ARGOMENTO:

Hanno aperto un canale Discord del progetto.
Visto che hanno il forum, non ne comprendo appieno l'utilità.

www.gpugrid.net/forum_thread.php?id=5449#61477

Posted: 2 May 2024 | 9:28:34 UTC
Last modified: 2 May 2024 | 9:29:24 UTC

This is a message Adrià posted in our discord channel. Since he doesn't have an account in the GPUGRID forum I open the thread for him.
If you want to be more up to date to the news related to this project and others please join our discord, we are usually more active there:

discord.gg/dCMkcafPpX

Hello GPUGRID!

Here Adrià. I'll be recovering the ACEMD3 application again, and sending new jobs of standard MD simulations
(We've been testing it these past weeks to make sure it worked well for both Windows and Linux)

The main goal of these new batch of simulations will be to validate further our capacity to predict the binding mode of ligands using simulations and adaptive sampling methods. Those of you that have been around for some time here might already be familiar with these simulations, such as the Benzamidin-Trypsin system (www.pnas.org/doi/abs/10.1073/pnas.1103547108) or the Dopamine D3 receptor with an antagonist ligand (www.nature.com/articles/s41598-018-19345-7#Ack1), which we were able to simulate thanks to GPUGRID and all your effort!

Now, we are revisiting this method, which we call in-silico binding assay (ISBA). During drug discovery campaings, it's common that you know of ligands that bind to your target, but you don't know their binding mode, the exact conformation and structure that both the ligand and the protein have when bound. Knowing the binding mode is critical for further development of the molecule into a potent and usable drug.

The most precise way of discovering the binding mode is with crystallization. However, that can take too much time or be directly impossible, depending on the protein. Therefore, we want to optimize and refine ISBA for binding mode prediction, so it can be usable during drug discovery projects. To summarize a bit our objectives, we want to predict binding modes for larger molecules than Benzamidin, with the same precision, but with less simulation time that was needed for the D3 receptor system.

To do so, we'll be using the latest version of adaptive sampling that we developed, AdaptiveBandit (pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.0c00205). The objective of these new simulations I'll be sending will be to benchmark AdaptiveBandit in an ISBA scenario, improve the algorithm if required and fine-tune its hyperparameters.

Let me know if there's any issue with the simulations. I'll be sending 100ns trajectories for the most part, divided in two steps.

Let me know if there's any issue

Glielo faccio sapere PRIMA o DOPO che le WU mi vadanao in errore ?

Hanno lanciato la nuova applicazione ATMML: Free energy with neural networks

quella per windows è datata 22 agosto mentre per linux è del 5 luglio.

la cosa "abnorme" è che viene scaricato un pacco dati che supera abbondantemente i 4,5 GB


PS, poi dirò se funzionerà

PS2 il sito di gpugrid ha una banda passante terribilmente bassa; impiegherò quasi un'ora a scaricare (alla velocità di poco superiore a 1Mb/sec (la mia fibra viaggia a 6/7 MB/sec)

zioriga ha scritto:

Hanno lanciato la nuova applicazione ATMML: Free energy with neural networks
PS, poi dirò se funzionerà

Sabaaaaa, Sabaaaaaa, io ti invoco!!

P.S.
Settimana scorsa ero a Barcellona e ho visto, in metropolitana, le indicazioni per Pompeu Fabra.
Forse era meglio se andavo a fare due chiacchere con De Fabritiis....

2.7 MCrediti per poco più di 17 ore di elaborazione (Nvidia 3050)

Fortunamente i 4.5 GB in download solo solo la prima volta (evidentemente per il carico una tantum del database)

Delle nuove ATMML non si capisce la logica dei crediti

in genere mi durano intorno alle 20 ore per 2.7 M crediti
ci sono però alcune che durano intorno alle 5 ore con 1.125 M crediti
ma ci sono anche alcune che, con una durata di 2-3 ore, danno 2.7M crediti

ci fosse un "trick" per catturare solo quelle più corte

Sembra che tu abbia acceso la mini centrale nucleare del giardino ..... ma quante wu al giorno "macini" ?
Aspettami per il sorpasso in classifica .... togli le barrette di uranio !!!
k.

Ultimamente sto andando avanti solo di GPUGRID, con la mia 3050, con la valorizzazione dei crediti che ho postato prima

Salve boincitaliani
da alcuni giorni il 90% delle wu ricevute ed elaborate terminano in maniera anomala con questa segnalazione di errore
195 (0xc3) EXIT_CHILD_FAILED.
Qualche dritta per risolvere il problema ?
Cercando in rete questa segnalazione di errore parrebbe comune a molti alti progetti Boinc.
Grazie in anticipo.
K,
p.s. sono elaborazioni miste del sottoprogetto ATMML e ACEMD 3 (in windows 10 pro)

Fabrizio74 si è accorto che il progetto è fermo, ed effettivamente è fermo per un buon motivo: la migrazione su nuovi server.
Sembra che aggiorneranno anche l'infrastruttura (ed, effettivamente, nella parte in basso c'è scritto che stanno usando la versione 1.2 del server boinc, quando è uscita a dicembre la 1.4.5)
Vediamo come vien su

Welcome to GPUGRID

GPUGRID is a volunteer computing project that harnesses the power of GPUs (Graphics Processing Units) to conduct cutting-edge scientific research. By utilizing the computational power of GPUs, we can perform complex calculations and simulations at a much faster rate than traditional CPU-based systems.

Important: We have just moved to a new server. The website does not look the same as before. We are in the process of updating it

Nuovo Master URL

www.gpugrid.net/gpugrid/

Siete pregati di rifare l'attach con il nuovo URL

Sembra, effettivamente che la migrazione abbia alcuni problemi.
Un messaggio di qualche giorno fa:

There will be some further delays to getting back to production mode: there have been some significant security changes to the university network that the server lives in that have changed how researchers can connect and send WUs which we need to incorporate into our workflows.

In pratica, oltre ai problemi al DB, hanno anche problemi di connessione

Non riesco a capire come vanno i file di Gpugrid se ancora con virtualbox o con docker (che non so se ho configurato correttamente nei pc ) servirebbe guida in ita sorry
da pochi minuti nel pc che ho linux mint mi ha scaricato un ATMML mentre in quello win 11 nessuno da alcune settimane
LLM e LLMS questi 2 nuovi non li ho mai scaccolati
Grazie dell'aiuto

Fabrizio74 ha scritto:

Non riesco a capire come vanno i file di Gpugrid se ancora con virtualbox o con docker (che non so se ho configurato correttamente nei pc ) servirebbe guida in ita sorry

Vado a ricordi, ma GPUGrid NON dovrebbe usare nè VBox nè Docker, anche perchè rilascia solo app per gpu...

da pochi minuti nel pc che ho linux mint mi ha scaricato un ATMML mentre in quello win 11 nessuno da alcune settimane

Il progetto, da sempre, "preferisce" Linux a Windows. Alcune app, infatti, nemmeno esistono per Win e spesso il lavoro è solo per Lin

LLM e LLMS questi 2 nuovi non li ho mai scaccolati

Eh, lavoro intermittente, un classico di GpuGrid


P.S. Che scheda video hai? Che driver hai a bordo??

qui ho una 4060ti in win 11 driver 576.28 mentre in linux ho una 3060ti in linux ho 570.99
praticamente i più recenti ogni mese controllo e aggiorno

Fabrizio74 ha scritto:

qui ho una 4060ti in win 11 driver 576.28 mentre in linux ho una 3060ti in linux ho 570.99
praticamente i più recenti ogni mese controllo e aggiorno

Con queste gpu, se vuoi lavoro un pò più costante, forse dovresti passare ad Einstein@Home...

Si grazie ma.. per il consiglio le gpu le uso x ricerche su malattie visto che in famiglia ne ho viste tante e vorrei contribuire a debellarle. Ho provato Folding@home ma non mi son trovato a mio agio quindi aspetto che mi arrivi da scaccolare
Grazie mille sei stato molto utile.

Fabrizio74 ha scritto:

Si grazie ma.. per il consiglio le gpu le uso x ricerche su malattie visto che in famiglia ne ho viste tante e vorrei contribuire a debellarle.

Prima di tutto un abbraccio per tutto.
Poi c'era anche la speranza che anche Rosetta@Home avesse un client gpu, ma sembra che i lavori si siano fermati.