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ARGOMENTO: [Thread Ufficiale] RNA World

Re: [Thread Ufficiale] RNA World 24/03/2011 21:09 #65161

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Da quel che si capisce hanno trovato il modo di creare dei checkpoint, creando delle sotto-wu

We are currently working on reorganizing the CMSEARCH application into two variants of which one will run a combined package of many very small WUs while the other runs the rest (the default CMSEARCH) WUs. With this we intend to achieve three goals. First, the combination of many tiny WUs into one package tremendously reduces the client-server communication load: a big relieve for our server which will make it significantly more stable even during team challenges and races. Second, the packaged WUs will write a checkpoint after each completed sub-WU. Third, because the users will be allowed to opt in or out for each of these two CMSEARCH variants there will be much more flexibility at the user's end to control maximum CMSEARCH runtimes

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 24/03/2011 21:48 #65166

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Perfetto! :king: Appena finisce il lavoro simap, torno ad elaborare su rna!

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 31/05/2011 12:44 #67799

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Ma hanno poi risolto il problema dei checkpoint?

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 31/05/2011 16:07 #67810

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I checkpoint ci sono, ma sono decisamente laschi....uno ogni 15-20-30 minuti di elaborazione....a seconda un po' anche della durata della Wu.

La percentuale di completamento della Wu sale lentamente e poi fa il balzo a 25-50-75-100% ogni volta che raggiunge un checkpoint. :muro:

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 31/05/2011 16:45 #67812

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Ugana Science ha scritto:

I checkpoint ci sono, ma sono decisamente laschi....uno ogni 15-20-30 minuti di elaborazione....a seconda un po' anche della durata della Wu.


beh... non male direi

a meno che uno non voglia avere 10 progetti in contemporanea, direi che al max 30 minuti per un checkpoint è un buon valore

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 31/05/2011 18:08 #67814

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Secondo me non tutte hanno i checkpoint

Ad esempio la cmsearch xxl 1.0.2 dopo 1H e 20 di lavoro ha ancora il checkpoint fermo a 0h.0m.1s

:ruota:

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 31/05/2011 20:01 #67818

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Sto elaborando a caso quelle corte...e per alcune i checkpoint arrivano anche dopo 1 h. :maroni:

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 31/05/2011 20:12 #67819

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Daniele69 ha scritto:

Secondo me non tutte hanno i checkpoint

Ad esempio la cmsearch xxl 1.0.2 dopo 1H e 20 di lavoro ha ancora il checkpoint fermo a 0h.0m.1s
:ruota:


Le XXL hanno ceckpoint anche dopo parecchie ore (anche 10). Le S hanno ceckpoint quasi sempre sotto le due ore.

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 01/06/2011 11:02 #67838

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Ho capito.

Allora scrivo nell'articolo di approfondimento che hanno ancora dei problemi sui checkpoint

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 25/08/2011 22:24 #69583

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Io ho dovuto annullare due elaborazioni "large" perchè dopo 14 ore se ibernavo, sospendevo o comunque fermavo l'elaborazione perdevo tutti i progressi fatti...

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 26/08/2011 07:37 #69588

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Herr Fritz 27 ha scritto:

Io ho dovuto annullare due elaborazioni "large" perchè dopo 14 ore se ibernavo, sospendevo o comunque fermavo l'elaborazione perdevo tutti i progressi fatti...


non vorrei dire cavolate ma...

con l'opzione "lascia le WU in memoria quando sospese" + ibernazione = non ho bisogno di checkpoint

oppure quell'opzione di cui parlo io non ha nulla a che fare con questo problema ;)


mmm.... da risolvere.... :zingarelli:

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 26/08/2011 09:57 #69590

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baxnimis ha scritto:

Herr Fritz 27 ha scritto:

Io ho dovuto annullare due elaborazioni "large" perchè dopo 14 ore se ibernavo, sospendevo o comunque fermavo l'elaborazione perdevo tutti i progressi fatti...


non vorrei dire cavolate ma...

con l'opzione "lascia le WU in memoria quando sospese" + ibernazione = non ho bisogno di checkpoint


vero, se togli la "leave in memory" (per avere più RAM libera), poi è chiaro che le applicazioni senza checkpoint devono ricominciare dall'inizio perchè ad ogni switch di progetto il processo viene proprio terminato, che poi sia il suo problema è un'altra faccenda anche perche avevo letto di problemi con il suspend o l'ibenazione del SO ma non ricordo se erano a carico di BOINC o di alcune applicazioni di qualche progetto e se poi erano stati o meno risolti.

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 26/08/2011 10:30 #69591

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Grazie a Bax e astroale... Non so perchè era l'unico progetto che non aveva attivato questa possibilità, tutti gli altri si... Mi sembrava di aver notato che cambiando le preferenze di elaborazione di un progetto automaticamente venivano aggiornate tutte le altre... Va beh, ora ho messo la spunta, vediamo se la prossima WU large rimane in memoria...

Grazie!!!

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 08/09/2011 11:01 #70041

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A causa di critiche limitazioni di spazio sugli HD del server causate dal massicio afflusso di risultati, avevano temporaneamente interrotto il generatore di lavoro e l'assimilatore. Questo problema ora è stato risolto così che la generazione di wu riprenderà a breve. Micheal

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 08/09/2011 15:02 #70083

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Penso sia tornato tutto a posto, ho ricevuto una WU oggi alle 11 e mezza circa...

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 16/09/2011 15:04 #70470

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WU generator transiently halted
Unfortunately, we have only little workspace left on the server hard drives such that we needed to halt the WU generator once again. Presumably, the problem will be resolved sometime tomorrow evening. At present, we cannot afford increasing our HD capacities due to lack of funding.
Micheal


Generatore di WU temporaneamente arrestato.
Sfortunatamente abbiamo avanzato solo una piccolissima parte di spazio utile sugli hard disk del server, quindi abbiamo dovuto arrestare la generazione di WU ancora una volta. Presumibilmente il problema sarà entro risolto domani sera (la sera del 15 settembre). Al momento non siamo in grado di aumentare la capacità degli hard disk a causa della mancanza di fondi.

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 16/09/2011 16:47 #70487

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 16/09/2011 21:29 #70512

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Ma son dischi fatti in platino? Ormai con un millino ti fai un nas da svariati tera e da prestazioni decenti.
Anche i dischi SAS sono calati molto di prezzo.
Boh

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 17/09/2011 21:16 #70549

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Peccato...

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Re: [Thread Ufficiale] RNA World 23/11/2011 12:15 #73208

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Si sono concluse le votazioni e desiderano ringraziare tutti i partecipanti che hanno sostenuto la loro organizzazione. Sfortunatamente, non sono riusciti a raggiungere la top 1000 in Germania con il risultato finale di 6459 voti e la 1216-esima posizione. Ma è così che a volte va ;-)

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