ARGOMENTO:

apro un altro thread...

Riporto le domande di Manalog che erano sul thread sbagliato...

manalog ha scritto:

Avrei anch'io delle domande

Per prima cosa, cosa si propone di fare il progetto? Mi sembra di aver capito che l'obiettivo è quello di espandere reti geniche mediante algoritmi, ma esattamente, per chi non sa nulla di genetica, a cosa si può arrivare con questi esperimenti?

Quanto tempo di analisi dei dati sarà necessario prima di un qualsiasi tipo di scoperta scientifica?

Attraverso questi studi si arriverà ad una conoscenza più approfondita della genetica o direttamente a possibili cure per malattie?

Che tipo di dati usciranno fuori e come verranno distribuiti alla comunità scientifica?

Grazie per le risposte!

Buonasera a tutti,
posso rispondere ad alcune domande di Manalog fornendovi alcune informazioni generali sull'inferenza su reti e, specificatamente, sull'espansione di reti geniche, senza entrare nello specifico degli obiettivi del progetto Tn-Grid.

Con rete genica si intende l'insieme di interazioni/relazioni tra i geni del sistema che si vogliono studiare e tali relazioni possono essere di 2 tipi: attivatorie o inibitorie. Lo scopo degli algoritmi di inferenza/espansione è proprio quello di studiare queste interazioni, che risultano difficilmente analizzabili in laboratorio, soprattutto se il numero di geni del sistema è elevato.
I dati utilizzati dagli algoritmi sono quantitativi e rappresentano una misura di quanto ogni gene è "espresso" in una cellula, in determinate condizioni e in un arco temporale ben definito.

Con una definizione maggiormente biologica diremo che ogni quantità corrisponde alla misurazione del livello di RNA messaggero che attraverso la trascrizione viene creato a partire dal relativo gene nel DNA. Il compito finale di questo mRNA sarà la sua traduzione in proteina, ossia le macromolecole responsabili a tutti i processi biologici che avvengono in un organismo. Tali proteine poi interagirannno tra loro, dando luogo ai processi biologici veri e propri. Purtroppo, ad oggi, si dispone di una scarsa quantità di dati sulle proteine, motivo per cui si studia l'RNA, ossia uno step antecedente.


Attraverso metodi matematici e statistici l'inferenza ha il compito di "predirre" possibili relazioni tra le entità del sistema, partendo da questi dati quantitativi. Tale obiettivo è molto delicato e molto difficile, soprattutto quando il numero dei geni di interesse è maggiore rispetto ai dati biologicamente disponibili. Vi sono poi numerosi ostacoli da affrontare, legati alla complessità biologica dei vari layers: DNA, RNA, proteina, i quali richiedono un'attenta analisi e validazione delle predizioni a cui un ricercatore può essere interessato.
Per cui:

A cosa si può arrivare con questi esperimenti?
Attraverso questi studi si arriverà ad una conoscenza più approfondita della genetica o direttamente a possibili cure per malattie?

Con questi esperimenti è possibile predirre l'insieme di interazioni geniche partendo da un insieme di geni. Tali interazioni verranno poi analizzate e validate, in modo da ampliare la conoscenza sul processo biologico e
1) trovare la causa scatenante di una malattia, esempio una relazione esistente in campioni tumorali e assente in campioni sani o viceversa
2) studiare nuovi target per eventuali farmaci

Per arrivare poi alla cura servono ulteriori studi, che esulano dallo scopo dell'inferenza, che sono legati ad esempio al drug design e all'interazione di possibili farmaci con proteine e varie molecole all'interno del corpo. L'inferenza/espansione ha quindi lo scopo di guidare la ricerca, e generare ipotesi, che poi necessitano di ulteriori analisi, ma che sono utilissime per percorrere una possibile e valida strada nella ricerca.

Spero di aver soddisfato alcune curiosità e chiarito alcuni dubbi. Per risposte più dettagliate sul progetto lascio la parola agli attuali gestori del progetto!

Si è più saputo niente riguardo la questione "codice aperto"??

boboviz ha scritto:

Si è più saputo niente riguardo la questione "codice aperto"??

Mi ha scritto uno degli sviluppatori (del gruppo di studenti che ha scritto l'applicativo). Tenete presente che secondo le regole dell'Università la proprietà intellettuale rimane degli studenti, se producono qualcosa durante il corso. Gli ho chiesto se potevo riferire qui il contenuto dell'email ma non mi ha ancora risposto.... ora lo sollecito... [edit: e subitaneamente mi ha scritto la liberatoria]

Per me non ci sono problemi.
Io posso dire che il codice e' identico sia per Linux, Windows e Mac.
L'unica cosa che cambia e' come viene compilato. Su Linux e Mac si
usano i Makefile, mentre Windows Necessita di passare per Visual
Studio. Qui le differenze possono sorgere anche su come viene
compilato BOINC. Su Linux e Mac BOINC e' compilato usando i Makefile
(di nuovo), mentre su Windows si deve (di nuovo) usare Visual Studio.
Il problema della lentezza su Windows (che gia' sapevamo) potrebbe
essere legato in qualche modo a Visual Studio, a mio parere.

Di sicuro e' un occasione poter avere più persone che controllano il
codice. Di sicuro pero' servirà un grosso lavoro a posteriori per
validare e per controllare che non siano stati introdotti errori...

Ottimo, il codice open può essere una opportunità ulteriore.
Ovviamente, se qualcuno vuole aiutarvi deve conoscere il linguaggio R (se non ricordo male).

Una curiosità: per il tracking dei problemi usate bugzilla o altro (tipo delle riunioni davanti alla macchinetta del caffè)?

boboviz ha scritto:

Ottimo, il codice open può essere una opportunità ulteriore.
Ovviamente, se qualcuno vuole aiutarvi deve conoscere il linguaggio R (se non ricordo male).

Una curiosità: per il tracking dei problemi usate bugzilla o altro (tipo delle riunioni davanti alla macchinetta del caffè)?

Il codice e` tutto C++ (in R era scritto l'archetipo dell'algoritmo), per il tracking ... la seconda che hai detto....

valterc ha scritto:

Il codice e` tutto C++ (in R era scritto l'archetipo dell'algoritmo),

Meglio, più "accessibile"

per il tracking ... la seconda che hai detto....

I metodi tradizionali sono i migliori!

Quindi se lo si considera open-source, dovrebbe essere disponibile per una visione

Io traffico con Visual Studio e con il C/C++, non so se sono in grado di dare una mano, però un'occhiata potrei/vorrei darla volentieri, per vedere se riesco a capirci o e meglio che lasci stare

Anche io mastico abbastanza il C/C++ (c'ho fatto pure la tesi va' ). Non sarò un esperto di ottimizzazioni, ma un'occhiata la darei volentieri (e gratis!). Potrei provare a raffrontare il vostro codice con quello fatto da matematici di mia conoscenza. Magari emerge qualche spunto di miglioramento nelle strutture dati e via dicendo. Dico questo in via del tutto speculativa.

Letterina a Santa Lucia.
Cara Santa Lucia, io ho fatto il bravo quest'anno (ho pure sopportato Re Leon), ma tu, come regalo, mi porteresti Tn-Grid come progetto pubblico? Ti ringrazio e dai un abbraccio a Gastaldo e all'asinello.

Santa Lucia non mi ha portato proprio quello che volevo, ma ci è andata vicina:

Grapevine (Vitis species) is among the most important fruit crops in terms of cultivated area and economic impact but also for the large requirement of pesticides. Despite this relevance, little is known about the molecular regulatory circuits underlying the physiology of this species. Clearly, a greater knowledge of the grapevine biology would have a positive effect on management practices and on breeding leading ultimately to a more sustainable viticulture.
A “green” viticulture, that is a more sustainable grape growing which meets the needs of the present without compromising the livelihood and needs of future generations, is an emerging demand of the society. And this holds true for the Trentino province as well, where vineyards are often located next to the villages.
Today, we are in the fortunate situation of dissecting the molecular regulatory circuits of grapevine at unprecedented pace, thanks to the knowledge built up in the last 10 years. Since the discovery of the grapevine genome sequence in 2007 (Jaillon et al. Nature, Velasco et al. PlosOne) the expression of the ca. 30,000 genes it contains have been measured in dozens of controlled experiments and are publicly available (vitis.colombos.fmach.it/).
In grapevine flavonoids constitute one of the most abundant subgroups of secondary metabolites of the fruit, influencing quality, health-value and typicity of wines. Their synthesis in many plant species is mainly regulated at transcriptional level by transcription factors which modulate the expression of the genes of the pathway. In this specific TN-grid project our aim is to gain new knowledge about the grapevine flavonoid pathway, finding new genes which are part of it or have a regulatory effect on this pathway. These new insights will help in the long term, to grow better quality grapes by a more sustainable viticulture.

Se questo serve poi a migliorare la già ottima qualità dei vini del trentino, ben venga !!!!

zioriga ha scritto:

Se questo serve poi a migliorare la già ottima qualità dei vini del trentino, ben venga !!!!

Ok, fra qualche giorno partiremo con con un nuovo 'esperimento' che riguarda la vite, con dati raccolti dalla Fondazione Edmund Mach (che per altro produce ottimi vini...). Partiremo con qualche centinaio di workunit per verificare che non ci siano problemi (durate, checkpoint etc.) Verra` scaricato in automatico (una tantum) un file di dati di circa 100Mb. Il progetto E. Coli rimane attivo a priorità di distribuzione più bassa. Comunque quando partiremo faro` un annuncio sulla pagina ufficiale del progetto.

Prima wu Vitis Vinifera consegnata!!!!
Buon Natale a Valter e a tutto il team di Trento!!

boboviz ha scritto:

Prima wu Vitis Vinifera consegnata!!!!
Buon Natale a Valter e a tutto il team di Trento!!

Ubriacone....

Dopo Santa Lucia è passato pure Babbo Natale e la Befana.
E io aspetto un Tn-Grid finalmente pubblico

boboviz ha scritto:

Dopo Santa Lucia è passato pure Babbo Natale e la Befana.
E io aspetto un Tn-Grid finalmente pubblico

Anch'io...

campos ha scritto:

boboviz ha scritto:

Dopo Santa Lucia è passato pure Babbo Natale e la Befana.
E io aspetto un Tn-Grid finalmente pubblico

Anch'io...

Certo che siete esigenti, non è per tutti un progetto pubblico...

E' il nostro pacifico progetto, e poi magari ci pensa Valterc a quota Lustro....

Ci sono novità sulla ricerca? Ho scritto più di un mese fa sul forum ma tutto tace... va bene che si tratta di un progetto piccolo, però senza nessun aggiornamento per così tanto tempo passa la voglia di scaccolarci su!
Presumo che il lavoro vada avanti visto che il carico di WU è costante, però farebbe piacere sapere cosa stanno facendo i nostri computer e se il nostro sforzo stia servendo a qualcosa