ARGOMENTO:

** Discussione sull'articolo: FoldIT! **

Gaaaaaanzooo! Io mica l'avevo ancora capito cosa fosse di preciso!
Penso proprio che lo proverò!

provato da subito ma la delusione di nn creare la propia proteina fa scappare l'interesse

Per l'estate dovrebbero aggiungere proprio la nuova funzione in cui il giocatore crea nuove proteine. Staremo a vedere...

scusate ma mi sfugge l'utilita' di creare e giocare con una proteina astratta, non esistente in natura ...
1) una volta trovata la forma di minima energia a chi serve ?
2) cercare di estrarre un algoritmo dalle mosse dei giocatori piu' bravi che pero' lavorano anche su proteine improbabili non rischia di generare un algoritmo 'starato' per quelle reali ?

1)Sinceramente non lo so. Immagino però che una volta trovata una configurazione stabile si possa utilizzare gli algoritmi di docking per vedere cosa potrebbe fare sta benedetta proteina "astratta".

2) In realtà no. I meccanismi di folding sono sempre gli stessi per cui conta solo quali e come vengono applicati. Le proteine reali sono utili da questo punto di vista come "verifica" dell'algoritmo

Interessantissimo per uno che non capisce niente di chimica...che e' idrogeno? se magna o se beve? dai scherzo ma al di fuori degli elementi basi non ci capisco proprio niente di chimica comunque imparero' a giocare..anche se preferisco altro aahahahha ciao

@ astroale: chi ha detto che sono proteine astratte? Sono proteine reali. Infatti se provi il gioco vedrai che quando selezioni un puzzle c'è il nome della proteina correlata da una breve spiegazione della provenienza.
Per esempio proprio adesso leggo dal gioco che tra le proteine che posso ripiegare c'è: "Beta-neurotossina; questa proteina ha 64 residui laterali. E' una beta-neurotossina presa da una specie di scorpione".

Inoltre negli ultimi giorni hanno inserito tra i puzzle anche le proteine della competizione CASP. Per esempio "Human Fyn 2; una proteina coinvolta nel controllo della crescita cellulare".

@ sullarottadelcielo: il bello del gioco è proprio che anche uno che non ha la più pallida idea di cosa sia un amminoacido può fare delle buone strutture semplicemente imparando per prove ed errori che tipo di movimento della proteina gli dà più punti.
Non pensare che i primi in classifica siano degli scienziati eh, saranno degli smanettoni e basta.

EDIT: astroale, ho capito solo adesso che "per astratte" forse ti riferivi al mio post precedente. Quando dico "creare nuove proteine" non intendo proteine casuali. Intendo proteine dalle nuove funzioni, migliori di quelle presenti in natura o addirittura totalmente diverse.
Per esempio si pensa di progettare enzimi che riescano a produrre biocarburanti in maniera più efficiente o enzimi che producano idrogeno da usare nelle celle a combustibile o ancora enzimi che degradino sostanze inquinanti (per fare solo alcuni esempi).
Di preciso non so come implementeranno questa funzione nel gioco, forse daranno delle proteine di base da cui partire, non lo so. In ogni caso l'utilità è quella che ti ho appena detto.

astroale ha scritto:

1) una volta trovata la forma di minima energia a chi serve ?
2) cercare di estrarre un algoritmo dalle mosse dei giocatori piu' bravi che pero' lavorano anche su proteine improbabili non rischia di generare un algoritmo 'starato' per quelle reali ?

1) A tutti o a nessuno dipende dalla proteina, potremmo inconsciamente "giocherellare" con proteine coinvolte nello sviluppo dei tumori oppure con molecole che non rivestono ruoli importanti....questo è il bello del calcolo distribuito

2) Visto che la maggior parte delle persone non è molto ferrata in chimica/biologia credo che i ricercatori vogliano imparare come il nostro cervello impara partendo da pochissime conoscenze di base e applicare questi algortmi hai programmi di calcolo futuri.

Io non ho capito niente di questo gioco, ho fatto il tutorial in game ma non riesco a capire cosa devo fare. C'è una guida esauriente?

Ragazzi, dopo un pò che foldo (andando a caso ) il pc si blocca di brutto.....non è che con boinc attivo pretento un pò troppo dal mio buon sempron?

Inoltre devo loggarmi due volte, al primo tentativo mi dice errore 404....

In effetti il gioco richiede un po' di cpu, ma a me non ha mai dato problemi.
Gli errori a volte escono anche a me. Dovrebbe essere semplicemente dovuto al fatto che il gioco è un po' all'inizio e se sono collegate troppe persone "non riesce a stare dietro a tutte".

Per quanto riguarda il tutorial iniziale a me è sembrato semplice, escono anche le scritte con i consigli su cosa devi fare.
Non penso ci siano altre guide in giro (a meno che non mi metta a scriverne una io...)

7D9 ha scritto:

@ astroale: chi ha detto che sono proteine astratte? [...]

EDIT: astroale, ho capito solo adesso che "per astratte" forse ti riferivi al mio post precedente. Quando dico "creare nuove proteine" non intendo proteine casuali. Intendo proteine dalle nuove funzioni, migliori di quelle presenti in natura o addirittura totalmente diverse.
Per esempio si pensa di progettare enzimi che riescano a produrre biocarburanti in maniera più efficiente o enzimi che producano idrogeno da usare nelle celle a combustibile o ancora enzimi che degradino sostanze inquinanti (per fare solo alcuni esempi).
Di preciso non so come implementeranno questa funzione nel gioco, forse daranno delle proteine di base da cui partire, non lo so. In ogni caso l'utilità è quella che ti ho appena detto.

Ok, ma si parlava di proteine create dal giocatore, ora mi aspetto che un giocatore non sia in grado di creare una proteina non casuale ma con uno scopo preciso, credo sia gia' difficile per i ricercatori del ramo ...

In effetti non ho letto bene il sito, ma sembra una cosa simile allo stardust@home: non avendo un "training set" su cui istruire un algoritmo intelligente di ricerca, provano a generarlo usando l'esperienza umana (anche se nello stardust non lo dichiarano apertamente, visto che per loro trovare la polvere interstellare e' l'unica priorita').
Ora pero' il training set parte dall'insieme di dati su cui si lavora, e mi aspetto che una proteina generata da un giocatore sblianci il set su uno spazio potenzialmente diverso ... o no ?

Ciao,
Ale

astroale ha scritto:

Ok, ma si parlava di proteine create dal giocatore, ora mi aspetto che un giocatore non sia in grado di creare una proteina non casuale ma con uno scopo preciso, credo sia gia' difficile per i ricercatori del ramo ...

In effetti non ho letto bene il sito, ma sembra una cosa simile allo stardust@home: non avendo un "training set" su cui istruire un algoritmo intelligente di ricerca, provano a generarlo usando l'esperienza umana (anche se nello stardust non lo dichiarano apertamente, visto che per loro trovare la polvere interstellare e' l'unica priorita').
Ora pero' il training set parte dall'insieme di dati su cui si lavora, e mi aspetto che una proteina generata da un giocatore sblianci il set su uno spazio potenzialmente diverso ... o no ?

Ciao,
Ale

In effetti dare ad una proteina la forma giusta perchè esegua una certa funzione catalitica è ben più difficile che ripiegarla per conferirle la struttura ad energia minore.
Non so dirti come pensano di affrontare la questione.
Staremo a vedere cosa si inventeranno.

7D9 ha scritto:

In effetti il gioco richiede un po' di cpu, ma a me non ha mai dato problemi.
Gli errori a volte escono anche a me. Dovrebbe essere semplicemente dovuto al fatto che il gioco è un po' all'inizio e se sono collegate troppe persone "non riesce a stare dietro a tutte".

Per quanto riguarda il tutorial iniziale a me è sembrato semplice, escono anche le scritte con i consigli su cosa devi fare.
Non penso ci siano altre guide in giro (a meno che non mi metta a scriverne una io...)

Ci sono ampi margini di miglioramento per ora il gioco è in versione beta comunque credo di aver risolto...ho abbassato di un paio di mhz il clock della CPU e per ora pare sia stabile

Anche io ho fatto il tutorial ma quando si passa alle proteine vere la cosa diventa un pò arzigogolata sarà solo questione di capire bene come funziona la cosa.

Scusate se mi aggrego solo ora... Ma se ho capito bene quando inzio a giocare devo muovere più che posso in modo da ottenere + punti possibili, tutto qui? Non è che abbia capito bene, sono al tutorial ancora...

Calavera ha scritto:

Scusate se mi aggrego solo ora... Ma se ho capito bene quando inzio a giocare devo muovere più che posso in modo da ottenere + punti possibili, tutto qui? Non è che abbia capito bene, sono al tutorial ancora...

Si, "muovere più che puoi" ma non a casaccio.
I tutorial dovrebbero farti capire più o meno le regole di base per ottenere maggiori punti, per esempio allontanare due gruppi che sono troppo vicini (e per questo sono colorati di rosso).
I punti sono un indice di quanto la tua proteina è energeticamente stabile.

Rispolvero questo postperchè non riesco a installare Foldit su Kubuntu.Qualcuno l'ha installato su linux? E funziona?.

Risolto con wine. Grazie

jimispeed ha scritto:

Rispolvero questo postperchè non riesco a installare Foldit su Kubuntu.Qualcuno l'ha installato su linux? E funziona?.

Sì, funziona (mi scatta tantissimo, ma io ho poca memoria). Io ho Fedora però...

Io riesco a risolvere il puzzle del tutorial 4.2: che devo fare? Girare solo le eliche?

Mah! Ho risolto le prime 4 o 5 molecole poi ho mollato. Ci vuole troppa pazienza per i miei gusti.