astroale ha scritto:
Se ben ricordo -->
vecchia news
il codice è di un applicativo di scritto da un altro gruppo di ricerca, e piuttosto famoso, può darsi che non abbiano bisogno di aggiornarlo o che abbiano qualche timore reverenziale a farlo, vista la fonte autorevole, lo stesso potrebbe valere per il porting su GPU
Allora, la piattaforma che sta alla base di docking è CHARMM, un applicativo di modellistica molecolare come altri (autodock, vina, ecc) e viene aggiornato
costantemente 2 volte l'anno (a febbraio e agosto vengono rilasciate contemporaneamente la versione stable e una beta che diventerà la successiva stable). Il tool, dietro pagamento di poche centinaia di euro, è liberamente utilizzabile per le più svariate implementazioni e risulta essere
gratuito per Università/No Profit. Da 3 anni circa, la piattaforma supporta, attraverso l'implementazione di OpenMM, sia CUDA che OpenCl per il calcolo su gpu con ottimi risultati prestazionali.
Quelli di Docking stanno usano una versione
beta di CHARMM
del febbraio 2007 (la C34A2, per i più curiosi), con tutte le problematiche del caso (oltre a non avere il supporto gpu, hanno spesso problemi di codice, debug, ecc).
Sul forum hanno scritto che devono valutare se aggiornare l'applicativo
Magari stanno aspettando Febbraio per implementare la prossima stable (che sarà la C39A2)