ARGOMENTO:

cenit ha scritto:

Riguardo la prima news, per quanto ho capito io si tratta solo di alcune strutture di alcune proteine, che si pensa siano state determinate meglio del risultato sperimentale (che sinceramente non so come venga ottenuto, l'avevo letto ma l'ho anche scordato - qualche tecnica cristallografica).
Certo, questo lavoro sperimentale di determinare la "forma" di una proteina costa un sacco di soldi, ma le proteine che rosetta riesce ad affrontare, ad oggi, sono solo quelle piccolissime. Sistemi più complessi sono inarrivabili al momento, così come qualche anno fa era completamente inimmaginabile l'idea di determinare computazionalmente la struttura "folded" di una qualsiasi proteina anche piccolissima dati i suoi costituenti.
Forse tra qualche anno ci si riuscirà con qualcosa di interessante. Allora si vedranno i frutti del lavoro di oggi e soprattutto si vedrà se lo sforzo ha prodotto dei risultati oppure se, come spesso capita, si è perso tempo risalendo un ramo secco.

E' corretto, solo per certe proteine si è trovata un'energia minore di quella predetta tramite cristallografia. Il che è possibile (per quel poco che ne so) perchè creare dei cristalli di proteine le può leggermente modificare e dare quindi alla fine una struttura non proprio identica a quella reale.
Ovviamente bisogna ancora verificare se queste strutture siano veramente migliori di quelle cristallografiche (magari confrontandole con strutture ottenute tramite NMR), ma se così fosse sarebbe veramente una rivoluzione! E non appena la potenza di calcolo raggiungerà livelli tali da poter prevedere strutture di proteine grandi e di interazioni tra proteine la biologia molecolare subirà un'accelerazione incredibile.
(Perlomeno dal mio punto di vista).

cenit ha scritto:

ps2: per wcg, per quanto ne so io, più che sviluppare rosetta sfruttano una release stabile per fare progetti paralleli. Poi logico che dai risultati si riuscirà a correggere il software in base alle stranezze ottenute, ma non è quello il loro obiettivo. Forse sbaglio?

mmm si, mi sa che hai ragione:

Elaborando alcune proteine ben studiate su World Community Grid (come le proteine del lievito), la seconda fase servirà anche a migliorare la comprensione della fisica delle strutture proteiche e ad avanzare la nostra conoscenza nella predizione delle strutture proteiche. Questo aiuterà anche gli sviluppatori di Rosetta a migliorare ulteriormente il software e l’affidabilità delle sue predizioni.

Cmq non credevo potessero predire solo la struttura di proteine piccolissime. Peccato.. Inizialmente mi aspettavo di più
Dovrò informarmi meglio... piuttosto, se sapete dove reperire della documentazione approfondita a riguardo (anche in inglese, no problem)

cenit ha scritto:

Sistemi più complessi sono inarrivabili al momento, così come qualche anno fa era completamente inimmaginabile l'idea di determinare computazionalmente la struttura "folded" di una qualsiasi proteina anche piccolissima dati i suoi costituenti.
Forse tra qualche anno ci si riuscirà con qualcosa di interessante.

Bè, già questo mi sembra molto promettente no?
Cmq mi trovo d'accordo con molto di quello che tu dici, cenit, e anche sui progetti su cui lavori (che guarda caso sono quasi gli stessi)...

ps: i progetti che elaboro sono quelli nei quali credo di più. Non voglio in alcun modo "tarpare le ali" alle belle idee che cercano di portare avanti. Sinceramente, però, spero finiscano come "vorrei io"...

E "come vorresti" tu?

akd ha scritto:

E "come vorresti" tu?

te l'ho detto: la conclusione (deve esserci un traguardo) tipica di un progetto scientifico è una pubblicazione degna di questo nome (peer review ed uscita su rivista specialistica).

Rosetta è uno strumento di lavoro con il quale in futuro si potranno scrivere pubblicazioni, quindi in un certo senso è esente da queste richieste, che ricadono però sulla necessità di vedere (prima o poi) lavori basati sui risultati dati da questo strumento. Ora come ora non lo usa nessuno se non per avere idee rozze (per quanto ne so io). (cercare ROBETTA per chi volesse ulteriori info)

WCG ancora non ha pubblicazioni degne di questo nome. Ci stanno dietro enti che però dovrebbero avere un nome da far rispettare e questo dà solo buone speranze...

Einstein pubblicazioni ne ha già un paio, ma i risultati sono ancora indietro, c'è tanta roba da analizzare e rianalizzare perché la potenza di calcolo che abbiamo oggi fa ancora pietà riguardo invece le reali necessità che avrebbe il progetto. Se poi consideriamo che Virgo (rilevatore di onde gravitazionali presente fuori Pisa, uno dei migliori al mondo e che di sicuro dà risultati migliori di GEO-600 ed è penso meglio anche di LIGO) non condivide i suoi dati per l'analisi su E@H ci si rende conto di come vige il campanilismo anche nella scienza: l'INFN preferisce analizzare i dati nella sua farm. Anche perché ci sono indiscutibili vantaggi (a questo proposito vale il discorso che facevo riguardo la difficoltà di suddividere un unico lavoro in tanti pezzetti isolati: volendo isolarli, perché 2 pc di boinc non comunicano né sarebbe efficiente farlo comunicare tra loro, si perdono un sacco di opportunità nell'analisi).

ma di preciso robetta che sarebbe? Un client diverso/alternativo da rosetta? :S

no. E' la farm sulla quale il bakerlab fa girare il "vero" rosetta che noi aiutiamo a sviluppare.
Ed è con quella farm che viene fatto il vero lavoro di ricerca.

edit: sei andato qui a vedere? robetta.bakerlab.org/

Che io sappia Robetta viene abbastanza usato già adesso. Avevo addirittura letto sul forum che avevano dovuto aggiornare la farm per poter soddisfare tutte le richieste che gli venivano sottoposte.

Per quanto riguarda le pubblicazioni scientifiche ce ne sono già state: link .
E oltre a queste si possono trovare altri lavori che hanno sfruttato il software Rosetta. (link)

Ottimo materiale ragazzi, continuate così...

7D9 ha scritto:

Che io sappia Robetta viene abbastanza usato già adesso. Avevo addirittura letto sul forum che avevano dovuto aggiornare la farm per poter soddisfare tutte le richieste che gli venivano sottoposte.

Per quanto riguarda le pubblicazioni scientifiche ce ne sono già state: link .
E oltre a queste si possono trovare altri lavori che hanno sfruttato il software Rosetta. (link)

il primo link se guardi l'avevo già messo io. Lo conosco...
il secondo presumo sia pari a questo: www.rosettacommons.org/publication/index.html

Ma parlano praticamente solo di rosetta fine a se stesso... Trovami un articolo di un risultato in biologia o fisica biomedica ottenuto con rosetta e sarò felice di leggermelo tutto. Sarò ancora più dedito al progetto!

Si, si.. avevo visto che il primo link l'avevi già messo.
Per il secondo ho semplicemente fatto una ricerca su PubMed (che raccoglie tutte le pubblicazioni scientifiche in ambito biomedico) inserendo "baker rosetta".

In ogni caso ti dò ragione, Rosetta è ovviamente solo agli inizi e passerà ancora del tempo prima che possa essere usata in modo affidabile per diverse ricerche scientifiche. E' proprio per rendere questo fatidico giorno sempre più vicino che elaboro furiosamente.

P.S. Sto pome vedo se trovo un articolo che abbia ottenuto risultati grazie a Rosetta. Mi sembrava di averne trovato almeno uno una volta.

7D9 ha scritto:

In ogni caso ti dò ragione, Rosetta è ovviamente solo agli inizi e passerà ancora del tempo prima che possa essere usata in modo affidabile per diverse ricerche scientifiche. E' proprio per rendere questo fatidico giorno sempre più vicino che elaboro furiosamente.

Ed è qui che si aggancia il mio discorso, con il calcolo distribuito difficilmente otterremo risltati tangibili nell'immediato ma serve per ampliare le conoscenze.
Nel caso di Rosetta elaboriamo migliaia di proteine del tutto inutili ma intanto ne comprendiamo il funzionamento, ne miglioriamo gli algoritmi ecc...

al max miglioriamo l'algoritmo, ma appunto per questo il lavoro viene fatto su proteine che si conoscono praticamente alla perfezione!
Nei blind-test (casp/capri) invece si cerca di verificare gli avanzamenti vedendo i risultati su proteine note solo agli organizzatori...

cenit ha scritto:

al max miglioriamo l'algoritmo, ma appunto per questo il lavoro viene fatto su proteine che si conoscono praticamente alla perfezione!
Nei blind-test (casp/capri) invece si cerca di verificare gli avanzamenti vedendo i risultati su proteine note solo agli organizzatori...

Sarebbe interessante sapere a che punto è l'algoritmo di rosetta. Sapere se è in grado di predire le strutture di proteine sconosciute (ma in teoria, leggevo su un libro di bioinformatica, che col termine "abinitio" si indicano le proteine di cui si comincia a predirne la struttura da 0, non conoscendola prima. E le wu di rosetta spesso iniziano con abinitio. Non so se vuol dire qualcosa...)
E, nel caso, entro quando il programma sarà in grado di calcolare la struttura di nuove proteine

partono da zero ma si sa già dove il programma dovrebbe finire.
In base alla distanza dal risultato ottenuto rispetto a quello che si doveva ottenere si corregge l'algoritmo!

lampyris ha scritto:

Sarebbe interessante sapere a che punto è l'algoritmo di rosetta. Sapere se è in grado di predire le strutture di proteine sconosciute (ma in teoria, leggevo su un libro di bioinformatica, che col termine "abinitio" si indicano le proteine di cui si comincia a predirne la struttura da 0, non conoscendola prima. E le wu di rosetta spesso iniziano con abinitio. Non so se vuol dire qualcosa...)
E, nel caso, entro quando il programma sarà in grado di calcolare la struttura di nuove proteine

A dire il vero si sa già che Rosetta riesce a prevedere la struttura di proteine sconosciute; di proteine non troppo grandi e con una precisione che non è sempre del 100%, ma comunque lo fa.
I risultati del CASP8 lo dimostrano.

@cenit: l'articolo che avevo letto era questo . L'ho letto tutto e alla fine nelle references mettono anche i ringraziamenti ai partecipanti di Rosetta@home.
Adesso ho provato a guardare velocemente altri articoli e ne ho trovati un paio che a quanto si legge dal riassunto hanno usato anche Rosetta:
link1
link2
link3

Vedo adesso che questo thread è finito nel dimenticatoio di colpo senza alcun motivo preciso… E’ così oppure se ne era aperto uno nuovo a riguardo?

Se questo è l’unico che parla di risultati/pubblicazioni continuerei qui.
Riprendo questo argomento perché per la futura apertura del nuovo portale vorrei preparare una pagina che elenca tutte le pubblicazioni ottenute grazie a BOINC.

A breve preparerò un file di testo con una lista delle pubblicazioni che troverò in giro, già scritte con le parentesi quadre e URL per i link.
Se qualcuno vorrà aiutarmi potrà editare il mio file aggiungendo pubblicazioni che io non ho trovato o di progetti di cui non mi sono ancora occupato, inserendole con il testo di un colore diverso.

Ci metterò sicuramente molto tempo, ma sono sicuro che verrà fuori un bel lavoro.

Avevo iniziato a scrivere una pagina con le pubblicazioni, ma mi sono scontrato con un problema di base molto importante.

Il problema è che quando si cercano le pubblicazioni di un progetto si viene rimandati a una pagina delle pubblicazioni del laboratorio intero in cui si svolge quel progetto. Non si può capire (salvo certi casi) quali pubblicazioni sono state ottenute grazie ai calcoli fatti su BOINC e quali sono state ottenute da ricerche parallele o precedenti che non hanno neanche mai visto l’ombra di BOINC.

Finché non si risolve questa cosa, una pagina seria delle pubblicazioni non può essere fatta.
Temo che bisognerà scrivere su ogni forum dei progetti e chiedere che venga fatta questa distinzione nelle pubblicazioni, magari facendo una pagina delle pubblicazioni del progetto direttamente sul sito del progetto.

Mi sa di sì, sennò è impossibile capirci qualcosa... Ma fanno tutti così (o quasi)?

Ho appena controllato e, almeno per Rosetta, è proprio come dici tu. Non so se anche sugli altri progetti ma è possibile.

Ergo direi proprio che bisognerà chiedere ai gestori di ogni progetto... lavoro da referenti, direi

IMHO basta aprire il pdf della pubblicazione
ctrl+F -> "boinc"

lo so che è una rottura.. ma mi sembre l'unica soluzione

però non vale per tutti i progetti
per esempio climate prediction è nato apposta per essere portato avanti con BOINC, qundi ne deduco che tutte le pubblicazioni riguardino in qualche modo il calcolo distribuito.