ARGOMENTO:

** Discussione sull'articolo: RosettaMini 1.40 **

Devo dire che le due prime novità mi avevano lasciato "ingiustamente" impassibile... ma la terza è davvero entusiasmante!
Un ottimo passo avanti inaspettato.

Cavolo... Degno di nota veramente!
Però se devo essere sincero i rovesci della medaglia di queste cose mi fanno un po' paura...

Per chi fosse interessato sul forum di rosetta i ricercatori hanno scritto qualcosa di più dettagliato e continuano a postare le novità e le news scientifiche.

Sono molto contento di come sta procedendo questo progetto.
Inoltre oggi a lezione di biologia molecolare il professore ha citato il Prof. Baker come il genio che sta portando avanti la predizione della struttura proteica ipotizzando che potrebbe prendere il Nobel per questo.

mi spaventano un pò per la pesantezza..
mi fanno sbroccare la RAM su Bananator I che ha 768Mb di ram
ma anche su Bananator II che ne ha 1Gb!! (con Mac os X, con server 2003 no problem)

e, cosa che mi è successa sia su Bananator-I che su Bananator-II
e con tutti i sistemi operativi,
le WU a volte sembrano freezarsi e si rallentano..
tipo una WU in dirittura di arrivo (97.200 %, tempo a termine 10.10Min)
mi è rimasta così per 1 ora almeno,
aumentando la percentuale ogni 3/4 secondi al contrario di altre WU che
refreshano ogni secondo..

sono un attimo perplesso..

fermo restando che sono riuscito a combattere il pensiero di fermare le WU
di rosetta in entrata e quindi provo di fidarmi del Mini 1.40
e continuo ad elaborare..

però capita anche a voi?

perchè con altre WU (spinhenge usato per i test e Seti non ho problemi)



ciao

Gandalf

hai sbagliato le preferenze..
non conta la memoria totale del sistema, ma i limiti che hai imposto a boinc

preferenze > memoria > usa al massimo 80% della memoria di sistema quando il computer è in uso

@ Gandalf: in effetti per il momento occupano molta RAM, ma stanno già pensando di risistemare l'applicazione per limitarla...

gandalfk7 ha scritto:

le WU a volte sembrano freezarsi e si rallentano..
tipo una WU in dirittura di arrivo (97.200 %, tempo a termine 10.10Min)
mi è rimasta così per 1 ora almeno,
aumentando la percentuale ogni 3/4 secondi al contrario di altre WU che
refreshano ogni secondo..

Succede anche a me.. e devo dire che la cosa mi secca abbastanza..
Ma in ogni caso, tutte queste novità mi esaltano abbastanza e continuo a frustare

Tutto grasso che cola!!!
Mi sembra che i lavori sulle minirosetta procedano spediti (probabilmente il codice è veramente più semplice da maneggiare)

Ducati 749 ha scritto:

hai sbagliato le preferenze..
non conta la memoria totale del sistema, ma i limiti che hai imposto a boinc

preferenze > memoria > usa al massimo 80% della memoria di sistema quando il computer è in uso

ma è un pc dedicato SOLO a Boinc..
non voglio che abbia limiti ma mi sembra assurdo che non gli bastino 768Mb!!
rispetto alla versione precedente E agli altri progetti..

ciaooo!!

gandalfk7 ha scritto:

ma è un pc dedicato SOLO a Boinc..
non voglio che abbia limiti ma mi sembra assurdo che non gli bastino 768Mb!!
rispetto alla versione precedente E agli altri progetti..

ciaooo!!

non c'entrano niente i 768 mega!

è come lo sfruttamento della cpu.. anche se hai un quad core @ 3.0ghz, se setti boinc al 10% non puoi disperarti perchè va lento...

se hai impostato di usare solo 100mb di memoria, lui ne usa 100, non 768

devi aumentare il valore limite impostato nelle preferenze

eheheh scusa se ti faccio tribolare.

ok, ho capito il concetto,
ma se non ho variato le impostazioni, perchè con seti o old-rosetta
non mi si gonfiava così?

ora rimetto a posto le impostazioni

grazie

gandalfk7 ha scritto:

eheheh scusa se ti faccio tribolare.

ok, ho capito il concetto,
ma se non ho variato le impostazioni, perchè con seti o old-rosetta
non mi si gonfiava così?

ora rimetto a posto le impostazioni

grazie

no tranquillo, ero arrabbiato perchè non riuscivo a spiegarmi...

bè, è chiaro che se seti richiede 6mb di ram e tu ne 'concedi' 100mb a boinc, non ci sono problemi
magari la nuova app. di rosetta richiede 101mb (che tu non hai a causa delle impostazioni)
ci sono wu di climate prediction che richiedono 1.5giga di memoria...

poi per carità, magari mi sto sbagliando e non dipende dalle impostazioni...
tanto per sapere, a quanto avevi settato il limite?

ps
il limite per il computer "non in uso" deve essere maggiore o uguale al valore per computer "in uso"!

SI MA VOGLIO LA GPU SU ROSETTTTTAAAA

Drake Van Caster ha scritto:

SI MA VOGLIO LA GPU SU ROSETTTTTAAAA

Concordo!

Drake Van Caster ha scritto:

SI MA VOGLIO LA GPU SU ROSETTTTTAAAA

Purtroppo per il momento non sembra sia fattibile.
E non solo perchè il codice è lunghissimo (3.000 linee mi pare... ma sto parlando di cose che non so, quindi se dico fesserie correggetemi), ma anche perchè a differenza di Folding, Rosetta cambia continuamente il codice.

Vi riporto quanto detto da uno degli sviluppatori nel forum di Rosetta:

Projects like Folding@home change their code rarely and only change paramerters and input files. That means writing highly specialised code such as for a GPU makes a lot of sense for them.

In contrast we modify the code constantly (as well as parameters and inputfiles) so writing highly specialized code is a bit of a headache for us, since keeping track of changes in multiple version of the same code (remember rosetta has to run on many plattforms already, never mind different CPU arhitectures) is just not viable for us right now. Maybe one day, when we can "freeze" a given section of the code and just want to crunch majorly we'll embark on porting the code.

I know its sad and it seems like a waste of CPU but practically its tricky..

Mike

nessuno ha notato oltre all'uso un pò eccessivo di ram rispetto alla versione precedente, anche il file di paging è aumentato spaventosamente? con un quad in uso saltuario mi và tipo a 2gb e oltre di paging e i 2gb di ram che ho sono pieni a tavola, e lo stesso per il mio serverino dual core che scaccola 24h24... ho dovuto sospendere tutto perchè era ingestibile: per aprire risorse del computer ci metteva una eternità! da quando scaccolo con rosetta ho notato che ogni nuovo client non fa altro che aumentare l'uso di memoria... mah

Io al momento sto scaccolando su una wu di rosetta 1.40 e una di wcg, più l'uso normale del pc e uso 1 gb scarso di ram...

akd ha scritto:

Io al momento sto scaccolando su una wu di rosetta 1.40 e una di wcg, più l'uso normale del pc e uso 1 gb scarso di ram...

1 giga sarebbe poco?

Avendone 2 non mi preoccupa, ma compreso l'uso normale del pc, e inoltre non mi sembra granchè più delle vecchie rosetta...
Di certo non sono 2 gb + altri 2 gb di swap come succede a wizard83...

Postato il 7 novembre sul forum di Rosetta:

My name is Jacob Corn, and I'm a postdoc in the Baker Lab, working with Eva and Sarel on the design of protein-protein interfaces. As Sarel mentioned, this is an incredibly important problem, both for basic science and molecular medicine. But it is also an incredibly difficult problem. Without your support, we would never have enough computing power to work on these kinds of projects.

One target that I am attempting to design towards is interleukin 23 (aka IL23). Your body normally uses this protein to trigger the inflammatory response, which is a normal part of your body's immune system. However, if IL23 messages start to run out of control, they can cause serious autoimmune disorders, such as Chron's Disease. You can find more information on IL23 here
en.wikipedia.org/wiki/Interleukin_23
and Chron's Disease here
en.wikipedia.org/wiki/Chron%27s_disease.

This week you may receive jobs with titles like "IL23p40_p40BrubYhbond_design_jecorn". These design simulations first dock two proteins against each other (one of which is IL23), then try to iteratively optimize the surface of one protein to better match the surface of IL23. Using the results of your calculations, I will the designed proteins and test them for binding to IL23, hopefully producing a new inhibitor to combat runaway diseases caused by runaway IL23 signals.

I'm very excited about this project, and look forward to your feedback.

Postato il 13 novembre:

Hi everyone,
A quick update on computational design in general, and IL23 in particular.

As many people noticed, these design jobs are taking longer and using more memory than most R@H work units. This is because we are working with proteins that are much larger than what you normally fold during an abinitio run. For reference, imagine that abinitio runs are folding a steel chain with 1-inch links, and that the position of each link changes during the course of the workunit. Abinitio workunits then origami-fold about 8 feet of constant chain into a nice, pretty structure.

By contrast, our design workunits are dealing with two chains, each of which is twenty five to fifty feet long. Not only can the whole folded chain move, the positions of each link can shift slightly, *and* we're constantly swapping out links as the simulation progresses! We have twenty different links to play with, and each position on each chain could be any one of the twenty. Our challenge is to figure out how the two chains should lay on top of one another and what link should be at what position to make the the chains best fit together. As you can imagine, all of that takes a great deal of computing power, and about half a gigabyte of memory. We've put a temporary hold on future design workunits until we do a more benchmarking and fix the issues that you've brought up. For example, we are considering restricting design runs to machines with no less than 1GB of RAM.

Now the good news: Thanks to all of your work, the IL23 design project is moving at an incredible pace. Over the last 5 days, you generated half a million potential therapeutics for IL23! That's completely unprecedented for this kind of project, and would have taken me forever to do on our lab computers. So even though it was a somewhat rocky start, you have all made a very significant contribution towards creating an IL23 anti-inflammatory drug. I'm very much looking forward to sifting through all of the potential therapeutics you've designed, and I feel that R@H really holds the key to making this project work.

In pratica viene ribadito come i calcoli sulle interazioni proteiche siano davvero dispendiosi in fatto di potenza di calcolo. Per il momento ci sarà una breve pausa per risolvere alcune questioni e per esempio far si che queste WUs non siano distribuite a chi ha meno di un giga di ram.

La buona notizia è che grazie ai nostri calcoli si stanno ottenendo risultati ad un ritmo incredibile. Si fa in particolare riferimento alla progettazione di una "proteina farmaco" per trattare malattie autoimmuni causate dal malfunzionamento di una proteina del nostro corpo (IL23).