Cara community di Rosetta@Home,
Mi chiamo Nobuyasu Koga e da 5 anni lavoro con mia moglie Rie Koga al "de novo design di strutture proteiche". Oggi siamo fieri di annunciare i nostri successi riportati nell'articolo: "Principles for designing ideal protein structures" della rivista Nature!
Storicamente, c'è una sola struttura proteica che è stata computazionalmente definita partendo da SCRATCH, la Top7. Fu definita nei nostri laboratori 10 anni fa. Finora non c'è stata nessun'altra proteina disegnata de novo perchè è estremamente difficile definire un struttura iniziando da SCRATCH.
Siamo riusciti a scoprire le regole fondamentali che legano le strutture secondarie alle terziarie. Guidati da queste regole siamo riusciti ad ottenere 5 differenti topologie di strutture proteiche partendo da SCRATCH in modo sistematico! La tecnologia sviluppata e descritta nell'articolo ci permetterà di personalizzare il design delle proteine per le nuove esigenze terapeutiche e industriali. Possiamo definire strutture e funzioni da SCRATCH senza dover utilizzare proteine di origine naturale e le risorse computazionali che ci fornite sono assolutamente essenziali per raggiungere questo scopo!
Abbiamo eseguito delle elaborazioni attraverso Rosetta@Home con l'obbiettivo di definire un panorama energetico delle sequenze da noi progettate; è risultato che le nostre sequenze hanno definito un panorama ad imbuto convergente verso la struttura predefinita. Vi mostriamo il risultato del progetto Fold-III della nostra ricerca:
Nel grafico di sinistra (panorama energetico), ogni punto rosso rappresenta l'energia minima predetta dai volontari di Rosetta@Home. L'asse y rappresenta l'energia calcolata con Rosetta, l'asse x rappresenta quanto la struttura è differente da quella reale (come mostrato, ad esempio, nella figura di destra). Potete notare come molte delle traiettorie di simulazione convergano al valore minimo corrispondente alla struttura target e, allo stesso tempo, visualizzando l'insieme dei punti è evidente la conformazione ad imbuto!
Il vostro aiuto ci ha permesso di esplorare il panorama energetico in tutta la sua grandezza! Siamo realmente grati a tutti! Ancora, il panorama energetico è stato raffigurato grazie a più di 100000 volontari, vorrei scrivere ciascuno dei vostri nomi qui, ma è impossibile, mi capirete...
Vi riporto le persone che hanno raggiunto l'energia minima per ciascun design:
Fold-I : Aalelan (USA)
Fold-II : Jef (USA)
Fold-III : georgebg (Bulgaria)
Fold-IV: medvjet009 (Repubblica Ceca)
Fold-V : _2e_ Russia.
Grazie!!! Siete fantastici!!!
Questo il post sul forum di Rosetta@Home di Nobuyasu Koga. Chi vuole rimanere aggiornato può seguire le evoluzioni su Slashdot e può controllare le prossime pubblicazioni sul sito del dipartimento di David Baker.
