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Nei prossimi giorni l'applicazione per Fermi verrà aggiornata alla versione 3.1 di CUDA. Sarà quindi necessario aggiornare anche i driver alle versioni 257.21 per Windows e 256.35 per Linux (o successive). Per le altre schede non cambia nulla.

E' in distribuzione un batch di 500 WU, riconoscibili dal nome che contiene i caratteri TRYP, che durano mediamente il doppio di quelle normali. Ogni WU riesce a simulare ben 10 nanosecondi di un sistema molecolare complesso (molta gente ancora oggi usa grossi supercomputer per fare cose del genere)! Queste elaborazioni servono per una pubblicazione molto interessante che il progetto sta preparando, in relazione all'esperimento "Diffusion binding of Trypsin-inhibitor Benzamidine to target" di cui è possibile anche guardare un video.

Un articolo di K. Sadiq e G. De Fabritiis - "Explicit solvent dynamics and energetics of HIV-1 protease flap-opening and closing" - è in fase di pubblicazione sulla rivista Proteins. Questo lavoro mostra , attraverso le simulazioni di dinamica molecolare svolte su GPUGrid, varie possibili conformazione della proteasi dell'HIV, un bersaglio tipico dei farmaci anti HIV. In particolare, è stato possible scoprire una nuova conformazione completamente aperta che potrebbe essere un buon bersaglio per nuovi farmaci. Lo staff ringrazia i partecipanti, segnalando che le WU in questione si chiamavano *HIV*. Un filmato esplicativo è disponibile qui Una copia del paper può essere scaricata da qui

Grazie all'aggiornamento della nuova applicazione alla versione 3.1 di CUDA, è stato risolto il problema che impediva alle Nvidia GTX260 di elaborare correttamente le WU. Tuttavia, è necessario aggiornare i driver ad una delle ultime versioni, 257.15 o successive.

Nello sforzo di fornire sempre migliori spiegazioni su cosa sia la Dinamica Molecolare ai "non iniziati", alcuni scienziati (la metà dei quali appartenenti a GPUGrid) hanno realizzato un breve video. Eccolo: http://vimeo.com/12055025