ARGOMENTO:

morse ha scritto:

L'applicazione minirosetta_beta è stata aggiornata alla versione 3.22

Mi freghi le news su ralph??

boboviz ha scritto:

morse ha scritto:

L'applicazione minirosetta_beta è stata aggiornata alla versione 3.22

Mi freghi le news su ralph??

Si


Scusa, non lo faccio più

Finalmente un pò di lavoro continuativo.....

boboviz ha scritto:

Finalmente un pò di lavoro continuativo.....

...era ora...mi sono iscritto al progetto 3 giorni fa ed ho scaricato ore le prime WU da elaborare!

Gattorantolo ha scritto:

...era ora...mi sono iscritto al progetto 3 giorni fa ed ho scaricato ore le prime WU da elaborare!

Attento a non farci l'abitudine
E' un progetto, come dice il nome, beta e il lavoro spesso scarseggia.....

Bello però...la grafica è identica a Rosetta

Gattorantolo ha scritto:

Bello però...la grafica è identica a Rosetta

Infatti è il progetto beta di rosetta

morse ha scritto:

Gattorantolo ha scritto:

Bello però...la grafica è identica a Rosetta

Infatti è il progetto beta di rosetta

Infatti lavorano tutti e due con le Rosetta Mini 3.22...

Non capisco bene questa cosa...

nel dubbio RALPHO fin che ce n'è...

campos ha scritto:

Infatti lavorano tutti e due con le Rosetta Mini 3.22...

Non capisco bene questa cosa...

E' molto semplice: oltre a provare nuove versioni del client, quelli di ralph provano, all'interno della stessa versione di client, diversi protocolli/lavori/test prima di girarli in produzione....
Senza contare le volte che viene fatto uscire lavoro già svolto con precedenti versioni per fare dei raffronti

boboviz ha scritto:

E' molto semplice: oltre a provare nuove versioni del client, quelli di ralph provano, all'interno della stessa versione di client, diversi protocolli/lavori/test prima di girarli in produzione....
Senza contare le volte che viene fatto uscire lavoro già svolto con precedenti versioni per fare dei raffronti

Ho capito!

Grazie per la delucidazione!

Uscita la nuova versione 3.23

The minirosetta_beta application has been updated to version 3.23. In the truest sense of the word, these binaries are alpha. If you experience increased error rates, please let us know.

E' più una alfa che una beta, se la aspettano instabile...

Una risposta alla mia domanda sul forum:

The reason for the update is new & improved protocols. We're testing out new ways of doing things (particularly in the area of structure prediction), and 3.23 simply can't do these new protocols. It's cutting edge science (we hope), so we need to update the application to handle it.

The "alpha in the truest sense of the word" bit is due to the fact that, for technical reasons, we've had to change how we build the minirosetta application binaries. While we don't anticipate that there will be significant issues due to the change, we're aware that there could be unforeseen issues.

Che stiano pensando ad un client gpu???

Peccato, nessun client gpu all'orizzonte.
Questa è la risposta di Moretti a due mie domande:

1) If it is "cutting edge", why 3.23? I think it's a 3.50 or 4.0 release...

From a software perspective, the change wasn't all that great. The general framework of the minirosetta client is still the same, it's just we added a bit of new functionality on top of that. Most updates to Rosetta@home are like that - they're not so much to increase stability or fix bugs (although we do do that), but rather to implement new scientific functionality.

In some respects, version numbering is meaningless. As long as different versions have different numbers, there really isn't a uniform standard on how to do software versioning. For the boinc minirosetta application, we're currently using a major version of 3 (as it's based on the Rosetta3 code) and a minor version which increments by one on each new release. As boinc updates the code automatically, a more sophisticated versioning scheme really isn't necessary. Run Rosetta@home, and you'll get the latest-and-greatest, whether that's called 3.23, 4.0 or XF2012

2) "we had to change how we build"...have you change the compiler? Is this a "prelude" for gpu client? :-P

Sorry, a little more prosaic. We had hardware issues on the system we normally use to build the client, so we had to set up a new build system.

boboviz ha scritto:

Peccato, nessun client gpu all'orizzonte.
Questa è la risposta di Moretti a due mie domande:

1) If it is "cutting edge", why 3.23? I think it's a 3.50 or 4.0 release...

From a software perspective, the change wasn't all that great. The general framework of the minirosetta client is still the same, it's just we added a bit of new functionality on top of that. Most updates to Rosetta@home are like that - they're not so much to increase stability or fix bugs (although we do do that), but rather to implement new scientific functionality.

In some respects, version numbering is meaningless. As long as different versions have different numbers, there really isn't a uniform standard on how to do software versioning. For the boinc minirosetta application, we're currently using a major version of 3 (as it's based on the Rosetta3 code) and a minor version which increments by one on each new release. As boinc updates the code automatically, a more sophisticated versioning scheme really isn't necessary. Run Rosetta@home, and you'll get the latest-and-greatest, whether that's called 3.23, 4.0 or XF2012

2) "we had to change how we build"...have you change the compiler? Is this a "prelude" for gpu client? :-P

Sorry, a little more prosaic. We had hardware issues on the system we normally use to build the client, so we had to set up a new build system.

Va a finire che mi compro un 8-core per rosetta

Ho chiesto nel forum di Ralph se, visto che non hanno prossimamente in programma una applicazione gpu, se almeno prevedono di farne una multi-thread e questa è stata la risposta:

Multi-threading would be a headache to support for no practical gain. Protocols typically function by taking a single structure through a series of steps, which means there's choke points which would limit the speed increase you'd get from multithreading. Rosetta is really set up for trivial parallelism. Instead of multithreading a single structure, the better way to handle multiple CPUs is to run multiple structures at the same time, and the easiest way of doing that is to run multiple independent instances of the program. (Which happens to be a good match for the boinc setup.)

If you want to make full use of your 8-core CPU, go into your boinc computing preferences, and increase the "On multiprocessors, use at most" settings. This way you should crunch on eight work units at once (one for each CPU). Although each will run at about the same speed as a single work unit on a single CPU, you'll still come out ahead credit/scientific-result-wise of if we implemented multi-threading.

Ovvero, nisba

Il già poco lavoro di ralph è drasticamente calato dall'inizio del CASP.
Oggi ho beccato un pò di lavoro, ancora della vecchia versione 3.26.
Non capisco......

boboviz ha scritto:

Non capisco......

Non ci capisco veramente più niente.
Siamo andati avanti per mesi con la versione 3.31 (per quanto poco lavoro ci fosse in concomitanza con il CASP). La settimana scorsa buttano fuori la 3.41 ed è una mezza strage....il batch di 2 giorni fa ha avuto oltre il 70% di errori. Oggi ho scaricato wu della versione 3.26!!

boboviz ha scritto:

boboviz ha scritto:

Non capisco......

Non ci capisco veramente più niente.
Siamo andati avanti per mesi con la versione 3.31 (per quanto poco lavoro ci fosse in concomitanza con il CASP). La settimana scorsa buttano fuori la 3.41 ed è una mezza strage....il batch di 2 giorni fa ha avuto oltre il 70% di errori. Oggi ho scaricato wu della versione 3.26!!

Probabilmente sono diversi gruppi di lavoro che lavorano a diverse cose contemporaneamente

Io per il mio lavoro di tesi sto cominciando ad usare rosetta per i conti che devo eseguire. Rosetta non è però un programma, bensì una suite di diverse decine di programmi ognuno dei quali svolgono lavori molto diversi gli uni dagli altri. Vi sono software di protein folding, docking proteina-proteina (quello che uso io), docking proteina-ligando, ottimizzazione di strutture e così via.
Io sto usando l'ultima versione stabile che è la 3.4.
Probabilmente come dice morse diverse persone stanno lavorando su diversi algoritmi. Ciò che mi pare strano è che usino questa numerazione delle versioni un po' strana... potrebbero tutti adottare la 3.4.1 e applicare lì le diverse modifiche.

Simone ha scritto:

Io per il mio lavoro di tesi sto cominciando ad usare rosetta per i conti che devo eseguire. Rosetta non è però un programma, bensì una suite di diverse decine di programmi ognuno dei quali svolgono lavori molto diversi gli uni dagli altri. Vi sono software di protein folding, docking proteina-proteina (quello che uso io), docking proteina-ligando, ottimizzazione di strutture e così via.
Io sto usando l'ultima versione stabile che è la 3.4.
Probabilmente come dice morse diverse persone stanno lavorando su diversi algoritmi. Ciò che mi pare strano è che usino questa numerazione delle versioni un po' strana... potrebbero tutti adottare la 3.4.1 e applicare lì le diverse modifiche.

Mio parere poi potrei benissimo sbagliarmi: potrebbe essere che vogliono confrontare stesse wu con versioni diverse?