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08 Novembre 2020
Creato: 01 Novembre 2020

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AMBITO: Biologia/Medicina
STATO:  ATTIVO
ATTACH: https://www.sidock.si/sidock/
 
Progetto legato alla ricerca sul COVID-19 .
 

Nel nostro progetto stiamo cercando i ligandi: piccole molecole che possono legarsi con successo con bersagli proteici e modulare uno specifico processo che è cruciale per la biochimica dei virus. Il ligando ideale, basato sul docking molecolare, dovrebbe essere complementare per forma e proprietà al sito di legame della biomolecola bersaglio. Tuttavia, la complementarità di piccole molecole è solo uno dei prerequisiti per l'uso di una molecola come farmaco. Insieme abbiamo sviluppato un software, che può essere facilmente installato sul vostro computer per aiutarci a trovare una cura contro il nemico invisibile di oggi

La ricerca della molecola giusta è come cercare un piccolo ago in un enorme pagliaio: è un problema la cui risoluzione è molto difficile a causa del numero di possibili strutture molecolari. La quantità di tutte le possibili strutture molecolari è anche chiamata “universo chimico”; la dimensione di questo spazio astratto può essere stimata da 10 elevato alla 80. Ci sono molte galassie in questo universo, e una di loro è una galassia con le molecole (potenzialmente) farmacologicamente attive. Il metodo di ricerca si chiama screening virtuale. In generale, più grande è la parte studiata dell'universo chimico, più alta è la probabilità di trovare una cura potenziale contro il coronavirus.

Per ulteriori informazioni visitate il thread ufficiale presente nel nostro forum.


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Informazioni generali

Il "COVID.SI" – è un progetto che consente al pubblico di partecipare alla lotta contro il coronavirus condividendo le proprie conoscenze e le risorse del computer. Il progetto mira a studiare librerie di composti molecolari e aiutare a trovare una cura per il coronavirus utilizzando screening virtuali ad alta velocità.

Il protocollo di screening virtuale basato sulla struttura, è come cercare una chiave che sblocca un lucchetto in una piscina olimpionica piena di chiavi di tutte le forme e dimensioni, senza alcuna garanzia che la chiave giusta sia nella piscina.

Aspetto serratura e chiave

L'azione specifica di un enzima con un singolo substrato può essere spiegata utilizzando un'analogia Serratura-e-Chiave postulata per la prima volta nel 1894 da Emil Fischer. In questa analogia, la serratura è l'enzima e la chiave è il substrato. Solo la chiave di dimensioni corrette (substrato) si inserisce nel foro della chiave (sito attivo) della serratura (enzima).

 

Conoscere l'interazione tra un ligando e il suo ospite è fondamentale per comprendere la risposta biologica del ligando. La progettazione di farmaci prevede la progettazione di molecole complementari per forma e carica al target biomolecolare con cui interagiscono e quindi ci si legheranno.

 


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Informazioni tecniche
 
 
Stato del progetto: Beta

Questo progetto non accetta attualmente nuovi account.

 

Requisiti minimi: nessuno
Gli sviluppatori non segnalano requisiti minimi da rispettare.

 

Screensaver: non disponibile

Assegnazione crediti: n/d

Supporto al progetto: non supportato
Per unirsi al team BOINC.Italy consultare la scheda "Link utili" qui sotto cliccando sull'icona relativa al "JOIN" ico32_bi.

 

Problemi comuni: nessuno vedi elenco

Non si riscontrano problemi significativi segnalati.

 


 

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19 Luglio 2020
Creato: 19 Luglio 2020
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AMBITO: Chimica/Fisica
STATO: CHIUSO
ATTACH: http://xansons4cod.com/xansons4cod/
 
 

 XANSONS for COD è un progetto di ricerca volto a creare un database ad accesso aperto di modelli simulati di diffrazione di raggi X e polvere di neutroni per la fase nanocristallina dei materiali presentati nel Database aperto di cristallo (COD) .

I calcoli per questo progetto sono stati completati. Il database dei modelli simulati di diffrazione della polvere è disponibile all'indirizzo http://database.xansons4cod.com .

Questo progetto utilizza il software open source originale (licenza GPLv3) XaNSoNS (Scattering di raggi X e neutroni su strutture nanoscale) per simulare i modelli di diffrazione su CPU e GPU.

XANSONS per COD è un progetto BOINC gestito privatamente. È stato supportato dalla Fondazione russa per la ricerca di base nel 2015-2017 (progetto RFBR n. 15-07-07901-a).

 

Per ulteriori informazioni visitate il thread ufficiale presente nel nostro forum.


XAnsons4code

 

Problema scientifico

La tecnica convenzionale utilizzata per recuperare le proprietà strutturali dei campioni cristallini mediante il loro modello di diffrazione della polvere è il metodo di raffinamento di Rietveld . In questo metodo, il modello teorico di diffrazione della polvere viene perfezionato fino a quando non si adatta a quello sperimentale. Il calcolo degli angoli e delle intensità delle cime di Braggpuò essere fatto quasi istantaneamente nell'approssimazione della dimensione infinita del cristallite. Per regolare la dimensione finita dei cristalliti nei campioni o la risoluzione finita del dispositivo di misurazione, questi picchi vengono ampliati artificialmente con la funzione di ampliamento (di solito gaussiana). Questo allargamento artificiale funziona benissimo fino a quando la dimensione del cristallite nel campione è inferiore a poche decine di nanometri. Per i cristalliti così piccoli, è molto difficile ottenere la giusta funzione di ampliamento che funziona bene per tutti i picchi di Bragg. Fortunatamente, per i cristalliti così piccoli, non è un problema calcolare i modelli di diffrazione della polvere usando l' equazione di Debye (con l' approssimazione dell'istogramma della distanza , come quella proposta da Marcin Wojdyr e implementata nel suo Codice Debyer ). Questo progetto ha lo scopo di calcolare i modelli di diffrazione di raggi X e polvere di neutroni per i nanocristalliti con dimensioni variabili da 6 nm a 30 nm per la maggior parte delle voci del database aperto di cristallografia . Vengono considerati i due diversi tipi di materiali: (a) nanoparticelle cristalline sferiche isolate di una determinata dimensione (diametro), (b) materiale cristallino con ordine a lungo raggio rotto su distanze maggiori di un determinato valore. Il database ottenuto può semplificare la diagnostica dei campioni nanocristallini e integrare il metodo di corrispondenza della ricerca di profilo completo nell'analisi delle dimensioni dei cristallini dei campioni nanocristallini.

Oltre a quanto sopra, il calcolo del modello di diffrazione della polvere usando l'equazione di Debye consente di tenere conto dei difetti del reticolo quali posti vacanti nel sito, sostituzioni di atomi e spostamenti. Pertanto, se il CIF (Crystallography Information File) per la struttura fornita fornisce i numeri di occupazione del sito e i parametri di spostamento atomico, l'applicazione li utilizzerà per calcolare il modello di diffrazione.

 


 

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Stato del progetto: Progetto Completato

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Requisiti minimi: nessuno
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Assegnazione crediti: n/d
 
Supporto al progetto: supportato
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Referente/i: posizione vacante
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19 Luglio 2020
Creato: 19 Luglio 2020

Valutazione attuale: 5 / 5

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AMBITO: Intelligenza Artificiale
STATO: CHIUSO  
ATTACH: https://www.mlcathome.org/mlcathome/

 

MLC @ Home offre una piattaforma aperta e collaborativa per i ricercatori che studiano la comprensione dell'apprendimento automatico. Ci consente di formare migliaia di reti in parallelo, con input strettamente controllati, iperparametri e strutture di rete. Usiamo questo per ottenere approfondimenti su questi modelli complessi.

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19 Luglio 2020
Creato: 19 Luglio 2020

Valutazione attuale: 5 / 5

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AMBITO: Matematica
STATO: ATTIVO
ATTACH: http://yafu.myfirewall.org/yafu/

 

YAFU - Ancora un'altra utility di fattorizzazione dei numeri
Lo scopo è quello di fattorizzare numeri nell'intervallo di 70 - 110 cifre che necessitano di factoring nel factordb. Si comicnia con numeri di 89 cifre. Ce ne sono circa 6700 che devono essere presi in considerazione.

 

 Per ulteriori informazioni visitate il thread ufficiale presente nel nostro forum.


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Stato del progetto: progetto attivo
Iscrizione a codice di invito

 

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Multisessioni Boinc su PC

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15 Giugno 2020
Creato: 31 Maggio 2020
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In questa guida vedremo come creare dei client multipli su una distribuzione GNU/Linux tramite l’utilizzo dei container Docker. E come gestirli tramite Portainer.


Perché mi servono altri client Boinc?
Alcuni progetti hanno dei limiti di wu (work unit) scaricabili. Questi limiti possono impedire la creazione dei cosiddetti “bunker”.
Altro limite nella creazione di un “bunker” è il dover negare la connessione internet al client. Se si finiscono le wu prima del previsto, non potremo più scaricarne altre. Poiché una volta sbloccata la connessione, oltre che scaricarne di nuove…caricherà quelle che avevamo precedentemente elaborato. Vanificando il nostro “bunker”.
Un altro modo per utilizzare più client Boinc è quello di separare progetti cpu da quelli gpu. In modo da avere un controllo maggiore.
Utilizzando dei container si possono gestire molti altri aspetti come:
• quantità di core/thread da dedicare
• quantità di ram da dedicare
• possibilità di rendere disponibile la gpu (in caso di sistemi con più gpu, si può decidere quale)
• gestione da remoto normale, tramite il manager o BoincTask
• possibilità di crearli quando si vuole, anche con altri client attivi
• creazione quasi del tutto "automatizzata" grazie a docker-compose

 

Leggi tutto: Multisessioni Boinc su PC
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