ARGOMENTO:

Nuova applicazione: CurieMarieDock.
Al momento per Windows 64bit e MacOS 64bit, ulteriori piattaforme a seguire.
fightcovid.boinc.ru/sidocktest/forum_thread.php?id=40#182


Spulciando il forum ho trovato anche delle indiscrezioni sul peso di SiDock lato server.

hoarfrost ha scritto:

For example: average size of result in RakeSearch (in current search) ~ 0.7 kb, but average size of result in SiDock@Home test - 5.7 Mbytes, more than 8140 times larger.
For RakeSearch we can use a tiny virtual machine, but not for SiDock@home because current "daily data size" is about 165 Gbytes. Obviously, when we complete transition to "production" we must ready to volumes of data many times larger.

Link: fightcovid.boinc.ru/...est/forum_thread.php?id=9&postid=165#165

Nubman ha scritto:

Nuova applicazione: CurieMarieDock.
Al momento per Windows 64bit e MacOS 64bit, ulteriori piattaforme a seguire.

Avevo visto.
Non ho capito, però, cosa faccia di diverso dall'altro applicativo....

boboviz ha scritto:

Avevo visto.
Non ho capito, però, cosa faccia di diverso dall'altro applicativo....

Dicono che con questo applicativo, fork del primo, non c'è bisogno di installare Microsoft Visual C++ Redistributable per Visual Studio.

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Inoltre, piccola integrazione di 10 minuti fa.

Natalia ha scritto:

You are right, CurieMarieDock is an optimized version. We hope to know more details when the authors make a website. So the tasks are of same size and format, but dockings are faster.

Ancora novità!
CurieMarieDock è ora disponibile anche per Linux 64bit, con il requisito di avere la libreria glibc alla versione 2.27 o superiore.

Pubblicato anche un report dei progressi del progetto sino ad oggi.
fightcovid.boinc.ru/sidocktest/forum_thread.php?id=42#213

Natalia ha scritto:

Hello everyone!

Here is an overview of the work done so far.

Firstly, we have docked 48% of the ligands database to the first target, 3CL Pro. 480 million small molecules were tested in silico. This is a great job! Now we move on to cover 100% of the database.
Virtual screening is a complex procedure that includes post-processing of results, some of them redundant. So the next important step will be processing of the results and studying the chemical subspace they represent. It is important to understand how are the docking scores divided in the dataset. Then our team will develop more efficient filtering rules.

Secondly, the next target for docking is being prepared. Overall, there are 59 targets related to SARS-CoV-2 to investigate.

Thirdly, the new docking software CurieMarieDock has been developed as a fork of RxDock. It is optimised and runs faster. Windows, MacOS and Linux versions are released. ARM version is being prepared.

It is fascinating to work with all of you! Thank you for participating! Have a nice weekend.

With best wishes,
Natalia

Penso sia ora di creare il team

E' da ieri che ci elaboro con il pc WIndows 10 e funziona tutto correttamente

Si sta creando il team (e le stats interne) sia per SiDock che per GAIA.
Pazientare.

Team creato : Team BOINC.Italy
Statistiche Interne del progetto

Sul forum gli admin hanno risposto a delle domande che avevo fatto, penso sia interessante condividere il link anche qui:
fightcovid.boinc.ru/...st/forum_thread.php?id=45&postid=232#232

Sembra un progetto molto serio e promettente.
Sarebbe da organizzare un challenge...

manalog ha scritto:

Sul forum gli admin hanno risposto a delle domande che avevo fatto, penso sia interessante condividere il link anche qui:
fightcovid.boinc.ru/...st/forum_thread.php?id=45&postid=232#232

Belle domande. Avevo già letto, seguendo molto già il forum del progetto... bravo!

Sembra un progetto molto serio e promettente.
Sarebbe da organizzare un challenge...

A mio parere, per ora (almeno dicembre) non conviene organizzare un challenge per due motivi fra loro complementari:
-lo staff di progetto non sempre riesce a generare abbastanza lavoro;
-le code sono troppo corte per fare scorta.

Il primo ingenera dei periodi di pausa che vanno dalla mezza giornata alla giornata intera.
Il secondo rende impossibile, senza l'uso pesante di client multipli, di far fronte all'assenza di lavoro. Fra l'altro il limite dei tasks lato server è fissato a 128 e i processori con molti threads andrebbero immediatamente "in sofferenza".

I tempi di completamento di questa prima fase del progetto sembrano convergere comunque verso fine dicembre, anche perché alle temporanee penurie di lavoro sopperisce il graduale aumento degli host agganciati/attivi.

Complimenti manalog. ottime domande e ottime risposte da parte degli admin

Concordo con Nubman. le wu sono troppo poche

Vediamo come evolve il progetto. Tra l'altro, mi sembra di aver letto in qualche post, che faranno un upgrade del server


PS: anche le vostre wu arrivano a circa il 60-70% e poi scattano al 100% ?

manalog ha scritto:

Sul forum gli admin hanno risposto a delle domande che avevo fatto, penso sia interessante condividere il link anche qui:
fightcovid.boinc.ru/...st/forum_thread.php?id=45&postid=232#232

Ottimo, ottimo
Potremmo mettere le tue domande/intervista in italiano sulla scheda del progetto.....quando avrò tempo per prepararla :-P

Ah, novità di oggi.
Il progetto passerà da "test" a "stabile" a breve, cambiando anche indirizzo del sito (ma tutti gli account e le statistiche saranno migrati).

Hanno effettuato il passaggio
Nel boinc manager, basta rimuovere il progetto e riaggiungerlo con il seguente URL www.sidock.si/sidock/ ed effettuare il login con le proprie credenziali

Hanno anche assegnato un badge a chi ha partecipato alla ase di test

Nella traduzione del documento PDF di presentazione del progetto (che trovate QUI ) ci sono molti errori di traduzione
Ho mandato a Natalia i correttivi
Quando avrà sistemato, passate a dare un'occhiata. Non sono molto pratico di termini affini alla chimica biologia

Ovviamente mi sono basato sulla versione inglese

Buro87 ha scritto:

Quando avrà sistemato, passate a dare un'occhiata. Non sono molto pratico di termini affini alla chimica biologia

Neanche io, ma, se non l'hai fatto, cerca i termini su google fra wikipedia ita, università italiane ed enti di ricerca (cnr, infn, etc...). Troverai quasi sicuramente il termine giusto.

Hanno deciso di rendere pubblico il codice sorgente del progetto, qui
Ottimo!

Nuovo target: PLpro v1

www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=65&postid=380#380

Stanno cercando uno sviluppatore C++ (che abbia conoscenze anche di OpenCl/Cuda) per aiutarli a sviluppare il progetto....
Ma prendere qualche schiavo dottorando in facoltà no, eh?

E' partita una nuova campagna di simulazioni....

Peccato che su pc Linux mi vanno tutte in errore

mentre su WIndows funziona regolarmente

Zio, hai un kernel Linux troppo vecchio per far girare CmDock. Il problema è dato dal mancato supporto della libreria glibc alla versione 2.27 o superiore.
Risolvi tranquillamente disattivando l'app CmDock e mettendo la spunta solo a RxDock dalle preferenze di progetto . Altrimenti, ti serve una versione più aggiornata del kernel. Salvo esigenze particolari, fai prima a installare da zero Ubuntu 20.04.1 e passa la paura.