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Sept 14, 2008
We are currently participating to the first competition for modeling the structure of an important biological receptor. This protein is much larger than all the targets submitted so far and the calculation should last around 3 hours per model on a normal machine. The jobs start with 'AA2A.' If you have a short run time preference and you notice these jobs running past it, please do not abort them.
Quindi se avete delle WUs che iniziano con "AA2A" è normale che durino più del previsto. Non abortitele!
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psychok9
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Ragazzi mi sono appena registrato! Partecipavo al vostro Team Stellare già tempo fa, poi per altri problemi ho abbandonato... e da 1 settimana son tornato... ma ho continuamente un problema: Compute Error.
Ma ore di prime95 vanno a buon fine...
Cosa posso fare?
p.s. la mia configurazione:
Q6600-3.2GHz a 1,325v
nVidia 8800 GT 512Mb AMP!
4Gbyte di RAM DDR2 a 1066MHz
Asus P5Q Deluxe
Windows Vista Ultimate x64
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baxnimis
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psychok9 ha scritto:
... ma ho continuamente un problema: Compute Error.
Ma ore di prime95 vanno a buon fine...
Cosa posso fare?
4Gbyte di RAM DDR2 a 1066MHz
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ci puoi dire anche la versione di BOINC che utilizzi, e magari un link alla/e WU che ti vanno in errore ?
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Venturini Dario
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Il tuo problema sembra essere correlato a qualche bug interno a Rosetta Mini. Infatti tutti i tuoi task falliti sono "Rosetta Mini - ab inito nohomfrag" (anche se qualche task di quel tipo l'hai portata a termine)
Io personalmente andrei nel forum del progetto, nel thread dei bug di Minirosetta versione 1.34 e spiegherei il problema.
Altra domanda: hai il .Net Framework installato? Che versione?
"A proton walks into a Large Hadron Collider, and sees another proton, and OH SHI-"
La Repubblica Italiana è fondata sul lavoro, quindi
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psychok9
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Venturini Dario ha scritto:
Il tuo problema sembra essere correlato a qualche bug interno a Rosetta Mini. Infatti tutti i tuoi task falliti sono "Rosetta Mini - ab inito nohomfrag" (anche se qualche task di quel tipo l'hai portata a termine)
Esiste una versione normal?
Io personalmente andrei nel forum del progetto, nel thread dei bug di Minirosetta versione 1.34 e spiegherei il problema.
Proverò... anche se ci capisco poco e in inglese "incespisco" parecchio
Altra domanda: hai il .Net Framework installato? Che versione?
Non ne ho idea, Vista Ultimate con SP1... e tutti gli aggiornamenti fin'ora rilasciati... quindi credo di si.
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Venturini Dario
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non è che Mini Rosetta è una versione speciale, comunque sì, esiste la versione "normal"
Se hai bisogno di una mano con l'inglese domanda pure
Il .Net Framework è un'altra cosa, serve per far girare alcune applicazioni (non solo legate a BOINC) ma probabilmente in questo caso non c'entra quindi lascia stare
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psychok9
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Venturini Dario ha scritto:
non è che Mini Rosetta è una versione speciale, comunque sì, esiste la versione "normal".
Se hai bisogno di una mano con l'inglese domanda pure
Il .Net Framework è un'altra cosa, serve per far girare alcune applicazioni (non solo legate a BOINC) ma probabilmente in questo caso non c'entra quindi lascia stare
Ho postato... boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=4369
E' ok il messaggio? Grazie
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Venturini Dario
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Mi sembra perfetto
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psychok9
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Grazie
Mi pare di aver letto che al momento attuale non esistono versioni x64 di rosetta, sbaglio?
p.s. Volevo evitare che Boinc mi richiedesse i permessi e ho risolto installando in maniera diversa e su cartella C:\ Anziché C:\Program files\.
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GHz
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psychok9 ha scritto:
Grazie
Mi pare di aver letto che al momento attuale non esistono versioni x64 di rosetta, sbaglio?
No non ci sono. Se non mi sbaglio gli addetti al progetto scrissero sul forum che con il passaggio a 64 non ci sarebbero stati particolari vantaggi, questo dovuto al tipo di calcoli che esegue il client di rosetta. (spero di non aver scritto castronerie).
SEI ITALIANO? SUPPORTA BOINC.ITALY!
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djtux
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GHz ha scritto:
psychok9 ha scritto:
Grazie
Mi pare di aver letto che al momento attuale non esistono versioni x64 di rosetta, sbaglio?
No non ci sono. Se non mi sbaglio gli addetti al progetto scrissero sul forum che con il passaggio a 64 non ci sarebbero stati particolari vantaggi, questo dovuto al tipo di calcoli che esegue il client di rosetta. (spero di non aver scritto castronerie).
Eccoli qui i clients a 64 bit per Rosetta@home:
boinc.bakerlab.org/rosetta/apps.php
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Ultima Modifica: da djtux.
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GHz
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djtux ha scritto:
GHz ha scritto:
psychok9 ha scritto:
Grazie
Mi pare di aver letto che al momento attuale non esistono versioni x64 di rosetta, sbaglio?
No non ci sono. Se non mi sbaglio gli addetti al progetto scrissero sul forum che con il passaggio a 64 non ci sarebbero stati particolari vantaggi, questo dovuto al tipo di calcoli che esegue il client di rosetta. (spero di non aver scritto castronerie).
Eccoli qui i clients a 64 bit per Rosetta@home:
boinc.bakerlab.org/rosetta/apps.php
Si, c'è scritto per far scaccolare anche i sistemi a 64 bit, ma il client è lo stesso a 32 bit (proprio la copia!).
Se qualcuno ha un sistema a 64bit può vedere nel taskmanager che viene indicato che il processo di rosetta è a 32 bit.
boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=3918
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psychok9
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Già... stranissimo... anche gli eseguibili caricati sono "*windows_x86_64.exe" ma sono *32, cioè girano a 32bit...
Però il client boinc è x64...
Praticamente serve a rendere compatibili gli eseguibili rosetta a 32bit con il client boinc a 64 bit...
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GHz
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psychok9 ha scritto:
Già... stranissimo... anche gli eseguibili caricati sono "*windows_x86_64.exe" ma sono *32, cioè girano a 32bit...
Però il client boinc è x64...
Praticamente serve a rendere compatibili gli eseguibili rosetta a 32bit con il client boinc a 64 bit...
Non c'è nulla di strano, il client boinc e il client dei progetti sono 2 cose distinte e separate. Avere il client BOINC 64 bit non significa che anche i client dei progetti sono a 64 bit. Il client BOINC fa richiesta al server del progetto passandogli le info sul sistema per scaricare il client adatto. Il server del progetto vede il sistema operativo e fa scaricare il client ad esso assegnato. Se questo client poi in realtà è a 32 bit o a 64 a boinc non interessa, basta che ci sia. Per questo nella lista delle applicazioni viene aggiunto il client per sistemi a 64 bit, per non lasciare chi ha il SO a 64 bit senza lavoro, ma spesso e volentieri il client è la copia di quello a 32 bit, come nel caso di rosetta@home.
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psychok9
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Peccato però... non lo rende un pò più lento? Mi pare che addirittura girino in una sorta di "emulazione".
Tornando alle WU:
boinc.bakerlab.org/rosetta/workunit.php?wuid=176349412
Ancora "Compute error", tral'altro anche con "AA2A_5_modeling_1_AA2A_1_AA2A_2RH1_align_4470_60877".
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Venturini Dario
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<core_client_version>6.2.18</core_client_version>
<![CDATA[
<stderr_txt>
# cpu_run_time_pref: 36000
# random seed: 2741848
# cpu_run_time_pref: 36000
# random seed: 2741848
# cpu_run_time_pref: 36000
# cpu_run_time_pref: 36000
# cpu_run_time_pref: 36000
# cpu_run_time_pref: 36000
Too many restarts with no progress. [b]Keep application in memory while preempted[/b].
Hai provato ad attivare l'opzione "leave application in memory" dalle preferenze di BOINC?
"A proton walks into a Large Hadron Collider, and sees another proton, and OH SHI-"
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Mi intrometto un attimo per un aggiornamento dal Baker's Journal:
We are currently testing our new methods for modeling membrane proteins and for modeling drug binding to proteins in a CASP like prediction challenge. The challenge is described at:
jcimpt.scripps.edu/GPCRDock/default.aspx
This is an interesting and important challenge because this class of proteins, called G-protien coupled receptors, are the targets of a large fraction of current drugs. This particular case is hard, because we first have to predict the structure of the protein, and then dock the drug on to the model. Needless to say, this is a huge computational challenge and couldn't be done without all of your contributions!
Quindi si sta cominciando a simulare anche l'attacco di eventuali farmaci su certe proteine.
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Speriamo solo che i risultati di questo progetto (e di tutti gli altri) non vadano in mano ad aziende farmaceutiche, che si ritrovano poi con il lavoro già fatto e col cavolo che ne trasferiranno questo vantaggio sullo sfortunato acquirente del medicinale...
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psychok9
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Venturini Dario ha scritto:
Hai provato ad attivare l'opzione "leave application in memory" dalle preferenze di BOINC?
E' già attiva da default
Già... ma mi pare che il progetto Rosetta assicuri che i risultati saranno pubblici... o mi sbaglio?
Ho letto ieri sera che addirittura ci sono parecchi problemi con gli antibiotici, i batteri iniziano ad avere un eccessiva resistenza, al punto che sono "acqua fredda" in taluni casi...
Sapete se stanno ricercando anche in questo senso?
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