ARGOMENTO:

Ciao. Ho letto che in rosetta è possibile regolare la durata delle wu. Io ho un E8400 3.0Ghz che lavora 24/24 ... faccio in media 1200 crediti al giorno con wu da 3ore...

Secondo voi che differenza c'è ad avere wu corte oppure lunghe? Sono propenso ad allungare la durata delle wu (ovviamente gradualmente per non accumularne troppe e poi farne scadere), anche se non so esattamente i benefici/svantaggi che ciò comporta. (credo nulla, se non quella di dipendere meno dal collegamento internet... però magari mi sfugge qualcosa )

La lunghezza delle WU di Rosetta non comporta nessun cambiamento radicale.

Cambia però che:

A) Tu dipendi meno dalla connessione internet ed inoltre utilizzi meno banda (le WU sono esattamente identiche, solo che le elabori più o meno a lungo)
B) Il progetto utilizza meno banda (che non è poco), meno CPU per creare nuove WU e meno memoria per gestire il database
C) Un eventuale crash ti rovina più ore di lavoro

Vedi un po' te, anche a seconda di quanto usi il PC. Io, sul PC acceso 24/7, avevo impostato la durata a 24 ore. Sul portatile a 1-2 ore visto che lo uso più raramente e per meno tempo consecutivamente.

Venturini Dario ha scritto:

(le WU sono esattamente identiche, solo che le elabori più o meno a lungo)

mmm cioè? forse non ho capito...
Io pensavo che se invece di scegliere wu da 3 ore ne scegliessi da 24 ore, quando scarico una wu, sarebbero 8wu "minime" messe insieme, che scarico in una sola volta ed elaboro tutte insieme.... Se invece le wu sono identiche, non capisco perchè dovrebbe metterci più tempo (a patto di usare la stessa potenza di calcolo del processore).

Perchè le WU di Rosetta sono simulazioni, non hanno nè una durata specifica nè un tot di calcoli necessario al completamento.

In pratica tu simuli il ripiegamento di una proteina, con algoritmi o condizioni differenti, tante volte quante riesci nel tempo di durata della WU.

Se volessero si potrebbe andare ben oltre le 24 ore, fino a simulare tutte le condizioni possibili, però a quel punto non sarebbe più calcolo distribuito...

mmm e quindi maggiore è il tempo, maggiore è la precisione dell'elaborazione?
Se la wu dura solo 3 ore, e in quel breve tempo non resce a simulare il ripiegamento con il minor livello di energia? Ovviamente se funziona in quel modo, non riesce ad simulare tutti i possibili modi in cui può ripiegarsi....

No, maggiore è il tempo maggiore è il numero di simulazioni.

Facciamo un esempio (tutti i numeri sono a caso)

La proteina 1 viene studiata da Rosetta.

Rosetta crea le WU con differenti condizioni di partenza per ogni simulazione.

La WU viene elaborata da un utente per 3 ore che ottiene 15 simulazioni complete, da un'altro utente per 1 ora che ne ottiene 2 e da un altro ancora per 24 ore che ne ottiene 150 (i numeri non sono proporzionali perchè dipende dalla configurazione del PC).

Ora abbiamo 150+15+2=167 simulazioni, una delle quali avrà sicuramente il livello energetico più basso (tra quelle 167).

Moltiplica questi numeri per moltissimi utenti e avrai moltissime simulazione, di cui una avrà un livello energetico più basso delle altre.

Avere effettuato più simulazioni semplicemente aumenta la probabilità che sia tu a trovare il livello più basso.

Ma, sempre per assurdo, se tu elaborassi 1 WU per 24 ore e 8 WU da 3 ore della stessa proteina, otterresti lo stesso numero di simulazioni (circa) e quindi la stessa probabilità.

Nella realtà le WU riguardano proteine diverse e quindi, semplicemente, "spargi" la tua probabilità su più proteine. Ma non cambia niente.

Come dovresti aver capito, l'unica differenza sostanziale nella lunghezza delle WU è l'utilizzo di banda e di risorse del server di Rosetta necessario a crearle e gestirle.

Ah ok, capito... non pensavo la stessa wu fosse simulata da più persone (o cmq, wu diverse ma sulla stessa proteina). Ora capito, grazie (e pensavo fossero dei calcoli matematici, e tutti li facevamo sulla stessa proteina... almeno fino a quando la sua struttura non è stata scoperta...)
Quante cose che non sapevo eheh...

Magari questo tuo post si può mettere nella pagina dedicata a Rosetta (non mi pare ci sia un argomento simile, nel caso mi è sfuggito )