Abbiamo nuove visualizzazioni in Foldit e con questo articolo vogliamo darvi alcune informazioni su cosa sono e su come usarle. Le prime due hanno a che fare con la qualità degli angoli della dorsale:
Connessione non-ideale della dorsale – Questo messaggio di errore compare quando la connessione tra due residui della catena non è ideale.
Cliccando sul messaggio, si risolverà la dorsale settando le distanze e gli angoli ai loro valori ideali:
Il legame CIS peptico – I legami CIS peptidici esistono quando un normale legame peptidico viene “ribaltato” di 180 gradi, di modo che la dorsale, invece di muoversi (come di solito fa) a zig-zag, crea un movimento più nitido. Questo tipo di legame è abbastanza raro in natura, quindi è meglio spesso correggerli.
Cliccando sul messaggio si “aggiusterà” la dorsale convertendola da legame peptidico a legame peptidico trans (normale).
Questo può essere abilitato/disabilitato attraverso la finestra “Mostra problemi dorsale” nel tab Visualizzazione
Regolazione (Trim) densità degli elettroni
Questa opzione è presente nel pannello di densità degli elettroni. Regolare la densità degli elettroni permette di visualizzare soltanto la densità che è “vicina” alla dorsale corrente: per usarlo, cliccare sul bottone “Trim Density”.
Questo visualizza un menù che permette di scegliere una soglia di quanto vicino (o lontano) si desideri regolare la densità. Se si sta ancora cercando di decidere quali bit di densità utilizzare, un valore lontano potrebbe essere migliore. Se, invece, si è convinti di avere una proteina orientata bene, allora il valore più prossimo potrebbe essere il migliore: in quel caso, infatti, se si è sicuri di avere una proteina ben posizionata, si userà il valore più vicino.
Facendo click sul pulsante Accetta, sarà possibile regolare la densità al valore selezionato, lasciando la densità solo attorno alla proteina. E’ anche possibile fare click sul pulsante Annulla per lasciare la densità corrente.
Si noti che se si desidera tornare a visualizzare tutta la densità, è possibile impostare solo il valore di trim su “Lontano” e mostrerà tutto.