ARGOMENTO:

Un messaggio dal buon Francesco in quel di Trento:

Hi everyone,

First of all, thank you very much for your continued support to our project, we really appreciate all the contrbutions.

We started a new set of experiments about the Pseudomonas aeruginosa (strain PAO1) with the aim of producing the expansion of each of the single gene present in this organism.
The final goal is to provide these results to biologists for studying new possible interactions.

a quanto pare sono partiti i test sul nuovo esperimento HS (homo sapiens) e come preannunciato da Valterc, le wu sono più lunge
ha scaricato le prime 4 e sono da 55000 GFlops contro i 7500GFlops delle Vv

Buro87 ha scritto:

a quanto pare sono partiti i test sul nuovo esperimento HS (homo sapiens)

Ottimo. Aspettiamo i dettagli da Valter.

le nuove wu in test sul mio r5-1600 impiegano 2h e 45min (10.000s) e danno circa 105cr

Urca ... gli "scozzesi" sono stati di "manica larga" !

K.

Sembra che, poche ore fa, il sistema sia tornato su.
icts.unitn.it/alert/...rage-nx-collina-nuovamente-raggiungibile

a quanto pare hanno risolto i problemi
ho ricevuto di nuovo delle WU

dal sito

New organism
The experiments on Vitis vinifera are almost finished, thank you all. We will soon switch to a new organism. We made some tests some time ago but we found that the outputs of the Windows and Linux applications didn't match each other. The new forthcoming Windows applications should behave correctly.
The next Monday we will distribute them and (slowly) start creating new work. 11 May 2018, 16:50:17 UTC

quindi tutte/o quasi tutte le Wu elaborate da Window dovranno essere rielaborate. giusto ??

zioriga ha scritto:

dal sito

New organism
The experiments on Vitis vinifera are almost finished, thank you all. We will soon switch to a new organism. We made some tests some time ago but we found that the outputs of the Windows and Linux applications didn't match each other. The new forthcoming Windows applications should behave correctly.
The next Monday we will distribute them and (slowly) start creating new work. 11 May 2018, 16:50:17 UTC

quindi tutte/o quasi tutte le Wu elaborate da Window dovranno essere rielaborate. giusto ??

No, da quanto aveva scritto valterc su forum il problema era limitato alle sole wu di test per questo nuovo organismo

sorcrosc ha scritto:

No, da quanto aveva scritto valterc su forum il problema era limitato alle sole wu di test per questo nuovo organismo

Homo sapiens, se non sbaglio

Il buon Valter ha rilasciato, stasera, il nuovo annunciato applicativo (solo per Win64)

boboviz ha scritto:

Il buon Valter ha rilasciato, stasera, il nuovo annunciato applicativo (solo per Win64)

gli applicativi per windows 32 saranno rilasciati la prossima settimana. solo due cose:
1) se avete la piattaforma anonima su Windows cancellatela (altrimenti il nuovo applicativo non verrà scaricato e i lavori non verranno validati)
2) se qualcuno ha una piattaforma ARM mi può per cortesia verificare se la validazione avviene correttamente?

aggiungo una spiegazione su quanto successo: con il nuovo organismo gli applicativi windows producevano risultati diversi da quelli linux, non tanto diversi, quindi non 'formalmente' non validi, su una lista in output di ~280 mila coppie, ce ne erano una decina diverse, e` come se il risultato fosse stato numerico e le differenze ci fossero al decimo decimale. Il problema e` che il validatore considera due risultati validi se sono 'identici', quindi se per esempio i primi due risultati fossero stati elaborati da un windows e da un linux, non avrebbero validato, un terzo risultato sarebbe stato mandato ad una altra macchina, p.es. un windows, allora alla fine della storia il lavoro consegnato dal linux sarebbe stato invalidato (anche se 'formalmente' corretto), quindi spreco di risorse e niente crediti....
Sapete alla fine come si e` risolto il problema? (per fortuna direi) compilando l'applicativo windows con un compilatore più recente......

boboviz ha scritto:

sorcrosc ha scritto:

No, da quanto aveva scritto valterc su forum il problema era limitato alle sole wu di test per questo nuovo organismo

Homo sapiens, se non sbaglio

Quasi, in realtà Homo sapiens sapiens (non abbiamo gene expression datasets di neanderthaliani etc...)

valterc ha scritto:

2) se qualcuno ha una piattaforma ARM mi può per cortesia verificare se la validazione avviene correttamente?

Terrò d'occhio le validazioni. Hai per caso una wu problematica che posso usare per fare test?

Si, ho un piccolo test di validazione (il run dura un paio di minuti), lo puoi scaricare da qui gene.disi.unitn.it/test/download/validation.zip. Nel file run.info ci sono le istruzioni, devi avere il dataset hgnc_data_mat.csv nella stesa directory, poi confronti il file di output con quello nell'archivio (output.linux) e devono risultare identici.
Grazie mille per il supporto.

sabato mattina 19 maggio c.a. il disco server é pieno .... non permette upload ... risulta anche a Voi ?

kidkidkid3 ha scritto:

sabato mattina 19 maggio c.a. il disco server é pieno .... non permette upload ... risulta anche a Voi ?

Si, si, ho alcune wu in coda
Error reported by file upload server: can't write file /home/boincadm/projects/test/upload/2cc/141327_Hs_T173892-IL6_wu-97_1526673370376_0_0: No space left on server

kidkidkid3 ha scritto:

sabato mattina 19 maggio c.a. il disco server é pieno .... non permette upload ... risulta anche a Voi ?

Confermo

valterc ha scritto:

Si, ho un piccolo test di validazione (il run dura un paio di minuti), lo puoi scaricare da qui gene.disi.unitn.it/test/download/validation.zip. Nel file run.info ci sono le istruzioni, devi avere il dataset hgnc_data_mat.csv nella stesa directory, poi confronti il file di output con quello nell'archivio (output.linux) e devono risultare identici.
Grazie mille per il supporto.

Bene, ho provato tutte la applicazioni arm su tutti i cricetelli che ho. Risultato sempre identico.

Se avrai bisogno di me in futuro contattami pure, sono a disposizione

Gattorantolo ha scritto:

kidkidkid3 ha scritto:

sabato mattina 19 maggio c.a. il disco server é pieno .... non permette upload ... risulta anche a Voi ?

Confermo

A naso ci sta lavorando Valter. I server, infatti, sono giù