ARGOMENTO:

Può essere. Con una 9500gt da 1Giga ci metto dodici ore, figurati con una scheda più vecchia e con 1/5 di memoria...
Sono curiosa di vederla. Io non ho postato un HFCC di 16h.
(fine OT).

C'è un messaggio di alcuni giorni fa da parte di Timo in cui, da quel poco che ho capito, spiega come stanno procedendo i lavori sulle nuove wu opencl.
Timo

Peccato non sapere bene il tedesco. Da google translator (quindi con le dovute cautele....):

Abbiamo appena messo su una simulazione con un campo di forze speciali, che in realtà solo corre sulla GPU, CPU cioè non ha proporzione. Questo non include le interazioni completo, ma dovrebbe essere pronta a breve. Voglio dare una data, perché intervenire solo nella scienza sempre un sacco di progetti

Sì, è completamente non regolamentato. Non ci è realmente la concorrenza. Solo di recente ho incontrato persone provenienti da Rosetta @ Home su una conferenza e ha parlato la nostra bella con loro e loro algoritmi. Tra le altre cose, ho imparato che gli utenti farebbero probabilmente anche un appello contro POEM @ HOME, gli amministratori che hanno giocato tutti, ma verso il basso e si fermò. Ci vediamo come scienziati. Se qualcuno può curare il cancro, non importa chi lo fa, la cosa principale è che è guarito

assolutamente incomprensibile

sapevo che le traduzioni di google sono da prendere un con le pinze ma questa credo che batta tutte quelle che ho visto ... e comunque voglio conoscere questi amministratori che giocano invece di lavorare

Con lo scarsissimo tedesco che conosco e con l'aiuto di alcuni vocabolari on-line, a grosse linee ho capito che non si aspettavano uno sviluppo così complesso delle wu opencl per CPU, mentre i lavori sembrano procedere in maniera più lineare con le future wu GPU (usando l'SDK ATI Stream). Interessante la parte in cui dice di essere venuto in contatto con i ricercatori di Rosetta@home e di aver cominciato con loro una sorta di "confronto" scientifico, lamentandosi però per il rischio di sovrapposizione delle ricerche in corso (è la parte in cui dice che boinc non è "regolamentato"). Non importa chi trova la cura, ad esempio, del cancro, conta che ci si arrivi e il prima possibile.
Ho comunque messo un post sul forum ufficiale chiedendo a qualche anima pia di tradurlo in inglese....

Timo, gentilissimo, ha risposto alla mia richiesta:

Hi,

1.) Are you happy with the development of POEM++?

Yes, very. In total POEM++ has proven to be very flexible. We can not only simulate Proteins, but also Proteins on surfaces, Membranes (for example for drug transfer, etc.) or even non-proteinogenic systems.

2.) Does the client deliver the expected results?

Yes, Energies of old - and P++ are compatible; POEM++ gives the same energies for the same proteins, but widened to the mentioned domain of 'not-proteins'.

3.) Is the performance alright? Somebody mentioned a 7fold increase.

The SASA (which was a roadblock in jpoem) is faster by far. The nice thing about the new SASA is near linear scaling. Jpoem had lots of problems, when it came to big proteins with runtime and especially memory. This was the reason why we couldn't calculate proteins bigger than 500+ amino acids on POEM@HOME. We can do that now.

4.) At the moment P++ is cpu only. Which cpu arch is the best fit for P++?

Well answering this is quite difficult. The linux client will benefit from everything up from SSE2, because the Matrix Vector operations are optimized for that. One thing is for sure however: Real Cores are better than hyperthreaded cores. In our future bigger clusters we would only put the big AMD CPUs at the moment, because there you simply get more CPUs per surface area.

5.) What are the problems in regards to P++ GPU development? Are the dev tools ok already?

The nice thing about GPU development is: You don't need special dev tools (or at least not so many). One of the reasons why the gpu development takes so much time is that some energy terms simply don't want to be parallelized. Even if of 6 energy terms 5 run 20 times faster, you won't realize a big difference if energy term 6 still takes as long as before. GPU cores cannot really talk with each other.

In regards to the app distribution there are some nice developments recently: From one hand ATI seems to bundle the OpenCL SDK with Catalyst nowadays and on the other hand some BOINC folks spend time in supporting OpenCL.

6.) When will the GPU app be released?

We can't say. At the moment we are preparing a simulation with a special forcefield, which will _only_ run on GPUs without parts on the CPU. It doesn't contain all interactions but the ones we want to investigate. I don't want to give a date, because in science some project comes in between all the time.

7)How big small is your group / the group of devs?

You find our group here:
www.research.kit.edu/biostruct/staff.php
At the moment we are quite big, but not everyone is working on the code all the time. Most of us execute simulations with P++. Lately got an additional person, who will now integrate the code for drug-screening.

8.) How good is the interaction with the BOINC people? How open is this interaction? CPU time means power and so I suspect that not everything is as open or as easy, correct? CPU time can be used for bad things afterall.

It is very open, there is also not a single feeling of competition because we all do different stuff. Lately I met some people from Rosetta@Home on a conference and we talked quite nicely about our and their algorithms. Among other things they also told me about their users who wanted to generate a movement against P@H, but thankfully their admins extinguished the flames.^^
We look at each others as scientists: If somebody cures cancer, it doesn't matter who he is; the only thing that matters is that the disease is cured.

Best,
Timo

Bello!

boboviz ha scritto:

Timo, gentilissimo, ha risposto alla mia richiesta:

7)How big small is your group / the group of devs?
You find our group here:
www.research.kit.edu/biostruct/staff.php

C'è pure una italiana!!!
www.research.kit.edu/biostruct/staff_irene_meliciani.php

Sul forum in lingua tedesca, alcuni utenti si sono resi conto che il client poem++ (in particolar modo le wu hydrophobin) gira molto meglio su cpu AMD (in particolare sulle Phenom II) rispetto alle controparti Intel.
Timo ha detto che è una cosa assolutamente inaspettata e che non sono state fatte sul codice opencl ottimizzazioni per piattaforme amd.
A breve dovrebbero pubblicare un paper sulla situazione del client GPU e dei risultati del client poem++

boboviz ha scritto:

Sul forum in lingua tedesca, alcuni utenti si sono resi conto che il client poem++ (in particolar modo le wu hydrophobin) gira molto meglio su cpu AMD (in particolare sulle Phenom II) rispetto alle controparti Intel.
Timo ha detto che è una cosa assolutamente inaspettata e che non sono state fatte sul codice opencl ottimizzazioni per piattaforme amd.
A breve dovrebbero pubblicare un paper sulla situazione del client GPU e dei risultati del client poem++

Da quando ci sono stati i problemi sulle wu di POEM++, (un paio di settimane fa) per risolverli hanno sicuramente modificato qualche cosa. Ad esempio a me durano esattamente il doppio rispetto a prima (col doppio di crediti ovviamente però )

@@$tars_Finder@@ ha scritto:

Da quando ci sono stati i problemi sulle wu di POEM++, (un paio di settimane fa) per risolverli hanno sicuramente modificato qualche cosa. Ad esempio a me durano esattamente il doppio rispetto a prima (col doppio di crediti ovviamente però )

Si, hanno modificato il codice, ma non hanno ottimizzato per nessuna famiglia di cpu.
E non si aspettavano queste differenze tra amd e intel (uso diverso della cache? o delle unità in virgola mobile?)

Bene, io ho tutti phenom II...
Anche se non mi pare di aver visto wu che si chiamino Poem++...

akd ha scritto:

Anche se non mi pare di aver visto wu che si chiamino Poem++...

Non ne stanno buttando fuori tantissime, sono in mezzo alle classiche poem 1.0

boboviz ha scritto:

akd ha scritto:

Anche se non mi pare di aver visto wu che si chiamino Poem++...

Non ne stanno buttando fuori tantissime, sono in mezzo alle classiche poem 1.0

Ormai da una settimana a me non arrivano più WU POEM++ v0.04. Sono tutte POEM Protein Folding v1.00 quelle che i mi stanno lavorando.

@@$tars_Finder@@ ha scritto:

Ormai da una settimana a me non arrivano più WU POEM++ v0.04. Sono tutte POEM Protein Folding v1.00 quelle che i mi stanno lavorando.

Probabilmente è dovuto ai problemini che avevano rilevato sul client.
Ho comunque lasciato un post sul loro forum per saperne qualcosa....

boboviz ha scritto:

@@$tars_Finder@@ ha scritto:

Ormai da una settimana a me non arrivano più WU POEM++ v0.04. Sono tutte POEM Protein Folding v1.00 quelle che i mi stanno lavorando.

Probabilmente è dovuto ai problemini che avevano rilevato sul client.
Ho comunque lasciato un post sul loro forum per saperne qualcosa....

Sono tornate le wu anche per POEM++, tutti a

Timo ha spiegato la penuria di poem++

Hi everybody,

Yep, the old jobs run still for quite long.
We will not convert old jobs to new jobs, because otherwise we would have a problem publishing it (The reviewers would ask: Why did you change in the middle of the process?).

So at the moment sometimes we have more old than new poem jobs. Once the current projects are done, the old jpoem will be fading out.

Sulla home page del progetto finalmente ci sono novità:

As we are preparing an updated POEM++ release there will be a slight shortage of workunits during the weekend. We do not want to send out new POEM++ workunits, before we update the client. Sorry for the shortage and thanks for your help. Currently we are preparing a publication about the hydrophobin workunits; expect some news, once it's out. Thanks for your help!

questione di ore quindi?

robertogl [HWU] ha scritto:

questione di ore quindi?

Speriamo di si. Non ci sono wu e questo è un buon segno....