Valutazione attuale: 0 / 5

Stella inattivaStella inattivaStella inattivaStella inattivaStella inattiva
 

La progettazione di farmaci: l’aggiornamento dell’interfaccia
La parte del progetto legata al design farmacologico è cominciata qualche mese fa con una interfaccia veramente semplice



L'idea che abbiamo avuto era quella di utilizzare l'interfaccia utente grafica per la progettazione di proteine: nell’immagine qui sopra si vede il menù “Pi” quando si seleziona un atomo da progettare. Mentre questo è un concetto abbastanza buono, il problema principale che abbiamo incontrato era che il menu “Pi” nascondeva il ligando da progettare. Era molto difficile eseguire le modifiche e vederne gli effetti sulla proteina/ligando.
Questa difficoltà ha determinato un passaggio a un menu separato.


In questo menu, che abbiamo chiamato “Pannello di progettazione di Ligandi”, è possibile selezionare gli atomi da progettare e quindi fare clic sul pannello stesso per cambiarli. La cosa fantastica è ora che si può spostare il pannello di progettazione e vedere la proteina e il ligando senza interferire con il menu stesso. Naturalmente ci sono anche alcuni problemi con questo menu: abbiamo alcune opinioni miste e ti invitiamo a condividere i tuoi pensieri nel nostro thread qui sotto.


Gli elementi da scegliere sono solo etichettati con il nome dell'elemento: C-carbonio, N-azoto, O-ossigeno, P-fosforo, ecc. Inoltre i frammenti mostrati sotto gli elementi sono di un colore simile al magenta. Inoltre, quando si fa clic su un atomo, poi su un frammento, non si ha idea di dove sarà collocato quel nuovo frammento, spazialmente: per questo abbiamo avuto bisogno di aggiornare il pannello ligandi. Il nuovo pannello è molto più colorato! Gli elementi sono colorati in base al loro colore CPK e i frammenti sono stati sostituiti con immagini ad alta definizione. Inoltre, ora, quando si seleziona un frammento, un contorno “raggiante” di quel frammento viene disegnata sulla struttura. Non bisogna più tirare ad indovinare dove il frammento sarà collocato!!
Inoltre, abbiamo aggiunto la possibilità di modificare i vincoli e questo ci porta al prossimo miglioramento grafico introdotto. Prima, tutto era mostrato come un legame singolo: ora, la piccola molecola viene disegnata con i suoi legami visibili ed è disponibile un nuovo modo di visualizzare la proteina, chiamata l'”opzione di visualizzazione Cartoon Ligand” (sotto impostazioni avanzate, Proteine vista: Cartoon Ligand).



Abbiamo aggiunto nuovi modi di visualizzare interazioni all'interno della proteina. Abbiamo anche aggiunto un pannello di visualizzazione ligandi, che permette di trasformare l'isosuperficie solo intorno alla piccola molecola, mostrando aree in cui ci sono un accettore / donatore di legame di idrogeno e, infine, dove c'è repulsione tra atomi. È anche possibile modificare al volo la trasparenza di tutto, cosa che consente una più diretta manipolazione delle impostazioni. Infine, abbiamo aggiunto funzionalità che aiutano a farti notare se si sta cercando di progettare qualcosa che non sia chimicamente fattibile.
Ci auguriamo che tutti godano di queste nuove aggiunte; fateci sapere quali altre cose vorreste vedere nel settore grafico.



Per commentare questo post nel forum devi effettuare il login

Pensieri distribuiti

Written on 16/09/2019, 09:51 by boboviz
ci-vuole-un-fisico-bestiale-per-andare-al-cernCome alcuni di voi sapranno, periodicamente, il CERN apre i suoi portoni alla visita di chi vuole andarci e la cosa viene chiamata OpenDays. Questa volta...

Articoli

Written on 11/02/2019, 11:13 by boboviz
boinc-workshop-2019Anche quest'anno si terrà il Boinc Workshop, dal 9 al 12 Luglio a Chicago. La partecipazione è libera e gratuita.

Ultime dal Blog

Written on 16/09/2019, 09:51 by boboviz
ci-vuole-un-fisico-bestiale-per-andare-al-cernCome alcuni di voi sapranno, periodicamente, il CERN apre i suoi portoni alla visita di chi vuole andarci e la cosa viene chiamata OpenDays. Questa volta...