ARGOMENTO:

We are now recommending systems with at least 512MB of memory. The majority of tasks will run fine with 256MB but some tasks will involve larger proteins that will use more memory.

?? C'è ancora qualcuno con 256 Mb di ram??
A parte gli scherzi, mi sembra stiano aumentando le richieste hw del progetto...

boboviz ha scritto:

?? C'è ancora qualcuno con 256 Mb di ram??

boboviz ha scritto:

Ho in coda delle WU *_ZNMP_ABRELAX_*
Le killo? Qualcuno ne sa qualcosa??
Una l'ho già in running e sembra funzionare...

Killa tutto

Io mi ricordo che 256MB di ram, su rosetta, sono sempre andati stretti.

Grandi notizie da giornale di David Baker:

Mike Tyka's results from your calculations over the past two weeks on rosetta@home are truly exciting! Many of you have found, starting from an extended chain, structures that are close to the crystal structure but much lower in energy. When Mike inspects your very low energy structures, in many cases it seems possible that they may be better models than the experimentally determined structure. We never expected to be in this situation so soon! Our next step is to see whether these low energy structures may actually be as or more consistent with the experimental data than the deposited crystal structure. If true, this would be a new step forward for computational structural biology!

Stica, certo che sono avanti!

Wow, fa piacere sapere che serviamo a questi risultati!

Le nuove versioni del minirosetta stanno facendo il loro lavoro...ottimo così..

Ragazzi vorrei capire una cosa...

supponiamo di scaricare una WU (con dei determinati parametri) e di lasciare il target cpu runtime a 3 ore (default) durante le quali calcolerà tot modelli (assumiamo 12)

ora mettiamo che si setta la durata a 1 ora e calcoli 1/3 dei modelli (cioè 4), se magari uno o più degli 8 modelli che avrebbe potuto calcolare lasciando la durata di default a 3 ore, era "buono" o comunque importante, però appunto non è stato calcolato a causa della durata ridotta che succede?

in pratica: cosa cambia (ai fini dell'utilità/importanza/probabilità di successo scientifica) calcolare 72 modelli suddivisi in 3 WU da 6 ore ciascuna rispetto a calcolarne sempre 72 però appartenenti a 18 WUs diverse da 1 ora ciascuna?

penso che non cambi niente..

credo (e sottolineo credo, dato che non ci scaccolo) che ogni proteina venga ripiegata X volte (poniamo 10.000)
se setti la durata a 1 ora, tu fai 12 modelli. gli altri (10.000 - 12) verranno fatti dagli altri volontari.
se invece mettevi 10 ore, avresti fatto 120 modelli, lasciano agli altri solo (10.000 - 120)

è corretto?

Salve a tutti,
con il mio nuovo pc riesco ad avere un RAC di 3000 su rosetta se tengo il pc acceso 24/24 e non sarebbe proprio male per essere su rosetta, ma il mio problema è che perdo circa 17 punti su ogni Wu, ad esempio:
se mi richiede 80 punti mi dà 63 e così via e facendo due conti perdo quasi 1100 punti al giorno con questo sistema!!! La cosa devo dire mi fà alquanto incavolare perchè vabè che "i crediti non servono a molto" lo scopo sarebbe un'altro, però mandare in fumo ogni giorno tutti quei punti non mi garba.
Guardando le classifiche ho notato che i sistemi operativi "server" prendono tutti i punti richiesti e avvolte anche qualcosina in più, voi cosa ne pensate?

Magari se postavi nel thread ufficiale di Rosetta era meglio.
Devo proprio insegnarti tutto

SickBoy88 ha scritto:

Magari se postavi nel thread ufficiale di Rosetta era meglio.
Devo proprio insegnarti tutto

Non mi pareva il caso....

A me non sembra niente di strano, capita che il claimed sia più alto del granted... ora non so dirti perchè, però so che capita

Venturini Dario ha scritto:

A me non sembra niente di strano, capita che il claimed sia più alto del granted... ora non so dirti perchè, però so che capita

Si, hai pienamente ragione... però la cosa che mi fà arrabbiare è che qualcuno prende tutti i punti e avvolte anche qualche punticino in più, ed altri tipo me prendono di media 17 punti in meno!!! Non riesco a capire cosa è che riesce a fare questa differenza!

Venturini Dario ha scritto:

A me non sembra niente di strano, capita che il claimed sia più alto del granted... ora non so dirti perchè, però so che capita

E' quello che sto cercando di fargli capire da giorni

raga, ascoltate un cretino..
lasciate perdere crediti e rac .. vivrete tutti più felici e contenti...

Dogbert84 ha scritto:

Venturini Dario ha scritto:

A me non sembra niente di strano, capita che il claimed sia più alto del granted... ora non so dirti perchè, però so che capita

Si, hai pienamente ragione... però la cosa che mi fà arrabbiare è che qualcuno prende tutti i punti e avvolte anche qualche punticino in più, ed altri tipo me prendono di media 17 punti in meno!!! Non riesco a capire cosa è che riesce a fare questa differenza!

Si tratta di qualcosa insito nel metodo con cui Rosetta assegna i crediti (e che io non conosco a fondo)

Ducati:

Oltre ai crediti mi sembra che dogbert abbia espresso il legittimo dubbio che parte del suo lavoro vada sprecato. Non credo sia una questione solo di punti e stats

Il buon GT82 aveva chiesto di tradurre il SISTEMA di CREDITI di Rosetta qualche mese fa.
Questo sistema risale all'agosto 2006 ma credo sia ancora valido.

Riporto qui la traduzione: LA PROCEDURA

Per determinare i crediti per una struttura (risultato) ci si basa su tutti i crediti "pretesi" dai partecipanti (hosts) per i loro risultati validi.
Se il tuo PC ha calcolato 2 strutture per un tipo di WU allora i crediti saranno:

Credito_Ottenuto = (Tot_Risultati_Host x Tot_Credito_Preteso) / Tot_Risultati

dove:
Tot_Risultati_Host = 2 (nel tuo caso)
Tot_Credito_Preteso = il totale del credito preteso per quel tipo di WU da tutti gli utenti che hanno consegnato risultati validi prima di te
Tot_Risultati = il numero totale di risultati validi per quel tipo di WU consegnati da tutti gli utenti prima di te

Facciamo un esempio:
1° risultato valido
Credito_Preteso = 100 (per esempio)
Credito_Ottenuto = (1x100)/1 = 100

2° risultato valido
Credito_Preteso = 120 (per esempio)
Credito_Ottenuto = (1x(100+120))/2 = 110

3° e 4° risultato valido da parte di uno stesso host
Credito_Preteso = 120 + 160 (per esempio)
Credito_Ottenuto = (2x(100+120+120+160))/4 = 250 (cioè 125 a WU)

In sostanza ogni partecipante riceverà, al momento della consegna del risultato valido, un ammontare di crediti pari alla media dei crediti "pretesi" sino a quel momento dai precedenti partecipanti.

Si sta' discutendo sul fatto di aspettare sino a che vengono consegnati un certo numero di risultati validi prima di stabilire quale sia la media. Questo ridurrebbe lo scarto di credito tra la prima decina di risultati riportati (ma, secondo me, aumenterebbe di molto il tempo di attesa dei crediti )

Il caso DOGBERT
Tu consegni il tuo risultato con Credito_Preteso = 80
Ipotizziamo che la media pretesa degli altri risultati è 63 e magari ci sono 100 risultati già inviati. Ne consegue che:
Tot_Credito_Preteso=63x100=6300
Allora il tuo credito ottenuto sarà:
Credito_Ottenuto = (1x(80+6300))/101 = 63,17

Bravo! Hai contribuito ad alzare la media

Io mediamente ho un Credito_Ottenuto > Credito_Preteso e questo probabilmente significa che sono più lento della media nell'ottenere un dato risultato o più probabilmente che i miei risultati sono "meno" validi degli altri in termini di energia libera della molecola ottenuta.

Venturini Dario ha scritto:

Oltre ai crediti mi sembra che dogbert abbia espresso il legittimo dubbio che parte del suo lavoro vada sprecato. Non credo sia una questione solo di punti e stats

non me ne ero reso conto
cmq spero che baxnimis abbia contribuito a risolvere la questione