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Risale solo a marzo dell'anno scorso l'annuncio (da cui il nostro articolo ) del progetto GPUGrid di aver superato la barriera del microsecondo al giorno in simulazioni di dinamica molecolare. E' però davvero sorprendente l'annuncio odierno di Folding@home che asserisce di aver superato addirittura la barriera del millisecondo (complessivo)!
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In questo post sul suo blog, Vijay Pande annuncia trionfale di aver simulato una intero processo di ripiegamento proteico della durata superiore al millisecondo.
 

La simulazione del ripiegamento proteico in una scala temporale del millisecondo è stato uno degli obiettivi della dinamica molecolare per molti anni. Quando è iniziato  il progetto Folding@home, il loro scopo di partenza era quello di superare la barriera del microsecondo. Ora sono 1000 volte oltre quel primo obiettivo e questo fatto rappresenta un grosso passo avanti nella simulazione della dinamica molecolare.

Specificatamente in una recente pubblicazione (http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja9090353), i ricercatori di Folding@home Vincent Voelz, Greg Bowman, Kyle Beauchamp, e Vijay Pande dimostrano di aver superato questa barriera. Il filmato mostra un esempio di ripiegamento proteico (la proteina parte da uno stato completamente non ripiegato e termina in uno completamente ripiegato) ottenuto. Da simulazioni come queste dicono di aver avuto delle sorprese sulle modalità in cui le proteine si ripiegano.

{youtube}gFcp2Xpd29I{/youtube} 

Perché è importante?  E' importante perché il cattivo ripiegamento delle proteine (misfolding), principale causa di molte gravi malattie, avviene in tempi lunghi. Questa prima simulazione dimostra che il nuovo metodo di ricerca di Folding@home, sviluppato sulla tecnologia MSM (Markov State Model) può simulare con successo processi piuttosto lunghi. In parole povere questa tecnologia permette di "parallelizzare" sequenze di calcolo che, per loro natura, sono sequenziali (è il "limite" che incontrano anche le simulazioni di GPUGrid, MalariaControl)

Hanno già iniziato ad utilizzare questa nuova tecnologia per studiare il misfolding proteico legato al Morbo di Alzheimer's.

Speriamo che i progressi si Folding@home vengano recepiti anche da altri progetti simili così da velocizzare la ricerca nel campo della simulazione molecolare a livello proteico e cellulare.

 


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