ARGOMENTO:

cosa non hai capito? se mi spieghi posso provare a darti una mano!

fedesampi ha scritto:

cosa non hai capito? se mi spieghi posso provare a darti una mano!

Cosa devo fare precisamente con le catene di proteine che mi compaiono, cosa sono i pallini grandi rossi che lampeggiano, cosa sono quelli piccoli appuntititi (la stella del mattino) e i vari comandi menu. Sui forum leggo che se si è in un team si possono aiutare altri membri, vorrei farlo anche io ma non capisco come si fa.

Grazie in anticipo

fedeanimation ha scritto:

fedesampi ha scritto:

Cosa devo fare precisamente con le catene di proteine che mi compaiono, cosa sono i pallini grandi rossi che lampeggiano, cosa sono quelli piccoli appuntititi (la stella del mattino) e i vari comandi menu. Sui forum leggo che se si è in un team si possono aiutare altri membri, vorrei farlo anche io ma non capisco come si fa.

Grazie in anticipo

allora...per ottenere una strutture migliore bisogna ridurre gli spazi vuoti il più possibile(quelli in cui ci sono pallini grandi rossi), senza però che escano le "stelle del mattino", perchè quelle indicano che ti sei avvicinato troppo e che quindi c'è uno scontro tra gli atomi. Altra cosa da tener presente è che i gruppi idrofobici (catene arancioni) devono stare il più possibile nascosti all'interno della struttura, mentre quelli blu idrofilici possono stare all'esterno (anche per alcune proteine questo non vale).
Stai facendo i tutorial o i puzzle science?..perchè nelsecondo caso le opzioni aumentano!
In ogni caso partiamo dalla base: ciò che userai di più sarà la Pull Mode. Ti consiglio di:
1) Prima cosa seleziona Shake the sidechain...ovvero uno strumento ruota le catene blu e arancio al posto tuo scegliendo le combinazioni migliori!
2) Poi
A)Wiggle All...che muove tutta la struttura
B) Oppunre muovi tu manualmente la struttura e poi fai wiggle all
C) o ancora manuale+ Shake+wiggle
In ogni caso questa è la base. Nel tutorial puoi imparare per esempio a congelare parti della proteina, mentre ne muovi altre...mutare le catene laterali (arancio e blu...sempre tenedo conto che puoi mutare una arancio in un'altra arancio e blu sempre in blu!) e altre cose... se ti servono consigli in queste cose chiedimi in maniera più specifica! buon divertimento!

Experimental tests of anti-influenza designs

We have now analyzed your redesigns of the last anti-influenza puzzle
and found the solution by user Vakobo to be extremely promising! Vakobo reformed a
loop into a helix introducing new hydrophobic interactions with
hemagglutinin which weren't there in the original design. We'll experimentally
test Vakobo's solution in the lab over the next few weeks and hopefully it will turn
out to be a binder. We'll keep you posted! Thanks to Vakobo and all of the other
participants in this puzzle. We hope that you'll participate in the new puzzles that
we've posted. We're excited to test your ideas!

CASP starts today

The first 2 CASP 9 targets were released today: predictioncenter.org/casp9/targetlist.cgi
One target is for servers only and the other human target is 365 residues long so we will not be able to use it with Foldit unless we are able to break it down into smaller domains.
They announced that they are releasing 14 targets this week so we will have plenty to work with soon!

Until then, we are going to release some CASP training puzzles so you can train for CASP 9. These will be CASP 8 targets where we show you the native as a guide so you can see what moves needed to be done with the alignment tool in order to get closer to the native state.

We will also be posting an update soon that tells you which region of the alignment causes the "can't thread from alignment" message so that you can focus on fixing that part in the alignment tool.

Lastly, we will also be posting All Hands versions of the previous mini-CASP puzzles so that you can improve on each others' Foldit solutions. This could be a good way to select which models we should submit to CASP 9; we are allowed to submit 5 models per CASP target.

Per chi usa IRC:

irc.fold.it - #global

FoldIt Wiki in italiano

Dopo 3 mesi di lavoro, 77 articoli tradotti più qualche redirect, 71 immagini uploadate, direi che il grosso del lavoro è completo

Manca qualche rifinitura, la traduzione dei tutorial e il nuovo capitolo sull'uso del LUA (però difficilmente lo tradurrò a meno che non ci crei una community di sfegatati di Foldit )

Incredibile bax!!

P.S.
Foldit wants YOU... to be on the cover of Nature

7D9 ha scritto:

Incredibile bax!!

P.S.
Foldit wants YOU... to be on the cover of Nature

Figo!

Fatto!

Stanno preparando finalmente una versione multi-lingua per l'applicazione Foldit

Sul numero di dicembre di "Le Scienze" c'è una sezione intitolata Dieci idee che cambieranno il mondo.
E indovinate un po'.. una di queste si intitola Calcolatori umani e si parla specificatamente di Foldit.

Ho migliorato un pochino la soluzione di Mattia per il progetto attualmente in corso 390: Unsolved monkey virus protein, riducendo i vuoti. Non ho continuato perché devo scappare via... Si può ancora migliorare, forza!



Edit: progetto concluso, nuovo puzzle up! Domani ci do uno sguardo...

Ne ha parlato oggi tomshw .

ho provato a giocarci, è interessante, ma è veramente difficile!!

FOLDIT multilingua

La nuova versione di Foldit permette di usare lingue diverse. E' un po' laborioso cambiare lingua; si deve procedere così ( qui la spiegazione ufficiale)

1) chiudere Foldit
2) copiare il file foldit.it.po nella cartella ...\Programmi\Foldit\cmp-resources\resources\locale\
NOTA: io ho 2 cartelle che iniziano con cmp-resources-.... , entrambe hanno una sotto cartella \resources\locale, ho copiato il file .po in entrambe
3) aprire il file ...\Programmi\Foldit\options.txt con un qualsiasi editor di testo
4) aggiungere la riga "language" : "it" dove si vuole, tanto poi il programma la mette al posto giusto alla successiva chiusura
5) salvare il file options.txt
6) avviare Foldit

NOTA: i file con la lingua francese (fr) e russo (ru) sono già presenti, vengono scaricati con il programma Foldit
NOTA: sembra che al file italiano manchino un po' di traduzioni (infatti hanno rilasciato un template successivo e il file .po italiano non è aggiornato), alcune sono un po' farlocche, mancano gli articoli ma il lavoro fatto è davvero notevole. Chi lo ha fatto? L'utente MicheleG1978 , di cui ho anche la mail se lo vogliamo contattare per unire gli sforzi e completare l'opera.



Dove trovare i file .po con le lingue? QUI c'è la lista!!
NOTA: non importa come venga chiamato il file che scaricate dl sito, rinominatelo in foldit.it.po



Sempre più complicato: come editare il file .po?
1) scaricate e installate il programma poedit da internet (è free e facilmente rintracciabile)
2) scaricate il template foldit-dev.cs.washington.edu/portal/files/i18n/foldit_vol1.pot
3) lanciate poedit e dal menu File scegliete la voce: "Nuovo catalogo da file POT" per convertire il template in file .po
4) lavorate sul file traducendo
5) salvate (viene salvato anche un file.mo ma in questo caso non serve, potete cancellarlo)


Terminologia
L'attuale traduzione utilizza una terminologia leggermente differente da quella che avevo utilizzato nella wiki (it.foldit.wikia.com/wiki/FoldIt_Wiki). A prima vista direi che è migliore della mia, sarebbe il caso di unificarla (ma a questo ci penserò in seguito)

baxnimis ha scritto:

FOLDIT multilingua
Chi lo ha fatto? L'utente MicheleG1978 , di cui ho anche la mail se lo vogliamo contattare per unire gli sforzi e completare l'opera.

Direi di darci dentro

Grazie della spiegazione dettagliata bax!
Sarebbe davvero bello completare la traduzione di Foldit, ma in questo periodo io non ce la faccio.

In ogni caso mi ha fatto piacere leggere il tuo post perchè mi ha riportato alla memoria quando abbiamo tradotto il sito di Rosetta@home. Che impresa! Bei tempi!! :D

Un saluto a tutti!

7D9 ha scritto:

In ogni caso mi ha fatto piacere leggere il tuo post perchè mi ha riportato alla memoria quando abbiamo tradotto il sito di Rosetta@home. Che impresa! Bei tempi!! :D

io a quell'epoca non c'ero ma poi mi sono rifatto con la wiki di Foldit e quella di WCG (ho ancora gli incubi)



P.S. Terminologia
L'attuale traduzione utilizza una terminologia leggermente differente da quella che avevo utilizzato nella wiki (it.foldit.wikia.com/wiki/FoldIt_Wiki). A prima vista direi che è migliore della mia, sarebbe il caso di unificarla (ma a questo ci penserò in seguito)

io direi di iniziare contattando chi ha fatto il lavoro e vedere se è ancora disponibile, poi si vedrà

7D9 ha scritto:

In ogni caso mi ha fatto piacere leggere il tuo post perchè mi ha riportato alla memoria quando abbiamo tradotto il sito di Rosetta@home. Che impresa! Bei tempi!! :D

Un saluto a tutti!

Oh mamma che ricordi, mi son ciucciato tutta la parte medica di approfondimento....

Grande 7D9, fatti sentire più spesso in giro!!!

Ragazzi chi usa ancora FoldIT? pensate sia più o meno utile di Boinc normale? io vorrei iniziare ora ad usarlo