ARGOMENTO:

io so solo che i crediti vengono dati subito, quindi suppongo quorum=1

Una novità interessante nel progetto Docking. Sembra stiano sviluppando un "gioco" simile a Fold.it

ExSciTech

mi sembrava di ricordare che una prima versione dell'applicazione GPU fosse prevista per l'estate, ricordo male?

Non saprei, non mi sembra un gran periodo per rilasciare un client per gpu, viste le temperature... Poi si fondono tutte e gli utenti fanno il detach dal progetto...

akd ha scritto:

Non saprei, non mi sembra un gran periodo per rilasciare un client per gpu, viste le temperature... Poi si fondono tutte e gli utenti fanno il detach dal progetto...

In ogni caso qui passano mesi... e mesi... e... continua a non vedersi nulla di concreto

Lupo all ombra della Luna ha scritto:

akd ha scritto:

Non saprei, non mi sembra un gran periodo per rilasciare un client per gpu, viste le temperature... Poi si fondono tutte e gli utenti fanno il detach dal progetto...

In ogni caso qui passano mesi... e mesi... e... continua a non vedersi nulla di concreto

passato un altro mese

ma è down docking? non è mai down, mi sa che è la prima volta che non riesco ad entrare nel sito, e sto finendo le wu che avevo in coda

Mi sa di sì perchè anch'io ho dei problemi di connessione sia al sito che al progetto...

ancora down, e ho finito le wu
qualcuno sa come mai? Ovviamente non possiamo dire niente contro quelli che gestiscono il progetto, è pur sempre ferragosto

edit: tornato online

Le simulazioni cross-docking della loro serie di complessi HIV sono quasi completate. Questo gli permetterà di iniziare le analisi statistiche dei dati raccolti con il vostro aiuto mentre inizierà una nuova serie di cross-docking per una nuova proteina, la tripsina.

The cross-docking simulations of our set of HIV complexes is almost done. This will allow us to start the statical analysis of the data collected with your help while starting a new set of cross-docking for a new protein, the trypsin.

Le simulazioni di cross-docking dei complessi dell'HIV sono quasi finite. Questo ci permetterà di iniziare le analisi statiche dei dati raccolti con il vostro (nostro) aiuto e nel frattempo partirà un nuovo lavoro per una nuova proteina, la tripsina.

Da Wikipedia:

La tripsina è in grado di ridurre le proteine a polipeptidi più piccoli o singoli aminoacidi che possono essere assimilati dall'intestino: è pertanto un enzima fondamentale nella digestione delle proteine.

È prodotta dal pancreas sotto forma di tripsinogeno inattivo, che viene quindi secreto nell'intestino tenue dove viene attivato e trasformato in tripsina per mezzo di un taglio proteolitico operato dall'enzima enteropeptidasi. La tripsina risultante, con lo stesso meccanismo di taglio proteolitico, è in grado di attivare altre molecole di tripsinogeno. Questo meccanismo di attivazione è comune a molte serin proteasi, ed è utile a prevenire l'autodigestione nel pancreas.

In laboratorio, viene utilizzata per staccare dalla piastra le cellule in coltura, che crescono per adesione. In primo luogo bisogna rimuovere il terreno di coltura residuo il quale contiene un inibitore della tripsina (alfa-1 antitripsina), poi lavare le cellule con soluzione salina e aggiungerci la tripsina che staccherà le cellule.

Leggendo questa news mi sono chiesto... ma cos'è il cross-docking?

non ne ho trovato una definizione ne sul nostro sito ne su quello del progetto... a meno che non mi sia sfuggita

ho trovato 2 documenti in rete che ne danno una definizione, anche se in inglese:

Many of the current docking programs are known to perform well in so called self-docking experiments, where a ligand is extracted from its co-crystal, its conformation randomised, and it is then docked back into its native protein structure.
However, when the extracted ligand is docked into the same protein but using a different crystal structure, the performance drops dramatically. The success rate for these types of dockings, commonly referred to as cross-dockings, is substantially lower than for self-dockings. Since one of the most common application of docking programs is to dock several different ligands to the same target and rank them in order of binding, most routine dockings are essentially cross-dockings.

...solution obtained by sequentially docking the ligands into all protein structures (cross docking).

in pratica quelli di docking@home stanno mettendo a punto l'algoritmo.


chi ne sa di più può confermare o smentire questo?

Allora, ammetto di aver interpretato male il termine cross-docking, pensavo fosse una sorta di parola composta visto che ad una prima ricerca avevo trovato solo link inerenti la logistica.

Da quello che ho capito leggendo questo link , peraltro già riportato pagine addietro da Venturini Dario, ci sono due tipi di analisi dell'unione tra proteine e ligandi: il self-docking e il cross-docking.

Innanzi tutto quello che viene chiamato docking è ciò che permette alle proteine di svolgere le funzioni per cui sono preposte. Da Wikipedia:

Il ligando è una molecola in grado di legare una biomolecola e formare un complesso in grado di svolgere o indurre una funzione biologica. In senso stretto, si tratta solitamente di una molecola effettrice in grado di legarsi da una proteina bersaglio attraverso una interazione debole come un legame ionico, un legame idrogeno o una interazione di Van der Waals. Tale biomolecola bersaglio è il più delle volte un recettore.

L'associazione del ligando alla biomolecola bersaglio (evento indicato con il termine inglese docking, attracco) è solitamente reversibile: un legame irreversibile (legame covalente) tra ligando e target è molto raro nei sistemi biologici.

A differenza di quanto previsto dalla definizione di ligando in chimica inorganica, è del tutto irrilevante che il ligando - per come è inteso in biochimica - si leghi ad un sito metallico o meno. L'interazione tra ligando e recettore altera la conformazione (la struttura tridimensionale) del recettore stesso. La variazione conformazionale si riflette in un nuovo stato funzionale (la funzione di una macromolecola è infatti strettamente correlata alla sua struttura). La forza del legame è detta "affinità".

Se ho capito bene per self-docking si intende estrarre il ligando in questione dal complesso che si vuole analizzare, randomizzarne la conformazione, e ripetere l'attracco e ricreare il complesso.

Siccome la funzione di un complesso è dipendente dalla forma che il complesso stesso assume, e siccome la forma del ligando va a cambiare la conformazione del complesso una volta che attracca,le funzioni che un complesso può svolgere cambiano.


Immagine presa da Wikipedia -
In verde il ligando, in arancione
la proteina

Se però, oltre alla conformazione, si cambia anche la struttura cristallina, il tasso di successo del nuovo attracco calano vistosamente. Questo tipo di elaborazione è detta cross-docking e ha un tasso di successo inferiore del self-docking. Si provano quindi varie strutture cristalline al fine di stabilire una scala di affinità con la proteina.

A questo poi si aggiunge che ci possono essere piccole variazioni nella struttura della proteina; questa ulteriore variabile potrebbe essere considerata utilizzando un modello di proteina meno rigido, permettendo un'analisi di problemi "collaterali" altrimenti esclusi se non si considerano versioni omologhe della proteina stessa, magari non note a causa di una risoluzione non sufficiente del modello o ripiegamenti non certi nella conformazione della catena proteica.

Quindi penso che stiano cercando di modellizzare al meglio l'interazione ligano-proteina per capire meglio cosa succede nel nostro corpo, in modo da studiare poi farmaci più mirati (aggiungo io).

Più di così esula dalla mia comprensione visto che non sono del campo...

SI, questa direi che è una spiegazione "come si deve"

La pagina della descrizione del progetto è fumosa, riporta termini tipo drug-like a cui bisognerebbe trovare una definizione migliore (magari ma non obbligatorio in italiano), difficile da leggere

Sistemarla non è urgente ma teniamolo in considerazione come "cosa da farsi"

Proverò a darle un occhio intanto che sono poco impegnato con le lezioni...

Per la spiegazione di prima è quanto io posso capire da perfetto ignorante, se c'è qualcuno che deve rettificare rettifichi pure...

@ tutti:

Bax ha chiesto di rivedere il paragrafo dove veniva ripetuto "drug-like" senza che fosse spiegato il significato. Io l'ho interpretato così, provate a controllare se è a posto o se ho scritto castronerie.

Ciao!!!

We would like to know your opinion about Docking@Home. Please complete this short survey. Thanks!

Il team vorrebbe conoscere la nostra opinione su Docking@Home attraverso questa breve indagine .

Herr Fritz 27 ha scritto:

We would like to know your opinion about Docking@Home. Please complete this short survey. Thanks!

Il team vorrebbe conoscere la nostra opinione su Docking@Home attraverso questa breve indagine .

ho compilato il questionario.... mah.... le stesse domande potevano essere usate non dico per un dentifricio, ma magari per un telefonino.

talmente poco specifiche che non so proprio cosa servirà tutto questo a quelli di Docking, comunque vabbè, se può aiutarli facciamolo

secondo me la cugina della cognata di una ricercatrice del docking doveva fare un'inchiesta per una tesina di socioligia fossero italiani sarebbe sicuramente così

astroale ha scritto:

secondo me la cugina della cognata di una ricercatrice del docking doveva fare un'inchiesta per una tesina di socioligia fossero italiani sarebbe sicuramente così

è interessante una domanda che c'era... tipo... docking@home ti ha fatto aumentare la voglia di sapere qualcosa sul computer?....
macchestaiaddì !!!???!!! mi vuoi vendere un corso online?