ARGOMENTO:

Hanno rilasciato la versione 6.02 per Windows.
Ovviamente nessuna info al riguardo da parte degli amministratori...

boboviz ha scritto:

Hanno rilasciato la versione 6.02 per Windows.
Ovviamente nessuna info al riguardo da parte degli amministratori...

Rilasciata la versione 6.03 (probabilmente bugfix).
Ma le info, come al solito, latitano.

Mi sono accorto che questa versione, quando si avvia l'applicazione grafica, avvia una seconda finestra (allego schermata).
Probabilmente una cosa non voluta.

boboviz ha scritto:

Rilasciata la versione 6.03 (probabilmente bugfix).
Ma le info, come al solito, latitano.

Stanotte hanno rilasciato la 6.04.
Secondo voi hanno scritto mezza riga per stà cosa?

Uno degli amministratori ha scritto:

We will be releasing new jobs using the Rosetta Python projects application with RoseTTAFold All-Atom, our state-of-the-art deep learning based application that predict the structures of proteins in complex with ligands such as DNA and other biological molecules and also models post-translational modifications. As a reminder, this application will be released in the form of virtual machine. To help us with testing and gathering performance statistics, we ask that you do not abort related work units.

Non so se prenderla bene o male.
Bene per il lato scientifico della cosa, male perchè NON si sa se introdurranno il nuovo wrapper virtualbox con il multiattach disk.
Anche perchè ogni wus occupa circa 25gb di spazio disco....

Bah. Questi qua pensano che la gente abbia capannoni di cluster da dedicare ...
Altro che calcolo volontario dal basso...

sabayonino ha scritto:

Bah. Questi qua pensano che la gente abbia capannoni di cluster da dedicare ...
Altro che calcolo volontario dal basso...

Calcola che una singola vdi spenta sono circa 12 gb di spazio occupato.

boboviz ha scritto:

Calcola che una singola vdi spenta sono circa 12 gb di spazio occupato.

Detto, fatto.
Ogni singola wu genera un disco virtuale, alla faccia del multi-attach

Altra cosa simpatica di questo nuovo applicativo: quando finite tutte le wus sul vostro pc e andate a scaricarne di nuove, riscarica da zero il file .vdi da 5,5 gb

Ma bravi eh, proprio bravi

Anche questi di Rosetta incominciano (o meglio, continuano) a fare casino

zioriga ha scritto:

Anche questi di Rosetta incominciano (o meglio, continuano) a fare casino

Ho aperto un thread apposito sul sito dove raccogliere le richieste degli utenti per migliorare l'app in python, tipo attivare il multi-attach disk,
mettere la possibilità nel profilo utente di scegliere o meno questa app, ecc, ecc.
Ho una idea abbastanza fondata che gli amministratori NON risponderanno NE' faranno alcunchè...

boboviz ha scritto:

Ho aperto un thread apposito sul sito dove raccogliere le richieste degli utenti per migliorare l'app in python, tipo attivare il multi-attach disk,
mettere la possibilità nel profilo utente di scegliere o meno questa app, ecc, ecc.
Ho una idea abbastanza fondata che gli amministratori NON risponderanno NE' faranno alcunchè...

Quello che infastidisce di più è che, effettivamente, ci sono modifiche che implicherebbero un PESANTE intervento sul codice dell'applicativo (es. gpu o estensioni avx).
Ma ci sono modifiche, come quello del multi-attach (che tanto bene farebbe a noi volontari) che necessitano di mezz'ora di lavoro al massimo.
E allora, perchè non farle?

Da sabato mattina il sito è down.
Ovviamente nessun messaggio degli admin sui social.

E ho pure un tot di wus finite che sono andate oltre la scadenza e quindi, probabilmente, non verranno validate.
Daje

Qualche giorno fa, sul sito di Ralph, hanno annunciato un nuovo applicativo che girerà su cpu ma anche su gpu Nvidia!
E' la prima volta che gli amministratori parlano esplicitamente di lavoro per gpu!


(Ovviamente speriamo, un domani, anche un app per gpu AMD)...

Ecco il post originale

New application: RoseTTAFold All-Atom
Starting this week, we will begin testing RoseTTAFold All-Atom, our state-of-the-art application designed to predict the structures of proteins in complex with ligands such as DNA and other biological molecules. It also models post-translational modifications. We are initially targeting only Windows machines with or without Nvidia GPUs for this test. Please report any issues in the discussion thread here: ralph.bakerlab.org/forum_thread.php?id=928
21 May 2024, 23:49:48 UTC · Discuti

Hanno rilasciato un batch con nuove simulazioni ("testmpnn_hallucinated" e "testmpnn_diffusion").
Ovviamente nessun accenno a cosa facciano queste simulazioni, anche se dal nome si potrebbe intuire l'uso di simulazioni di reti neurali (message-passing neural networks - MPNN) riguardanti la biologia...

Il progetto è giù dal 24 Luglio ed oggi è andato giù anche Ralph.

A naso occorre aspettare Settembre perchè torni il lavoro....

In pratica sembra che ogni mercoledì alcuni servizi dei server (es validator) vadano giù.
Tengo d'occhio la cosa....

Da qualche giorno ho abbandonato Rosetta perchè mi è successo più volte che all'avvio del pc, le wu ripartivano dallo 0% nonostante fossero già ampiamente avanti con l'elaborazione.
Le ultime 15/20 erano andate fuori tempo massimo dopo essersi riavviate non so quante volte...

ti conviene andare nelle preferenze del progetto e cambiare la durata delle WUs
tuo account -> preferenze per Rosetta@home -> modifica preferenze e cambi la durata delle WUs (il valore minimo è 2 ore) così riduci al minimo la perdita duvuta ai riavvii.
L'accredito orario è abbastanza costante.