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Quando siamo partiti con Docking@Home nel 2006, inizialmente compievamo la simulazione dell’aggancio proteina-ligando usando i ligandi nella corrispettiva conformazione della proteina (vedi la terza newsletter di Docking per i dettagli). Questo ci ha permesso di capire il processo di aggancio e le interazione atomiche tra proteina e ligando (self-docking). Ci ha inoltre permesso di definire computazionalmente un grande numero di conformazioni potenziali dei ligandi, riducendo il tempo e i costi, richiesti per la definizione di nuovi principi attivi, di diversi ordini di grandezza.

Nel processo di aggancio, data una proteina, differenti tipi di ligando possono legarsi in una delle cavità di legame delle proteine. Ogni ligando ha differenti tipi di atomi e livelli di flessibilità. La stessa proteina, una volta unita al ligando, può assumere diverse conformazioni. La conformazione della proteina ed il ligando annesso formano un complesso.
Gli algoritmi di aggancio normalmente trattano con ligandi flessibili; tuttavia, a causa dei limiti computazionali, la proteine sono semplificate come un reticolo rigido tridimensionale (o una mappa reticolare). Ogni mappa consiste in un reticolo tridimensinale di punti regolarmente spaziati centrati attorno al sito attivo della proteina (la cavità di attracco). Ciascun punto all’interno della griglia registra il potenziale energetico degli atomi del ligando dovuto all’interazione con la proteina. Ad esempio, in una griglia di atomi di carbonio, il valore associato ad un punto rappresenta l’energia potenziale di un atomo di carbonio del ligando in una data posizione dovuta all’interazione con tutti gli atomi della proteina recettrice.  Questa semplificazione è dovuta soprattutto al costo computazionale associato ad una rappresentazione flessibile della conformazione della proteina così come ai vincoli computazionali e di memoria dei sistemi sui quali la simulazione verrà compiuta.

Dato un ligando, la flessibilità della proteina può essere emulata considerando non solo la mappa reticolare della proteina originariamente osservata agganciando sperimentalmente il ligando fissato, ma anche altre conformazioni (reticoli tridimensionali) della stessa proteina che sono state osservate sperimentalmente e documentate in seguito all’unione con altri ligandi. Stiamo usando il dataset LPDB come nostra sorgente di complessi proteina-ligando. Questo approccio di simulazione implicita della flessibilità della proteina è tipicamente detta cross-docking. L’approccio cross-docking è usato per stimare la sensibilità dei risultati dell’aggancio a piccole variazioni nella conformaziona delle proteina dovute alla flessibilità della cavità di legame. Nelle simulazioni di cross-docking fatte da Docking@Home, dato un ligando, questo viene agganciato in  più conformazioni della stessa proteina, ciascuna della quale è semplificata con un mappa reticolare.

La figura 1 qui di seguito mostra un piccolo sottoinsieme della simulazione di cross-docking eseguita da D@H nella quale il ligando del complesso 1g35 è unito a tre differenti conformazioni di proteina derivanti da tre altri complessi (nell’esempio: 1gno, 1hih e 1htf) al fine di formare nuovi complessi per D@H.
Docking_News2011_Figura_1.4
La successiva figura 2 mostra un piccolo sottoinsieme della simulazione di cross-docking della Tripsina eseguita con D@H nella prossima fase del nostro progetto nel quale il ligando proveniente dal complesso 1k1m è unito alle conformazioni proteiche provenienti dai complessi 1k1n, 1ppc e 3ptb con lo scopo di formare nuovi complessi.
Docking_News2011_Figura_2.4
Infine la figura 3 mostra un piccolo sottoinsieme della simulazione di cross-docking p38alpha eseguita con D@H nella quale il ligando proveniente dal complesso 1bl6 è agganciata a tre conformazioni proteiche provenienti dai complessi 1a9u, 1bl7 e 1ouk.
Docking_News2011_Figura_3.4

Inviato: 25/02/2013 21:19 da boboviz #89835
Avatar di boboviz
Gattorantolo ha scritto:

Non avevano anche menzionato, da qualche parte, una possibile applicazione GPU se ben mi ricordo? Uccidetemi se l`ho sparata grossa... :ave:


Un paio di anni fa avevano detto di essere al lavoro su un client CUDA, poi il silenzio...
In questi giorni sul forum ci si chiede perchè non aggiornano il client CHARMM, fermo a 5 anni fa, dal momento che le ultime versioni supportano OpenMM....poche risorse umane, probabilmente.
Inviato: 25/02/2013 18:24 da Gattorantolo #89834
Avatar di Gattorantolo
boboviz ha scritto:

Ci aspettiamo che la versione beta di ExSciTecH sarà pronta nella primavera del 2012.


Campa cavallo....

Non avevano anche menzionato, da qualche parte, una possibile applicazione GPU se ben mi ricordo? Uccidetemi se l`ho sparata grossa... :ave:
Inviato: 25/02/2013 14:48 da boboviz #89830
Avatar di boboviz

Ci aspettiamo che la versione beta di ExSciTecH sarà pronta nella primavera del 2012.


Campa cavallo....
Inviato: 03/02/2012 05:58 da baxnimis #75673
Avatar di baxnimis
campos ha scritto:

akd ha scritto:

C'è anche da dire che basta un formattone o qualche pezzo cambiato perchè venga considerato un nuovo computer dal progetto, quindi è normale che ci siano un sacco di pc inattivi...


Cambiare sistema operativo, anche l'aggiornamento di quest'ultimo certe volte ho il sentore che spiazzi e che venga rilevato come un nuovo PC...

Ad Es. Boincstats mi assegna ben 37 host! :eek:

E io ho scaccolato solo su 5 PC fino ad ora! :asd:



:rotfl: :rotfl: :rotfl: io ne ho 67 !!! :rotfl: :rotfl: :rotfl:
Inviato: 02/02/2012 23:47 da octopus91 #75670
Avatar di octopus91
certo questo non l'avevo considerato!

Ad Es. Boincstats mi assegna ben 37 host!

cavolo con 37 host potresti elaborare pure per tutti noi! :rotfl:
Inviato: 02/02/2012 22:06 da campos #75668
Avatar di campos
akd ha scritto:

C'è anche da dire che basta un formattone o qualche pezzo cambiato perchè venga considerato un nuovo computer dal progetto, quindi è normale che ci siano un sacco di pc inattivi...


Cambiare sistema operativo, anche l'aggiornamento di quest'ultimo certe volte ho il sentore che spiazzi e che venga rilevato come un nuovo PC...

Ad Es. Boincstats mi assegna ben 37 host! :eek:

E io ho scaccolato solo su 5 PC fino ad ora! :asd:
Inviato: 02/02/2012 20:39 da akd #75663
Avatar di akd
C'è anche da dire che basta un formattone o qualche pezzo cambiato perchè venga considerato un nuovo computer dal progetto, quindi è normale che ci siano un sacco di pc inattivi...
Inviato: 02/02/2012 17:04 da octopus91 #75652
Avatar di octopus91
Riprendo questa piccola discussione, anche se di qualche mese fa, per far notare una "piccola" cosa:

N° di volontari registrati 45.901
N° di volontari attivi 7.105
N° di computer registrati 101.282
N° di computer attivi 11.232

il rapporto tra volontari attivi e registrati è un pò disarmante, un 15% scarso di utenti attivi... stessa cosa tra computer registrati e attivi (11% di computer attivi), penso che negli altri progetti la situazione non cambi molto.

C'è ancora tanto da fare per far espandere BOINC!
Inviato: 04/12/2011 00:15 da Herr Fritz 27 #73583
Avatar di Herr Fritz 27
Ringrazio Bax per avermela pubblicata, soprattutto impaginata... Grazie!!!
Inviato: 03/12/2011 11:50 da akd #73562
Avatar di akd
Davvero un lavorone! Me la sto leggendo a piccoli pezzi, ma sono contento che ci sia una news da docking!
Complimenti ancora!
Inviato: 01/12/2011 21:45 da Edoardo23 #73510
Avatar di Edoardo23
Molto bello!
Inviato: 01/12/2011 21:00 da campos #73507
Avatar di campos
baxnimis ha scritto:

un LA VO RO NE !!!


Complimenti Herr Fritz :cincin:

Stasera sono troppo suonato per leggerla, ma la leggerò sicuramente a breve! :cincin:
Inviato: 01/12/2011 19:39 da baxnimis #73503
Avatar di baxnimis
un LA VO RO NE !!!

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