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Ottenere più risultati ed attrarre più volontari

Per continuare a tener coinvolti i nostri volontari e reclutarne dei nuovi stiamo lavorando su una estensione di D@H chiamata ExSciTecH, un gioco interattivo e di facile utilizzo per esplorare (Explore) la scienza (Science), le tecnologie (Technology) e la salute (Health). La figura 7 mostra una panoramica del gioco. Questo espande D@H con un ambiente di gioco nel quale i nostri volontari possono imparare, mentre giocano, i passaggi base del processo di aggancio tra proteina e ligando, il quale include i ligandi da agganciare alle proteine per annullarne o amplificarne l’effetto nel corpo.

Potrete anche imparare come identificare le molecole dal nome o dal male che causa (ad esempio HIV o cancro al seno), identificando le molecole (proteine o ligandi) e atomi per tipo, identificare molecole dalla forma, combinando il sito di aggancio, complessità e gradi di flessibilità.
Docking_News2011_Figura_7.4
Per ospitare ExSciTecH in D@H e permettere la generazione di lavoro da parte dei volontari sotto un aspetto ludico, le infrastutture di D@H necessitano di alcuni cambiamenti.

Il processo volontario compreso tra “gioco divertente” e “invia il mio lavoro”, visto dalla prospettiva dei server di D@H, è mostrato in figura 8: i volontari inviano il proprio lavoro interattivo facendo indagini sui lavori in coda nei server D@H; i server D@H convalidano le simulazioni prima di generare lavoro da inviare ai client dormienti di D@H; quando i client D@H dormienti terminano l’elaborazione del lavoro, inviano i risultati ai server; i server di D@H raccolgono i risultati, li convalidano e provvedono a riconoscere ai volontari un premio (punteggio).
Docking_News2011_Figura_8.4
Questa interazione tra i volontari e i server di D@H richiedono delle modifiche dei server. In aggiunta, i volontari potrebbero potenzialmente inviare risultati errati o danneggiati, quindi i server D@H devono essere protetti, oltre a dover tenere traccia della partecipazione dei volontari e assegnare loro un punteggio per il lavoro svolto.
Docking_News2011_Figura_9.4
La figura 9 mostra tre videate del gioco e ci fornisce un assaggio di come il gioco ExSciTecH sembrerà. Nella prima schermata possiamo identificare le molecole e i tipi di molecola fra atomi, ligandi e proteine; nella seconda schermata potete selezionare proteina e ligando, i quali andranno a formare il complesso di cui simulerete l’aggancio; nella terza schermata si sottopone il lavoro, come nuova simulazione, ai server D@H.

In questo modo i volontari possono partecipare alla ricerca creando nuovi ligandi, modificando quelli già esistenti in un database, trovando nuovi siti di attracco nei quali i volontari agganceranno un ligando nella proteina selezionata e trovando gli effetti collaterali causati dall’aggancio corretto del ligando con la proteina sbagliata.

Ci aspettiamo che la versione beta di ExSciTecH sarà pronta nella primavera del 2012.

Elaborare grandi set di dati

Quando si analizzano i risultati di cross-docking, per ogni ligando, abbiamo bisogno di comparare tutti i complessi formati agganciando il ligando dato in tutte le possibili conformazioni della proteina.
Prendiamo per esempio il ligando 1g35 dalla proteina dell’HIV, quando si analizzano i suoi risultati del cross-docking, abbiamo bisogno di paragonare fra tutte le conformazioni generate dai vostri computer per i 25 complessi e i risultati ottenuti. Quando si compiono le comparazioni geometriche e il set di dati è molto ampio, l’algoritmo di raggruppamento gerarchico va in crisi perchè è poco scalabile: le prestazioni dell’algoritmo decadono significativamente quando è frequente il passaggio di dati tra dischi e memoria.

In aggiunta, questo metodo è difficilmente parallelizzabile a causa delle maggiori dipendenze insite nei dati: i dati dell’iterazione precedente sono usati per formare la divisione in gruppi utilizzata nella corrente iterazione. Per analizzare efficacemente ed efficientemente i grandi set di dati generati dalle simulazioni di cross-docking, abbiamo lavorato su un nuovo e più potente metodo di raggruppamento facile da parallelizzare e con buona scalabilità.

Il modello che meglio si adatta al nostro metodo è MapReduce, i cui risultati preliminari sono stati mostrati durante il SuperComputing 2011 (SC2011); fare riferimento alla nostra sezione di pubblicazioni per i dettagli. Abbiamo pensato di condividere con voi i nuovi risultati nella prossima newsletter, sperando che non dobbiate aspettare così a lungo come in questo caso.

Inviato: 25/02/2013 21:19 da boboviz #89835
Avatar di boboviz
Gattorantolo ha scritto:

Non avevano anche menzionato, da qualche parte, una possibile applicazione GPU se ben mi ricordo? Uccidetemi se l`ho sparata grossa... :ave:


Un paio di anni fa avevano detto di essere al lavoro su un client CUDA, poi il silenzio...
In questi giorni sul forum ci si chiede perchè non aggiornano il client CHARMM, fermo a 5 anni fa, dal momento che le ultime versioni supportano OpenMM....poche risorse umane, probabilmente.
Inviato: 25/02/2013 18:24 da Gattorantolo #89834
Avatar di Gattorantolo
boboviz ha scritto:

Ci aspettiamo che la versione beta di ExSciTecH sarà pronta nella primavera del 2012.


Campa cavallo....

Non avevano anche menzionato, da qualche parte, una possibile applicazione GPU se ben mi ricordo? Uccidetemi se l`ho sparata grossa... :ave:
Inviato: 25/02/2013 14:48 da boboviz #89830
Avatar di boboviz

Ci aspettiamo che la versione beta di ExSciTecH sarà pronta nella primavera del 2012.


Campa cavallo....
Inviato: 03/02/2012 05:58 da baxnimis #75673
Avatar di baxnimis
campos ha scritto:

akd ha scritto:

C'è anche da dire che basta un formattone o qualche pezzo cambiato perchè venga considerato un nuovo computer dal progetto, quindi è normale che ci siano un sacco di pc inattivi...


Cambiare sistema operativo, anche l'aggiornamento di quest'ultimo certe volte ho il sentore che spiazzi e che venga rilevato come un nuovo PC...

Ad Es. Boincstats mi assegna ben 37 host! :eek:

E io ho scaccolato solo su 5 PC fino ad ora! :asd:



:rotfl: :rotfl: :rotfl: io ne ho 67 !!! :rotfl: :rotfl: :rotfl:
Inviato: 02/02/2012 23:47 da octopus91 #75670
Avatar di octopus91
certo questo non l'avevo considerato!

Ad Es. Boincstats mi assegna ben 37 host!

cavolo con 37 host potresti elaborare pure per tutti noi! :rotfl:
Inviato: 02/02/2012 22:06 da campos #75668
Avatar di campos
akd ha scritto:

C'è anche da dire che basta un formattone o qualche pezzo cambiato perchè venga considerato un nuovo computer dal progetto, quindi è normale che ci siano un sacco di pc inattivi...


Cambiare sistema operativo, anche l'aggiornamento di quest'ultimo certe volte ho il sentore che spiazzi e che venga rilevato come un nuovo PC...

Ad Es. Boincstats mi assegna ben 37 host! :eek:

E io ho scaccolato solo su 5 PC fino ad ora! :asd:
Inviato: 02/02/2012 20:39 da akd #75663
Avatar di akd
C'è anche da dire che basta un formattone o qualche pezzo cambiato perchè venga considerato un nuovo computer dal progetto, quindi è normale che ci siano un sacco di pc inattivi...
Inviato: 02/02/2012 17:04 da octopus91 #75652
Avatar di octopus91
Riprendo questa piccola discussione, anche se di qualche mese fa, per far notare una "piccola" cosa:

N° di volontari registrati 45.901
N° di volontari attivi 7.105
N° di computer registrati 101.282
N° di computer attivi 11.232

il rapporto tra volontari attivi e registrati è un pò disarmante, un 15% scarso di utenti attivi... stessa cosa tra computer registrati e attivi (11% di computer attivi), penso che negli altri progetti la situazione non cambi molto.

C'è ancora tanto da fare per far espandere BOINC!
Inviato: 04/12/2011 00:15 da Herr Fritz 27 #73583
Avatar di Herr Fritz 27
Ringrazio Bax per avermela pubblicata, soprattutto impaginata... Grazie!!!
Inviato: 03/12/2011 11:50 da akd #73562
Avatar di akd
Davvero un lavorone! Me la sto leggendo a piccoli pezzi, ma sono contento che ci sia una news da docking!
Complimenti ancora!
Inviato: 01/12/2011 21:45 da Edoardo23 #73510
Avatar di Edoardo23
Molto bello!
Inviato: 01/12/2011 21:00 da campos #73507
Avatar di campos
baxnimis ha scritto:

un LA VO RO NE !!!


Complimenti Herr Fritz :cincin:

Stasera sono troppo suonato per leggerla, ma la leggerò sicuramente a breve! :cincin:
Inviato: 01/12/2011 19:39 da baxnimis #73503
Avatar di baxnimis
un LA VO RO NE !!!

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