ARGOMENTO:

Propongo di supportare ufficialmente DOCKING@home

è da un po' che ne parliamo e raccogliamo info

Gli obiettivi scientifici immediati del progetto Docking@home mirano allo sviluppo di simulazioni di docking proteina-ligando. Il CHARMM (Chemistry at Harvard Macromolecular Mechanics) è un codice sviluppato ad Harvard e in altre università, basato sul metodo di docking , riconosciuto come uno dei più accurati meccanismi di docking che esistono.

Docking@home è un progetto di ricerca medica il cui scopo è lo sviluppo di nuovi farmaci

Direi che il progetto è valido (anche Rosetta ha una sezione dedicata al docking ma non detiene certo il monopolio della conoscenza in materia)

Mi risulta che:
E' un progetto NO-PROFIT
I risultati sono pubblici
Nato dalla collaborazione di importanti istituti di ricerca e sostenuto anche da fondi pubblici

Mmm... mi sembra che abbia largamente le carte in regola per l'approvazione...

Pubblicazioni?
Comunicazione con gli amministratori?
Stabilità delle WU?

Il progetto è bello, ma le domande di dario sono sensate...

Come dicevo nell'altro thread le pubblicazioni che sono riportate sono tutte a proposito di conferenze sul grid computing. Non c'è nessuna rivista scientifica...
Questo è il motivo per cui io personalmente non elaborerò su questo progetto.

Venturini Dario ha scritto:

Pubblicazioni?: nel 3D del progetto è già linkata la pagina che raccoglie le publicazioni del progetto
Comunicazione con gli amministratori?: hanno una newsletter (cosa rara per BOINC) il cui 3° numero è recente (inizio 2009) e mediamente sono abbastanza presenti sul forum
Stabilità delle WU?: prendendo 3 utenti a caso e guardando i risultati delle loro WU non ho notato problemi. Sul forum ci sono alcune segnalazioni di problemi ma la cosa mi sembra nella norma. Chi ci sta' scaccolando potrebbe dare una opinione

baxnimis ha scritto:

Chi ci sta' scaccolando potrebbe dare una opinione

aspettavo questo momento. le wu vanno bene sia nel download, durante lo scaccolamento che l'upload. sono mediamente pesanti (come wcg) ma vanno bene per tutti e sono sempre disponibili. il numero di crediti sono giusti.

solo un accorgimento, stranamente parte del progetto è ostico come wcg (notare sotto):
FAQ BOINC

Per gli utenti BAM (grazie a Lord.UniKorn per la segnalazione) Per modificare il proprio nick su tutti i progetti è sufficiente modificarle dall'Account Manager BAM, appunto. Esistono però 3 eccezioni:

* il progetto WCG che non permette di modificare alcun parametro se non direttamente dall'account del progetto
* i progetti down o irraggiungibili al momento della modifica su BAM
* i progetti a cui si era già iscritti, ma che non erano nella lista di BAM al momento della modifica del nick.

equivale anche per questo progetto!

E' da un po' che vado avanti con il Docking, e non mi ha mai dato problemi.

ci sono altre domande, dubbi, info, suggerimenti ?

baxnimis ha scritto:

ci sono altre domande, dubbi, info, suggerimenti ?

io ho un suggerimento e una domanda

SUGGERIMENTO: non dite ai ragazzi della flotta che dietro a Docking ci sono quelli di predictor
DOMANDA: cenit aveva denunciato che, sempre quelli di predictor, avevano venduto i risultati a una ditta farmaceutica .. non si è saputo più niente?
vorrei approfondire..

Ho visto news relative a questo progetto in home: sono riportati dunque anche i progetti non supportati?

akd ha scritto:

Ho visto news relative a questo progetto in home: sono riportati dunque anche i progetti non supportati?

alcuni progetti si ma non quelli espressamente valutati in modo negativo

Predictor?!

7D9 ha scritto:

Predictor?!

morse ha scritto:

baxnimis ha scritto:

Morris83 ha scritto:

...(infatti lo Scripps è lo stesso gruppo di ricerca del faah).

what's SCRIPPS ?

E' un centro di ricerca americano.
Erano dentro anche a predictor@home.

baxnimis ha scritto:

akd ha scritto:

Ho visto news relative a questo progetto in home: sono riportati dunque anche i progetti non supportati?

alcuni progetti si ma non quelli espressamente valutati in modo negativo

Ma Docking@Home ha un voto negativo?? io lo trovo molto carino invece...

Morris83 ha scritto:

baxnimis ha scritto:

akd ha scritto:

Ho visto news relative a questo progetto in home: sono riportati dunque anche i progetti non supportati?

alcuni progetti si ma non quelli espressamente valutati in modo negativo

Ma Docking@Home ha un voto negativo?? io lo trovo molto carino invece...

infatti docking c'è tra le news

ti dirò la verità, mi sembra che questo progetto abbia tutti i requisiti tranne forse il fatto di non aver ancora pubblicato niente su NATURE, ma interessa a pochi per cui la discussione rimane impantanata

però a qualcuno interessa

lo supportiamo o no ?

baxnimis ha scritto:

mi sembra che questo progetto abbia tutti i requisiti tranne forse il fatto di non aver ancora pubblicato niente su NATURE,

La frecciatina è chiaramente rivolta ad un borg che continua a rompere le scatole con le pubblicazioni vero?
Scusa Bax, quella era solo una mia opinione, prometto che non dico più niente.

Secondo me il solo fatto che il progetto è presente nella pagina dei progetti di BOINC può bastare per supportarlo. Dopodiché a me non interessa, ma non ho niente in contrario se c'è a chi piace e lo si vuole supportare.

A me piace, ci scaccolerei anche (qua comincio ad essere a corto di processori per dare a ogni progetto un'onesta fetta di calcolo), ma ho due dubbi: il primo sono le pubblicazioni, che a mio avviso sono uno dei pochi mezzi che abbiamo per distinguere un progetto da sottoscala da uno serio, ma soprattutto il "caso predictor". Non mi andrebbe di donare gratuitamente dati che ho elaborato io a un'azienda che se li becca perchè è amica del curatore del progetto (o E' il curatore del progetto)...
Soprattutto questa seconda parte andrebbe chiarita meglio, secondo me...

Ma non si era detto che i risultati sono pubblici?
Come si fa a vendere una cosa che è di pubblico dominio?
Il progetto sembra interessante, ma se ci sono delle ombre anch'io mi schiero tra quelli che preferiscono venga chiarito questo punto prima di supportarlo. Ma al solito gli admin sono sempre molto attenti e sensibili a questi particolari quindi dormo tranquillo.

7D9 ha scritto:

La frecciatina è chiaramente rivolta ad un borg che continua a rompere le scatole con le pubblicazioni vero?
Scusa Bax, quella era solo una mia opinione, prometto che non dico più niente.

ammetto che c'era una frecciatina

Però io la questione delle pubblicazioni la vedo così: dovrebbero essere pubbliche e recenti... questo da' l'idea che il progetto viene portato avanti e che riceve una certa attenzione per la serietà, risultati, etc..

ma non è detto secondo me che debbano essere pubblicazioni su importanti riviste del settore (ammesso he noi si sappia quali sono queste riviste). Ci sono ricercatori che fanno salti di gioia se un loro scritto viene accettato a una conferenza in materia. Certo... significa probabilmente che sono agli inizi della "carriera"


poi... ormai si è capito che io scaccolerei quasi su tutto, (persino su nqueens, sudoku, reversi e chess960 perchè pur essendo legate a dei giochi hanno una loro valenza matematica) quindi sarei io quello che non dovrebbe dire più niente