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Il progetto "Drug Search for Leishmaniasis" è stato in esecuzione per 10 mesi, quella che segue è una breve descrizione dei loro progressi e quali sono stati convalidati fino ad ora:

Il progetto originale includeva la valutazione di 53 proteine di Leishmania cristallizzate ottenute dal database PDB con 5.300 strutture modellate, (100 strutture modellate per ogni proteina scaricate dal PPB) (figura 1). La modellazione è stata condotta attraverso Molecular Dynamics utilizzando il programma NAMD, che rappresenta un modo indiretto per fornire flessibilità per ciascuno dei potenziali bersagli.

Tuttavia, in base alla statistica del progetto, dopo 6 mesi di attività, per eseguire i 5.353 strutture proteiche contro i 600.000 composti si spendono circa 20-25 anni per completare. Questi li ha fatto riconsiderare il progetto ad appena 10 strutture di priorità per ciascuna delle 53 proteine per un totale di 530 strutture (Fase 2). Originariamente l'idea era di costruire una traiettoria molecolare utilizzando istantanee di una proteina durante una simulazione computazionale, cercando di imitare l'ambiente biologico della proteina all'interno dell'organismo. Le traiettorie contengono 100 istantanee. Tuttavia, dai dati di priorità, 10 istantanee per traiettoria (cioè da 100 strutture per proteine, le istantanee 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80 90 e 100 sono state selezionate) (vedi figura 2). Tale selezione razionale finge a coprire modifiche sostanziali nella conformazione del sito di legame della proteina.

Attualmente, WCG ha elaborato circa 76.200.000 simulazioni di ripiegamenti (127 strutture contro i 600.000 composti nella fase I). Dalla seconda fase, sono state elaborate circa 37.800.000 simulazioni di ripiegamenti (63 opere di prima urgenza contro le stesse 600.000 composti). A causa della quantità enorme di dati, solo i primi 20 composti per struttura (composti con i colpi migliori punteggio) e in base alla funzione di punteggio proposto dal software VINA AutoDock, sono stati estratti. A titolo di esempio, abbiamo fornito i primi 20 che elenca composto dalla proteina 1-10, 1-20 e 1-30 * (vedere le tabelle 1, 2 e 3)

* La notazione 1-10 significa la struttura modellata 10, dalla proteina bersaglio uno dei 53 proteine originali scaricati dal database PDB.

Un'analisi futura con i migliori risultati pertinenti saranno pubblicati nel prossimo aggiornamento del progetto.

Vogliono anche ringraziare tutti i membri di WCG per il sostegno a questo progetto in tutto il mondo, per i quasi 19.000.000 risultati elaborati, su 1 miliardo di dati restituiti al World Community Grid di IBM.

 

Altri computer in Colombia aderiscono al progetto Drug Search for Leishmaniasis

Recentemente una nuova promozione al progetto Drug Search for Leishmaniasis è stata realizzata in Colombia con l'obiettivo di collegare più computer per sostenere questo progetto. Attualmente, diverse sale di calcolo dell'Università di Antioquia e di un cluster computazionale presso l'Università locale chiamato EAFIT hanno scaricato il software che permette di utilizzare il tempo di inattività di queste macchine per sostenere questa causa. Inoltre, nuovi contatti sono stati realizzati con diverse istituzioni di Medellin per invitarli a partecipare al progetto.

Attualmente, i seguenti soggetti o unità sono stati collegati al progetto:

Università EAFIT con il cluster Apollo, che consiste di 160 processori.

DRAI Centro presso la Facoltà di Ingegneria dell'Università di Antioquia, con 120 macchine.

Centro di calcolo della Facoltà di Medicina dell'Università di Antioquia, con 37 macchine.

Venture Business Park, con 9 macchine.


Inoltre, gli approcci sono stati realizzati con le seguenti società, imprese o rami di:

Coordinatore delle aule informatiche dell'Università EAFIT.

Società di Utilità di Medellin-EPM.

• Aziende di Antioquia minatori

collegamento operativo e CompuRedes.

• camere bioinformatici della Scuola di Microbiologia presso l'Università di Antioquia.

Microplast.


Si augurano che sempre più enti, aziende, pubbliche e private e le persone, si uniranno al progetto.



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