti.

Certo che Ibercivis magari non lo filiamo tanto, ma è davvero un progetto figo... sto cominciando a valutarlo seriamente!

News dal blog d'Ibercivis del 16/06

Previsioni sulla seconda fase del progetto Amiloide
Stimiamo in 6 mesi il tempo necessario a completare la seconda fase del progetto Amiloide, nel quale studieremo strutture della ricezione ottimizzate TTR, sempre e cuando la tendenza della fine della prima fase di Amiloide continui.

Utilizzeremo le stesse librerie della prima fase per cui possiamo calcolare che il numero totale di WU sarà di 4.519.149.

Dopo la seconda ci sarà una terza fase nella quale studieremo le strutture di ricezione dei TTR liberi (non mutanti). Alla fine di questa terza fase ci prefiggeremo nuovi obiettivi come lo studio probabile di strutture di ricezione di TTR mutanti.

Venturini Dario ha scritto:

Certo che Ibercivis magari non lo filiamo tanto, ma è davvero un progetto figo... sto cominciando a valutarlo seriamente!

magari potremmo infilarlo in qualche competizione interna o esterna. L'anno scorso quelli dell'alliance francophone sfidarono canal@boinc su chi teneva il rac più alto durante un certo lasso di tempo. Ovviamente dico più in là perché di competizioni mi pare che il calendario sia già abbastanza fitto ;)


nell'immediato trascinerò un pò di gente che parli spagnolo e che segua il blog quando nn ci sono/nn ho internet/nn ho il computer, garantire una copertura più aggiornata (e avvicinare qualche anima al BOINC) e aggiornare le news dei progetti nella homepage (se mi spiegate come fare)

Con un po' d'iniziativa si ottiene tutto!

P.S. aggiornare le news dei progetti... intendi quali? Quelle tradotte, nella colonna di destra? O altro?

aggiornare le news dei progetti... intendi quali? Quelle tradotte, nella colonna di destra? O altro?

sì, quelle lì, fermo restando che è necessario un pò di buon senso per discernere fra news importanti e non.

posto il consumo di RAM di alcuni sottoprogetti di Ibericivis su un linux a 64 bit:

OS: Fedora 12
Kernel: 2.6.32.14.fc12.x86_64
BOINC Manager: 6.10.45

simutolueno_1.65-x86_64-pc-linux-gnu (adsorcion) 2.0 Mb
nanoluz_3.14_x86_64-pc-linux-gnu 83,5 Mb
autodock4.exe_x86_64-pc-linux-gnu 62 Mb
sanidad_1.00_x86-64-pc-linux-gnu 29 Mb
materiales64_1.26_x86_64-pc-linux-gnu 480 Kb

ringrazio chi vorrà aggiornare la pagina di consumi della ram

gian82 ha scritto:

posto il consumo di RAM di alcuni sottoprogetti di Ibericivis su un linux a 64 bit:

OS: Fedora 12
Kernel: 2.6.32.14.fc12.x86_64
BOINC Manager: 6.10.45

simutolueno_1.65-x86_64-pc-linux-gnu (adsorcion) 2.0 Mb
nanoluz_3.14_x86_64-pc-linux-gnu 83,5 Mb
autodock4.exe_x86_64-pc-linux-gnu 62 Mb
sanidad_1.00_x86-64-pc-linux-gnu 29 Mb
materiales64_1.26_x86_64-pc-linux-gnu 480 Kb

ringrazio chi vorrà aggiornare la pagina di consumi della ram

c'è questo progetto che raccoglie i tempi e i consumi di RAM dei vari progetti!
Volendo ti puoi iscrivere