ARGOMENTO:

Sì è così, il SIMAP rilascia dei batch di WU e quando sono finiti integra i risultati nel database delle similarità ( pubblico e a disposizione dei ricercatori: database ), i batch di lavoro corrispondono alle continue scoperte di nuove proteine.

Agli inizi (2006) il calcolo era continuativo in quanto avevano saturato le risorse interne ed erano rimasti indietro con l'elaborazione (inizialmente usavano l'applicazione senza BOINC solo sui PC dipartimentali) quindi per elaborare più velocemente avevano portato il SIMAP su BOINC, dopo qualche anno si sono messi in pari e così il lavoro continuo è finito e si è passati a una situazione in cui all'inizio del mese venivano rilasciate delle WU che venivano elaborate entro 2 o 3 settimane, ora però i batch sono cresciuti, non ho idea se ciò è dovuto a un maggior numero di proteine a variazioni nel calcolo (in realtà il client utilizzato è sempre lo stesso del 2006), o alla crescita del database che richiede una quantità sempre maggiore di conti per proteina.

Puoi controllare i singoli batch di WU qui: batchmonitor link

Spostano i server, quindi da domani saranno offline fino a fine operazione, in teoria martedì

We are moving our entire server infrastructure to another building. This project will therefore be offline from Monday, 28th of April, 6.30 UTC until the move has finished. We plan to be online again on Tuesday, 29th of April, 1pm UTC.

best regards
Thomas

Ho una gran coda di WU (per PC) con "scaricamento fallito"... in questo momento...

astroale ha scritto:

ora però i batch sono cresciuti, non ho idea se ciò è dovuto a un maggior numero di proteine a variazioni nel calcolo (in realtà il client utilizzato è sempre lo stesso del 2006), o alla crescita del database che richiede una quantità sempre maggiore di conti per proteina.

Entrambe le cose.
E' per questo motivo che vogliono implementare un nuovo algoritmo (Smith-Waterman).

E' apparsa questa mattina questa brutta notizia boincsimap.org/boincsimap/forum_thread.php?id=88

SIMAP is currently moving towards new algorithms for similarity calculations and scoring. After extensive tests and evaluations during the last months it turned out that the best way to continue SIMAP will be to use dedicated local hardware in our institute. SIMAP will therefore use BOINC only to maintain the current SIMAP database until the end of 2014. BOINC clients for the new SIMAP database will not be released and there will be no workunits for SIMAP after 2014. After 10 very successful years of SIMAP within BOINC this decision was not an easy one for us. However, we thank all users for their support in the past and in the upcoming last period until the end of the year.

Cheers
Thomas

In poche parole con la fine del 2014 Simap cesserà di usare la piattaforma BOINC

eeeh ma che c....biiip

Peccato

Peccato Mi piaceva parecchio come progetto

nnoooooooooooooooo

Prima Docking, poi questo (che era pure papabile di un client gpu).
E' una moria

boboviz ha scritto:

Prima Docking, poi questo (che era pure papabile di un client gpu).
E' una moria

…dimentichi Correlizer ….Il problema poi è che non arriva niente di nuovo...

Gattorantolo ha scritto:

boboviz ha scritto:

Prima Docking, poi questo (che era pure papabile di un client gpu).
E' una moria

…dimentichi Correlizer ….Il problema poi è che non arriva niente di nuovo...

niente di piu' falso, il problema é che i progetti boinc seri, supportati per anni, con tanto lavoro e continuato sono sempre meno.. Ma non vuol dire che non ce ne siano di nuovi... Dovremmo farci il callo

Gattorantolo ha scritto:

…dimentichi Correlizer ….

Beh, quelli di correlizer hanno intenzione di riaprire. Le tempistiche, però, non sono note.

Vediamo se ho percepito bene cosa succede ( non uso il verbo capire perchè non ho letto abbastanza ):
i test del nuovo client per GPU ( col nuovo algoritmo? ) sono andati talmente bene che si sono accorti che anche con poche GPU avrebbero potuto portare avanti l'immissione nel database delle nuove proteine, e così hanno deciso di dotarsi dell'HW adatto e, dopo 10 anni, di far tornare "interno" il calcolo

Se è così, è una scelta assolutamente comprensibile perchè usare BOINC per piccole potenze di calcolo e soprattutto per batch discontinui di lavoro porta a performance pessime (se valutate sull'esecuzione del singolo batch), a causa del calo esponenziale in prossimità dello svuotamento della coda di WU, ... ne hanno avuto esperienza gli amici di TN-Grid con l'ultimo batch di test

ho preso una ventina di WU

sabayonino ha scritto:

ho preso una ventina di WU

E cosa ci sarebbe di speciale? Al momento hanno lavoro a bizzeffe...

Gattorantolo ha scritto:

sabayonino ha scritto:

ho preso una ventina di WU

E cosa ci sarebbe di speciale? Al momento hanno lavoro a bizzeffe...

secondo i roumors passati , SIMAP era giunto alla fine e mi ero scollegato dopo che non vedevo WU da un pezzo

noto che hanno cambiato l'applicazione

un paio di mesi senza scaccolarci e mi ritrovo con tutti 'sti cambiamenti

Ma non dovevano chiudere?

Talon ha scritto:

Ma non dovevano chiudere?

A fine anno.....