ARGOMENTO:

Che sta succedendo qui?

Il thread ufficiale proprio perchè è il "trhead ufficiale" non solo è il posto adatto per discutere del progetto, ma è IL posto.

Mi sono perso qualcosa?

7D9 ha scritto:

Che sta succedendo qui?

Il thread ufficiale proprio perchè è il "trhead ufficiale" non solo è il posto adatto per discutere del progetto, ma è IL posto.

Mi sono perso qualcosa?

Da quanto scrivi, devo pensare che ciò che avevo inserito in copia non è sufficiente a spiegare ciò che è successo.
Questa discussione è stata la prima discussione su POEM aperta nel forum, poi ne è stata aperta un'altra, intesa però come semplice vetrina, atta a fornire informazioni ''pulite'', esenti da discussioni apparentemente esondanti.
Scrivo subito che è mio parere che non è possibile intendere un topic in questo modo, e si pensi, per fare un esempio a noi vicino, agli utilissimi thread ''fiume'' presenti su HWU...
Tuttavia, è congruo pensare l'esistenza di due topic differenti, uno per le informazioni ufficiali e un altro per la discussione, se è questo che piace.
7D9, ti prego, dimmi se manca qualche informazione!

IMHO è meglio tenere solo il thread ufficiale, dove le informazioni sono all'inizio e le discussioni vengono a seguire...

Vediamola così: il tag [Thread Ufficiale] contraddistingue la discussione in cui si parla degli aspetti tecnici del progetto; nel primo post DEVONO trovarsi le cose da sapere per farsi un'idea delle finalità del progetto, delle applicazioni che vengono rilasciate, delle Work Units che finiscono sui nostri PC, ecc.

In un thread ufficiale si dovrebbe parlare SOLO degli aspetti tecnici, con richieste di chiarimenti, segnalazioni di down dei server, anomalie nelle Work Units, problemi legati all'elaborazione, ecc.

Questo perchè chiunque si ritrovi con un problema legato a quel progetto possa cercare la soluzione nel thread ufficiale certo di trovare solo questioni tecniche e risposte alle sue domande.

Ecco perchè, in genere, si preferisce segnalare traguardi, ricorrenze, record e gli aspetti meno tecnici in altre sezioni del forum. Ed ecco perchè s'è deciso di tenere aperto anche questo thread, rivolto, se ho capito bene, agli aspetti più etici e morali del progetto!

L'importante, se volgiamo mantenere questa divisione, è mantenere ordine! E' ovvio che se in questo thread risolviamo i problemi tecnici e di là si parla d'altro o si manda OT il thread... beh... chi cerca una soluzione non saprà più dove trovarla...

Spero di aver interpretato bene le richieste e le esigenze di ognuno di voi... se non fosse così, parliamone pure!

Venturini Dario ha scritto:

IMHO è meglio tenere solo il thread ufficiale, dove le informazioni sono all'inizio e le discussioni vengono a seguire...

Per il semplice gusto di puntualizzazione.
Forse non era chiaro che pure io sono della medesima opinione.

@stefdur:
ho notato adesso che nel primo post non c'è la durata delle WUs.
Quando hai tempo magari inseriscile. Il mio pentium M 1,6 GHz ha fatto dei tasks di lunghezza molto variabile, alcuni solo mezzora, altri 25 ore.

7D9 ha scritto:

@stefdur:
ho notato adesso che nel primo post non c'è la durata delle WUs.
Quando hai tempo magari inseriscile. Il mio pentium M 1,6 GHz ha fatto dei tasks di lunghezza molto variabile, alcuni solo mezzora, altri 25 ore.

Ok, le ho inserite ora

@ stefdur: ho tradotto i risultati:

Sulla sinistra vediamo la conformazione non ripiegata della cosiddetta “cerniera triptofano”, una delle più piccole proteine con una struttura tridimensionale stabile. Sulla destra vediamo la sovrapposizione della struttura ripiegata da POEM@HOME (rosa) con quella sperimentale (turchese). Le strutture a nastro indicano quella che viene chiamata conformazione a beta-foglietto. Molte proteine di questa dimensione non sono stabili, ma in questo peptide la stabilità è raggiunta raggruppando le catene laterali di triptofano su un lato del beta-foglietto. Queste catene laterali non amano stare in acqua (effetto idrofobico) e il nostro modello predice correttamente il loro raggruppamento in accordo con gli esperimenti. L’errore medio di ogni atomo nella struttura ripiegata è di 1,38 Amstrong, circa il “diametro” di una molecola di acqua come riferimento. La struttura ripiegata è in accordo con gli esperimenti ad una risoluzione sperimentale. Le piccole beta-forcine hanno un numero di funzioni biologiche, il che rende interessante studiarle. Tra le altre cose modulano l’entrata dei virus nelle cellule (come per esempio l’HIV).

Sulla sinistra vediamo la conformazione non ripiegata della della proteina accessoria dell’HIV, un’altra proteina di cui il virus HIV ha bisogno per entrare nella cellula. Sulla destra vediamo la sovrapposizione della struttura ripiegata da POEM@HOME (blu) con la conformazione sperimentale di questi 40 amminoacidi in tre alfa-eliche. L’errore medio per ogni atomo nella struttura ripiegata è di soli 2,56 Amstrong, di nuovo all’interno della risoluzione sperimentale.

Abbiamo ripiegato entrambe le proteine in tre simulazioni indipendenti (stiamo lavorando per dei filmati). Questi risultati mostrano che POEM@HOME funziona, grazie al vostro contributo.

Penso che sarà indispensabile inserire anche le immagini, altrimenti non si capisce niente.

7D9 ha scritto:

@ stefdur: ho tradotto i risultati:

Sulla sinistra vediamo la conformazione non ripiegata della cosiddetta “cerniera triptofano”, una delle più piccole proteine con una struttura tridimensionale stabile. Sulla destra vediamo la sovrapposizione della struttura ripiegata da POEM@HOME (rosa) con quella sperimentale (turchese). Le strutture a nastro indicano quella che viene chiamata conformazione a beta-foglietto. Molte proteine di questa dimensione non sono stabili, ma in questo peptide la stabilità è raggiunta raggruppando le catene laterali di triptofano su un lato del beta-foglietto. Queste catene laterali non amano stare in acqua (effetto idrofobico) e il nostro modello predice correttamente il loro raggruppamento in accordo con gli esperimenti. L’errore medio di ogni atomo nella struttura ripiegata è di 1,38 Amstrong, circa il “diametro” di una molecola di acqua come riferimento. La struttura ripiegata è in accordo con gli esperimenti ad una risoluzione sperimentale. Le piccole beta-forcine hanno un numero di funzioni biologiche, il che rende interessante studiarle. Tra le altre cose modulano l’entrata dei virus nelle cellule (come per esempio l’HIV).

Sulla sinistra vediamo la conformazione non ripiegata della della proteina accessoria dell’HIV, un’altra proteina di cui il virus HIV ha bisogno per entrare nella cellula. Sulla destra vediamo la sovrapposizione della struttura ripiegata da POEM@HOME (blu) con la conformazione sperimentale di questi 40 amminoacidi in tre alfa-eliche. L’errore medio per ogni atomo nella struttura ripiegata è di soli 2,56 Amstrong, di nuovo all’interno della risoluzione sperimentale.

Abbiamo ripiegato entrambe le proteine in tre simulazioni indipendenti (stiamo lavorando per dei filmati). Questi risultati mostrano che POEM@HOME funziona, grazie al vostro contributo.

Penso che sarà indispensabile inserire anche le immagini, altrimenti non si capisce niente.

Ok, lo inserisco nel secondo post corredandolo con le immagini

Bellissimo!

P.S. L'ultima frase magari cancellala o modificala. Altrimenti, come ci ha anche ricordato GHz, sembra che siamo noi ad aver ripiegato le proteine e in procinto di preparare dei filmati.

(Scusa se non l'ho modificata io fin da subito)

7D9 ha scritto:

Bellissimo!

P.S. L'ultima frase magari cancellala o modificala. Altrimenti, come ci ha anche ricordato GHz, sembra che siamo noi ad aver ripiegato le proteine e in procinto di preparare dei filmati.

(Scusa se non l'ho modificata io fin da subito)

Figurati, non è colpa tua, è colpa mia che ho inserito tutto in fretta e furia senza controllare

Dalle ultime notizie, POEM@Home ha raggiunto i 7 TeraFLOPS di potenza di elaborazione. Inoltre, sono stati pubblicati i nuovi risultati ottenuti ( boinc.fzk.de/poem/index.php?section=resultpage ).

mi sembra che questo progetto sia molto interessante....vorrei aggiungerlo fra i miei, ma nell'elenco dei progetti ai quali puoi partecipare non c'è.....che faccio?

EDIT: ci sn riuscito

Anche POEM sta partecipando al CASP8.

May 5, 2008 - CASP8 starting

CASP8 is approaching and POEM@HOME is participating. The first targets are expected to be released tomorrow. Once the first CASP related workunits are out, the normal workunit count will be decreased to put more importance to the CASP related once.

È stato rilasciato un nuovo client per Windows, Linux e Mac OSX: "POEM Protein Folding 0.09".

Ho la cache impostata a 10 giorni + 4 giorni di riserva... Ma allora perché POEM@home mi da SOLTANTO 1 WU ALLA VOLTA??? Forse perché ne hanno poche da distribuire?

Al momento sul pc sono agganciato ad LHC@home e POEM@home. Entrambi con priorità a 1000. Quindi fanno 50-50 con le risorse a disposizione.
Non ho alcuna wu di LHC@home sul pc al momento. Solo una di POEM@home. Ma quando mi finisce me ne arriva solo 1 alla volta!

Come faccio a dare un contributo consistente per il progetto del mese di Giugno in questo modo?

Grazie.

Io ho 5 WUs di rosetta, lavoro aggiuntivo impostato su tre giorni e appena ho permesso a POEM di scaricare nuove WUs me ne ha scaricate 4.
Non sono molte, ma una mi sembra strano.

Non so dove sbattere la testa e cosa fare.. è davvero strano che me ne dia una soltanto. Provo a detachare e riagganciarmi appena finisce la wu in elaborazione.

Niente da fareee!!!
Ho detachato e riagganciato ma non mi cambia nulla! Sempre e solo 1 wu per volta!
Mi tocca cambiar progetto? Ci sarà qualche problema da qualche parte!

Non è strano, ma normale... basta conoscere come sceglie lo scheduler...

Ecco cosa accade:
- Il Resouce Share di LHC e POEM è a 1000 per entrambi: in questo modo chiedi allo scheduler di elaborare equamente per POEM e per LHC.
- Purtroppo su LHC non ci sono WUs da scaricare, mentre su POEM ce ne sono in abbondanza.
- In questo modo si crea uno scompenso: BOINC è costretto ad elaborare per POEM anche se LHC resta indietro, vorrebbe rimettere in parità i conti, ma non ci riesce perchè su LHC non c'è lavoro.

Quindi il tuo scheduler prova continuamente a chiedere milioni di secondi LHC, senza ottenerli, e incrementa sempre di più il suo debito nei confronti di POEM.

Per evitare di aggravare la situazione, lo scheduler che fa? Smette di richiedere nuove WUs per POEM, nella speranza di scaricare da LHC. Appena un core del PC si libera, visto che non riesce ad ottenere nulla da LHC, scarica il minimo indispensabile da POEM e prende una sola WU.

Come risolvere questa situazione?
Semplice, metti LHC in "No New Work" e "Suspend";
Fai un update manuale di POEM che dovrebbe rinpinguare la tua cache;
Poi riattivi LHC con "Resume" e "Allow new task".

Così facendo farai credere allo scheduler che lavori solo per POEM e lui riempirà la cache con le sole WUs di POEM. Appena LHC rimetterà in giro un po' di WUs, la situazione dovrebbe normalizzarsi.

Prova e fammi sapere!