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Folding@home non è l’unico progetto di calcolo distribuito che studia il ripiegamento proteico: un altro simile ed importante progetto è Rosetta@home dell’Università di Washington che ha un approccio differente ma applicazioni mediche altrettanto promettenti. Mentre F@H cerca di simulare il processo fisico del ripiegamento a livello atomico, Rosetta@home si propone di predire la struttura naturale delle proteine cercando la conformazione tridimensionale a più basso livello di energia. Lo scopo è quello di progettare nuove proteine.
Cosa ha a che fare l’energia con il ripiegamento proteico ? Il Professor Scheraga spiega che nel mondo che ci circonda ogni cosa cerca di raggiungere il suo stato a più bassa energia. Se si tiene in mano una palla e poi si aprono le dita, la palla andrà sempre verso terra, mai verso l’alto: la palla è attratta dalla forza di gravità che gli conferisce una sorta di energia, una potenzialità a muoversi verso il centro della Terra. Più andrà verso il basso e più la sua energia diminuirà.
David Baker, il capo ricercatore del progetto, spiega che l’idea di Rosetta@home è che la struttura finale che assume la proteina è quella con la più bassa energia (chimica, potenziale, di legame) che una determinata catena di aminoacidi può raggiungere.
Come Folding@home anche Rosetta@home sta attivamente cercando delle soluzioni per svariate malattie come ad esempio la malaria o il morbo di Alzheimer ma uno dei progetti più interessanti è certamente la ricerca di un vaccino per l’HIV.
Baker spiega che il motivo per cui l’AIDS è così pericoloso, tra le altre cose, è che il virus muta molto rapidamente. Quando si viene infettati il nostro corpo cerca di combattere il virus producendo degli anticorpi: il virus però muta e gli anticorpi non lo riconoscono più così che questo può continuare indisturbato ad evitare il nostro sistema immunitario.
Il virus ha però un tallone d’Achille: ci sono un paio di regioni che non mutano mai. Quando il virus attacca il corpo umano il sistema immunitario non produce anticorpi per queste regioni perché sono piuttosto protette. L’idea è quella di progettare delle proteine che simulino queste regioni e di inserirle nel corpo umano perché possa creare gli anticorpi appropriati ed essere pronto.
Cosa ha a che fare l’energia con il ripiegamento proteico ? Il Professor Scheraga spiega che nel mondo che ci circonda ogni cosa cerca di raggiungere il suo stato a più bassa energia. Se si tiene in mano una palla e poi si aprono le dita, la palla andrà sempre verso terra, mai verso l’alto: la palla è attratta dalla forza di gravità che gli conferisce una sorta di energia, una potenzialità a muoversi verso il centro della Terra. Più andrà verso il basso e più la sua energia diminuirà.
David Baker, il capo ricercatore del progetto, spiega che l’idea di Rosetta@home è che la struttura finale che assume la proteina è quella con la più bassa energia (chimica, potenziale, di legame) che una determinata catena di aminoacidi può raggiungere.Come Folding@home anche Rosetta@home sta attivamente cercando delle soluzioni per svariate malattie come ad esempio la malaria o il morbo di Alzheimer ma uno dei progetti più interessanti è certamente la ricerca di un vaccino per l’HIV.
Baker spiega che il motivo per cui l’AIDS è così pericoloso, tra le altre cose, è che il virus muta molto rapidamente. Quando si viene infettati il nostro corpo cerca di combattere il virus producendo degli anticorpi: il virus però muta e gli anticorpi non lo riconoscono più così che questo può continuare indisturbato ad evitare il nostro sistema immunitario.
Il virus ha però un tallone d’Achille: ci sono un paio di regioni che non mutano mai. Quando il virus attacca il corpo umano il sistema immunitario non produce anticorpi per queste regioni perché sono piuttosto protette. L’idea è quella di progettare delle proteine che simulino queste regioni e di inserirle nel corpo umano perché possa creare gli anticorpi appropriati ed essere pronto.