ARGOMENTO:

Ma non partecipate a questo progetto? E' molto interessante, in quanto studia l'interazione tra molecole e ligandi.

docking.cis.udel.edu/

Qua trovate tutto.

Differenze fondamentali da Rosetta (che oltre al folding studia pure il docking)?

Morris83 ha scritto:

Ma non partecipate a questo progetto? E' molto interessante, in quanto studia l'interazione tra molecole e ligandi.

docking.cis.udel.edu/

Qua trovate tutto.

Per quello che ho visto è molto interessante, credo sarà uno dei prossimi progetti su cui mi lancerò alla ricerca di info... scontrandomi però con la mia poca confidenza con la materia


P.S. c'è già un thread su questo progetto... please continuate su quel thread se volete postare info

Io non conosco Rosetta, ma D@H a me sembra più veloce.

Ops non avevo visto che c'era anche questo topic, chedo scusa. Potete chiudere allora l'altro.
Lo scopo di D@H è quello di cercare dei ligandi che interagiscano con i siti attivi degli enzimi o con le tasche idrofobiche delle proteine. Per fare questo utilizzano il programma Autodock. Più che con rosetta@home, che se non ho capito male è un programma di ripiegamento proteico, direi che è affine al FightAids@Home del WCG (infatti lo Scripps è lo stesso gruppo di ricerca del faah).

Morris83 ha scritto:

...(infatti lo Scripps è lo stesso gruppo di ricerca del faah).

what's SCRIPPS ?

baxnimis ha scritto:

Morris83 ha scritto:

...(infatti lo Scripps è lo stesso gruppo di ricerca del faah).

what's SCRIPPS ?

E' un centro di ricerca americano.
Erano dentro anche a predictor@home.

Veloce in che senso? Cmq rosetta è uno dei progetti miliari del calcolo distribuito applicato alla biologia, occhio...

baxnimis ha scritto:

what's SCRIPPS ?

oddio baxnimis non legge i miei post!


nel frattempo ho provato a tradurre questo:

Docking@Home is a project which uses Internet-connected computers to perform scientific calculations that aid in the creation of new and improved medicines. The project aims to help cure diseases such as Human Immunodeficiency Virus (HIV). Docking@Home is a collaboration between the University of Delaware, The Scripps Research Institute, and the University of California - Berkeley. It is part of the Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System project (DAPLDS) and is supported by the National Science Foundation.
Before new drugs can be produced for laboratory testing, researchers must create molecular models and simulate their interactions to reveal possible candidates for effective drugs. This simulation is called docking. The combinations of molecules and their binding orientations are infinite in number. Simulating as many combinations as possible requires a tremendous amount of computing power. In order to reduce costs, researchers have decided that an effective means of generating this computing power is to distribute the tasks across a large number of computers.

Docking@home è un progetto di ricerca medica il cui scopo è lo sviluppo di nuovi farmaci per malattie come l'HIV. Docking@home è nato dalla collaborazione fra l'Università del Delaware, lo Scripps Research Institute e l'Università della California - Berkeley. È parte del DAPLDS (Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System project) ed è supportato dalla National Science Foundation.
Prima della produzione necessaria ai test di laboratorio, i ricercatori devono creare modelli molecolari per simulare l'azione dei nuovi farmaci. Questa simulazione è chiamata "docking". Le combinazioni di molecole e BINDING ORIENTATIONS sono praticamente infinite. Simulare così tante combinazioni richiede un'enorme potenza di calcolo, potenza che viene fornita dalla comunità BOINC.

se qualche buon'anima ha voglia di correggerlo (e magari proseguire ) lo apprezzerei molto

Morris83 ha scritto:

Ops non avevo visto che c'era anche questo topic, chedo scusa. Potete chiudere allora l'altro.
Lo scopo di D@H è quello di cercare dei ligandi che interagiscano con i siti attivi degli enzimi o con le tasche idrofobiche delle proteine. Per fare questo utilizzano il programma Autodock. Più che con rosetta@home, che se non ho capito male è un programma di ripiegamento proteico, direi che è affine al FightAids@Home del WCG (infatti lo Scripps è lo stesso gruppo di ricerca del faah).

In realtà se non erro anche rosetta ha il docking.

RosettaDock

RosettaDock was added to the Rosetta software suite during the first CAPRI experiment in 2002 as the Baker laboratory's algorithm for protein-protein docking prediction.[52] In that experiment, RosettaDock made a high-accuracy prediction for the docking between streptococcal pyogenic exotoxin A and a T cell-receptor β-chain, and a medium accuracy prediction for a complex between porcine α-amylase and a camelid antibody. While the RosettaDock method only made two acceptably accurate predictions out of seven possible, this was enough to rank it seventh out of nineteen prediction methods in the first CAPRI assessment.[52]

Development of RosettaDock diverged into two branches for subsequent CAPRI rounds as Jeffrey Gray, who laid the groundwork for RosettaDock while at the University of Washington, continued working on the method in his new position at Johns Hopkins University. Members of the Baker laboratory further developed RosettaDock in Gray's absence. The two versions differed slightly in side-chain modeling, decoy selection and other areas.[32][53] Despite these differences, both the Baker and Gray methods performed well in the second CAPRI assessment, placing fifth and seventh respectively out of 30 predictor groups.[54] Jeffrey Gray's RosettaDock server is available as a free docking prediction service for non-commercial use.[55]

In October 2006, RosettaDock was integrated into Rosetta@home. The method used a fast, crude docking model phase using only the protein backbone. This was followed by a slow full-atom refinement phase in which the orientation of the two interacting proteins relative to each other, and side-chain interactions at the protein-protein interface, were simultaneously optimized to find the lowest energy conformation.[56] The vastly increased computational power afforded by the Rosetta@home network, in combination with revised "fold-tree" representations for backbone flexibility and loop modeling, made RosettaDock sixth out of 63 prediction groups in the third CAPRI assessment.[4][21]



e non mi ricordo dove ho letto del programma rosetta ligand

Ducati 749 ha scritto:

baxnimis ha scritto:

what's SCRIPPS ?

oddio baxnimis non legge i miei post!

no no... è che non mi ero accorto che questa era la seconda pagina... e poi in inglese... e poi c'ho le papille gustative interrotte e poi c'ho un gomito che fa contatto col piede


P.S. mitico Elio

chiudo questo thread

non voglio far torto a nessuno ma non ha senso tenerne in piedi 2 contemporaneamente attivi




P.S. c'è già un thread su questo progetto... please continuate su quel thread se volete postare info

Anch'io trovo molto interessante questo progetto... E come questo ce ne sono altri che possiamo supportare. Vorrei essere sicura di quello che faccio però...mi attengo alle decisioni del team. ...Ma DIAMOCI UNA MOSSA!

FataTurchina ha scritto:

DIAMOCI UNA MOSSA!

Ehhhhhh, risposta sbagliata. Va bene mettere un po' di fretta ma non troppa altrimenti succedono dei casini.

FataTurchina ha scritto:

Anch'io trovo molto interessante questo progetto... E come questo ce ne sono altri che possiamo supportare. Vorrei essere sicura di quello che faccio però...mi attengo alle decisioni del team. ...Ma DIAMOCI UNA MOSSA!

vai fata!
sei tutti noi!

Ho postato una mia traduzione di una pagina del sito di Docking@home nel topic delle traduzioni. :D

djtux ha scritto:

Ho postato una mia traduzione di una pagina del sito di Docking@home nel topic delle traduzioni. :D

mi sono permesso di modificare il primo post del thread inserendo i contributi di tutti e le altre info che sono riuscito a trovare

Anche Rosetta fa questo genere di cose, infatti uno degli articoli che si vogliono pubblicare parla proprio di questo (vi riporto parte della news che avevo scritto):

Il terzo articolo a cui sto lavorando è "Aggancio cieco di composti farmaceutici rilevanti usando RosettaLigand". Questo descrive l'attuale stato dei nostri sforzi per migliorare il metodo per la progettazione di nuove piccole molecole farmaceutiche per combattere le malattie. La sfida cui si riferisce questo articolo è di prevedere come le molecole farmaceutiche legano le proteine; determinare come si leghino è necessario per migliorare la loro efficacia e per identificare una buona molecola candidata in prima istanza. In due recenti pubblicazioni abbiamo descritto l'incorporazione del modellamento di piccole molecole all'interno di Rosetta per creare il nuovo metodo di aggancio farmaceutico RosettaLigand, e abbiamo testato il metodo su una raccolta di dati disponibili pubblicamente. Però molti di voi non saranno sorpresi dal fatto che molte delle attuali scoperte di farmaci sono portate avanti da compagnie farmaceutiche e che i composti che testano non sono generalmente resi pubblici (sono considerati segreti commerciali). Volevamo capire se RosettaLigand aveva successo nell'agganciare farmaci nel reale sforzo di scoperta dei farmaci e siamo stati veramente fortunati quando una grande compagnia farmaceutica ha concesso a Ian Davis, che sta lavorando al progetto, di visitare uno dei siti della compagnia e analizzare i risultati ottenuti con RosettaLigand sul loro gruppo di composti privati. I risultati sono descritti in questo articolo e sono veramente incoraggianti; non solo RosettaLigand sembra essere uno dei migliori metodi correnti per questo cruciale step nella progettazione di farmaci, ma ci sono anche chiare possibilità per un miglioramento (che non erano evidenti con i dati pubblici) sul quale stiamo iniziando a lavorare.

RosettaDock è ancora un'altra cosa; studia le interazioni tra proteine.

A me questo progetto non entusiasma molto. Il motivo è che andando a vedere le pubblicazioni non c'è neanche un nome di rivista scientifica semiseria. Sono tutti "computing conference", "grid technologies", ecc..

7D9 ha scritto:

... andando a vedere le pubblicazioni non c'è neanche un nome di rivista scientifica semiseria. Sono tutti "computing conference", "grid technologies", ecc..

mi sono letto un po' la loro ultima (terza) newsletter ed è praticamente un riassunto della storia e degli scopi del progetto

si, le loro pubblicazioni hanno tutte a che fare con conferenze a tema o di grid computing ma ad esempio ne hanno organizzata una e ci è andato pure Anderson come relatore

credo che il progetto sia serio e forse (dico forse) procede nello studio del docking per strade alternative a Rosetta. Se va bene, e se raggiungeranno qualche risultato di rilievo, vedremo una loro pubblicazione su riviste a tema (serie) magari a fine 2009.